src/gromacs/legacyheaders/vsite.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _vsite_h
  37 #define _vsite_h
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include "typedefs.h"
  41 #include "types/commrec.h"
  42
  43 #ifdef __cplusplus
  44 extern "C" {
  45 #endif
  46
  47 typedef struct {
  48         int *      left_import_construct;
  49         int        left_import_nconstruct;
  50         int *      left_export_construct;
  51         int        left_export_nconstruct;
  52         int *      right_import_construct;
  53         int        right_import_nconstruct;
  54         int *      right_export_construct;
  55         int        right_export_nconstruct;
  56         rvec *     send_buf;
  57         rvec *     recv_buf;
  58 } t_comm_vsites;
  59
  60 typedef struct {
  61     t_ilist ilist[F_NRE];     /* vsite ilists for this thread            */
  62     rvec fshift[SHIFTS];      /* fshift accumulation buffer              */
  63     matrix dxdf;              /* virial dx*df accumulation buffer        */
  64 } gmx_vsite_thread_t;
  65
  66 typedef struct {
  67   gmx_bool bHaveChargeGroups; /* Do we have charge groups?               */
  68   int  n_intercg_vsite;       /* The number of inter charge group vsites */
  69   int  nvsite_pbc_molt;       /* The array size of vsite_pbc_molt        */
  70   int  ***vsite_pbc_molt;     /* The pbc atoms for intercg vsites        */
  71   int  **vsite_pbc_loc;       /* The local pbc atoms                     */
  72   int  *vsite_pbc_loc_nalloc; /* Sizes of vsite_pbc_loc                  */
  73   gmx_bool bPDvsitecomm;      /* Do we need vsite communication with PD? */
  74   t_comm_vsites *vsitecomm;   /* The PD vsite communication struct       */
  75   int  nthreads;              /* Number of threads used for vsites       */
  76   gmx_vsite_thread_t *tdata;  /* Thread local vsites and work structs    */
  77   int  *th_ind;               /* Work array                              */
  78   int  th_ind_nalloc;         /* Size of th_ind                          */
  79 } gmx_vsite_t;
  80
  81 void construct_vsites(FILE *log,gmx_vsite_t *vsite,
  82                              rvec x[],t_nrnb *nrnb,
  83                              real dt,rvec v[],
  84                              t_iparams ip[],t_ilist ilist[],
  85                              int ePBC,gmx_bool bMolPBC,t_graph *graph,
  86                              t_commrec *cr,matrix box);
  87 /* Create positions of vsite atoms based on surrounding atoms
  88  * for the local system.
  89  * If v is passed, the velocities of the vsites will be calculated
  90  * as the new positions minus the old positions divided by dt,
  91  * thus v should only be passed when the coordinates have been
  92  * updated with a full time step.
  93  * Note that velocitis of vsites are completely irrelevant
  94  * for the integration, they are only useful for analysis.
  95  */
  96
  97 void construct_vsites_mtop(FILE *log,gmx_vsite_t *vsite,
  98                            gmx_mtop_t *mtop,rvec x[]);
  99 /* Create positions of vsite atoms based on surrounding atoms
 100  * for the whole system.
 101  * This function assumes that all molecules are whole.
 102  */
 103
 104 void spread_vsite_f(FILE *log,gmx_vsite_t *vsite,
 105                     rvec x[],rvec f[],rvec *fshift,
 106                     gmx_bool VirCorr,matrix vir,
 107                     t_nrnb *nrnb,t_idef *idef,
 108                     int ePBC,gmx_bool bMolPBC,t_graph *g,matrix box,
 109                     t_commrec *cr);
 110 /* Spread the force operating on the vsite atoms on the surrounding atoms.
 111  * If fshift!=NULL also update the shift forces.
 112  * If VirCorr=TRUE add the virial correction for non-linear vsite constructs
 113  * to vir. This correction is required when the virial is not calculated
 114  * afterwards from the particle position and forces, but in a different way,
 115  * as for instance for the PME mesh contribution.
 116  */
 117
 118 gmx_vsite_t *init_vsite(gmx_mtop_t *mtop,t_commrec *cr,
 119                         gmx_bool bSerial_NoPBC);
 120 /* Initialize the virtual site struct,
 121  * returns NULL when there are no virtual sites.
 122  * bSerial_NoPBC is to generate a simple vsite setup to be
 123  * used only serial (no MPI or thread parallelization) and without pbc;
 124  * this is useful for correction vsites of the initial configuration.
 125  */
 126
 127 void split_vsites_over_threads(const t_ilist *ilist,
 128                                const t_mdatoms *mdatoms,
 129                                gmx_bool bLimitRange,
 130                                gmx_vsite_t *vsite);
 131 /* Divide the vsite work-load over the threads.
 132  * Should be called at the end of the domain decomposition.
 133  */
 134
 135 void set_vsite_top(gmx_vsite_t *vsite,gmx_localtop_t *top,t_mdatoms *md,
 136                           t_commrec *cr);
 137 /* Set some vsite data for runs without domain decomposition.
 138  * Should be called once after init_vsite, before calling other routines.
 139  */
 140
 141 #ifdef __cplusplus
 142 }
 143 #endif
 144
 145 #endif
 146