src/gromacs/mdlib/minimize.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <string.h>
  42 #include <time.h>
  43 #include <math.h>
  44 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  45 #include "network.h"
  46 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  47 #include "nrnb.h"
  48 #include "force.h"
  49 #include "macros.h"
  50 #include "names.h"
  51 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  52 #include "txtdump.h"
  53 #include "typedefs.h"
  54 #include "update.h"
  55 #include "constr.h"
  56 #include "gromacs/math/vec.h"
  57 #include "tgroup.h"
  58 #include "mdebin.h"
  59 #include "vsite.h"
  60 #include "force.h"
  61 #include "mdrun.h"
  62 #include "md_support.h"
  63 #include "sim_util.h"
  64 #include "domdec.h"
  65 #include "mdatoms.h"
  66 #include "ns.h"
  67 #include "mtop_util.h"
  68 #include "pme.h"
  69 #include "bondf.h"
  70 #include "gmx_omp_nthreads.h"
  71 #include "md_logging.h"
  72
  73 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  74 #include "gromacs/fileio/trajectory_writing.h"
  75 #include "gromacs/linearalgebra/mtxio.h"
  76 #include "gromacs/linearalgebra/sparsematrix.h"
  77 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  78 #include "gromacs/timing/walltime_accounting.h"
  79 #include "gromacs/imd/imd.h"
  80
  81 typedef struct {
  82     t_state  s;
  83     rvec    *f;
  84     real     epot;
  85     real     fnorm;
  86     real     fmax;
  87     int      a_fmax;
  88 } em_state_t;
  89
  90 static em_state_t *init_em_state()
  91 {
  92     em_state_t *ems;
  93
  94     snew(ems, 1);
  95
  96     /* does this need to be here?  Should the array be declared differently (staticaly)in the state definition? */
  97     snew(ems->s.lambda, efptNR);
  98
  99     return ems;
 100 }
 101
 102 static void print_em_start(FILE                     *fplog,
 103                            t_commrec                *cr,
 104                            gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting,
 105                            gmx_wallcycle_t           wcycle,
 106                            const char               *name)
 107 {
 108     walltime_accounting_start(walltime_accounting);
 109     wallcycle_start(wcycle, ewcRUN);
 110     print_start(fplog, cr, walltime_accounting, name);
 111 }
 112 static void em_time_end(gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting,
 113                         gmx_wallcycle_t           wcycle)
 114 {
 115     wallcycle_stop(wcycle, ewcRUN);
 116
 117     walltime_accounting_end(walltime_accounting);
 118 }
 119
 120 static void sp_header(FILE *out, const char *minimizer, real ftol, int nsteps)
 121 {
 122     fprintf(out, "\n");
 123     fprintf(out, "%s:\n", minimizer);
 124     fprintf(out, "   Tolerance (Fmax)   = %12.5e\n", ftol);
 125     fprintf(out, "   Number of steps    = %12d\n", nsteps);
 126 }
 127
 128 static void warn_step(FILE *fp, real ftol, gmx_bool bLastStep, gmx_bool bConstrain)
 129 {
 130     char buffer[2048];
 131     if (bLastStep)
 132     {
 133         sprintf(buffer,
 134                 "\nEnergy minimization reached the maximum number "
 135                 "of steps before the forces reached the requested "
 136                 "precision Fmax < %g.\n", ftol);
 137     }
 138     else
 139     {
 140         sprintf(buffer,
 141                 "\nEnergy minimization has stopped, but the forces have "
 142                 "not converged to the requested precision Fmax < %g (which "
 143                 "may not be possible for your system). It stopped "
 144                 "because the algorithm tried to make a new step whose size "
 145                 "was too small, or there was no change in the energy since "
 146                 "last step. Either way, we regard the minimization as "
 147                 "converged to within the available machine precision, "
 148                 "given your starting configuration and EM parameters.\n%s%s",
 149                 ftol,
 150                 sizeof(real) < sizeof(double) ?
 151                 "\nDouble precision normally gives you higher accuracy, but "
 152                 "this is often not needed for preparing to run molecular "
 153                 "dynamics.\n" :
 154                 "",
 155                 bConstrain ?
 156                 "You might need to increase your constraint accuracy, or turn\n"
 157                 "off constraints altogether (set constraints = none in mdp file)\n" :
 158                 "");
 159     }
 160     fputs(wrap_lines(buffer, 78, 0, FALSE), fp);
 161 }
 162
 163
 164
 165 static void print_converged(FILE *fp, const char *alg, real ftol,
 166                             gmx_int64_t count, gmx_bool bDone, gmx_int64_t nsteps,
 167                             real epot, real fmax, int nfmax, real fnorm)
 168 {
 169     char buf[STEPSTRSIZE];
 170
 171     if (bDone)
 172     {
 173         fprintf(fp, "\n%s converged to Fmax < %g in %s steps\n",
 174                 alg, ftol, gmx_step_str(count, buf));
 175     }
 176     else if (count < nsteps)
 177     {
 178         fprintf(fp, "\n%s converged to machine precision in %s steps,\n"
 179                 "but did not reach the requested Fmax < %g.\n",
 180                 alg, gmx_step_str(count, buf), ftol);
 181     }
 182     else
 183     {
 184         fprintf(fp, "\n%s did not converge to Fmax < %g in %s steps.\n",
 185                 alg, ftol, gmx_step_str(count, buf));
 186     }
 187
 188 #ifdef GMX_DOUBLE
 189     fprintf(fp, "Potential Energy  = %21.14e\n", epot);
 190     fprintf(fp, "Maximum force     = %21.14e on atom %d\n", fmax, nfmax+1);
 191     fprintf(fp, "Norm of force     = %21.14e\n", fnorm);
 192 #else
 193     fprintf(fp, "Potential Energy  = %14.7e\n", epot);
 194     fprintf(fp, "Maximum force     = %14.7e on atom %d\n", fmax, nfmax+1);
 195     fprintf(fp, "Norm of force     = %14.7e\n", fnorm);
 196 #endif
 197 }
 198
 199 static void get_f_norm_max(t_commrec *cr,
 200                            t_grpopts *opts, t_mdatoms *mdatoms, rvec *f,
 201                            real *fnorm, real *fmax, int *a_fmax)
 202 {
 203     double fnorm2, *sum;
 204     real   fmax2, fmax2_0, fam;
 205     int    la_max, a_max, start, end, i, m, gf;
 206
 207     /* This routine finds the largest force and returns it.
 208      * On parallel machines the global max is taken.
 209      */
 210     fnorm2 = 0;
 211     fmax2  = 0;
 212     la_max = -1;
 213     gf     = 0;
 214     start  = 0;
 215     end    = mdatoms->homenr;
 216     if (mdatoms->cFREEZE)
 217     {
 218         for (i = start; i < end; i++)
 219         {
 220             gf  = mdatoms->cFREEZE[i];
 221             fam = 0;
 222             for (m = 0; m < DIM; m++)
 223             {
 224                 if (!opts->nFreeze[gf][m])
 225                 {
 226                     fam += sqr(f[i][m]);
 227                 }
 228             }
 229             fnorm2 += fam;
 230             if (fam > fmax2)
 231             {
 232                 fmax2  = fam;
 233                 la_max = i;
 234             }
 235         }
 236     }
 237     else
 238     {
 239         for (i = start; i < end; i++)
 240         {
 241             fam     = norm2(f[i]);
 242             fnorm2 += fam;
 243             if (fam > fmax2)
 244             {
 245                 fmax2  = fam;
 246                 la_max = i;
 247             }
 248         }
 249     }
 250
 251     if (la_max >= 0 && DOMAINDECOMP(cr))
 252     {
 253         a_max = cr->dd->gatindex[la_max];
 254     }
 255     else
 256     {
 257         a_max = la_max;
 258     }
 259     if (PAR(cr))
 260     {
 261         snew(sum, 2*cr->nnodes+1);
 262         sum[2*cr->nodeid]   = fmax2;
 263         sum[2*cr->nodeid+1] = a_max;
 264         sum[2*cr->nnodes]   = fnorm2;
 265         gmx_sumd(2*cr->nnodes+1, sum, cr);
 266         fnorm2 = sum[2*cr->nnodes];
 267         /* Determine the global maximum */
 268         for (i = 0; i < cr->nnodes; i++)
 269         {
 270             if (sum[2*i] > fmax2)
 271             {
 272                 fmax2 = sum[2*i];
 273                 a_max = (int)(sum[2*i+1] + 0.5);
 274             }
 275         }
 276         sfree(sum);
 277     }
 278
 279     if (fnorm)
 280     {
 281         *fnorm = sqrt(fnorm2);
 282     }
 283     if (fmax)
 284     {
 285         *fmax  = sqrt(fmax2);
 286     }
 287     if (a_fmax)
 288     {
 289         *a_fmax = a_max;
 290     }
 291 }
 292
 293 static void get_state_f_norm_max(t_commrec *cr,
 294                                  t_grpopts *opts, t_mdatoms *mdatoms,
 295                                  em_state_t *ems)
 296 {
 297     get_f_norm_max(cr, opts, mdatoms, ems->f, &ems->fnorm, &ems->fmax, &ems->a_fmax);
 298 }
 299
 300 void init_em(FILE *fplog, const char *title,
 301              t_commrec *cr, t_inputrec *ir,
 302              t_state *state_global, gmx_mtop_t *top_global,
 303              em_state_t *ems, gmx_localtop_t **top,
 304              rvec **f, rvec **f_global,
 305              t_nrnb *nrnb, rvec mu_tot,
 306              t_forcerec *fr, gmx_enerdata_t **enerd,
 307              t_graph **graph, t_mdatoms *mdatoms, gmx_global_stat_t *gstat,
 308              gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
 309              int nfile, const t_filenm fnm[],
 310              gmx_mdoutf_t *outf, t_mdebin **mdebin,
 311              int imdport, unsigned long gmx_unused Flags)
 312 {
 313     int  i;
 314     real dvdl_constr;
 315
 316     if (fplog)
 317     {
 318         fprintf(fplog, "Initiating %s\n", title);
 319     }
 320
 321     state_global->ngtc = 0;
 322
 323     /* Initialize lambda variables */
 324     initialize_lambdas(fplog, ir, &(state_global->fep_state), state_global->lambda, NULL);
 325
 326     init_nrnb(nrnb);
 327
 328     /* Interactive molecular dynamics */
 329     init_IMD(ir, cr, top_global, fplog, 1, state_global->x,
 330              nfile, fnm, NULL, imdport, Flags);
 331
 332     if (DOMAINDECOMP(cr))
 333     {
 334         *top = dd_init_local_top(top_global);
 335
 336         dd_init_local_state(cr->dd, state_global, &ems->s);
 337
 338         *f = NULL;
 339
 340         /* Distribute the charge groups over the nodes from the master node */
 341         dd_partition_system(fplog, ir->init_step, cr, TRUE, 1,
 342                             state_global, top_global, ir,
 343                             &ems->s, &ems->f, mdatoms, *top,
 344                             fr, vsite, NULL, constr,
 345                             nrnb, NULL, FALSE);
 346         dd_store_state(cr->dd, &ems->s);
 347
 348         if (ir->nstfout)
 349         {
 350             snew(*f_global, top_global->natoms);
 351         }
 352         else
 353         {
 354             *f_global = NULL;
 355         }
 356         *graph = NULL;
 357     }
 358     else
 359     {
 360         snew(*f, top_global->natoms);
 361
 362         /* Just copy the state */
 363         ems->s = *state_global;
 364         snew(ems->s.x, ems->s.nalloc);
 365         snew(ems->f, ems->s.nalloc);
 366         for (i = 0; i < state_global->natoms; i++)
 367         {
 368             copy_rvec(state_global->x[i], ems->s.x[i]);
 369         }
 370         copy_mat(state_global->box, ems->s.box);
 371
 372         *top      = gmx_mtop_generate_local_top(top_global, ir);
 373         *f_global = *f;
 374
 375         forcerec_set_excl_load(fr, *top);
 376
 377         setup_bonded_threading(fr, &(*top)->idef);
 378
 379         if (ir->ePBC != epbcNONE && !fr->bMolPBC)
 380         {
 381             *graph = mk_graph(fplog, &((*top)->idef), 0, top_global->natoms, FALSE, FALSE);
 382         }
 383         else
 384         {
 385             *graph = NULL;
 386         }
 387
 388         atoms2md(top_global, ir, 0, NULL, top_global->natoms, mdatoms);
 389         update_mdatoms(mdatoms, state_global->lambda[efptFEP]);
 390
 391         if (vsite)
 392         {
 393             set_vsite_top(vsite, *top, mdatoms, cr);
 394         }
 395     }
 396
 397     if (constr)
 398     {
 399         if (ir->eConstrAlg == econtSHAKE &&
 400             gmx_mtop_ftype_count(top_global, F_CONSTR) > 0)
 401         {
 402             gmx_fatal(FARGS, "Can not do energy minimization with %s, use %s\n",
 403                       econstr_names[econtSHAKE], econstr_names[econtLINCS]);
 404         }
 405
 406         if (!DOMAINDECOMP(cr))
 407         {
 408             set_constraints(constr, *top, ir, mdatoms, cr);
 409         }
 410
 411         if (!ir->bContinuation)
 412         {
 413             /* Constrain the starting coordinates */
 414             dvdl_constr = 0;
 415             constrain(PAR(cr) ? NULL : fplog, TRUE, TRUE, constr, &(*top)->idef,
 416                       ir, NULL, cr, -1, 0, mdatoms,
 417                       ems->s.x, ems->s.x, NULL, fr->bMolPBC, ems->s.box,
 418                       ems->s.lambda[efptFEP], &dvdl_constr,
 419                       NULL, NULL, nrnb, econqCoord, FALSE, 0, 0);
 420         }
 421     }
 422
 423     if (PAR(cr))
 424     {
 425         *gstat = global_stat_init(ir);
 426     }
 427
 428     *outf = init_mdoutf(fplog, nfile, fnm, 0, cr, ir, top_global, NULL);
 429
 430     snew(*enerd, 1);
 431     init_enerdata(top_global->groups.grps[egcENER].nr, ir->fepvals->n_lambda,
 432                   *enerd);
 433
 434     if (mdebin != NULL)
 435     {
 436         /* Init bin for energy stuff */
 437         *mdebin = init_mdebin(mdoutf_get_fp_ene(*outf), top_global, ir, NULL);
 438     }
 439
 440     clear_rvec(mu_tot);
 441     calc_shifts(ems->s.box, fr->shift_vec);
 442 }
 443
 444 static void finish_em(t_commrec *cr, gmx_mdoutf_t outf,
