src/gromacs/linearalgebra/matrix.h

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 4.0.99
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Groningen Machine for Chemical Simulation
  34  */
  35 #ifndef GMX_LINEARALGEBRA_MATRIX_H
  36 #define GMX_LINEARALGEBRA_MATRIX_H
  37
  38 #include <stdio.h>
  39
  40 #ifdef __cplusplus
  41 extern "C"
  42 {
  43 #endif
  44
  45 double **alloc_matrix(int n, int m);
  46
  47 void free_matrix(double **a, int n);
  48
  49 void matrix_multiply(FILE *fp, int n, int m, double **x, double **y, double **z);
  50
  51 /* Return 0 if OK or row number where inversion failed otherwise. */
  52 int matrix_invert(FILE *fp, int n, double **a);
  53
  54 double multi_regression(FILE *fp, int ny, double *y,
  55                         int nx, double **xx, double *a0);
  56 /* Perform a regression analysis to fit
  57  * y' = a0[0] xx[0] + a0[1] xx[1] ... + a0[nx-1] xx[nx-1]
  58  * with ny data points in each vector.
  59  * The coefficients are returned in vector a0.
  60  * The return value of the function is the chi2 value:
  61  * sum_{j=0}^{ny-1} (y[j] - y'[j])^2
  62  * If fp is not NULL debug information will be written to it.
  63  */
  64
  65 #ifdef __cplusplus
  66 }
  67 #endif
  68
  69 #endif