Merge branch 'release-4-6', adds the nbnxn functionality
authorRoland Schulz <roland@utk.edu>
Wed, 17 Oct 2012 03:21:42 +0000 (23:21 -0400)
committerRoland Schulz <roland@utk.edu>
Wed, 17 Oct 2012 03:21:42 +0000 (23:21 -0400)
commite56dd547c0a226c5ba05e95e810ee9ec9f93d3ab
tree3eef16ac966efa9957f75803146f5ebe50423451
parentd49086467a0677d7e0f924b13d097f1c3de2cbda
parent11b5a654b19d9a3aee2e4ef67fbd6dd5295598f4
Merge branch 'release-4-6', adds the nbnxn functionality

Change-Id: I0ca088dcf9140d69fd9d5f935ed9e370fc1757ae
200 files changed:
CMakeLists.txt
cmake/ThreadMPI.cmake
cmake/gmxDetectAcceleration.cmake
cmake/gmxSetBuildInformation.cmake
src/config.h.cmakein
src/gromacs/CMakeLists.txt
src/gromacs/gmxlib/CMakeLists.txt
src/gromacs/gmxlib/bondfree.c
src/gromacs/gmxlib/calcgrid.c
src/gromacs/gmxlib/checkpoint.c
src/gromacs/gmxlib/cuda_tools/CMakeLists.txt
src/gromacs/gmxlib/cuda_tools/cudautils.cu
src/gromacs/gmxlib/cuda_tools/cudautils.cuh
src/gromacs/gmxlib/cuda_tools/pmalloc_cuda.cu
src/gromacs/gmxlib/cuda_tools/vectype_ops.cuh
src/gromacs/gmxlib/disre.c
src/gromacs/gmxlib/ewald_util.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_cpuid.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_detect_hardware.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_fatal.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_omp.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_omp_nthreads.c
src/gromacs/gmxlib/gpu_utils/CMakeLists.txt
src/gromacs/gmxlib/gpu_utils/gpu_utils.cu
src/gromacs/gmxlib/gpu_utils/memtestG80_core.cu
src/gromacs/gmxlib/gpu_utils/memtestG80_core.h
src/gromacs/gmxlib/main.c
src/gromacs/gmxlib/maths.c
src/gromacs/gmxlib/md_logging.c
src/gromacs/gmxlib/mtop_util.c
src/gromacs/gmxlib/names.c
src/gromacs/gmxlib/network.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nonbonded.c
src/gromacs/gmxlib/nrnb.c
src/gromacs/gmxlib/pbc.c
src/gromacs/gmxlib/smalloc.c
src/gromacs/gmxlib/tpxio.c
src/gromacs/gmxlib/txtdump.c
src/gromacs/gmxlib/version.h
src/gromacs/gmxpreprocess/calc_verletbuf.c
src/gromacs/gmxpreprocess/calc_verletbuf.h
src/gromacs/gmxpreprocess/readir.c
src/gromacs/gmxpreprocess/readir.h
src/gromacs/legacyheaders/bondf.h
src/gromacs/legacyheaders/constr.h
src/gromacs/legacyheaders/coulomb.h
src/gromacs/legacyheaders/domdec.h
src/gromacs/legacyheaders/domdec_network.h
src/gromacs/legacyheaders/force.h
src/gromacs/legacyheaders/futil.h
src/gromacs/legacyheaders/genborn.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_avx_double.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_avx_single.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_cpuid.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_detect_hardware.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_fatal.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_fatal_collective.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_hash.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_avx_128_fma_double.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_avx_128_fma_single.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_avx_256_double.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_avx_256_single.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_sse2_double.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_sse4_1_double.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_sse4_1_single.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_omp.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_omp_nthreads.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_wallcycle.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_x86_avx_128_fma.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_x86_simd_double.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_x86_simd_macros.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_x86_simd_single.h
src/gromacs/legacyheaders/gpu_utils.h
src/gromacs/legacyheaders/main.h
src/gromacs/legacyheaders/maths.h
src/gromacs/legacyheaders/md_logging.h
src/gromacs/legacyheaders/md_support.h
src/gromacs/legacyheaders/mdebin.h
src/gromacs/legacyheaders/mdrun.h
src/gromacs/legacyheaders/mtop_util.h
src/gromacs/legacyheaders/mvdata.h
src/gromacs/legacyheaders/names.h
src/gromacs/legacyheaders/nbnxn_cuda_data_mgmt.h
src/gromacs/legacyheaders/nbnxn_search.h
src/gromacs/legacyheaders/network.h
src/gromacs/legacyheaders/nrnb.h
src/gromacs/legacyheaders/nsgrid.h
src/gromacs/legacyheaders/pbc.h