 445                       gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting,
 446                       gmx_wallcycle_t wcycle)
 447 {
 448     if (!(cr->duty & DUTY_PME))
 449     {
 450         /* Tell the PME only node to finish */
 451         gmx_pme_send_finish(cr);
 452     }
 453
 454     done_mdoutf(outf);
 455
 456     em_time_end(walltime_accounting, wcycle);
 457 }
 458
 459 static void swap_em_state(em_state_t *ems1, em_state_t *ems2)
 460 {
 461     em_state_t tmp;
 462
 463     tmp   = *ems1;
 464     *ems1 = *ems2;
 465     *ems2 = tmp;
 466 }
 467
 468 static void copy_em_coords(em_state_t *ems, t_state *state)
 469 {
 470     int i;
 471
 472     for (i = 0; (i < state->natoms); i++)
 473     {
 474         copy_rvec(ems->s.x[i], state->x[i]);
 475     }
 476 }
 477
 478 static void write_em_traj(FILE *fplog, t_commrec *cr,
 479                           gmx_mdoutf_t outf,
 480                           gmx_bool bX, gmx_bool bF, const char *confout,
 481                           gmx_mtop_t *top_global,
 482                           t_inputrec *ir, gmx_int64_t step,
 483                           em_state_t *state,
 484                           t_state *state_global, rvec *f_global)
 485 {
 486     int      mdof_flags;
 487     gmx_bool bIMDout = FALSE;
 488
 489
 490     /* Shall we do IMD output? */
 491     if (ir->bIMD)
 492     {
 493         bIMDout = do_per_step(step, IMD_get_step(ir->imd->setup));
 494     }
 495
 496     if ((bX || bF || bIMDout || confout != NULL) && !DOMAINDECOMP(cr))
 497     {
 498         copy_em_coords(state, state_global);
 499         f_global = state->f;
 500     }
 501
 502     mdof_flags = 0;
 503     if (bX)
 504     {
 505         mdof_flags |= MDOF_X;
 506     }
 507     if (bF)
 508     {
 509         mdof_flags |= MDOF_F;
 510     }
 511
 512     /* If we want IMD output, set appropriate MDOF flag */
 513     if (ir->bIMD)
 514     {
 515         mdof_flags |= MDOF_IMD;
 516     }
 517
 518     mdoutf_write_to_trajectory_files(fplog, cr, outf, mdof_flags,
 519                                      top_global, step, (double)step,
 520                                      &state->s, state_global, state->f, f_global);
 521
 522     if (confout != NULL && MASTER(cr))
 523     {
 524         if (ir->ePBC != epbcNONE && !ir->bPeriodicMols && DOMAINDECOMP(cr))
 525         {
 526             /* Make molecules whole only for confout writing */
 527             do_pbc_mtop(fplog, ir->ePBC, state_global->box, top_global,
 528                         state_global->x);
 529         }
 530
 531         write_sto_conf_mtop(confout,
 532                             *top_global->name, top_global,
 533                             state_global->x, NULL, ir->ePBC, state_global->box);
 534     }
 535 }
 536
 537 static void do_em_step(t_commrec *cr, t_inputrec *ir, t_mdatoms *md,
 538                        gmx_bool bMolPBC,
 539                        em_state_t *ems1, real a, rvec *f, em_state_t *ems2,
 540                        gmx_constr_t constr, gmx_localtop_t *top,
 541                        t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
 542                        gmx_int64_t count)
 543
 544 {
 545     t_state *s1, *s2;
 546     int      i;
 547     int      start, end;
 548     rvec    *x1, *x2;
 549     real     dvdl_constr;
 550
 551     s1 = &ems1->s;
 552     s2 = &ems2->s;
 553
 554     if (DOMAINDECOMP(cr) && s1->ddp_count != cr->dd->ddp_count)
 555     {
 556         gmx_incons("state mismatch in do_em_step");
 557     }
 558
 559     s2->flags = s1->flags;
 560
 561     if (s2->nalloc != s1->nalloc)
 562     {
 563         s2->nalloc = s1->nalloc;
 564         srenew(s2->x, s1->nalloc);
 565         srenew(ems2->f,  s1->nalloc);
 566         if (s2->flags & (1<<estCGP))
 567         {
 568             srenew(s2->cg_p,  s1->nalloc);
 569         }
 570     }
 571
 572     s2->natoms = s1->natoms;
 573     copy_mat(s1->box, s2->box);
 574     /* Copy free energy state */
 575     for (i = 0; i < efptNR; i++)
 576     {
 577         s2->lambda[i] = s1->lambda[i];
 578     }
 579     copy_mat(s1->box, s2->box);
 580
 581     start = 0;
 582     end   = md->homenr;
 583
 584     x1 = s1->x;
 585     x2 = s2->x;
 586
 587 #pragma omp parallel num_threads(gmx_omp_nthreads_get(emntUpdate))
 588     {
 589         int gf, i, m;
 590
 591         gf = 0;
 592 #pragma omp for schedule(static) nowait
 593         for (i = start; i < end; i++)
 594         {
 595             if (md->cFREEZE)
 596             {
 597                 gf = md->cFREEZE[i];
 598             }
 599             for (m = 0; m < DIM; m++)
 600             {
 601                 if (ir->opts.nFreeze[gf][m])
 602                 {
 603                     x2[i][m] = x1[i][m];
 604                 }
 605                 else
 606                 {
 607                     x2[i][m] = x1[i][m] + a*f[i][m];
 608                 }
 609             }
 610         }
 611
 612         if (s2->flags & (1<<estCGP))
 613         {
 614             /* Copy the CG p vector */
 615             x1 = s1->cg_p;
 616             x2 = s2->cg_p;
 617 #pragma omp for schedule(static) nowait
 618             for (i = start; i < end; i++)
 619             {
 620                 copy_rvec(x1[i], x2[i]);
 621             }
 622         }
 623
 624         if (DOMAINDECOMP(cr))
 625         {
 626             s2->ddp_count = s1->ddp_count;
 627             if (s2->cg_gl_nalloc < s1->cg_gl_nalloc)
 628             {
 629 #pragma omp barrier
 630                 s2->cg_gl_nalloc = s1->cg_gl_nalloc;
 631                 srenew(s2->cg_gl, s2->cg_gl_nalloc);
 632 #pragma omp barrier
 633             }
 634             s2->ncg_gl = s1->ncg_gl;
 635 #pragma omp for schedule(static) nowait
 636             for (i = 0; i < s2->ncg_gl; i++)
 637             {
 638                 s2->cg_gl[i] = s1->cg_gl[i];
 639             }
 640             s2->ddp_count_cg_gl = s1->ddp_count_cg_gl;
 641         }
 642     }
 643
 644     if (constr)
 645     {
 646         wallcycle_start(wcycle, ewcCONSTR);
 647         dvdl_constr = 0;
 648         constrain(NULL, TRUE, TRUE, constr, &top->idef,
 649                   ir, NULL, cr, count, 0, md,
 650                   s1->x, s2->x, NULL, bMolPBC, s2->box,
 651                   s2->lambda[efptBONDED], &dvdl_constr,
 652                   NULL, NULL, nrnb, econqCoord, FALSE, 0, 0);
 653         wallcycle_stop(wcycle, ewcCONSTR);
 654     }
 655 }
 656
 657 static void em_dd_partition_system(FILE *fplog, int step, t_commrec *cr,
 658                                    gmx_mtop_t *top_global, t_inputrec *ir,
 659                                    em_state_t *ems, gmx_localtop_t *top,
 660                                    t_mdatoms *mdatoms, t_forcerec *fr,
 661                                    gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
 662                                    t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle)
 663 {
 664     /* Repartition the domain decomposition */
 665     wallcycle_start(wcycle, ewcDOMDEC);
 666     dd_partition_system(fplog, step, cr, FALSE, 1,
 667                         NULL, top_global, ir,
 668                         &ems->s, &ems->f,
 669                         mdatoms, top, fr, vsite, NULL, constr,
 670                         nrnb, wcycle, FALSE);
 671     dd_store_state(cr->dd, &ems->s);
 672     wallcycle_stop(wcycle, ewcDOMDEC);
 673 }
 674
 675 static void evaluate_energy(FILE *fplog, t_commrec *cr,
 676                             gmx_mtop_t *top_global,
 677                             em_state_t *ems, gmx_localtop_t *top,
 678                             t_inputrec *inputrec,
 679                             t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
 680                             gmx_global_stat_t gstat,
 681                             gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
 682                             t_fcdata *fcd,
 683                             t_graph *graph, t_mdatoms *mdatoms,
 684                             t_forcerec *fr, rvec mu_tot,
 685                             gmx_enerdata_t *enerd, tensor vir, tensor pres,
 686                             gmx_int64_t count, gmx_bool bFirst)
 687 {
 688     real     t;
 689     gmx_bool bNS;
 690     int      nabnsb;
 691     tensor   force_vir, shake_vir, ekin;
 692     real     dvdl_constr, prescorr, enercorr, dvdlcorr;
 693     real     terminate = 0;
 694
 695     /* Set the time to the initial time, the time does not change during EM */
 696     t = inputrec->init_t;
 697
 698     if (bFirst ||
 699         (DOMAINDECOMP(cr) && ems->s.ddp_count < cr->dd->ddp_count))
 700     {
 701         /* This is the first state or an old state used before the last ns */
 702         bNS = TRUE;
 703     }
 704     else
 705     {
 706         bNS = FALSE;
 707         if (inputrec->nstlist > 0)
 708         {
 709             bNS = TRUE;
 710         }
 711         else if (inputrec->nstlist == -1)
 712         {
 713             nabnsb = natoms_beyond_ns_buffer(inputrec, fr, &top->cgs, NULL, ems->s.x);
 714             if (PAR(cr))
 715             {
 716                 gmx_sumi(1, &nabnsb, cr);
 717             }
 718             bNS = (nabnsb > 0);
 719         }
 720     }
 721
 722     if (vsite)
 723     {
 724         construct_vsites(vsite, ems->s.x, 1, NULL,
 725                          top->idef.iparams, top->idef.il,
 726                          fr->ePBC, fr->bMolPBC, cr, ems->s.box);
 727     }
 728
 729     if (DOMAINDECOMP(cr) && bNS)
 730     {
 731         /* Repartition the domain decomposition */
 732         em_dd_partition_system(fplog, count, cr, top_global, inputrec,
 733                                ems, top, mdatoms, fr, vsite, constr,
 734                                nrnb, wcycle);
 735     }
 736
 737     /* Calc force & energy on new trial position  */
 738     /* do_force always puts the charge groups in the box and shifts again
 739      * We do not unshift, so molecules are always whole in congrad.c
 740      */
 741     do_force(fplog, cr, inputrec,
 742              count, nrnb, wcycle, top, &top_global->groups,
 743              ems->s.box, ems->s.x, &ems->s.hist,
 744              ems->f, force_vir, mdatoms, enerd, fcd,
 745              ems->s.lambda, graph, fr, vsite, mu_tot, t, NULL, NULL, TRUE,
 746              GMX_FORCE_STATECHANGED | GMX_FORCE_ALLFORCES |
 747              GMX_FORCE_VIRIAL | GMX_FORCE_ENERGY |
 748              (bNS ? GMX_FORCE_NS | GMX_FORCE_DO_LR : 0));
 749
 750     /* Clear the unused shake virial and pressure */
 751     clear_mat(shake_vir);
 752     clear_mat(pres);
 753
 754     /* Communicate stuff when parallel */
 755     if (PAR(cr) && inputrec->eI != eiNM)
 756     {
 757         wallcycle_start(wcycle, ewcMoveE);
 758
 759         global_stat(fplog, gstat, cr, enerd, force_vir, shake_vir, mu_tot,
 760                     inputrec, NULL, NULL, NULL, 1, &terminate,
 761                     top_global, &ems->s, FALSE,
 762                     CGLO_ENERGY |
 763                     CGLO_PRESSURE |
 764                     CGLO_CONSTRAINT |
 765                     CGLO_FIRSTITERATE);
 766
 767         wallcycle_stop(wcycle, ewcMoveE);
 768     }
 769
 770     /* Calculate long range corrections to pressure and energy */
 771     calc_dispcorr(fplog, inputrec, fr, count, top_global->natoms, ems->s.box, ems->s.lambda[efptVDW],
 772                   pres, force_vir, &prescorr, &enercorr, &dvdlcorr);
 773     enerd->term[F_DISPCORR] = enercorr;
 774     enerd->term[F_EPOT]    += enercorr;
 775     enerd->term[F_PRES]    += prescorr;
 776     enerd->term[F_DVDL]    += dvdlcorr;
 777
 778     ems->epot = enerd->term[F_EPOT];
 779
 780     if (constr)
 781     {
 782         /* Project out the constraint components of the force */
 783         wallcycle_start(wcycle, ewcCONSTR);
 784         dvdl_constr = 0;
 785         constrain(NULL, FALSE, FALSE, constr, &top->idef,
 786                   inputrec, NULL, cr, count, 0, mdatoms,
 787                   ems->s.x, ems->f, ems->f, fr->bMolPBC, ems->s.box,
 788                   ems->s.lambda[efptBONDED], &dvdl_constr,
 789                   NULL, &shake_vir, nrnb, econqForceDispl, FALSE, 0, 0);
 790         if (fr->bSepDVDL && fplog)
 791         {
 792             gmx_print_sepdvdl(fplog, "Constraints", t, dvdl_constr);
 793         }
 794         enerd->term[F_DVDL_CONSTR] += dvdl_constr;
 795         m_add(force_vir, shake_vir, vir);
 796         wallcycle_stop(wcycle, ewcCONSTR);
 797     }
 798     else
 799     {
 800         copy_mat(force_vir, vir);
 801     }
 802
 803     clear_mat(ekin);
 804     enerd->term[F_PRES] =
 805         calc_pres(fr->ePBC, inputrec->nwall, ems->s.box, ekin, vir, pres);
 806
 807     sum_dhdl(enerd, ems->s.lambda, inputrec->fepvals);
 808
 809     if (EI_ENERGY_MINIMIZATION(inputrec->eI))
 810     {
 811         get_state_f_norm_max(cr, &(inputrec->opts), mdatoms, ems);
 812     }
 813 }
 814
 815 static double reorder_partsum(t_commrec *cr, t_grpopts *opts, t_mdatoms *mdatoms,
 816                               gmx_mtop_t *mtop,
 817                               em_state_t *s_min, em_state_t *s_b)
 818 {
 819     rvec          *fm, *fb, *fmg;
 820     t_block       *cgs_gl;
 821     int            ncg, *cg_gl, *index, c, cg, i, a0, a1, a, gf, m;
 822     double         partsum;
 823     unsigned char *grpnrFREEZE;
 824
 825     if (debug)
 826     {
 827         fprintf(debug, "Doing reorder_partsum\n");
 828     }
 829
 830     fm = s_min->f;
 831     fb = s_b->f;
 832
 833     cgs_gl = dd_charge_groups_global(cr->dd);
 834     index  = cgs_gl->index;
 835
 836     /* Collect fm in a global vector fmg.
