src/gromacs/mdlib/stat.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <string.h>
  41 #include <stdio.h>
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "sysstuff.h"
  44 #include "gmx_fatal.h"
  45 #include "network.h"
  46 #include "txtdump.h"
  47 #include "names.h"
  48 #include "physics.h"
  49 #include "vec.h"
  50 #include "maths.h"
  51 #include "mvdata.h"
  52 #include "main.h"
  53 #include "force.h"
  54 #include "vcm.h"
  55 #include "smalloc.h"
  56 #include "futil.h"
  57 #include "network.h"
  58 #include "rbin.h"
  59 #include "tgroup.h"
  60 #include "xtcio.h"
  61 #include "gmxfio.h"
  62 #include "trnio.h"
  63 #include "statutil.h"
  64 #include "domdec.h"
  65 #include "partdec.h"
  66 #include "constr.h"
  67 #include "checkpoint.h"
  68 #include "xvgr.h"
  69 #include "md_support.h"
  70 #include "mdrun.h"
  71 #include "sim_util.h"
  72
  73 typedef struct gmx_global_stat
  74 {
  75     t_bin *rb;
  76     int   *itc0;
  77     int   *itc1;
  78 } t_gmx_global_stat;
  79
  80 gmx_global_stat_t global_stat_init(t_inputrec *ir)
  81 {
  82     gmx_global_stat_t gs;
  83
  84     snew(gs, 1);
  85
  86     gs->rb = mk_bin();
  87     snew(gs->itc0, ir->opts.ngtc);
  88     snew(gs->itc1, ir->opts.ngtc);
  89
  90     return gs;
  91 }
  92
  93 void global_stat_destroy(gmx_global_stat_t gs)
  94 {
  95     destroy_bin(gs->rb);
  96     sfree(gs->itc0);
  97     sfree(gs->itc1);
  98     sfree(gs);
  99 }
 100
 101 static int filter_enerdterm(real *afrom, gmx_bool bToBuffer, real *ato,
 102                             gmx_bool bTemp, gmx_bool bPres, gmx_bool bEner)
 103 {
 104     int i, to, from;
 105
 106     from = 0;
 107     to   = 0;
 108     for (i = 0; i < F_NRE; i++)
 109     {
 110         if (bToBuffer)
 111         {
 112             from = i;
 113         }
 114         else
 115         {
 116             to = i;
 117         }
 118         switch (i)
 119         {
 120             case F_EKIN:
 121             case F_TEMP:
 122             case F_DKDL:
 123                 if (bTemp)
 124                 {
 125                     ato[to++] = afrom[from++];
 126                 }
 127                 break;
 128             case F_PRES:
 129             case F_PDISPCORR:
 130                 if (bPres)
 131                 {
 132                     ato[to++] = afrom[from++];
 133                 }
 134                 break;
 135             default:
 136                 if (bEner)
 137                 {
 138                     ato[to++] = afrom[from++];
 139                 }
 140                 break;
 141         }
 142     }
 143
 144     return to;
 145 }
 146
 147 void global_stat(FILE *fplog, gmx_global_stat_t gs,
 148                  t_commrec *cr, gmx_enerdata_t *enerd,
 149                  tensor fvir, tensor svir, rvec mu_tot,
 150                  t_inputrec *inputrec,
 151                  gmx_ekindata_t *ekind, gmx_constr_t constr,
 152                  t_vcm *vcm,
 153                  int nsig, real *sig,
 154                  gmx_mtop_t *top_global, t_state *state_local,
 155                  gmx_bool bSumEkinhOld, int flags)
 156 /* instead of current system, gmx_booleans for summing virial, kinetic energy, and other terms */
 157 {
 158     t_bin     *rb;
 159     int       *itc0, *itc1;
 160     int        ie    = 0, ifv = 0, isv = 0, irmsd = 0, imu = 0;
 161     int        idedl = 0, idvdll = 0, idvdlnl = 0, iepl = 0, icm = 0, imass = 0, ica = 0, inb = 0;
 162     int        isig  = -1;
 163     int        icj   = -1, ici = -1, icx = -1;
 164     int        inn[egNR];
 165     real       copyenerd[F_NRE];
 166     int        nener, j;
 167     real      *rmsd_data = NULL;
 168     double     nb;
 169     gmx_bool   bVV, bTemp, bEner, bPres, bConstrVir, bEkinAveVel, bFirstIterate, bReadEkin;
 170
 171     bVV           = EI_VV(inputrec->eI);
 172     bTemp         = flags & CGLO_TEMPERATURE;
 173     bEner         = flags & CGLO_ENERGY;
 174     bPres         = (flags & CGLO_PRESSURE);
 175     bConstrVir    = (flags & CGLO_CONSTRAINT);
 176     bFirstIterate = (flags & CGLO_FIRSTITERATE);
 177     bEkinAveVel   = (inputrec->eI == eiVV || (inputrec->eI == eiVVAK && bPres));
 178     bReadEkin     = (flags & CGLO_READEKIN);
 179
 180     rb   = gs->rb;
 181     itc0 = gs->itc0;
 182     itc1 = gs->itc1;
 183
 184
 185     reset_bin(rb);
 186     /* This routine copies all the data to be summed to one big buffer
 187      * using the t_bin struct.
