src/gromacs/legacyheaders/nonbonded.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _nonbonded_h
  37 #define _nonbonded_h
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40 #include "pbc.h"
  41 #include "network.h"
  42 #include "tgroup.h"
  43 #include "genborn.h"
  44
  45 #ifdef __cplusplus
  46 extern "C" {
  47 #endif
  48 #if 0
  49 } /* fixes auto-indentation problems */
  50 #endif
  51
  52
  53
  54 void
  55 gmx_nonbonded_setup(FILE *         fplog,
  56                     t_forcerec *   fr,
  57                     gmx_bool       bGenericKernelOnly);
  58
  59
  60
  61
  62
  63 void
  64 gmx_nonbonded_set_kernel_pointers(FILE *       fplog,
  65                                   t_nblist *   nl);
  66
  67
  68
  69 #define GMX_NONBONDED_DO_LR             (1<<0)
  70 #define GMX_NONBONDED_DO_FORCE          (1<<1)
  71 #define GMX_NONBONDED_DO_FOREIGNLAMBDA  (1<<2)
  72 #define GMX_NONBONDED_DO_POTENTIAL      (1<<3)
  73 #define GMX_NONBONDED_DO_SR             (1<<4)
  74
  75 void
  76 do_nonbonded(t_commrec *cr, t_forcerec *fr,
  77              rvec x[], rvec f_shortrange[], rvec f_longrange[], t_mdatoms *md, t_blocka *excl,
  78              gmx_grppairener_t *grppener, rvec box_size,
  79              t_nrnb *nrnb, real *lambda, real dvdlambda[],
  80              int nls, int eNL, int flags);
  81
  82 /* Calculate VdW/charge listed pair interactions (usually 1-4 interactions).
  83  * global_atom_index is only passed for printing error messages.
  84  */
  85 real
  86 do_nonbonded_listed(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[],
  87                     const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[], const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
  88                     real *lambda, real *dvdl, const t_mdatoms *md, const t_forcerec *fr,
  89                     gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index);
  90
  91 #ifdef __cplusplus
  92 }
  93 #endif
  94
  95 #endif