 837      * This conflicts with the spirit of domain decomposition,
 838      * but to fully optimize this a much more complicated algorithm is required.
 839      */
 840     snew(fmg, mtop->natoms);
 841
 842     ncg   = s_min->s.ncg_gl;
 843     cg_gl = s_min->s.cg_gl;
 844     i     = 0;
 845     for (c = 0; c < ncg; c++)
 846     {
 847         cg = cg_gl[c];
 848         a0 = index[cg];
 849         a1 = index[cg+1];
 850         for (a = a0; a < a1; a++)
 851         {
 852             copy_rvec(fm[i], fmg[a]);
 853             i++;
 854         }
 855     }
 856     gmx_sum(mtop->natoms*3, fmg[0], cr);
 857
 858     /* Now we will determine the part of the sum for the cgs in state s_b */
 859     ncg         = s_b->s.ncg_gl;
 860     cg_gl       = s_b->s.cg_gl;
 861     partsum     = 0;
 862     i           = 0;
 863     gf          = 0;
 864     grpnrFREEZE = mtop->groups.grpnr[egcFREEZE];
 865     for (c = 0; c < ncg; c++)
 866     {
 867         cg = cg_gl[c];
 868         a0 = index[cg];
 869         a1 = index[cg+1];
 870         for (a = a0; a < a1; a++)
 871         {
 872             if (mdatoms->cFREEZE && grpnrFREEZE)
 873             {
 874                 gf = grpnrFREEZE[i];
 875             }
 876             for (m = 0; m < DIM; m++)
 877             {
 878                 if (!opts->nFreeze[gf][m])
 879                 {
 880                     partsum += (fb[i][m] - fmg[a][m])*fb[i][m];
 881                 }
 882             }
 883             i++;
 884         }
 885     }
 886
 887     sfree(fmg);
 888
 889     return partsum;
 890 }
 891
 892 static real pr_beta(t_commrec *cr, t_grpopts *opts, t_mdatoms *mdatoms,
 893                     gmx_mtop_t *mtop,
 894                     em_state_t *s_min, em_state_t *s_b)
 895 {
 896     rvec  *fm, *fb;
 897     double sum;
 898     int    gf, i, m;
 899
 900     /* This is just the classical Polak-Ribiere calculation of beta;
 901      * it looks a bit complicated since we take freeze groups into account,
 902      * and might have to sum it in parallel runs.
 903      */
 904
 905     if (!DOMAINDECOMP(cr) ||
 906         (s_min->s.ddp_count == cr->dd->ddp_count &&
 907          s_b->s.ddp_count   == cr->dd->ddp_count))
 908     {
 909         fm  = s_min->f;
 910         fb  = s_b->f;
 911         sum = 0;
 912         gf  = 0;
 913         /* This part of code can be incorrect with DD,
 914          * since the atom ordering in s_b and s_min might differ.
 915          */
 916         for (i = 0; i < mdatoms->homenr; i++)
 917         {
 918             if (mdatoms->cFREEZE)
 919             {
 920                 gf = mdatoms->cFREEZE[i];
 921             }
 922             for (m = 0; m < DIM; m++)
 923             {
 924                 if (!opts->nFreeze[gf][m])
 925                 {
 926                     sum += (fb[i][m] - fm[i][m])*fb[i][m];
 927                 }
 928             }
 929         }
 930     }
 931     else
 932     {
 933         /* We need to reorder cgs while summing */
 934         sum = reorder_partsum(cr, opts, mdatoms, mtop, s_min, s_b);
 935     }
 936     if (PAR(cr))
 937     {
 938         gmx_sumd(1, &sum, cr);
 939     }
 940
 941     return sum/sqr(s_min->fnorm);
 942 }
 943
 944 double do_cg(FILE *fplog, t_commrec *cr,
 945              int nfile, const t_filenm fnm[],
 946              const output_env_t gmx_unused oenv, gmx_bool bVerbose, gmx_bool gmx_unused bCompact,
 947              int gmx_unused nstglobalcomm,
 948              gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
 949              int gmx_unused stepout,
 950              t_inputrec *inputrec,
 951              gmx_mtop_t *top_global, t_fcdata *fcd,
 952              t_state *state_global,
 953              t_mdatoms *mdatoms,
 954              t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
 955              gmx_edsam_t gmx_unused ed,
 956              t_forcerec *fr,
 957              int gmx_unused repl_ex_nst, int gmx_unused repl_ex_nex, int gmx_unused repl_ex_seed,
 958              gmx_membed_t gmx_unused membed,
 959              real gmx_unused cpt_period, real gmx_unused max_hours,
 960              const char gmx_unused *deviceOptions,
 961              int imdport,
 962              unsigned long gmx_unused Flags,
 963              gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting)
 964 {
 965     const char       *CG = "Polak-Ribiere Conjugate Gradients";
 966
 967     em_state_t       *s_min, *s_a, *s_b, *s_c;
 968     gmx_localtop_t   *top;
 969     gmx_enerdata_t   *enerd;
 970     rvec             *f;
 971     gmx_global_stat_t gstat;
 972     t_graph          *graph;
 973     rvec             *f_global, *p, *sf, *sfm;
 974     double            gpa, gpb, gpc, tmp, sum[2], minstep;
 975     real              fnormn;
 976     real              stepsize;
 977     real              a, b, c, beta = 0.0;
 978     real              epot_repl = 0;
 979     real              pnorm;
 980     t_mdebin         *mdebin;
 981     gmx_bool          converged, foundlower;
 982     rvec              mu_tot;
 983     gmx_bool          do_log = FALSE, do_ene = FALSE, do_x, do_f;
 984     tensor            vir, pres;
 985     int               number_steps, neval = 0, nstcg = inputrec->nstcgsteep;
 986     gmx_mdoutf_t      outf;
 987     int               i, m, gf, step, nminstep;
 988     real              terminate = 0;
 989
 990     step = 0;
 991
 992     s_min = init_em_state();
 993     s_a   = init_em_state();
 994     s_b   = init_em_state();
 995     s_c   = init_em_state();
 996
 997     /* Init em and store the local state in s_min */
 998     init_em(fplog, CG, cr, inputrec,
 999             state_global, top_global, s_min, &top, &f, &f_global,
1000             nrnb, mu_tot, fr, &enerd, &graph, mdatoms, &gstat, vsite, constr,
1001             nfile, fnm, &outf, &mdebin, imdport, Flags);
1002
1003     /* Print to log file */
1004     print_em_start(fplog, cr, walltime_accounting, wcycle, CG);
1005
1006     /* Max number of steps */
1007     number_steps = inputrec->nsteps;
1008
1009     if (MASTER(cr))
1010     {
1011         sp_header(stderr, CG, inputrec->em_tol, number_steps);
1012     }
1013     if (fplog)
1014     {
1015         sp_header(fplog, CG, inputrec->em_tol, number_steps);
1016     }
1017
1018     /* Call the force routine and some auxiliary (neighboursearching etc.) */
1019     /* do_force always puts the charge groups in the box and shifts again
1020      * We do not unshift, so molecules are always whole in congrad.c
1021      */
1022     evaluate_energy(fplog, cr,
1023                     top_global, s_min, top,
1024                     inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
1025                     vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
1026                     mu_tot, enerd, vir, pres, -1, TRUE);
1027     where();
1028
1029     if (MASTER(cr))
1030     {
1031         /* Copy stuff to the energy bin for easy printing etc. */
1032         upd_mdebin(mdebin, FALSE, FALSE, (double)step,
1033                    mdatoms->tmass, enerd, &s_min->s, inputrec->fepvals, inputrec->expandedvals, s_min->s.box,
1034                    NULL, NULL, vir, pres, NULL, mu_tot, constr);
1035
1036         print_ebin_header(fplog, step, step, s_min->s.lambda[efptFEP]);
1037         print_ebin(mdoutf_get_fp_ene(outf), TRUE, FALSE, FALSE, fplog, step, step, eprNORMAL,
1038                    TRUE, mdebin, fcd, &(top_global->groups), &(inputrec->opts));
1039     }
1040     where();
1041
1042     /* Estimate/guess the initial stepsize */
1043     stepsize = inputrec->em_stepsize/s_min->fnorm;
1044
1045     if (MASTER(cr))
1046     {
1047         fprintf(stderr, "   F-max             = %12.5e on atom %d\n",
1048                 s_min->fmax, s_min->a_fmax+1);
1049         fprintf(stderr, "   F-Norm            = %12.5e\n",
1050                 s_min->fnorm/sqrt(state_global->natoms));
1051         fprintf(stderr, "\n");
1052         /* and copy to the log file too... */
1053         fprintf(fplog, "   F-max             = %12.5e on atom %d\n",
1054                 s_min->fmax, s_min->a_fmax+1);
1055         fprintf(fplog, "   F-Norm            = %12.5e\n",
1056                 s_min->fnorm/sqrt(state_global->natoms));
1057         fprintf(fplog, "\n");
1058     }
1059     /* Start the loop over CG steps.
1060      * Each successful step is counted, and we continue until
1061      * we either converge or reach the max number of steps.
1062      */
1063     converged = FALSE;
1064     for (step = 0; (number_steps < 0 || (number_steps >= 0 && step <= number_steps)) && !converged; step++)
1065     {
1066
1067         /* start taking steps in a new direction
1068          * First time we enter the routine, beta=0, and the direction is
1069          * simply the negative gradient.
1070          */
1071
1072         /* Calculate the new direction in p, and the gradient in this direction, gpa */
1073         p   = s_min->s.cg_p;
1074         sf  = s_min->f;
1075         gpa = 0;
1076         gf  = 0;
1077         for (i = 0; i < mdatoms->homenr; i++)
1078         {
1079             if (mdatoms->cFREEZE)
1080             {
1081                 gf = mdatoms->cFREEZE[i];
1082             }
1083             for (m = 0; m < DIM; m++)
1084             {
1085                 if (!inputrec->opts.nFreeze[gf][m])
1086                 {
1087                     p[i][m] = sf[i][m] + beta*p[i][m];
1088                     gpa    -= p[i][m]*sf[i][m];
1089                     /* f is negative gradient, thus the sign */
1090                 }
1091                 else
1092                 {
1093                     p[i][m] = 0;
1094                 }
1095             }
1096         }
1097
1098         /* Sum the gradient along the line across CPUs */
1099         if (PAR(cr))
1100         {
1101             gmx_sumd(1, &gpa, cr);
1102         }
1103
1104         /* Calculate the norm of the search vector */
1105         get_f_norm_max(cr, &(inputrec->opts), mdatoms, p, &pnorm, NULL, NULL);
1106
1107         /* Just in case stepsize reaches zero due to numerical precision... */
1108         if (stepsize <= 0)
1109         {
1110             stepsize = inputrec->em_stepsize/pnorm;
1111         }
1112
1113         /*
1114          * Double check the value of the derivative in the search direction.
