src/gromacs/legacyheaders/domdec.h

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  * This file is part of Gromacs        Copyright (c) 1991-2008
   5  * David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, University of Groningen.
   6  *
   7  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  13  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org
  14  *
  15  * And Hey:
  16  * Gnomes, ROck Monsters And Chili Sauce
  17  */
  18
  19 #ifndef _domdec_h
  20 #define _domdec_h
  21
  22 #include "typedefs.h"
  23 #include "types/commrec.h"
  24 #include "vsite.h"
  25 #include "genborn.h"
  26
  27 #ifdef __cplusplus
  28 extern "C" {
  29 #endif
  30
  31 int ddglatnr(gmx_domdec_t *dd, int i);
  32 /* Returns the global topology atom number belonging to local atom index i.
  33  * This function is intended for writing ascii output
  34  * and returns atom numbers starting at 1.
  35  * When dd=NULL returns i+1.
  36  */
  37
  38 t_block *dd_charge_groups_global(gmx_domdec_t *dd);
  39 /* Return a block struct for the charge groups of the whole system */
  40
  41 gmx_bool dd_filled_nsgrid_home(gmx_domdec_t *dd);
  42 /* Is the ns grid already filled with the home particles? */
  43
  44 void dd_store_state(gmx_domdec_t *dd, t_state *state);
  45 /* Store the global cg indices of the home cgs in state,
  46  * so it can be reset, even after a new DD partitioning.
  47  */
  48
  49 gmx_domdec_zones_t *domdec_zones(gmx_domdec_t *dd);
  50
  51 void dd_get_ns_ranges(gmx_domdec_t *dd, int icg,
  52                       int *jcg0, int *jcg1, ivec shift0, ivec shift1);
  53
  54 int dd_natoms_vsite(gmx_domdec_t *dd);
  55
  56 void dd_get_constraint_range(gmx_domdec_t *dd,
  57                              int *at_start, int *at_end);
  58
  59 real dd_cutoff_mbody(gmx_domdec_t *dd);
  60
  61 real dd_cutoff_twobody(gmx_domdec_t *dd);
  62
  63 gmx_bool gmx_pmeonlynode(t_commrec *cr, int nodeid);
  64 /* Return if nodeid in cr->mpi_comm_mysim is a PME-only node */
  65
  66 void get_pme_ddnodes(t_commrec *cr, int pmenodeid,
  67                      int *nmy_ddnodes, int **my_ddnodes, int *node_peer);
  68 /* Returns the set of DD nodes that communicate with pme node cr->nodeid */
  69
  70 int dd_pme_maxshift_x(gmx_domdec_t *dd);
  71 /* Returns the maximum shift for coordinate communication in PME, dim x */
  72
  73 int dd_pme_maxshift_y(gmx_domdec_t *dd);
  74 /* Returns the maximum shift for coordinate communication in PME, dim y */
  75
  76 void make_dd_communicators(FILE *fplog, t_commrec *cr, int dd_node_order);
  77
  78 gmx_domdec_t *
  79 init_domain_decomposition(FILE *fplog,
  80                           t_commrec *cr,
  81                           unsigned long Flags,
  82                           ivec nc,
  83                           real comm_distance_min, real rconstr,
  84                           const char *dlb_opt, real dlb_scale,
  85                           const char *sizex, const char *sizey, const char *sizez,
  86                           gmx_mtop_t *mtop, t_inputrec *ir,
  87                           matrix box, rvec *x,
  88                           gmx_ddbox_t *ddbox,
  89                           int *npme_x, int *npme_y);
  90
  91 void dd_init_bondeds(FILE *fplog,
  92                      gmx_domdec_t *dd, gmx_mtop_t *mtop,
  93                      gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
  94                      t_inputrec *ir, gmx_bool bBCheck, cginfo_mb_t *cginfo_mb);
  95 /* Initialize data structures for bonded interactions */
  96
  97 gmx_bool dd_bonded_molpbc(gmx_domdec_t *dd, int ePBC);
  98 /* Returns if we need to do pbc for calculating bonded interactions */
  99
 100 void set_dd_parameters(FILE *fplog, gmx_domdec_t *dd, real dlb_scale,
 101                        t_inputrec *ir, t_forcerec *fr,
 102                        gmx_ddbox_t *ddbox);
 103 /* Set DD grid dimensions and limits,
 104  * should be called after calling dd_init_bondeds.
 105  */
 106
 107 gmx_bool change_dd_cutoff(t_commrec *cr, t_state *state, t_inputrec *ir,
 108                           real cutoff_req );
 109 /* Change the DD non-bonded communication cut-off.