 188      */
 189
 190     /* First, we neeed to identify which enerd->term should be
 191        communicated.  Temperature and pressure terms should only be
 192        communicated and summed when they need to be, to avoid repeating
 193        the sums and overcounting. */
 194
 195     nener = filter_enerdterm(enerd->term, TRUE, copyenerd, bTemp, bPres, bEner);
 196
 197     /* First, the data that needs to be communicated with velocity verlet every time
 198        This is just the constraint virial.*/
 199     if (bConstrVir)
 200     {
 201         isv = add_binr(rb, DIM*DIM, svir[0]);
 202         where();
 203     }
 204
 205 /* We need the force virial and the kinetic energy for the first time through with velocity verlet */
 206     if (bTemp || !bVV)
 207     {
 208         if (ekind)
 209         {
 210             for (j = 0; (j < inputrec->opts.ngtc); j++)
 211             {
 212                 if (bSumEkinhOld)
 213                 {
 214                     itc0[j] = add_binr(rb, DIM*DIM, ekind->tcstat[j].ekinh_old[0]);
 215                 }
 216                 if (bEkinAveVel && !bReadEkin)
 217                 {
 218                     itc1[j] = add_binr(rb, DIM*DIM, ekind->tcstat[j].ekinf[0]);
 219                 }
 220                 else if (!bReadEkin)
 221                 {
 222                     itc1[j] = add_binr(rb, DIM*DIM, ekind->tcstat[j].ekinh[0]);
 223                 }
 224             }
 225             /* these probably need to be put into one of these categories */
 226             where();
 227             idedl = add_binr(rb, 1, &(ekind->dekindl));
 228             where();
 229             ica   = add_binr(rb, 1, &(ekind->cosacc.mvcos));
 230             where();
 231         }
 232     }
 233     where();
 234
 235     if ((bPres || !bVV) && bFirstIterate)
 236     {
 237         ifv = add_binr(rb, DIM*DIM, fvir[0]);
 238     }
 239
 240
 241     if (bEner)
 242     {
 243         where();
 244         if (bFirstIterate)
 245         {
 246             ie  = add_binr(rb, nener, copyenerd);
 247         }
 248         where();
 249         if (constr)
 250         {
 251             rmsd_data = constr_rmsd_data(constr);
 252             if (rmsd_data)
 253             {
 254                 irmsd = add_binr(rb, inputrec->eI == eiSD2 ? 3 : 2, rmsd_data);
 255             }
 256         }
 257         if (!NEED_MUTOT(*inputrec))
 258         {
 259             imu = add_binr(rb, DIM, mu_tot);
 260             where();
 261         }
 262
 263         if (bFirstIterate)
 264         {
 265             for (j = 0; (j < egNR); j++)
 266             {
 267                 inn[j] = add_binr(rb, enerd->grpp.nener, enerd->grpp.ener[j]);
 268             }
 269             where();
 270             if (inputrec->efep != efepNO)
 271             {
 272                 idvdll  = add_bind(rb, efptNR, enerd->dvdl_lin);
 273                 idvdlnl = add_bind(rb, efptNR, enerd->dvdl_nonlin);
 274                 if (enerd->n_lambda > 0)
 275                 {
 276                     iepl = add_bind(rb, enerd->n_lambda, enerd->enerpart_lambda);
 277                 }
 278             }
 279         }
 280     }
 281
 282     if (vcm)
 283     {
 284         icm   = add_binr(rb, DIM*vcm->nr, vcm->group_p[0]);
 285         where();
 286         imass = add_binr(rb, vcm->nr, vcm->group_mass);
 287         where();
 288         if (vcm->mode == ecmANGULAR)