1115          * If it is positive it must be due to the old information in the
1116          * CG formula, so just remove that and start over with beta=0.
1117          * This corresponds to a steepest descent step.
1118          */
1119         if (gpa > 0)
1120         {
1121             beta = 0;
1122             step--;   /* Don't count this step since we are restarting */
1123             continue; /* Go back to the beginning of the big for-loop */
1124         }
1125
1126         /* Calculate minimum allowed stepsize, before the average (norm)
1127          * relative change in coordinate is smaller than precision
1128          */
1129         minstep = 0;
1130         for (i = 0; i < mdatoms->homenr; i++)
1131         {
1132             for (m = 0; m < DIM; m++)
1133             {
1134                 tmp = fabs(s_min->s.x[i][m]);
1135                 if (tmp < 1.0)
1136                 {
1137                     tmp = 1.0;
1138                 }
1139                 tmp      = p[i][m]/tmp;
1140                 minstep += tmp*tmp;
1141             }
1142         }
1143         /* Add up from all CPUs */
1144         if (PAR(cr))
1145         {
1146             gmx_sumd(1, &minstep, cr);
1147         }
1148
1149         minstep = GMX_REAL_EPS/sqrt(minstep/(3*state_global->natoms));
1150
1151         if (stepsize < minstep)
1152         {
1153             converged = TRUE;
1154             break;
1155         }
1156
1157         /* Write coordinates if necessary */
1158         do_x = do_per_step(step, inputrec->nstxout);
1159         do_f = do_per_step(step, inputrec->nstfout);
1160
1161         write_em_traj(fplog, cr, outf, do_x, do_f, NULL,
1162                       top_global, inputrec, step,
1163                       s_min, state_global, f_global);
1164
1165         /* Take a step downhill.
1166          * In theory, we should minimize the function along this direction.
1167          * That is quite possible, but it turns out to take 5-10 function evaluations
1168          * for each line. However, we dont really need to find the exact minimum -
1169          * it is much better to start a new CG step in a modified direction as soon
1170          * as we are close to it. This will save a lot of energy evaluations.
1171          *
1172          * In practice, we just try to take a single step.
1173          * If it worked (i.e. lowered the energy), we increase the stepsize but
1174          * the continue straight to the next CG step without trying to find any minimum.
1175          * If it didn't work (higher energy), there must be a minimum somewhere between
1176          * the old position and the new one.
1177          *
1178          * Due to the finite numerical accuracy, it turns out that it is a good idea
1179          * to even accept a SMALL increase in energy, if the derivative is still downhill.
1180          * This leads to lower final energies in the tests I've done. / Erik
1181          */
1182         s_a->epot = s_min->epot;
1183         a         = 0.0;
1184         c         = a + stepsize; /* reference position along line is zero */
1185
1186         if (DOMAINDECOMP(cr) && s_min->s.ddp_count < cr->dd->ddp_count)
1187         {
1188             em_dd_partition_system(fplog, step, cr, top_global, inputrec,
1189                                    s_min, top, mdatoms, fr, vsite, constr,
1190                                    nrnb, wcycle);
1191         }
1192
1193         /* Take a trial step (new coords in s_c) */
1194         do_em_step(cr, inputrec, mdatoms, fr->bMolPBC, s_min, c, s_min->s.cg_p, s_c,
1195                    constr, top, nrnb, wcycle, -1);
1196
1197         neval++;
1198         /* Calculate energy for the trial step */
1199         evaluate_energy(fplog, cr,
1200                         top_global, s_c, top,
1201                         inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
1202                         vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
1203                         mu_tot, enerd, vir, pres, -1, FALSE);
1204
1205         /* Calc derivative along line */
1206         p   = s_c->s.cg_p;
1207         sf  = s_c->f;
1208         gpc = 0;
1209         for (i = 0; i < mdatoms->homenr; i++)
1210         {
1211             for (m = 0; m < DIM; m++)
1212             {
1213                 gpc -= p[i][m]*sf[i][m]; /* f is negative gradient, thus the sign */
1214             }
1215         }
1216         /* Sum the gradient along the line across CPUs */
1217         if (PAR(cr))
1218         {
1219             gmx_sumd(1, &gpc, cr);
1220         }
1221
1222         /* This is the max amount of increase in energy we tolerate */
1223         tmp = sqrt(GMX_REAL_EPS)*fabs(s_a->epot);
1224
1225         /* Accept the step if the energy is lower, or if it is not significantly higher
1226          * and the line derivative is still negative.
1227          */
1228         if (s_c->epot < s_a->epot || (gpc < 0 && s_c->epot < (s_a->epot + tmp)))
1229         {
1230             foundlower = TRUE;
1231             /* Great, we found a better energy. Increase step for next iteration
1232              * if we are still going down, decrease it otherwise
1233              */
1234             if (gpc < 0)
1235             {
1236                 stepsize *= 1.618034; /* The golden section */
1237             }
1238             else
1239             {
1240                 stepsize *= 0.618034; /* 1/golden section */
1241             }
1242         }
1243         else
1244         {
1245             /* New energy is the same or higher. We will have to do some work
1246              * to find a smaller value in the interval. Take smaller step next time!
1247              */
1248             foundlower = FALSE;
1249             stepsize  *= 0.618034;
1250         }
1251
1252
1253
1254
1255         /* OK, if we didn't find a lower value we will have to locate one now - there must
1256          * be one in the interval [a=0,c].
1257          * The same thing is valid here, though: Don't spend dozens of iterations to find
1258          * the line minimum. We try to interpolate based on the derivative at the endpoints,
1259          * and only continue until we find a lower value. In most cases this means 1-2 iterations.
1260          *
1261          * I also have a safeguard for potentially really patological functions so we never
1262          * take more than 20 steps before we give up ...
1263          *
1264          * If we already found a lower value we just skip this step and continue to the update.
1265          */
1266         if (!foundlower)
1267         {
1268             nminstep = 0;
1269
1270             do
1271             {
1272                 /* Select a new trial point.
1273                  * If the derivatives at points a & c have different sign we interpolate to zero,
1274                  * otherwise just do a bisection.
1275                  */
1276                 if (gpa < 0 && gpc > 0)
1277                 {
1278                     b = a + gpa*(a-c)/(gpc-gpa);
1279                 }
1280                 else
1281                 {
1282                     b = 0.5*(a+c);
1283                 }
1284
1285                 /* safeguard if interpolation close to machine accuracy causes errors:
1286                  * never go outside the interval
1287                  */
1288                 if (b <= a || b >= c)
1289                 {
1290                     b = 0.5*(a+c);
1291                 }
1292
1293                 if (DOMAINDECOMP(cr) && s_min->s.ddp_count != cr->dd->ddp_count)
1294                 {
1295                     /* Reload the old state */
1296                     em_dd_partition_system(fplog, -1, cr, top_global, inputrec,
1297                                            s_min, top, mdatoms, fr, vsite, constr,
1298                                            nrnb, wcycle);
1299                 }
1300
1301                 /* Take a trial step to this new point - new coords in s_b */
1302                 do_em_step(cr, inputrec, mdatoms, fr->bMolPBC, s_min, b, s_min->s.cg_p, s_b,
1303                            constr, top, nrnb, wcycle, -1);
1304
1305                 neval++;
1306                 /* Calculate energy for the trial step */
1307                 evaluate_energy(fplog, cr,
1308                                 top_global, s_b, top,
1309                                 inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
1310                                 vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
1311                                 mu_tot, enerd, vir, pres, -1, FALSE);
1312
1313                 /* p does not change within a step, but since the domain decomposition
1314                  * might change, we have to use cg_p of s_b here.
1315                  */
1316                 p   = s_b->s.cg_p;
1317                 sf  = s_b->f;
1318                 gpb = 0;
1319                 for (i = 0; i < mdatoms->homenr; i++)
1320                 {
1321                     for (m = 0; m < DIM; m++)
1322                     {
1323                         gpb -= p[i][m]*sf[i][m]; /* f is negative gradient, thus the sign */
1324                     }
1325                 }
1326                 /* Sum the gradient along the line across CPUs */
1327                 if (PAR(cr))
1328                 {
1329                     gmx_sumd(1, &gpb, cr);
1330                 }
1331
1332                 if (debug)
1333                 {
1334                     fprintf(debug, "CGE: EpotA %f EpotB %f EpotC %f gpb %f\n",
1335                             s_a->epot, s_b->epot, s_c->epot, gpb);
1336                 }
1337
1338                 epot_repl = s_b->epot;
1339
1340                 /* Keep one of the intervals based on the value of the derivative at the new point */
1341                 if (gpb > 0)
1342                 {
1343                     /* Replace c endpoint with b */
1344                     swap_em_state(s_b, s_c);
1345                     c   = b;
1346                     gpc = gpb;
1347                 }
1348                 else
1349                 {
1350                     /* Replace a endpoint with b */
1351                     swap_em_state(s_b, s_a);
1352                     a   = b;
1353                     gpa = gpb;
1354                 }
1355
1356                 /*
1357                  * Stop search as soon as we find a value smaller than the endpoints.
1358                  * Never run more than 20 steps, no matter what.
1359                  */
1360                 nminstep++;
1361             }
1362             while ((epot_repl > s_a->epot || epot_repl > s_c->epot) &&
1363                    (nminstep < 20));
1364
1365             if (fabs(epot_repl - s_min->epot) < fabs(s_min->epot)*GMX_REAL_EPS ||
1366                 nminstep >= 20)
1367             {
1368                 /* OK. We couldn't find a significantly lower energy.
1369                  * If beta==0 this was steepest descent, and then we give up.
1370                  * If not, set beta=0 and restart with steepest descent before quitting.
1371                  */
1372                 if (beta == 0.0)
1373                 {
1374                     /* Converged */
1375                     converged = TRUE;
1376                     break;
1377                 }
1378                 else
1379                 {
1380                     /* Reset memory before giving up */
1381                     beta = 0.0;
1382                     continue;
1383                 }
1384             }
1385
1386             /* Select min energy state of A & C, put the best in B.
1387              */
1388             if (s_c->epot < s_a->epot)
1389             {
1390                 if (debug)
1391                 {
1392                     fprintf(debug, "CGE: C (%f) is lower than A (%f), moving C to B\n",
1393                             s_c->epot, s_a->epot);
1394                 }
1395                 swap_em_state(s_b, s_c);
1396                 gpb = gpc;
1397                 b   = c;
1398             }
1399             else
1400             {
1401                 if (debug)
1402                 {
1403                     fprintf(debug, "CGE: A (%f) is lower than C (%f), moving A to B\n",
1404                             s_a->epot, s_c->epot);
1405                 }
1406                 swap_em_state(s_b, s_a);
1407                 gpb = gpa;
1408                 b   = a;
1409             }
1410
1411         }
1412         else
1413         {
1414             if (debug)
1415             {
1416                 fprintf(debug, "CGE: Found a lower energy %f, moving C to B\n",
1417                         s_c->epot);
1418             }
1419             swap_em_state(s_b, s_c);
1420             gpb = gpc;
1421             b   = c;
1422         }
1423
1424         /* new search direction */
1425         /* beta = 0 means forget all memory and restart with steepest descents. */
1426         if (nstcg && ((step % nstcg) == 0))
1427         {
1428             beta = 0.0;
1429         }
1430         else
1431         {
1432             /* s_min->fnorm cannot be zero, because then we would have converged
1433              * and broken out.
1434              */
1435
1436             /* Polak-Ribiere update.
