src/gromacs/legacyheaders/genborn.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38
  39 #ifndef _genborn_h
  40 #define _genborn_h
  41
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "types/commrec.h"
  44 #include "grompp.h"
  45
  46 #ifdef __cplusplus
  47 extern "C" {
  48 #endif
  49
  50 /* Still parameters - make sure to edit in genborn_sse.c too if you change these! */
  51 #define STILL_P1  0.073*0.1              /* length        */
  52 #define STILL_P2  0.921*0.1*CAL2JOULE    /* energy*length */
  53 #define STILL_P3  6.211*0.1*CAL2JOULE    /* energy*length */
  54 #define STILL_P4  15.236*0.1*CAL2JOULE
  55 #define STILL_P5  1.254
  56
  57 #define STILL_P5INV (1.0/STILL_P5)
  58 #define STILL_PIP5  (M_PI*STILL_P5)
  59
  60
  61 /* Initialise GB stuff */
  62 int init_gb(gmx_genborn_t **p_born,
  63             const t_commrec *cr, t_forcerec *fr, const t_inputrec *ir,
  64             const gmx_mtop_t *mtop, int gb_algorithm);
  65
  66
  67 /* Born radii calculations, both with and without SSE acceleration */
  68 int calc_gb_rad(t_commrec *cr, t_forcerec *fr, t_inputrec *ir, gmx_localtop_t *top, rvec x[], t_nblist *nl, gmx_genborn_t *born, t_mdatoms *md, t_nrnb     *nrnb);
  69
  70
  71
  72 /* Bonded GB interactions */
  73 real gb_bonds_tab(rvec x[], rvec f[], rvec fshift[], real *charge, real *p_gbtabscale,
  74                   real *invsqrta, real *dvda, real *GBtab, t_idef *idef, real epsilon_r,
  75                   real gb_epsilon_solvent, real facel, const t_pbc *pbc, const t_graph *graph);
  76
  77
  78
  79 void gb_pd_send(t_commrec *cr, real *send_data, int nr);
  80
  81
  82 /* Functions for setting up the F_GB12,13,14 lists in grompp */
  83 int
  84 init_gb_plist(t_params *p_list);
  85
  86 int
  87 convert_gb_params(gmx_ffparams_t *ffparams, t_functype ftype, t_params *gb_plist, t_ilist *il);
  88
  89
  90
  91 /* Functions for calculating adjustments due to ie chain rule terms */
  92 void
  93 calc_gb_forces(t_commrec *cr, t_mdatoms *md, gmx_genborn_t *born, gmx_localtop_t *top,
  94                rvec x[], rvec f[], t_forcerec *fr, t_idef *idef, int gb_algorithm, int sa_algorithm, t_nrnb *nrnb,
  95                const t_pbc *pbc, const t_graph *graph, gmx_enerdata_t *enerd);
  96
  97
  98 int
  99 make_gb_nblist(t_commrec *cr, int gb_algorithm,
 100                rvec x[], matrix box,
 101                t_forcerec *fr, t_idef *idef, t_graph *graph, gmx_genborn_t *born);
 102
 103 void
 104 make_local_gb(const t_commrec *cr, gmx_genborn_t *born, int gb_algorithm);
 105
 106 #ifdef __cplusplus
 107 }
 108 #endif
 109
 110 #endif /* _genborn_h */