 110  * This could fail when trying to increase the cut-off,
 111  * then FALSE will be returned and the cut-off is not modified.
 112  */
 113
 114 void change_dd_dlb_cutoff_limit(t_commrec *cr);
 115 /* Domain boundary changes due to the DD dynamic load balancing can limit
 116  * the cut-off distance that can be set in change_dd_cutoff. This function
 117  * limits the DLB such that using the currently set cut-off should still be
 118  * possible after subsequently setting a shorter cut-off with change_dd_cutoff.
 119  */
 120
 121 void setup_dd_grid(FILE *fplog, gmx_domdec_t *dd);
 122
 123 void dd_collect_vec(gmx_domdec_t *dd,
 124                     t_state *state_local, rvec *lv, rvec *v);
 125
 126 void dd_collect_state(gmx_domdec_t *dd,
 127                       t_state *state_local, t_state *state);
 128
 129 enum {
 130     ddCyclStep, ddCyclPPduringPME, ddCyclF, ddCyclPME, ddCyclNr
 131 };
 132
 133 void dd_cycles_add(gmx_domdec_t *dd, float cycles, int ddCycl);
 134 /* Add the wallcycle count to the DD counter */
 135
 136 void dd_force_flop_start(gmx_domdec_t *dd, t_nrnb *nrnb);
 137 /* Start the force flop count */
 138
 139 void dd_force_flop_stop(gmx_domdec_t *dd, t_nrnb *nrnb);
 140 /* Stop the force flop count */
 141
 142 float dd_pme_f_ratio(gmx_domdec_t *dd);
 143 /* Return the PME/PP force load ratio, or -1 if nothing was measured.
 144  * Should only be called on the DD master node.
 145  */
 146
 147 void dd_move_x(gmx_domdec_t *dd, matrix box, rvec x[]);
 148 /* Communicate the coordinates to the neighboring cells and do pbc. */
 149
 150 void dd_move_f(gmx_domdec_t *dd, rvec f[], rvec *fshift);
 151 /* Sum the forces over the neighboring cells.
 152  * When fshift!=NULL the shift forces are updated to obtain
 153  * the correct virial from the single sum including f.
 154  */
 155
 156 void dd_atom_spread_real(gmx_domdec_t *dd, real v[]);
 157 /* Communicate a real for each atom to the neighboring cells. */
 158
 159 void dd_atom_sum_real(gmx_domdec_t *dd, real v[]);
 160 /* Sum the contributions to a real for each atom over the neighboring cells. */
 161
 162 void dd_partition_system(FILE                *fplog,
 163                          gmx_large_int_t      step,
 164                          t_commrec           *cr,
 165                          gmx_bool             bMasterState,
 166                          int                  nstglobalcomm,
 167                          t_state             *state_global,
 168                          gmx_mtop_t          *top_global,
 169                          t_inputrec          *ir,
 170                          t_state             *state_local,
 171                          rvec               **f,
 172                          t_mdatoms           *mdatoms,
 173                          gmx_localtop_t      *top_local,
 174                          t_forcerec          *fr,
 175                          gmx_vsite_t         *vsite,
 176                          gmx_shellfc_t        shellfc,
 177                          gmx_constr_t         constr,
 178                          t_nrnb              *nrnb,
 179                          gmx_wallcycle_t      wcycle,
 180                          gmx_bool             bVerbose);
 181 /* Partition the system over the nodes.
 182  * step is only used for printing error messages.
 183  * If bMasterState==TRUE then state_global from the master node is used,
 184  * else state_local is redistributed between the nodes.
 185  * When f!=NULL, *f will be reallocated to the size of state_local.