1437              * Change to fnorm2/fnorm2_old for Fletcher-Reeves
1438              */
1439             beta = pr_beta(cr, &inputrec->opts, mdatoms, top_global, s_min, s_b);
1440         }
1441         /* Limit beta to prevent oscillations */
1442         if (fabs(beta) > 5.0)
1443         {
1444             beta = 0.0;
1445         }
1446
1447
1448         /* update positions */
1449         swap_em_state(s_min, s_b);
1450         gpa = gpb;
1451
1452         /* Print it if necessary */
1453         if (MASTER(cr))
1454         {
1455             if (bVerbose)
1456             {
1457                 fprintf(stderr, "\rStep %d, Epot=%12.6e, Fnorm=%9.3e, Fmax=%9.3e (atom %d)\n",
1458                         step, s_min->epot, s_min->fnorm/sqrt(state_global->natoms),
1459                         s_min->fmax, s_min->a_fmax+1);
1460             }
1461             /* Store the new (lower) energies */
1462             upd_mdebin(mdebin, FALSE, FALSE, (double)step,
1463                        mdatoms->tmass, enerd, &s_min->s, inputrec->fepvals, inputrec->expandedvals, s_min->s.box,
1464                        NULL, NULL, vir, pres, NULL, mu_tot, constr);
1465
1466             do_log = do_per_step(step, inputrec->nstlog);
1467             do_ene = do_per_step(step, inputrec->nstenergy);
1468
1469             /* Prepare IMD energy record, if bIMD is TRUE. */
1470             IMD_fill_energy_record(inputrec->bIMD, inputrec->imd, enerd, step, TRUE);
1471
1472             if (do_log)
1473             {
1474                 print_ebin_header(fplog, step, step, s_min->s.lambda[efptFEP]);
1475             }
1476             print_ebin(mdoutf_get_fp_ene(outf), do_ene, FALSE, FALSE,
1477                        do_log ? fplog : NULL, step, step, eprNORMAL,
1478                        TRUE, mdebin, fcd, &(top_global->groups), &(inputrec->opts));
1479         }
1480
1481         /* Send energies and positions to the IMD client if bIMD is TRUE. */
1482         if (do_IMD(inputrec->bIMD, step, cr, TRUE, state_global->box, state_global->x, inputrec, 0, wcycle) && MASTER(cr))
1483         {
1484             IMD_send_positions(inputrec->imd);
1485         }
1486
1487         /* Stop when the maximum force lies below tolerance.
1488          * If we have reached machine precision, converged is already set to true.
1489          */
1490         converged = converged || (s_min->fmax < inputrec->em_tol);
1491
1492     } /* End of the loop */
1493
1494     /* IMD cleanup, if bIMD is TRUE. */
1495     IMD_finalize(inputrec->bIMD, inputrec->imd);
1496
1497     if (converged)
1498     {
1499         step--; /* we never took that last step in this case */
1500
1501     }
1502     if (s_min->fmax > inputrec->em_tol)
1503     {
1504         if (MASTER(cr))
1505         {
1506             warn_step(stderr, inputrec->em_tol, step-1 == number_steps, FALSE);
1507             warn_step(fplog, inputrec->em_tol, step-1 == number_steps, FALSE);
1508         }
1509         converged = FALSE;
1510     }
1511
1512     if (MASTER(cr))
1513     {
1514         /* If we printed energy and/or logfile last step (which was the last step)
1515          * we don't have to do it again, but otherwise print the final values.
1516          */
1517         if (!do_log)
1518         {
1519             /* Write final value to log since we didn't do anything the last step */
1520             print_ebin_header(fplog, step, step, s_min->s.lambda[efptFEP]);
1521         }
1522         if (!do_ene || !do_log)
1523         {
1524             /* Write final energy file entries */
1525             print_ebin(mdoutf_get_fp_ene(outf), !do_ene, FALSE, FALSE,
1526                        !do_log ? fplog : NULL, step, step, eprNORMAL,
1527                        TRUE, mdebin, fcd, &(top_global->groups), &(inputrec->opts));
1528         }
1529     }
1530
1531     /* Print some stuff... */
1532     if (MASTER(cr))
1533     {
1534         fprintf(stderr, "\nwriting lowest energy coordinates.\n");
1535     }
1536
1537     /* IMPORTANT!
1538      * For accurate normal mode calculation it is imperative that we
1539      * store the last conformation into the full precision binary trajectory.
1540      *
1541      * However, we should only do it if we did NOT already write this step
1542      * above (which we did if do_x or do_f was true).
1543      */
1544     do_x = !do_per_step(step, inputrec->nstxout);
1545     do_f = (inputrec->nstfout > 0 && !do_per_step(step, inputrec->nstfout));
1546
1547     write_em_traj(fplog, cr, outf, do_x, do_f, ftp2fn(efSTO, nfile, fnm),
1548                   top_global, inputrec, step,
1549                   s_min, state_global, f_global);
1550
1551     fnormn = s_min->fnorm/sqrt(state_global->natoms);
1552
1553     if (MASTER(cr))
1554     {
1555         print_converged(stderr, CG, inputrec->em_tol, step, converged, number_steps,
1556                         s_min->epot, s_min->fmax, s_min->a_fmax, fnormn);
1557         print_converged(fplog, CG, inputrec->em_tol, step, converged, number_steps,
1558                         s_min->epot, s_min->fmax, s_min->a_fmax, fnormn);
1559
1560         fprintf(fplog, "\nPerformed %d energy evaluations in total.\n", neval);
1561     }
1562
1563     finish_em(cr, outf, walltime_accounting, wcycle);
1564
1565     /* To print the actual number of steps we needed somewhere */
1566     walltime_accounting_set_nsteps_done(walltime_accounting, step);
1567
1568     return 0;
1569 } /* That's all folks */
1570
1571
1572 double do_lbfgs(FILE *fplog, t_commrec *cr,
1573                 int nfile, const t_filenm fnm[],
1574                 const output_env_t gmx_unused oenv, gmx_bool bVerbose, gmx_bool gmx_unused bCompact,
1575                 int gmx_unused nstglobalcomm,
1576                 gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
1577                 int gmx_unused stepout,
1578                 t_inputrec *inputrec,
1579                 gmx_mtop_t *top_global, t_fcdata *fcd,
1580                 t_state *state,
1581                 t_mdatoms *mdatoms,
1582                 t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
1583                 gmx_edsam_t gmx_unused ed,
1584                 t_forcerec *fr,
1585                 int gmx_unused repl_ex_nst, int gmx_unused repl_ex_nex, int gmx_unused repl_ex_seed,
1586                 gmx_membed_t gmx_unused membed,
1587                 real gmx_unused cpt_period, real gmx_unused max_hours,
1588                 const char gmx_unused *deviceOptions,
1589                 int imdport,
1590                 unsigned long gmx_unused Flags,
1591                 gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting)
1592 {
1593     static const char *LBFGS = "Low-Memory BFGS Minimizer";
1594     em_state_t         ems;
1595     gmx_localtop_t    *top;
1596     gmx_enerdata_t    *enerd;
1597     rvec              *f;
1598     gmx_global_stat_t  gstat;
1599     t_graph           *graph;
1600     rvec              *f_global;
1601     int                ncorr, nmaxcorr, point, cp, neval, nminstep;
1602     double             stepsize, gpa, gpb, gpc, tmp, minstep;
1603     real              *rho, *alpha, *ff, *xx, *p, *s, *lastx, *lastf, **dx, **dg;
1604     real              *xa, *xb, *xc, *fa, *fb, *fc, *xtmp, *ftmp;
1605     real               a, b, c, maxdelta, delta;
1606     real               diag, Epot0, Epot, EpotA, EpotB, EpotC;
1607     real               dgdx, dgdg, sq, yr, beta;
1608     t_mdebin          *mdebin;
1609     gmx_bool           converged, first;
1610     rvec               mu_tot;
1611     real               fnorm, fmax;
1612     gmx_bool           do_log, do_ene, do_x, do_f, foundlower, *frozen;
1613     tensor             vir, pres;
1614     int                start, end, number_steps;
1615     gmx_mdoutf_t       outf;
1616     int                i, k, m, n, nfmax, gf, step;
1617     int                mdof_flags;
1618     /* not used */
1619     real               terminate;
1620
1621     if (PAR(cr))
1622     {
1623         gmx_fatal(FARGS, "Cannot do parallel L-BFGS Minimization - yet.\n");
1624     }
1625
1626     if (NULL != constr)
1627     {
1628         gmx_fatal(FARGS, "The combination of constraints and L-BFGS minimization is not implemented. Either do not use constraints, or use another minimizer (e.g. steepest descent).");
1629     }
1630
1631     n        = 3*state->natoms;
1632     nmaxcorr = inputrec->nbfgscorr;
1633
1634     /* Allocate memory */
1635     /* Use pointers to real so we dont have to loop over both atoms and
1636      * dimensions all the time...
1637      * x/f are allocated as rvec *, so make new x0/f0 pointers-to-real
1638      * that point to the same memory.
1639      */
1640     snew(xa, n);
1641     snew(xb, n);
1642     snew(xc, n);
1643     snew(fa, n);
1644     snew(fb, n);
1645     snew(fc, n);
1646     snew(frozen, n);
1647
1648     snew(p, n);
1649     snew(lastx, n);
1650     snew(lastf, n);
1651     snew(rho, nmaxcorr);
1652     snew(alpha, nmaxcorr);
1653
1654     snew(dx, nmaxcorr);
1655     for (i = 0; i < nmaxcorr; i++)
1656     {
1657         snew(dx[i], n);
1658     }
1659
1660     snew(dg, nmaxcorr);
1661     for (i = 0; i < nmaxcorr; i++)
1662     {
1663         snew(dg[i], n);
1664     }
1665
1666     step  = 0;
1667     neval = 0;
1668
1669     /* Init em */
1670     init_em(fplog, LBFGS, cr, inputrec,
1671             state, top_global, &ems, &top, &f, &f_global,
1672             nrnb, mu_tot, fr, &enerd, &graph, mdatoms, &gstat, vsite, constr,
1673             nfile, fnm, &outf, &mdebin, imdport, Flags);
1674     /* Do_lbfgs is not completely updated like do_steep and do_cg,
1675      * so we free some memory again.
1676      */
1677     sfree(ems.s.x);
1678     sfree(ems.f);
1679
1680     xx = (real *)state->x;
1681     ff = (real *)f;
1682
1683     start = 0;
1684     end   = mdatoms->homenr;
1685
1686     /* Print to log file */
1687     print_em_start(fplog, cr, walltime_accounting, wcycle, LBFGS);
1688
1689     do_log = do_ene = do_x = do_f = TRUE;
1690
1691     /* Max number of steps */
1692     number_steps = inputrec->nsteps;
1693
1694     /* Create a 3*natoms index to tell whether each degree of freedom is frozen */
1695     gf = 0;
1696     for (i = start; i < end; i++)
1697     {
1698         if (mdatoms->cFREEZE)
1699         {
1700             gf = mdatoms->cFREEZE[i];
1701         }
1702         for (m = 0; m < DIM; m++)
1703         {
1704             frozen[3*i+m] = inputrec->opts.nFreeze[gf][m];
1705         }
1706     }
1707     if (MASTER(cr))
1708     {
1709         sp_header(stderr, LBFGS, inputrec->em_tol, number_steps);
1710     }
1711     if (fplog)
1712     {
1713         sp_header(fplog, LBFGS, inputrec->em_tol, number_steps);
1714     }
1715
1716     if (vsite)
1717     {
1718         construct_vsites(vsite, state->x, 1, NULL,
1719                          top->idef.iparams, top->idef.il,
1720                          fr->ePBC, fr->bMolPBC, cr, state->box);
1721     }
1722
1723     /* Call the force routine and some auxiliary (neighboursearching etc.) */
1724     /* do_force always puts the charge groups in the box and shifts again
1725      * We do not unshift, so molecules are always whole
1726      */
1727     neval++;
1728     ems.s.x = state->x;
1729     ems.f   = f;
1730     evaluate_energy(fplog, cr,
1731                     top_global, &ems, top,
1732                     inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
1733                     vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
1734                     mu_tot, enerd, vir, pres, -1, TRUE);
1735     where();
1736
1737     if (MASTER(cr))
1738     {
1739         /* Copy stuff to the energy bin for easy printing etc. */
1740         upd_mdebin(mdebin, FALSE, FALSE, (double)step,
1741                    mdatoms->tmass, enerd, state, inputrec->fepvals, inputrec->expandedvals, state->box,
1742                    NULL, NULL, vir, pres, NULL, mu_tot, constr);
1743
1744         print_ebin_header(fplog, step, step, state->lambda[efptFEP]);
1745         print_ebin(mdoutf_get_fp_ene(outf), TRUE, FALSE, FALSE, fplog, step, step, eprNORMAL,
1746                    TRUE, mdebin, fcd, &(top_global->groups), &(inputrec->opts));
1747     }
1748     where();
1749
1750     /* This is the starting energy */
1751     Epot = enerd->term[F_EPOT];
1752
1753     fnorm = ems.fnorm;
1754     fmax  = ems.fmax;
1755     nfmax = ems.a_fmax;
1756
1757     /* Set the initial step.
1758      * since it will be multiplied by the non-normalized search direction
1759      * vector (force vector the first time), we scale it by the
1760      * norm of the force.
1761      */
1762
1763     if (MASTER(cr))
1764     {
1765         fprintf(stderr, "Using %d BFGS correction steps.\n\n", nmaxcorr);
1766         fprintf(stderr, "   F-max             = %12.5e on atom %d\n", fmax, nfmax+1);
1767         fprintf(stderr, "   F-Norm            = %12.5e\n", fnorm/sqrt(state->natoms));
1768         fprintf(stderr, "\n");
1769         /* and copy to the log file too... */
1770         fprintf(fplog, "Using %d BFGS correction steps.\n\n", nmaxcorr);
1771         fprintf(fplog, "   F-max             = %12.5e on atom %d\n", fmax, nfmax+1);
1772         fprintf(fplog, "   F-Norm            = %12.5e\n", fnorm/sqrt(state->natoms));
1773         fprintf(fplog, "\n");
1774     }
1775
1776     point = 0;
1777     for (i = 0; i < n; i++)
1778     {
1779         if (!frozen[i])
1780         {
1781             dx[point][i] = ff[i]; /* Initial search direction */
1782         }
1783         else
1784         {
1785             dx[point][i] = 0;
1786         }
1787     }
1788
1789     stepsize  = 1.0/fnorm;
1790     converged = FALSE;
1791
1792     /* Start the loop over BFGS steps.
