src/gromacs/legacyheaders/grompp.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef _grompp_h
  39 #define _grompp_h
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include "typedefs.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48 #define MAXSLEN 32
  49
  50 typedef struct {
  51     gmx_bool bSet;              /* Has this combination been set        */
  52     real     c[4];              /* The non-bonded parameters            */
  53 } t_nbparam;
  54 /* The t_nbparam struct is used to temporary store the explicit
  55  * non-bonded parameter combinations, which will be copied to t_params.
  56  */
  57
  58 typedef struct {
  59     atom_id    a[MAXATOMLIST];   /* The atom list (eg. bonds: particle  */
  60     /* i = a[0] (AI), j = a[1] (AJ))    */
  61     real       c[MAXFORCEPARAM]; /* Force parameters (eg. b0 = c[0])    */
  62     char       s[MAXSLEN];       /* A string (instead of parameters),    *
  63                                   * read from the .rtp file in pdb2gmx   */
  64 } t_param;
  65
  66 typedef struct {
  67     int          nr;    /* The number of bonds in this record   */
  68     int          maxnr; /* The amount of elements in the array  */
  69     t_param     *param; /* Array of parameters (dim: nr)        */
  70
  71     /* CMAP tmp data, there are probably better places for this */
  72     int         grid_spacing; /* Cmap grid spacing */
  73     int         nc;           /* Number of cmap angles */
  74
  75     real       *cmap;         /* Temporary storage of the raw cmap grid data */
  76     int         ncmap;        /* Number of allocated elements in cmap grid*/
  77
  78     int        *cmap_types;   /* Store the five atomtypes followed by a number that identifies the type */
  79     int         nct;          /* Number of allocated elements in cmap_types */
  80
  81 } t_params;
  82
  83 typedef struct {
  84     int            nr;          /* The number of exclusions             */
  85     atom_id       *e;           /* The excluded atoms                   */
  86 } t_excls;
  87
  88 typedef struct {
  89     char            **name;
  90     int               nrexcl;       /* Number of exclusions per atom    */
  91     gmx_bool          excl_set;     /* Have exclusions been generated?  */
  92     gmx_bool          bProcessed;   /* Has the mol been processed           */
  93     t_atoms           atoms;        /* Atoms                                */
  94     t_block           cgs;          /* Charge groups                        */
  95     t_block           mols;         /* Molecules                            */
  96     t_blocka          excls;        /* Exclusions                           */
  97     t_params          plist[F_NRE]; /* Parameters in old style              */
  98 } t_molinfo;
  99
 100 typedef struct {
 101     char *name;
 102     int   nr;
 103 } t_mols;
 104
 105 gmx_bool is_int(double x);
 106 /* Returns TRUE when x is integer */
 107
 108 /* Must correspond to strings in topdirs.c */
 109 typedef enum {
 110     d_defaults,
 111     d_atomtypes,
 112     d_bondtypes,
 113     d_constrainttypes,
 114     d_pairtypes,
 115     d_angletypes,
 116     d_dihedraltypes,
 117     d_nonbond_params,
 118     d_implicit_genborn_params,
 119     d_implicit_surface_params,
 120     d_cmaptypes,
 121     d_moleculetype,
 122     d_atoms,
 123     d_vsites2,
 124     d_vsites3,
 125     d_vsites4,
 126     d_vsitesn,
 127     d_bonds,
 128     d_exclusions,
 129     d_pairs,
 130     d_pairs_nb,
 131     d_angles,
 132     d_dihedrals,
 133     d_constraints,
 134     d_settles,
 135     d_polarization,
 136     d_water_polarization,
 137     d_thole_polarization,
 138     d_system,
 139     d_molecules,
 140     d_position_restraints,
 141     d_angle_restraints,
 142     d_angle_restraints_z,
 143     d_distance_restraints,
 144     d_orientation_restraints,
 145     d_dihedral_restraints,
 146     d_cmap,
 147     d_maxdir,
 148     d_invalid,
 149     d_none
 150 } directive;
 151
 152 #ifdef __cplusplus
 153 }
 154 #endif
 155
 156 #endif  /* _grompp_h */