src/gromacs/mdlib/settle.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \libinternal \file
  36  * \brief Declares interface to SETTLE code.
  37  *
  38  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  39  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  40  * \ingroup module_mdlib
  41  * \inlibraryapi
  42  */
  43
  44 #ifndef GMX_MDLIB_SETTLE_H
  45 #define GMX_MDLIB_SETTLE_H
  46
  47 #include "gromacs/math/arrayrefwithpadding.h"
  48 #include "gromacs/topology/idef.h"
  49
  50 struct gmx_cmap_t;
  51 struct gmx_mtop_t;
  52 struct t_inputrec;
  53 struct t_mdatoms;
  54 struct t_pbc;
  55
  56 namespace gmx
  57 {
  58
  59 enum class ConstraintVariable : int;
  60
  61 /* Abstract type for SETTLE that is defined only in the file that uses it */
  62 struct settledata;
  63
  64 /*! \brief Initializes and returns a structure with SETTLE parameters */
  65 settledata* settle_init(const gmx_mtop_t& mtop);
  66
  67 //! Cleans up.
  68 void settle_free(settledata* settled);
  69
  70 /*! \brief Set up the indices for the settle constraints */
  71 void settle_set_constraints(settledata* settled, const t_ilist* il_settle, const t_mdatoms& mdatoms);
  72
  73 /*! \brief Constrain coordinates using SETTLE.
  74  * Can be called on any number of threads.
  75  */
  76 void csettle(settledata*                     settled,     /* The SETTLE structure */
  77              int                             nthread,     /* The number of threads used */
  78              int                             thread,      /* Our thread index */
  79              const t_pbc*                    pbc,         /* PBC data pointer, can be NULL */
  80              ArrayRefWithPadding<const RVec> x,           /* Reference coordinates */
  81              ArrayRefWithPadding<RVec>       xprime,      /* New coords, to be settled */
  82              real                            invdt,       /* 1/delta_t */
  83              ArrayRefWithPadding<RVec>       v,           /* Also constrain v if v!=NULL */
  84              bool                            bCalcVirial, /* Calculate the virial contribution */
  85              tensor                          vir_r_m_dr,  /* sum r x m delta_r */
  86              bool*                           bErrorHasOccurred /* True if a settle error occurred */
  87 );
  88
  89 /*! \brief Analytical algorithm to subtract the components of derivatives
  90  * of coordinates working on settle type constraint.
  91  */
  92 void settle_proj(settledata*          settled,
  93                  ConstraintVariable   econq,
  94                  int                  nsettle,
  95                  const t_iatom        iatoms[],
  96                  const t_pbc*         pbc, /* PBC data pointer, can be NULL  */
  97                  ArrayRef<const RVec> x,
  98                  ArrayRef<RVec>       der,
  99                  ArrayRef<RVec>       derp,
 100                  int                  CalcVirAtomEnd,
 101                  tensor               vir_r_m_dder);
 102
 103 } // namespace gmx
 104
 105 #endif