1793      * Each successful step is counted, and we continue until
1794      * we either converge or reach the max number of steps.
1795      */
1796
1797     ncorr = 0;
1798
1799     /* Set the gradient from the force */
1800     converged = FALSE;
1801     for (step = 0; (number_steps < 0 || (number_steps >= 0 && step <= number_steps)) && !converged; step++)
1802     {
1803
1804         /* Write coordinates if necessary */
1805         do_x = do_per_step(step, inputrec->nstxout);
1806         do_f = do_per_step(step, inputrec->nstfout);
1807
1808         mdof_flags = 0;
1809         if (do_x)
1810         {
1811             mdof_flags |= MDOF_X;
1812         }
1813
1814         if (do_f)
1815         {
1816             mdof_flags |= MDOF_F;
1817         }
1818
1819         if (inputrec->bIMD)
1820         {
1821             mdof_flags |= MDOF_IMD;
1822         }
1823
1824         mdoutf_write_to_trajectory_files(fplog, cr, outf, mdof_flags,
1825                                          top_global, step, (real)step, state, state, f, f);
1826
1827         /* Do the linesearching in the direction dx[point][0..(n-1)] */
1828
1829         /* pointer to current direction - point=0 first time here */
1830         s = dx[point];
1831
1832         /* calculate line gradient */
1833         for (gpa = 0, i = 0; i < n; i++)
1834         {
1835             gpa -= s[i]*ff[i];
1836         }
1837
1838         /* Calculate minimum allowed stepsize, before the average (norm)
1839          * relative change in coordinate is smaller than precision
1840          */
1841         for (minstep = 0, i = 0; i < n; i++)
1842         {
1843             tmp = fabs(xx[i]);
1844             if (tmp < 1.0)
1845             {
1846                 tmp = 1.0;
1847             }
1848             tmp      = s[i]/tmp;
1849             minstep += tmp*tmp;
1850         }
1851         minstep = GMX_REAL_EPS/sqrt(minstep/n);
1852
1853         if (stepsize < minstep)
1854         {
1855             converged = TRUE;
1856             break;
1857         }
1858
1859         /* Store old forces and coordinates */
1860         for (i = 0; i < n; i++)
1861         {
1862             lastx[i] = xx[i];
1863             lastf[i] = ff[i];
1864         }
1865         Epot0 = Epot;
1866
1867         first = TRUE;
1868
1869         for (i = 0; i < n; i++)
1870         {
1871             xa[i] = xx[i];
1872         }
1873
1874         /* Take a step downhill.
1875          * In theory, we should minimize the function along this direction.
1876          * That is quite possible, but it turns out to take 5-10 function evaluations
1877          * for each line. However, we dont really need to find the exact minimum -
1878          * it is much better to start a new BFGS step in a modified direction as soon
1879          * as we are close to it. This will save a lot of energy evaluations.
1880          *
1881          * In practice, we just try to take a single step.
1882          * If it worked (i.e. lowered the energy), we increase the stepsize but
1883          * the continue straight to the next BFGS step without trying to find any minimum.
1884          * If it didn't work (higher energy), there must be a minimum somewhere between
1885          * the old position and the new one.
1886          *
1887          * Due to the finite numerical accuracy, it turns out that it is a good idea
1888          * to even accept a SMALL increase in energy, if the derivative is still downhill.
1889          * This leads to lower final energies in the tests I've done. / Erik
1890          */
1891         foundlower = FALSE;
1892         EpotA      = Epot0;
1893         a          = 0.0;
1894         c          = a + stepsize; /* reference position along line is zero */
1895
1896         /* Check stepsize first. We do not allow displacements
1897          * larger than emstep.
1898          */
1899         do
1900         {
1901             c        = a + stepsize;
1902             maxdelta = 0;
1903             for (i = 0; i < n; i++)
1904             {
1905                 delta = c*s[i];
1906                 if (delta > maxdelta)
1907                 {
1908                     maxdelta = delta;
1909                 }
1910             }
1911             if (maxdelta > inputrec->em_stepsize)
1912             {
1913                 stepsize *= 0.1;
1914             }
1915         }
1916         while (maxdelta > inputrec->em_stepsize);
1917
1918         /* Take a trial step */
1919         for (i = 0; i < n; i++)
1920         {
1921             xc[i] = lastx[i] + c*s[i];
1922         }
1923
1924         neval++;
1925         /* Calculate energy for the trial step */
1926         ems.s.x = (rvec *)xc;
1927         ems.f   = (rvec *)fc;
1928         evaluate_energy(fplog, cr,
1929                         top_global, &ems, top,
1930                         inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
1931                         vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
1932                         mu_tot, enerd, vir, pres, step, FALSE);
1933         EpotC = ems.epot;
1934
1935         /* Calc derivative along line */
1936         for (gpc = 0, i = 0; i < n; i++)
1937         {
1938             gpc -= s[i]*fc[i]; /* f is negative gradient, thus the sign */
1939         }
1940         /* Sum the gradient along the line across CPUs */
1941         if (PAR(cr))
1942         {
1943             gmx_sumd(1, &gpc, cr);
1944         }
1945
1946         /* This is the max amount of increase in energy we tolerate */
1947         tmp = sqrt(GMX_REAL_EPS)*fabs(EpotA);
1948
1949         /* Accept the step if the energy is lower, or if it is not significantly higher
1950          * and the line derivative is still negative.
1951          */
1952         if (EpotC < EpotA || (gpc < 0 && EpotC < (EpotA+tmp)))
1953         {
1954             foundlower = TRUE;
1955             /* Great, we found a better energy. Increase step for next iteration
1956              * if we are still going down, decrease it otherwise
1957              */
1958             if (gpc < 0)
1959             {
1960                 stepsize *= 1.618034; /* The golden section */
1961             }
1962             else
1963             {
1964                 stepsize *= 0.618034; /* 1/golden section */
1965             }
1966         }
1967         else
1968         {
1969             /* New energy is the same or higher. We will have to do some work
1970              * to find a smaller value in the interval. Take smaller step next time!
1971              */
1972             foundlower = FALSE;
1973             stepsize  *= 0.618034;
1974         }
1975
1976         /* OK, if we didn't find a lower value we will have to locate one now - there must
1977          * be one in the interval [a=0,c].
1978          * The same thing is valid here, though: Don't spend dozens of iterations to find
1979          * the line minimum. We try to interpolate based on the derivative at the endpoints,
1980          * and only continue until we find a lower value. In most cases this means 1-2 iterations.
1981          *
1982          * I also have a safeguard for potentially really patological functions so we never
1983          * take more than 20 steps before we give up ...
1984          *
1985          * If we already found a lower value we just skip this step and continue to the update.
1986          */
1987
1988         if (!foundlower)
1989         {
1990
1991             nminstep = 0;
1992             do
1993             {
1994                 /* Select a new trial point.
1995                  * If the derivatives at points a & c have different sign we interpolate to zero,
1996                  * otherwise just do a bisection.
1997                  */
1998
1999                 if (gpa < 0 && gpc > 0)
2000                 {
2001                     b = a + gpa*(a-c)/(gpc-gpa);
2002                 }
2003                 else
2004                 {
2005                     b = 0.5*(a+c);
2006                 }
2007
2008                 /* safeguard if interpolation close to machine accuracy causes errors:
2009                  * never go outside the interval
2010                  */
2011                 if (b <= a || b >= c)
2012                 {
2013                     b = 0.5*(a+c);
2014                 }
2015
2016                 /* Take a trial step */
2017                 for (i = 0; i < n; i++)
2018                 {
2019                     xb[i] = lastx[i] + b*s[i];
2020                 }
2021
2022                 neval++;
2023                 /* Calculate energy for the trial step */
2024                 ems.s.x = (rvec *)xb;
2025                 ems.f   = (rvec *)fb;
2026                 evaluate_energy(fplog, cr,
2027                                 top_global, &ems, top,
2028                                 inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
2029                                 vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
2030                                 mu_tot, enerd, vir, pres, step, FALSE);
2031                 EpotB = ems.epot;
2032
2033                 fnorm = ems.fnorm;
2034
2035                 for (gpb = 0, i = 0; i < n; i++)
2036                 {
2037                     gpb -= s[i]*fb[i]; /* f is negative gradient, thus the sign */
2038
2039                 }
2040                 /* Sum the gradient along the line across CPUs */
2041                 if (PAR(cr))
2042                 {
2043                     gmx_sumd(1, &gpb, cr);
2044                 }
2045
2046                 /* Keep one of the intervals based on the value of the derivative at the new point */
2047                 if (gpb > 0)
2048                 {
2049                     /* Replace c endpoint with b */
2050                     EpotC = EpotB;
2051                     c     = b;
2052                     gpc   = gpb;
2053                     /* swap coord pointers b/c */
2054                     xtmp = xb;
2055                     ftmp = fb;
2056                     xb   = xc;
2057                     fb   = fc;
2058                     xc   = xtmp;
2059                     fc   = ftmp;
2060                 }
2061                 else
2062                 {
2063                     /* Replace a endpoint with b */
2064                     EpotA = EpotB;
2065                     a     = b;
2066                     gpa   = gpb;
2067                     /* swap coord pointers a/b */
2068                     xtmp = xb;
2069                     ftmp = fb;
2070                     xb   = xa;
2071                     fb   = fa;
2072                     xa   = xtmp;
2073                     fa   = ftmp;
2074                 }
2075
2076                 /*
2077                  * Stop search as soon as we find a value smaller than the endpoints,
2078                  * or if the tolerance is below machine precision.
2079                  * Never run more than 20 steps, no matter what.
2080                  */
2081                 nminstep++;
2082             }
2083             while ((EpotB > EpotA || EpotB > EpotC) && (nminstep < 20));
2084
2085             if (fabs(EpotB-Epot0) < GMX_REAL_EPS || nminstep >= 20)
2086             {
2087                 /* OK. We couldn't find a significantly lower energy.
2088                  * If ncorr==0 this was steepest descent, and then we give up.
2089                  * If not, reset memory to restart as steepest descent before quitting.
2090                  */
2091                 if (ncorr == 0)
2092                 {
2093                     /* Converged */
2094                     converged = TRUE;
2095                     break;
2096                 }
2097                 else
2098                 {
2099                     /* Reset memory */
2100                     ncorr = 0;
2101                     /* Search in gradient direction */
2102                     for (i = 0; i < n; i++)
2103                     {
2104                         dx[point][i] = ff[i];
2105                     }
2106                     /* Reset stepsize */
2107                     stepsize = 1.0/fnorm;
2108                     continue;
2109                 }
2110             }
2111
2112             /* Select min energy state of A & C, put the best in xx/ff/Epot
2113              */
2114             if (EpotC < EpotA)
2115             {
2116                 Epot = EpotC;
2117                 /* Use state C */
2118                 for (i = 0; i < n; i++)
2119                 {
2120                     xx[i] = xc[i];
2121                     ff[i] = fc[i];
2122                 }
2123                 stepsize = c;
2124             }
2125             else
2126             {
2127                 Epot = EpotA;
2128                 /* Use state A */
2129                 for (i = 0; i < n; i++)
2130                 {
2131                     xx[i] = xa[i];
2132                     ff[i] = fa[i];
2133                 }
2134                 stepsize = a;
2135             }
2136
2137         }
2138         else
2139         {
2140             /* found lower */
2141             Epot = EpotC;
2142             /* Use state C */
2143             for (i = 0; i < n; i++)
2144             {
2145                 xx[i] = xc[i];
2146                 ff[i] = fc[i];
2147             }
2148             stepsize = c;
2149         }
2150
2151         /* Update the memory information, and calculate a new
2152          * approximation of the inverse hessian
2153          */
2154
2155         /* Have new data in Epot, xx, ff */
2156         if (ncorr < nmaxcorr)
2157         {
2158             ncorr++;
2159         }
2160
2161         for (i = 0; i < n; i++)
2162         {
2163             dg[point][i]  = lastf[i]-ff[i];
2164             dx[point][i] *= stepsize;
2165         }
2166
2167         dgdg = 0;
2168         dgdx = 0;
2169         for (i = 0; i < n; i++)
2170         {
2171             dgdg += dg[point][i]*dg[point][i];
2172             dgdx += dg[point][i]*dx[point][i];
2173         }
2174
2175         diag = dgdx/dgdg;
2176
2177         rho[point] = 1.0/dgdx;
2178         point++;
2179
2180         if (point >= nmaxcorr)
2181         {
2182             point = 0;
2183         }
2184
2185         /* Update */
2186         for (i = 0; i < n; i++)
2187         {
2188             p[i] = ff[i];
2189         }
2190
2191         cp = point;
2192
2193         /* Recursive update. First go back over the memory points */
2194         for (k = 0; k < ncorr; k++)
2195         {
2196             cp--;
2197             if (cp < 0)
2198             {
2199                 cp = ncorr-1;
2200             }
2201
2202             sq = 0;
2203             for (i = 0; i < n; i++)
2204             {
2205                 sq += dx[cp][i]*p[i];
2206             }
2207
2208             alpha[cp] = rho[cp]*sq;
2209
2210             for (i = 0; i < n; i++)
2211             {
2212                 p[i] -= alpha[cp]*dg[cp][i];
2213             }
2214         }
2215
2216         for (i = 0; i < n; i++)
2217         {
2218             p[i] *= diag;
2219         }
2220
2221         /* And then go forward again */
2222         for (k = 0; k < ncorr; k++)
2223         {
2224             yr = 0;
2225             for (i = 0; i < n; i++)
2226             {
2227                 yr += p[i]*dg[cp][i];
2228             }
2229
2230             beta = rho[cp]*yr;
2231             beta = alpha[cp]-beta;
2232
2233             for (i = 0; i < n; i++)
2234             {
2235                 p[i] += beta*dx[cp][i];
2236             }
2237
2238             cp++;
2239             if (cp >= ncorr)
2240             {
2241                 cp = 0;
2242             }
2243         }
2244
2245         for (i = 0; i < n; i++)
2246         {
2247             if (!frozen[i])
2248             {
2249                 dx[point][i] = p[i];
2250             }
2251             else
2252             {
2253                 dx[point][i] = 0;
2254             }
2255         }
2256
2257         stepsize = 1.0;
2258
2259         /* Test whether the convergence criterion is met */
2260         get_f_norm_max(cr, &(inputrec->opts), mdatoms, f, &fnorm, &fmax, &nfmax);
2261
2262         /* Print it if necessary */
2263         if (MASTER(cr))
2264         {
2265             if (bVerbose)
2266             {
2267                 fprintf(stderr, "\rStep %d, Epot=%12.6e, Fnorm=%9.3e, Fmax=%9.3e (atom %d)\n",
2268                         step, Epot, fnorm/sqrt(state->natoms), fmax, nfmax+1);
2269             }
2270             /* Store the new (lower) energies */
2271             upd_mdebin(mdebin, FALSE, FALSE, (double)step,
2272                        mdatoms->tmass, enerd, state, inputrec->fepvals, inputrec->expandedvals, state->box,
2273                        NULL, NULL, vir, pres, NULL, mu_tot, constr);
2274             do_log = do_per_step(step, inputrec->nstlog);
2275             do_ene = do_per_step(step, inputrec->nstenergy);
2276             if (do_log)
2277             {
2278                 print_ebin_header(fplog, step, step, state->lambda[efptFEP]);
2279             }
2280             print_ebin(mdoutf_get_fp_ene(outf), do_ene, FALSE, FALSE,
2281                        do_log ? fplog : NULL, step, step, eprNORMAL,
2282                        TRUE, mdebin, fcd, &(top_global->groups), &(inputrec->opts));
2283         }
2284
2285         /* Send x and E to IMD client, if bIMD is TRUE. */
2286         if (do_IMD(inputrec->bIMD, step, cr, TRUE, state->box, state->x, inputrec, 0, wcycle) && MASTER(cr))
2287         {
2288             IMD_send_positions(inputrec->imd);
2289         }
2290
2291         /* Stop when the maximum force lies below tolerance.
