src/gromacs/legacyheaders/types/graph.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GRoups of Organic Molecules in ACtion for Science
  34  */
  35
  36 #ifndef _types_graph_h
  37 #define _types_graph_h
  38
  39 #include "idef.h"
  40
  41 #ifdef __cplusplus
  42 extern "C" {
  43 #endif
  44
  45
  46 typedef enum {
  47     egcolWhite, egcolGrey, egcolBlack, egcolNR
  48 } egCol;
  49
  50 typedef struct {
  51     int          at0;       /* The first atom the graph was constructed for */
  52     int          at1;       /* The last atom the graph was constructed for */
  53     int          nnodes;    /* The number of nodes, nnodes=at_end-at_start      */
  54     int          nbound;    /* The number of nodes with edges           */
  55     int          at_start;  /* The first connected atom in this graph   */
  56     int          at_end;    /* The last+1 connected atom in this graph  */
  57     int         *nedge;     /* For each node the number of edges                */
  58     atom_id    **edge;      /* For each node, the actual edges (bidirect.)      */
  59     gmx_bool     bScrewPBC; /* Screw boundary conditions                    */
  60     ivec        *ishift;    /* Shift for each particle                  */
  61     int          negc;
  62     egCol       *egc;       /* color of each node */
  63 } t_graph;
  64
  65
  66 #define SHIFT_IVEC(g, i) ((g)->ishift[i])
  67
  68 #ifdef __cplusplus
  69 }
  70 #endif
  71
  72 #endif /* _types_graph_h */