src/gromacs/legacyheaders/types/group.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GRoups of Organic Molecules in ACtion for Science
  34  */
  35
  36
  37 #include "simple.h"
  38
  39 #ifdef __cplusplus
  40 extern "C" {
  41 #endif
  42
  43
  44 typedef struct {
  45     real    Th;             /* Temperature at half step        */
  46     real    T;              /* Temperature at full step        */
  47     tensor  ekinh;          /* Kinetic energy at half step     */
  48     tensor  ekinh_old;      /* Kinetic energy at old half step */
  49     tensor  ekinf;          /* Kinetic energy at full step     */
  50     real    lambda;         /* Berendsen coupling lambda       */
  51     double  ekinscalef_nhc; /* Scaling factor for NHC- full step */
  52     double  ekinscaleh_nhc; /* Scaling factor for NHC- half step */
  53     double  vscale_nhc;     /* Scaling factor for NHC- velocity */
  54 } t_grp_tcstat;
  55
  56 typedef struct {
  57     int     nat;    /* Number of atoms in this group            */
  58     rvec    u;      /* Mean velocities of home particles        */
  59     rvec    uold;   /* Previous mean velocities of home particles   */
  60     double  mA;     /* Mass for topology A                              */
  61     double  mB;     /* Mass for topology B                              */
  62 } t_grp_acc;
  63
  64 typedef struct {
  65     real    cos_accel;  /* The acceleration for the cosine profile      */
  66     real    mvcos;      /* The cos momenta of home particles            */
  67     real    vcos;       /* The velocity of the cosine profile           */
  68 } t_cos_acc;
  69
  70 typedef struct {
  71     gmx_bool         bNEMD;
  72     int              ngtc;            /* The number of T-coupling groups      */
  73     t_grp_tcstat    *tcstat;          /* T-coupling data            */
  74     tensor         **ekin_work_alloc; /* Allocated locations of ekin_work   */
  75     tensor         **ekin_work;       /* Work arrays for tcstat per thread    */
  76     int              ngacc;           /* The number of acceleration groups    */
  77     t_grp_acc       *grpstat;         /* Acceleration data                      */
  78     tensor           ekin;            /* overall kinetic energy               */
  79     tensor           ekinh;           /* overall 1/2 step kinetic energy      */
  80     real             dekindl;         /* dEkin/dlambda at half step           */
  81     real             dekindl_old;     /* dEkin/dlambda at old half step       */
  82     t_cos_acc        cosacc;          /* Cosine acceleration data             */
  83 } gmx_ekindata_t;
  84
  85 #define GID(igid, jgid, gnr) ((igid < jgid) ? (igid*gnr+jgid) : (jgid*gnr+igid))
  86
  87 #ifdef __cplusplus
  88 }
  89 #endif