 289         {
 290             icj   = add_binr(rb, DIM*vcm->nr, vcm->group_j[0]);
 291             where();
 292             icx   = add_binr(rb, DIM*vcm->nr, vcm->group_x[0]);
 293             where();
 294             ici   = add_binr(rb, DIM*DIM*vcm->nr, vcm->group_i[0][0]);
 295             where();
 296         }
 297     }
 298
 299     if (DOMAINDECOMP(cr))
 300     {
 301         nb  = cr->dd->nbonded_local;
 302         inb = add_bind(rb, 1, &nb);
 303     }
 304     where();
 305     if (nsig > 0)
 306     {
 307         isig = add_binr(rb, nsig, sig);
 308     }
 309
 310     /* Global sum it all */
 311     if (debug)
 312     {
 313         fprintf(debug, "Summing %d energies\n", rb->maxreal);
 314     }
 315     sum_bin(rb, cr);
 316     where();
 317
 318     /* Extract all the data locally */
 319
 320     if (bConstrVir)
 321     {
 322         extract_binr(rb, isv, DIM*DIM, svir[0]);
 323     }
 324
 325     /* We need the force virial and the kinetic energy for the first time through with velocity verlet */
 326     if (bTemp || !bVV)
 327     {
 328         if (ekind)
 329         {
 330             for (j = 0; (j < inputrec->opts.ngtc); j++)
 331             {
 332                 if (bSumEkinhOld)
 333                 {
 334                     extract_binr(rb, itc0[j], DIM*DIM, ekind->tcstat[j].ekinh_old[0]);
 335                 }
 336                 if (bEkinAveVel && !bReadEkin)
 337                 {
 338                     extract_binr(rb, itc1[j], DIM*DIM, ekind->tcstat[j].ekinf[0]);
 339                 }
 340                 else if (!bReadEkin)
 341                 {
 342                     extract_binr(rb, itc1[j], DIM*DIM, ekind->tcstat[j].ekinh[0]);
 343                 }
 344             }
 345             extract_binr(rb, idedl, 1, &(ekind->dekindl));
 346             extract_binr(rb, ica, 1, &(ekind->cosacc.mvcos));
 347             where();
 348         }
 349     }
 350     if ((bPres || !bVV) && bFirstIterate)
 351     {
 352         extract_binr(rb, ifv, DIM*DIM, fvir[0]);
 353     }
 354
 355     if (bEner)
 356     {
 357         if (bFirstIterate)
 358         {
 359             extract_binr(rb, ie, nener, copyenerd);
 360             if (rmsd_data)
 361             {
 362                 extract_binr(rb, irmsd, inputrec->eI == eiSD2 ? 3 : 2, rmsd_data);
 363             }
 364             if (!NEED_MUTOT(*inputrec))
 365             {
 366                 extract_binr(rb, imu, DIM, mu_tot);
 367             }
 368
 369             for (j = 0; (j < egNR); j++)
 370             {
 371                 extract_binr(rb, inn[j], enerd->grpp.nener, enerd->grpp.ener[j]);
 372             }
 373             if (inputrec->efep != efepNO)
 374             {
 375                 extract_bind(rb, idvdll, efptNR, enerd->dvdl_lin);
 376                 extract_bind(rb, idvdlnl, efptNR, enerd->dvdl_nonlin);
 377                 if (enerd->n_lambda > 0)
 378                 {
 379                     extract_bind(rb, iepl, enerd->n_lambda, enerd->enerpart_lambda);
 380                 }
 381             }
 382             if (DOMAINDECOMP(cr))
 383             {
 384                 extract_bind(rb, inb, 1, &nb);
 385                 if ((int)(nb + 0.5) != cr->dd->nbonded_global)
 386                 {
 387                     dd_print_missing_interactions(fplog, cr, (int)(nb + 0.5), top_global, state_local);
 388                 }
 389             }