2292          * If we have reached machine precision, converged is already set to true.
2293          */
2294
2295         converged = converged || (fmax < inputrec->em_tol);
2296
2297     } /* End of the loop */
2298
2299     /* IMD cleanup, if bIMD is TRUE. */
2300     IMD_finalize(inputrec->bIMD, inputrec->imd);
2301
2302     if (converged)
2303     {
2304         step--; /* we never took that last step in this case */
2305
2306     }
2307     if (fmax > inputrec->em_tol)
2308     {
2309         if (MASTER(cr))
2310         {
2311             warn_step(stderr, inputrec->em_tol, step-1 == number_steps, FALSE);
2312             warn_step(fplog, inputrec->em_tol, step-1 == number_steps, FALSE);
2313         }
2314         converged = FALSE;
2315     }
2316
2317     /* If we printed energy and/or logfile last step (which was the last step)
2318      * we don't have to do it again, but otherwise print the final values.
2319      */
2320     if (!do_log) /* Write final value to log since we didn't do anythin last step */
2321     {
2322         print_ebin_header(fplog, step, step, state->lambda[efptFEP]);
2323     }
2324     if (!do_ene || !do_log) /* Write final energy file entries */
2325     {
2326         print_ebin(mdoutf_get_fp_ene(outf), !do_ene, FALSE, FALSE,
2327                    !do_log ? fplog : NULL, step, step, eprNORMAL,
2328                    TRUE, mdebin, fcd, &(top_global->groups), &(inputrec->opts));
2329     }
2330
2331     /* Print some stuff... */
2332     if (MASTER(cr))
2333     {
2334         fprintf(stderr, "\nwriting lowest energy coordinates.\n");
2335     }
2336
2337     /* IMPORTANT!
2338      * For accurate normal mode calculation it is imperative that we
2339      * store the last conformation into the full precision binary trajectory.
2340      *
2341      * However, we should only do it if we did NOT already write this step
2342      * above (which we did if do_x or do_f was true).
2343      */
2344     do_x = !do_per_step(step, inputrec->nstxout);
2345     do_f = !do_per_step(step, inputrec->nstfout);
2346     write_em_traj(fplog, cr, outf, do_x, do_f, ftp2fn(efSTO, nfile, fnm),
2347                   top_global, inputrec, step,
2348                   &ems, state, f);
2349
2350     if (MASTER(cr))
2351     {
2352         print_converged(stderr, LBFGS, inputrec->em_tol, step, converged,
2353                         number_steps, Epot, fmax, nfmax, fnorm/sqrt(state->natoms));
2354         print_converged(fplog, LBFGS, inputrec->em_tol, step, converged,
2355                         number_steps, Epot, fmax, nfmax, fnorm/sqrt(state->natoms));
2356
2357         fprintf(fplog, "\nPerformed %d energy evaluations in total.\n", neval);
2358     }
2359
2360     finish_em(cr, outf, walltime_accounting, wcycle);
2361
2362     /* To print the actual number of steps we needed somewhere */
2363     walltime_accounting_set_nsteps_done(walltime_accounting, step);
2364
2365     return 0;
2366 } /* That's all folks */
2367
2368
2369 double do_steep(FILE *fplog, t_commrec *cr,
2370                 int nfile, const t_filenm fnm[],
2371                 const output_env_t gmx_unused oenv, gmx_bool bVerbose, gmx_bool gmx_unused bCompact,
2372                 int gmx_unused nstglobalcomm,
2373                 gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
2374                 int gmx_unused stepout,
2375                 t_inputrec *inputrec,
2376                 gmx_mtop_t *top_global, t_fcdata *fcd,
2377                 t_state *state_global,
2378                 t_mdatoms *mdatoms,
2379                 t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
2380                 gmx_edsam_t gmx_unused  ed,
2381                 t_forcerec *fr,
2382                 int gmx_unused repl_ex_nst, int gmx_unused repl_ex_nex, int gmx_unused repl_ex_seed,
2383                 gmx_membed_t gmx_unused membed,
2384                 real gmx_unused cpt_period, real gmx_unused max_hours,
2385                 const char  gmx_unused *deviceOptions,
2386                 int imdport,
2387                 unsigned long gmx_unused Flags,
2388                 gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting)
2389 {
2390     const char       *SD = "Steepest Descents";
2391     em_state_t       *s_min, *s_try;
2392     rvec             *f_global;
2393     gmx_localtop_t   *top;
2394     gmx_enerdata_t   *enerd;
2395     rvec             *f;
2396     gmx_global_stat_t gstat;
2397     t_graph          *graph;
2398     real              stepsize, constepsize;
2399     real              ustep, fnormn;
2400     gmx_mdoutf_t      outf;
2401     t_mdebin         *mdebin;
2402     gmx_bool          bDone, bAbort, do_x, do_f;
2403     tensor            vir, pres;
2404     rvec              mu_tot;
2405     int               nsteps;
2406     int               count          = 0;
2407     int               steps_accepted = 0;
2408     /* not used */
2409     real              terminate = 0;
2410
2411     s_min = init_em_state();
2412     s_try = init_em_state();
2413
2414     /* Init em and store the local state in s_try */
2415     init_em(fplog, SD, cr, inputrec,
2416             state_global, top_global, s_try, &top, &f, &f_global,
2417             nrnb, mu_tot, fr, &enerd, &graph, mdatoms, &gstat, vsite, constr,
2418             nfile, fnm, &outf, &mdebin, imdport, Flags);
2419
2420     /* Print to log file  */
2421     print_em_start(fplog, cr, walltime_accounting, wcycle, SD);
2422
2423     /* Set variables for stepsize (in nm). This is the largest
2424      * step that we are going to make in any direction.
2425      */
2426     ustep    = inputrec->em_stepsize;
2427     stepsize = 0;
2428
2429     /* Max number of steps  */
2430     nsteps = inputrec->nsteps;
2431
2432     if (MASTER(cr))
2433     {
2434         /* Print to the screen  */
2435         sp_header(stderr, SD, inputrec->em_tol, nsteps);
2436     }
2437     if (fplog)
2438     {
2439         sp_header(fplog, SD, inputrec->em_tol, nsteps);
2440     }
2441
2442     /**** HERE STARTS THE LOOP ****
2443      * count is the counter for the number of steps
2444      * bDone will be TRUE when the minimization has converged
2445      * bAbort will be TRUE when nsteps steps have been performed or when
2446      * the stepsize becomes smaller than is reasonable for machine precision
2447      */
2448     count  = 0;
2449     bDone  = FALSE;
2450     bAbort = FALSE;
2451     while (!bDone && !bAbort)
2452     {
2453         bAbort = (nsteps >= 0) && (count == nsteps);
2454
2455         /* set new coordinates, except for first step */
2456         if (count > 0)
2457         {
2458             do_em_step(cr, inputrec, mdatoms, fr->bMolPBC,
2459                        s_min, stepsize, s_min->f, s_try,
2460                        constr, top, nrnb, wcycle, count);
2461         }
2462
2463         evaluate_energy(fplog, cr,
2464                         top_global, s_try, top,
2465                         inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
2466                         vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
2467                         mu_tot, enerd, vir, pres, count, count == 0);
2468
2469         if (MASTER(cr))
2470         {
2471             print_ebin_header(fplog, count, count, s_try->s.lambda[efptFEP]);
2472         }
2473
2474         if (count == 0)
2475         {
2476             s_min->epot = s_try->epot + 1;
2477         }
2478
2479         /* Print it if necessary  */
2480         if (MASTER(cr))
2481         {
2482             if (bVerbose)
2483             {
2484                 fprintf(stderr, "Step=%5d, Dmax= %6.1e nm, Epot= %12.5e Fmax= %11.5e, atom= %d%c",
2485                         count, ustep, s_try->epot, s_try->fmax, s_try->a_fmax+1,
2486                         (s_try->epot < s_min->epot) ? '\n' : '\r');
2487             }
2488
2489             if (s_try->epot < s_min->epot)
2490             {
2491                 /* Store the new (lower) energies  */
2492                 upd_mdebin(mdebin, FALSE, FALSE, (double)count,
2493                            mdatoms->tmass, enerd, &s_try->s, inputrec->fepvals, inputrec->expandedvals,
2494                            s_try->s.box, NULL, NULL, vir, pres, NULL, mu_tot, constr);
2495
2496                 /* Prepare IMD energy record, if bIMD is TRUE. */
2497                 IMD_fill_energy_record(inputrec->bIMD, inputrec->imd, enerd, count, TRUE);
2498
2499                 print_ebin(mdoutf_get_fp_ene(outf), TRUE,
2500                            do_per_step(steps_accepted, inputrec->nstdisreout),
2501                            do_per_step(steps_accepted, inputrec->nstorireout),
2502                            fplog, count, count, eprNORMAL, TRUE,
2503                            mdebin, fcd, &(top_global->groups), &(inputrec->opts));
2504                 fflush(fplog);
2505             }
2506         }
2507
2508         /* Now if the new energy is smaller than the previous...
2509          * or if this is the first step!
2510          * or if we did random steps!