src/gromacs/legacyheaders/physics.h
src/gromacs/legacyheaders/pmalloc_cuda.h
src/gromacs/legacyheaders/pme.h
src/gromacs/legacyheaders/sim_util.h
src/gromacs/legacyheaders/smalloc.h
src/gromacs/legacyheaders/sysstuff.h
src/gromacs/legacyheaders/tables.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/atomic/gcc_intrinsics.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/mpi_bindings.h
src/gromacs/legacyheaders/typedefs.h
src/gromacs/legacyheaders/types/commrec.h
src/gromacs/legacyheaders/types/enums.h
src/gromacs/legacyheaders/types/fcdata.h
src/gromacs/legacyheaders/types/force_flags.h
src/gromacs/legacyheaders/types/forcerec.h
src/gromacs/legacyheaders/types/graph.h
src/gromacs/legacyheaders/types/group.h
src/gromacs/legacyheaders/types/hw_info.h
src/gromacs/legacyheaders/types/idef.h
src/gromacs/legacyheaders/types/ifunc.h
src/gromacs/legacyheaders/types/inputrec.h
src/gromacs/legacyheaders/types/interaction_const.h
src/gromacs/legacyheaders/types/nb_verlet.h
src/gromacs/legacyheaders/types/nbnxn_cuda_types_ext.h
src/gromacs/legacyheaders/types/nbnxn_pairlist.h
src/gromacs/legacyheaders/types/nrnb.h
src/gromacs/legacyheaders/types/simple.h
src/gromacs/legacyheaders/update.h
src/gromacs/legacyheaders/vsite.h
src/gromacs/mdlib/CMakeLists.txt
src/gromacs/mdlib/calcmu.c
src/gromacs/mdlib/clincs.c
src/gromacs/mdlib/constr.c
src/gromacs/mdlib/csettle.c
src/gromacs/mdlib/domdec.c
src/gromacs/mdlib/domdec_con.c
src/gromacs/mdlib/domdec_top.c
src/gromacs/mdlib/edsam.c
src/gromacs/mdlib/fft5d.cpp
src/gromacs/mdlib/force.c
src/gromacs/mdlib/forcerec.c
src/gromacs/mdlib/gmx_wallcycle.c
src/gromacs/mdlib/groupcoord.h
src/gromacs/mdlib/iteratedconstraints.c
src/gromacs/mdlib/md_support.c
src/gromacs/mdlib/mdatom.c
src/gromacs/mdlib/mdebin.c
src/gromacs/mdlib/minimize.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_consts.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/CMakeLists.txt
src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda.cu
src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_data_mgmt.cu
src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernel.cuh
src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernel_legacy.cuh
src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernel_utils.cuh
src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernels.cuh
src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_types.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_common.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_common.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_gpu_ref.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_gpu_ref.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_inner.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_outer.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_x86_simd128.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_x86_simd128.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_x86_simd256.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_x86_simd256.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_x86_simd_includes.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_x86_simd_inner.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_x86_simd_outer.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_x86_simd_utils.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_search.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_search_x86_simd.h
src/gromacs/mdlib/nlistheuristics.c
src/gromacs/mdlib/ns.c
src/gromacs/mdlib/nsgrid.c
src/gromacs/mdlib/partdec.c
src/gromacs/mdlib/perf_est.c
src/gromacs/mdlib/pme.c
src/gromacs/mdlib/pme_pp.c
src/gromacs/mdlib/pme_sse_single.h
src/gromacs/mdlib/pull.c
src/gromacs/mdlib/pull_rotation.c
src/gromacs/mdlib/qmmm.c
src/gromacs/mdlib/shakef.c
src/gromacs/mdlib/shellfc.c
src/gromacs/mdlib/sim_util.c
src/gromacs/mdlib/stat.c
src/gromacs/mdlib/tables.c
src/gromacs/mdlib/tgroup.c
src/gromacs/mdlib/tpi.c
src/gromacs/mdlib/update.c
src/gromacs/version.h.cmakein
src/programs/gmxcheck/tpbcmp.c
src/programs/grompp/grompp.c
src/programs/mdrun/CMakeLists.txt
src/programs/mdrun/md.c
src/programs/mdrun/md_openmm.c
src/programs/mdrun/mdrun.c
src/programs/mdrun/membed.c
src/programs/mdrun/membed.h
src/programs/mdrun/openmm_wrapper.cpp
src/programs/mdrun/pme_switch.c
src/programs/mdrun/pme_switch.h
src/programs/mdrun/repl_ex.h
src/programs/mdrun/runner.c
src/tools/gmx_pme_error.c
src/tools/gmx_trjconv.c
src/tools/gmx_tune_pme.c