 390             where();
 391
 392             filter_enerdterm(copyenerd, FALSE, enerd->term, bTemp, bPres, bEner);
 393         }
 394     }
 395
 396     if (vcm)
 397     {
 398         extract_binr(rb, icm, DIM*vcm->nr, vcm->group_p[0]);
 399         where();
 400         extract_binr(rb, imass, vcm->nr, vcm->group_mass);
 401         where();
 402         if (vcm->mode == ecmANGULAR)
 403         {
 404             extract_binr(rb, icj, DIM*vcm->nr, vcm->group_j[0]);
 405             where();
 406             extract_binr(rb, icx, DIM*vcm->nr, vcm->group_x[0]);
 407             where();
 408             extract_binr(rb, ici, DIM*DIM*vcm->nr, vcm->group_i[0][0]);
 409             where();
 410         }
 411     }
 412
 413     if (nsig > 0)
 414     {
 415         extract_binr(rb, isig, nsig, sig);
 416     }
 417     where();
 418 }
 419
 420 int do_per_step(gmx_large_int_t step, gmx_large_int_t nstep)
 421 {
 422     if (nstep != 0)
 423     {
 424         return ((step % nstep) == 0);
 425     }
 426     else
 427     {
 428         return 0;
 429     }
 430 }
 431
 432 static void moveit(t_commrec *cr,
 433                    int left, int right, const char *s, rvec xx[])
 434 {
 435     if (!xx)
 436     {
 437         return;
 438     }
 439
 440     move_rvecs(cr, FALSE, FALSE, left, right,
 441                xx, NULL, (cr->nnodes-cr->npmenodes)-1, NULL);
 442 }
 443
 444 gmx_mdoutf_t *init_mdoutf(int nfile, const t_filenm fnm[], int mdrun_flags,
 445                           const t_commrec *cr, const t_inputrec *ir,
 446                           const output_env_t oenv)
 447 {
 448     gmx_mdoutf_t *of;
 449     char          filemode[3];
 450     gmx_bool      bAppendFiles;
 451
 452     snew(of, 1);
 453
 454     of->fp_trn   = NULL;
 455     of->fp_ene   = NULL;
 456     of->fp_xtc   = NULL;
 457     of->fp_dhdl  = NULL;
 458     of->fp_field = NULL;
 459
 460     of->eIntegrator     = ir->eI;
 461     of->bExpanded       = ir->bExpanded;
 462     of->elamstats       = ir->expandedvals->elamstats;
 463     of->simulation_part = ir->simulation_part;
 464
 465     if (MASTER(cr))
 466     {
 467         bAppendFiles = (mdrun_flags & MD_APPENDFILES);
 468
 469         of->bKeepAndNumCPT = (mdrun_flags & MD_KEEPANDNUMCPT);
 470
 471         sprintf(filemode, bAppendFiles ? "a+" : "w+");
 472
 473         if ((EI_DYNAMICS(ir->eI) || EI_ENERGY_MINIMIZATION(ir->eI))
 474 #ifndef GMX_FAHCORE
 475             &&
 476             !(EI_DYNAMICS(ir->eI) &&
 477               ir->nstxout == 0 &&
 478               ir->nstvout == 0 &&
 479               ir->nstfout == 0)
 480 #endif
 481             )
 482         {
 483             of->fp_trn = open_trn(ftp2fn(efTRN, nfile, fnm), filemode);
 484         }
 485         if (EI_DYNAMICS(ir->eI) &&
 486             ir->nstxtcout > 0)
 487         {
 488             of->fp_xtc   = open_xtc(ftp2fn(efXTC, nfile, fnm), filemode);
 489             of->xtc_prec = ir->xtcprec;
 490         }
 491         if (EI_DYNAMICS(ir->eI) || EI_ENERGY_MINIMIZATION(ir->eI))
 492         {
 493             of->fp_ene = open_enx(ftp2fn(efEDR, nfile, fnm), filemode);
 494         }
 495         of->fn_cpt = opt2fn("-cpo", nfile, fnm);
 496
 497         if ((ir->efep != efepNO || ir->bSimTemp) && ir->fepvals->nstdhdl > 0 &&
 498             (ir->fepvals->separate_dhdl_file == esepdhdlfileYES ) &&
 499             EI_DYNAMICS(ir->eI))
 500         {