2511          */
2512
2513         if ( (count == 0) || (s_try->epot < s_min->epot) )
2514         {
2515             steps_accepted++;
2516
2517             /* Test whether the convergence criterion is met...  */
2518             bDone = (s_try->fmax < inputrec->em_tol);
2519
2520             /* Copy the arrays for force, positions and energy  */
2521             /* The 'Min' array always holds the coords and forces of the minimal
2522                sampled energy  */
2523             swap_em_state(s_min, s_try);
2524             if (count > 0)
2525             {
2526                 ustep *= 1.2;
2527             }
2528
2529             /* Write to trn, if necessary */
2530             do_x = do_per_step(steps_accepted, inputrec->nstxout);
2531             do_f = do_per_step(steps_accepted, inputrec->nstfout);
2532             write_em_traj(fplog, cr, outf, do_x, do_f, NULL,
2533                           top_global, inputrec, count,
2534                           s_min, state_global, f_global);
2535         }
2536         else
2537         {
2538             /* If energy is not smaller make the step smaller...  */
2539             ustep *= 0.5;
2540
2541             if (DOMAINDECOMP(cr) && s_min->s.ddp_count != cr->dd->ddp_count)
2542             {
2543                 /* Reload the old state */
2544                 em_dd_partition_system(fplog, count, cr, top_global, inputrec,
2545                                        s_min, top, mdatoms, fr, vsite, constr,
2546                                        nrnb, wcycle);
2547             }
2548         }
2549
2550         /* Determine new step  */
2551         stepsize = ustep/s_min->fmax;
2552
2553         /* Check if stepsize is too small, with 1 nm as a characteristic length */
2554 #ifdef GMX_DOUBLE
2555         if (count == nsteps || ustep < 1e-12)
2556 #else
2557         if (count == nsteps || ustep < 1e-6)
2558 #endif
2559         {
2560             if (MASTER(cr))
2561             {
2562                 warn_step(stderr, inputrec->em_tol, count == nsteps, constr != NULL);
2563                 warn_step(fplog, inputrec->em_tol, count == nsteps, constr != NULL);
2564             }
2565             bAbort = TRUE;
2566         }
2567
2568         /* Send IMD energies and positions, if bIMD is TRUE. */
2569         if (do_IMD(inputrec->bIMD, count, cr, TRUE, state_global->box, state_global->x, inputrec, 0, wcycle) && MASTER(cr))
2570         {
2571             IMD_send_positions(inputrec->imd);
2572         }
2573
2574         count++;
2575     } /* End of the loop  */
2576
2577     /* IMD cleanup, if bIMD is TRUE. */
2578     IMD_finalize(inputrec->bIMD, inputrec->imd);
2579
2580     /* Print some data...  */
2581     if (MASTER(cr))
2582     {
2583         fprintf(stderr, "\nwriting lowest energy coordinates.\n");
2584     }
2585     write_em_traj(fplog, cr, outf, TRUE, inputrec->nstfout, ftp2fn(efSTO, nfile, fnm),
2586                   top_global, inputrec, count,
2587                   s_min, state_global, f_global);
2588
2589     fnormn = s_min->fnorm/sqrt(state_global->natoms);
2590
2591     if (MASTER(cr))
2592     {
2593         print_converged(stderr, SD, inputrec->em_tol, count, bDone, nsteps,
2594                         s_min->epot, s_min->fmax, s_min->a_fmax, fnormn);
2595         print_converged(fplog, SD, inputrec->em_tol, count, bDone, nsteps,
2596                         s_min->epot, s_min->fmax, s_min->a_fmax, fnormn);
2597     }
2598
2599     finish_em(cr, outf, walltime_accounting, wcycle);
2600
2601     /* To print the actual number of steps we needed somewhere */
2602     inputrec->nsteps = count;
2603
2604     walltime_accounting_set_nsteps_done(walltime_accounting, count);
2605
2606     return 0;
2607 } /* That's all folks */
2608
2609
2610 double do_nm(FILE *fplog, t_commrec *cr,
2611              int nfile, const t_filenm fnm[],
2612              const output_env_t gmx_unused oenv, gmx_bool bVerbose, gmx_bool gmx_unused  bCompact,
2613              int gmx_unused nstglobalcomm,
2614              gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
2615              int gmx_unused stepout,
2616              t_inputrec *inputrec,
2617              gmx_mtop_t *top_global, t_fcdata *fcd,
2618              t_state *state_global,
2619              t_mdatoms *mdatoms,
2620              t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
2621              gmx_edsam_t  gmx_unused ed,
2622              t_forcerec *fr,
2623              int gmx_unused repl_ex_nst, int gmx_unused repl_ex_nex, int gmx_unused repl_ex_seed,
2624              gmx_membed_t gmx_unused membed,
2625              real gmx_unused cpt_period, real gmx_unused max_hours,
2626              const char gmx_unused *deviceOptions,
2627              int imdport,
2628              unsigned long gmx_unused Flags,
2629              gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting)
2630 {
2631     const char          *NM = "Normal Mode Analysis";
2632     gmx_mdoutf_t         outf;
2633     int                  natoms, atom, d;
2634     int                  nnodes, node;
2635     rvec                *f_global;
2636     gmx_localtop_t      *top;
2637     gmx_enerdata_t      *enerd;
2638     rvec                *f;
2639     gmx_global_stat_t    gstat;
2640     t_graph             *graph;
2641     real                 t, t0, lambda, lam0;
2642     gmx_bool             bNS;
2643     tensor               vir, pres;
2644     rvec                 mu_tot;
2645     rvec                *fneg, *dfdx;
2646     gmx_bool             bSparse; /* use sparse matrix storage format */
2647     size_t               sz = 0;
2648     gmx_sparsematrix_t * sparse_matrix           = NULL;
2649     real           *     full_matrix             = NULL;
2650     em_state_t       *   state_work;
2651
2652     /* added with respect to mdrun */
2653     int        i, j, k, row, col;
2654     real       der_range = 10.0*sqrt(GMX_REAL_EPS);
2655     real       x_min;
2656     real       fnorm, fmax;
2657
2658     if (constr != NULL)
2659     {
2660         gmx_fatal(FARGS, "Constraints present with Normal Mode Analysis, this combination is not supported");
2661     }
2662
2663     state_work = init_em_state();
2664
2665     /* Init em and store the local state in state_minimum */
2666     init_em(fplog, NM, cr, inputrec,
2667             state_global, top_global, state_work, &top,
2668             &f, &f_global,
2669             nrnb, mu_tot, fr, &enerd, &graph, mdatoms, &gstat, vsite, constr,
2670             nfile, fnm, &outf, NULL, imdport, Flags);
2671
2672     natoms = top_global->natoms;
2673     snew(fneg, natoms);
2674     snew(dfdx, natoms);
2675
2676 #ifndef GMX_DOUBLE
2677     if (MASTER(cr))
2678     {
2679         fprintf(stderr,
2680                 "NOTE: This version of Gromacs has been compiled in single precision,\n"
2681                 "      which MIGHT not be accurate enough for normal mode analysis.\n"
2682                 "      Gromacs now uses sparse matrix storage, so the memory requirements\n"
2683                 "      are fairly modest even if you recompile in double precision.\n\n");
2684     }
2685 #endif
2686
2687     /* Check if we can/should use sparse storage format.
2688      *
2689      * Sparse format is only useful when the Hessian itself is sparse, which it
2690      * will be when we use a cutoff.
2691      * For small systems (n<1000) it is easier to always use full matrix format, though.
2692      */
2693     if (EEL_FULL(fr->eeltype) || fr->rlist == 0.0)
2694     {
2695         md_print_info(cr, fplog, "Non-cutoff electrostatics used, forcing full Hessian format.\n");
2696         bSparse = FALSE;
2697     }
2698     else if (top_global->natoms < 1000)
2699     {
2700         md_print_info(cr, fplog, "Small system size (N=%d), using full Hessian format.\n", top_global->natoms);
2701         bSparse = FALSE;
2702     }
2703     else
2704     {
2705         md_print_info(cr, fplog, "Using compressed symmetric sparse Hessian format.\n");
2706         bSparse = TRUE;
2707     }
2708
2709     if (MASTER(cr))
2710     {
2711         sz = DIM*top_global->natoms;
2712
2713         fprintf(stderr, "Allocating Hessian memory...\n\n");
2714
2715         if (bSparse)
2716         {
2717             sparse_matrix = gmx_sparsematrix_init(sz);
2718             sparse_matrix->compressed_symmetric = TRUE;
2719         }
2720         else
2721         {
2722             snew(full_matrix, sz*sz);
2723         }
2724     }
2725
2726     /* Initial values */
2727     t0           = inputrec->init_t;
2728     lam0         = inputrec->fepvals->init_lambda;
2729     t            = t0;
2730     lambda       = lam0;
2731
2732     init_nrnb(nrnb);
2733
2734     where();
2735
2736     /* Write start time and temperature */
2737     print_em_start(fplog, cr, walltime_accounting, wcycle, NM);
2738
2739     /* fudge nr of steps to nr of atoms */
2740     inputrec->nsteps = natoms*2;
2741
2742     if (MASTER(cr))
2743     {
2744         fprintf(stderr, "starting normal mode calculation '%s'\n%d steps.\n\n",
2745                 *(top_global->name), (int)inputrec->nsteps);
2746     }
2747
2748     nnodes = cr->nnodes;
2749
2750     /* Make evaluate_energy do a single node force calculation */
2751     cr->nnodes = 1;
2752     evaluate_energy(fplog, cr,
2753                     top_global, state_work, top,
2754                     inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
2755                     vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
2756                     mu_tot, enerd, vir, pres, -1, TRUE);
2757     cr->nnodes = nnodes;
2758
2759     /* if forces are not small, warn user */
2760     get_state_f_norm_max(cr, &(inputrec->opts), mdatoms, state_work);
2761
2762     md_print_info(cr, fplog, "Maximum force:%12.5e\n", state_work->fmax);
2763     if (state_work->fmax > 1.0e-3)
2764     {
2765         md_print_info(cr, fplog,
2766                       "The force is probably not small enough to "
2767                       "ensure that you are at a minimum.\n"
2768                       "Be aware that negative eigenvalues may occur\n"
2769                       "when the resulting matrix is diagonalized.\n\n");
2770     }
2771
2772     /***********************************************************
2773      *
2774      *      Loop over all pairs in matrix
2775      *
2776      *      do_force called twice. Once with positive and
2777      *      once with negative displacement
2778      *
2779      ************************************************************/
2780
2781     /* Steps are divided one by one over the nodes */
2782     for (atom = cr->nodeid; atom < natoms; atom += nnodes)
2783     {
2784
2785         for (d = 0; d < DIM; d++)
2786         {
2787             x_min = state_work->s.x[atom][d];
2788
2789             state_work->s.x[atom][d] = x_min - der_range;
2790
2791             /* Make evaluate_energy do a single node force calculation */
2792             cr->nnodes = 1;
2793             evaluate_energy(fplog, cr,
2794                             top_global, state_work, top,
2795                             inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
2796                             vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
2797                             mu_tot, enerd, vir, pres, atom*2, FALSE);
2798
2799             for (i = 0; i < natoms; i++)
2800             {
2801                 copy_rvec(state_work->f[i], fneg[i]);
2802             }
2803
2804             state_work->s.x[atom][d] = x_min + der_range;
2805
2806             evaluate_energy(fplog, cr,
2807                             top_global, state_work, top,
2808                             inputrec, nrnb, wcycle, gstat,
2809                             vsite, constr, fcd, graph, mdatoms, fr,
2810                             mu_tot, enerd, vir, pres, atom*2+1, FALSE);
2811             cr->nnodes = nnodes;
2812
2813             /* x is restored to original */
2814             state_work->s.x[atom][d] = x_min;
2815
2816             for (j = 0; j < natoms; j++)
2817             {
2818                 for (k = 0; (k < DIM); k++)
2819                 {
2820                     dfdx[j][k] =
2821                         -(state_work->f[j][k] - fneg[j][k])/(2*der_range);
2822                 }
2823             }
2824
2825             if (!MASTER(cr))
2826             {
2827 #ifdef GMX_MPI
2828 #ifdef GMX_DOUBLE
2829 #define mpi_type MPI_DOUBLE
2830 #else
2831 #define mpi_type MPI_FLOAT
2832 #endif
2833                 MPI_Send(dfdx[0], natoms*DIM, mpi_type, MASTERNODE(cr), cr->nodeid,
2834                          cr->mpi_comm_mygroup);
2835 #endif
2836             }
2837             else
2838             {
2839                 for (node = 0; (node < nnodes && atom+node < natoms); node++)
2840                 {
2841                     if (node > 0)
2842                     {
2843 #ifdef GMX_MPI
2844                         MPI_Status stat;
2845                         MPI_Recv(dfdx[0], natoms*DIM, mpi_type, node, node,
2846                                  cr->mpi_comm_mygroup, &stat);
2847 #undef mpi_type
2848 #endif
2849                     }
2850
2851                     row = (atom + node)*DIM + d;
2852
2853                     for (j = 0; j < natoms; j++)
2854                     {
2855                         for (k = 0; k < DIM; k++)
2856                         {
2857                             col = j*DIM + k;
2858
2859                             if (bSparse)
2860                             {
2861                                 if (col >= row && dfdx[j][k] != 0.0)
2862                                 {
2863                                     gmx_sparsematrix_increment_value(sparse_matrix,
2864                                                                      row, col, dfdx[j][k]);
2865                                 }
2866                             }
2867                             else
2868                             {
2869                                 full_matrix[row*sz+col] = dfdx[j][k];
2870                             }
2871                         }
2872                     }
2873                 }
2874             }
2875
2876             if (bVerbose && fplog)
2877             {
2878                 fflush(fplog);
2879             }
2880         }
2881         /* write progress */
2882         if (MASTER(cr) && bVerbose)
2883         {
2884             fprintf(stderr, "\rFinished step %d out of %d",
2885                     min(atom+nnodes, natoms), natoms);
2886             fflush(stderr);
2887         }
2888     }
2889
2890     if (MASTER(cr))
2891     {
2892         fprintf(stderr, "\n\nWriting Hessian...\n");
2893         gmx_mtxio_write(ftp2fn(efMTX, nfile, fnm), sz, sz, full_matrix, sparse_matrix);
2894     }
2895
2896     finish_em(cr, outf, walltime_accounting, wcycle);
2897
2898     walltime_accounting_set_nsteps_done(walltime_accounting, natoms*2);
2899
2900     return 0;
2901 }