 501             if (bAppendFiles)
 502             {
 503                 of->fp_dhdl = gmx_fio_fopen(opt2fn("-dhdl", nfile, fnm), filemode);
 504             }
 505             else
 506             {
 507                 of->fp_dhdl = open_dhdl(opt2fn("-dhdl", nfile, fnm), ir, oenv);
 508             }
 509         }
 510
 511         if (opt2bSet("-field", nfile, fnm) &&
 512             (ir->ex[XX].n || ir->ex[YY].n || ir->ex[ZZ].n))
 513         {
 514             if (bAppendFiles)
 515             {
 516                 of->fp_dhdl = gmx_fio_fopen(opt2fn("-field", nfile, fnm),
 517                                             filemode);
 518             }
 519             else
 520             {
 521                 of->fp_field = xvgropen(opt2fn("-field", nfile, fnm),
 522                                         "Applied electric field", "Time (ps)",
 523                                         "E (V/nm)", oenv);
 524             }
 525         }
 526     }
 527
 528     return of;
 529 }
 530
 531 void done_mdoutf(gmx_mdoutf_t *of)
 532 {
 533     if (of->fp_ene != NULL)
 534     {
 535         close_enx(of->fp_ene);
 536     }
 537     if (of->fp_xtc)
 538     {
 539         close_xtc(of->fp_xtc);
 540     }
 541     if (of->fp_trn)
 542     {
 543         close_trn(of->fp_trn);
 544     }
 545     if (of->fp_dhdl != NULL)
 546     {
 547         gmx_fio_fclose(of->fp_dhdl);
 548     }
 549     if (of->fp_field != NULL)
 550     {
 551         gmx_fio_fclose(of->fp_field);
 552     }
 553
 554     sfree(of);
 555 }
 556
 557 void write_traj(FILE *fplog, t_commrec *cr,
 558                 gmx_mdoutf_t *of,
 559                 int mdof_flags,
 560                 gmx_mtop_t *top_global,
 561                 gmx_large_int_t step, double t,
 562                 t_state *state_local, t_state *state_global,
 563                 rvec *f_local, rvec *f_global,
 564                 int *n_xtc, rvec **x_xtc)
 565 {
 566     int           i, j;
 567     gmx_groups_t *groups;
 568     rvec         *xxtc;
 569     rvec         *local_v;
 570     rvec         *global_v;
 571
 572 #define MX(xvf) moveit(cr, GMX_LEFT, GMX_RIGHT,#xvf, xvf)
 573
 574     /* MRS -- defining these variables is to manage the difference
 575      * between half step and full step velocities, but there must be a better way . . . */
 576
 577     local_v  = state_local->v;
 578     global_v = state_global->v;
 579
 580     if (DOMAINDECOMP(cr))
 581     {
 582         if (mdof_flags & MDOF_CPT)
 583         {
 584             dd_collect_state(cr->dd, state_local, state_global);
 585         }
 586         else
 587         {
 588             if (mdof_flags & (MDOF_X | MDOF_XTC))
 589             {
 590                 dd_collect_vec(cr->dd, state_local, state_local->x,
 591                                state_global->x);
 592             }
 593             if (mdof_flags & MDOF_V)
 594             {
 595                 dd_collect_vec(cr->dd, state_local, local_v,
 596                                global_v);
 597             }
 598         }
 599         if (mdof_flags & MDOF_F)
 600         {
 601             dd_collect_vec(cr->dd, state_local, f_local, f_global);
 602         }
 603     }
 604     else
 605     {
 606         if (mdof_flags & MDOF_CPT)
 607         {
 608             /* All pointers in state_local are equal to state_global,
 609              * but we need to copy the non-pointer entries.
 610              */
 611             state_global->lambda = state_local->lambda;
 612             state_global->veta   = state_local->veta;
 613             state_global->vol0   = state_local->vol0;
 614             copy_mat(state_local->box, state_global->box);
 615             copy_mat(state_local->boxv, state_global->boxv);
 616             copy_mat(state_local->svir_prev, state_global->svir_prev);
 617             copy_mat(state_local->fvir_prev, state_global->fvir_prev);
 618             copy_mat(state_local->pres_prev, state_global->pres_prev);
 619         }
 620         if (cr->nnodes > 1)
 621         {
 622             /* Particle decomposition, collect the data on the master node */
 623             if (mdof_flags & MDOF_CPT)
 624             {
 625                 if (state_local->flags & (1<<estX))
 626                 {
 627                     MX(state_global->x);
 628                 }
 629                 if (state_local->flags & (1<<estV))
 630                 {
 631                     MX(state_global->v);
 632                 }
 633                 if (state_local->flags & (1<<estSDX))
 634                 {
 635                     MX(state_global->sd_X);
 636                 }
 637                 if (state_global->nrngi > 1)
 638                 {
 639                     if (state_local->flags & (1<<estLD_RNG))
 640                     {
 641 #ifdef GMX_MPI
 642                         MPI_Gather(state_local->ld_rng,
 643                                    state_local->nrng*sizeof(state_local->ld_rng[0]), MPI_BYTE,
 644                                    state_global->ld_rng,
 645                                    state_local->nrng*sizeof(state_local->ld_rng[0]), MPI_BYTE,
 646                                    MASTERRANK(cr), cr->mpi_comm_mygroup);
 647 #endif
 648                     }
 649                     if (state_local->flags & (1<<estLD_RNGI))
 650                     {
 651 #ifdef GMX_MPI
 652                         MPI_Gather(state_local->ld_rngi,
 653                                    sizeof(state_local->ld_rngi[0]), MPI_BYTE,
 654                                    state_global->ld_rngi,
 655                                    sizeof(state_local->ld_rngi[0]), MPI_BYTE,
 656                                    MASTERRANK(cr), cr->mpi_comm_mygroup);
 657 #endif
 658                     }
 659                 }
 660             }
 661             else
 662             {
 663                 if (mdof_flags & (MDOF_X | MDOF_XTC))
 664                 {
 665                     MX(state_global->x);
 666                 }
 667                 if (mdof_flags & MDOF_V)
 668                 {
 669                     MX(global_v);
 670                 }
 671             }
 672             if (mdof_flags & MDOF_F)
 673             {
 674                 MX(f_global);
 675             }
 676         }
 677     }
 678
 679     if (MASTER(cr))
 680     {
 681         if (mdof_flags & MDOF_CPT)
 682         {
 683             write_checkpoint(of->fn_cpt, of->bKeepAndNumCPT,
 684                              fplog, cr, of->eIntegrator, of->simulation_part,
 685                              of->bExpanded, of->elamstats, step, t, state_global);
 686         }
 687
 688         if (mdof_flags & (MDOF_X | MDOF_V | MDOF_F))
 689         {
 690             fwrite_trn(of->fp_trn, step, t, state_local->lambda[efptFEP],
 691                        state_local->box, top_global->natoms,
 692                        (mdof_flags & MDOF_X) ? state_global->x : NULL,
 693                        (mdof_flags & MDOF_V) ? global_v : NULL,
 694                        (mdof_flags & MDOF_F) ? f_global : NULL);
 695             if (gmx_fio_flush(of->fp_trn) != 0)
 696             {
 697                 gmx_file("Cannot write trajectory; maybe you are out of disk space?");
 698             }
 699             gmx_fio_check_file_position(of->fp_trn);
 700         }
 701         if (mdof_flags & MDOF_XTC)
 702         {
 703             groups = &top_global->groups;
 704             if (*n_xtc == -1)
 705             {
 706                 *n_xtc = 0;
 707                 for (i = 0; (i < top_global->natoms); i++)
 708                 {
 709                     if (ggrpnr(groups, egcXTC, i) == 0)
 710                     {
 711                         (*n_xtc)++;
 712                     }
 713                 }
 714                 if (*n_xtc != top_global->natoms)
 715                 {
 716                     snew(*x_xtc, *n_xtc);
 717                 }
 718             }
 719             if (*n_xtc == top_global->natoms)
 720             {
 721                 xxtc = state_global->x;
 722             }
 723             else
 724             {
 725                 xxtc = *x_xtc;
 726                 j    = 0;
 727                 for (i = 0; (i < top_global->natoms); i++)
 728                 {
 729                     if (ggrpnr(groups, egcXTC, i) == 0)
 730                     {
 731                         copy_rvec(state_global->x[i], xxtc[j++]);
 732                     }
 733                 }
 734             }
 735             if (write_xtc(of->fp_xtc, *n_xtc, step, t,
 736                           state_local->box, xxtc, of->xtc_prec) == 0)
 737             {
 738                 gmx_fatal(FARGS, "XTC error - maybe you are out of disk space?");
 739             }
 740             gmx_fio_check_file_position(of->fp_xtc);
 741         }
 742     }
 743 }