 186  */
 187
 188 void reset_dd_statistics_counters(gmx_domdec_t *dd);
 189 /* Reset all the statistics and counters for total run counting */
 190
 191 void print_dd_statistics(t_commrec *cr, t_inputrec *ir, FILE *fplog);
 192
 193 /* In domdec_con.c */
 194
 195 void dd_move_f_vsites(gmx_domdec_t *dd, rvec *f, rvec *fshift);
 196
 197 void dd_clear_f_vsites(gmx_domdec_t *dd, rvec *f);
 198
 199 void dd_move_x_constraints(gmx_domdec_t *dd, matrix box,
 200                            rvec *x0, rvec *x1);
 201 /* Move x0 and also x1 if x1!=NULL */
 202
 203 void dd_move_x_vsites(gmx_domdec_t *dd, matrix box, rvec *x);
 204
 205 int *dd_constraints_nlocalatoms(gmx_domdec_t *dd);
 206
 207 void dd_clear_local_constraint_indices(gmx_domdec_t *dd);
 208
 209 void dd_clear_local_vsite_indices(gmx_domdec_t *dd);
 210
 211 int dd_make_local_vsites(gmx_domdec_t *dd, int at_start, t_ilist *lil);
 212
 213 int dd_make_local_constraints(gmx_domdec_t *dd, int at_start,
 214                               const gmx_mtop_t *mtop,
 215                               const int *cginfo,
 216                               gmx_constr_t constr, int nrec,
 217                               t_ilist *il_local);
 218
 219 void init_domdec_constraints(gmx_domdec_t *dd,
 220                              gmx_mtop_t   *mtop,
 221                              gmx_constr_t  constr);
 222
 223 void init_domdec_vsites(gmx_domdec_t *dd, int n_intercg_vsite);
 224
 225
 226 /* In domdec_top.c */
 227
 228 void dd_print_missing_interactions(FILE *fplog, t_commrec *cr,
 229                                    int local_count,  gmx_mtop_t *top_global, t_state *state_local);
 230
 231 void dd_make_reverse_top(FILE *fplog,
 232                          gmx_domdec_t *dd, gmx_mtop_t *mtop,
 233                          gmx_vsite_t *vsite, gmx_constr_t constr,
 234                          t_inputrec *ir, gmx_bool bBCheck);
 235
 236 void dd_make_local_cgs(gmx_domdec_t *dd, t_block *lcgs);
 237
 238 void dd_make_local_top(FILE *fplog,
 239                        gmx_domdec_t *dd, gmx_domdec_zones_t *zones,
 240                        int npbcdim, matrix box,
 241                        rvec cellsize_min, ivec npulse,
 242                        t_forcerec *fr,
 243                        rvec *cgcm_or_x,
 244                        gmx_vsite_t *vsite,
 245                        gmx_mtop_t *top, gmx_localtop_t *ltop);
 246
 247 void dd_sort_local_top(gmx_domdec_t *dd, t_mdatoms *mdatoms,
 248                        gmx_localtop_t *ltop);
 249 /* Sort ltop->ilist when we are doing free energy. */
 250
 251 gmx_localtop_t *dd_init_local_top(gmx_mtop_t *top_global);
 252
 253 void dd_init_local_state(gmx_domdec_t *dd,
 254                          t_state *state_global, t_state *local_state);
 255
 256 t_blocka *make_charge_group_links(gmx_mtop_t *mtop, gmx_domdec_t *dd,
 257                                   cginfo_mb_t *cginfo_mb);
 258
 259 void dd_bonded_cg_distance(FILE *fplog,
 260                            gmx_domdec_t *dd, gmx_mtop_t *mtop,
 261                            t_inputrec *ir, rvec *x, matrix box,
 262                            gmx_bool bBCheck,
 263                            real *r_2b, real *r_mb);
 264
 265 void write_dd_pdb(const char *fn, gmx_large_int_t step, const char *title,
 266                   gmx_mtop_t *mtop,
 267                   t_commrec *cr,
 268                   int natoms, rvec x[], matrix box);
 269 /* Dump a pdb file with the current DD home + communicated atoms.
 270  * When natoms=-1, dump all known atoms.
 271  */
 272
 273
 274 /* In domdec_setup.c */
 275
 276 real comm_box_frac(ivec dd_nc, real cutoff, gmx_ddbox_t *ddbox);
 277 /* Returns the volume fraction of the system that is communicated */
 278
 279 real dd_choose_grid(FILE *fplog,
 280                     t_commrec *cr, gmx_domdec_t *dd, t_inputrec *ir,
 281                     gmx_mtop_t *mtop, matrix box, gmx_ddbox_t *ddbox,
 282                     gmx_bool bDynLoadBal, real dlb_scale,
 283                     real cellsize_limit, real cutoff_dd,
 284                     gmx_bool bInterCGBondeds, gmx_bool bInterCGMultiBody);
 285 /* Determines the optimal DD cell setup dd->nc and possibly npmenodes
 286  * for the system.
 287  * On the master node returns the actual cellsize limit used.
 288  */
 289
 290
 291 /* In domdec_box.c */
 292
 293 void set_ddbox(gmx_domdec_t *dd, gmx_bool bMasterState, t_commrec *cr_sum,
 294                t_inputrec *ir, matrix box,
 295                gmx_bool bCalcUnboundedSize, t_block *cgs, rvec *x,
 296                gmx_ddbox_t *ddbox);
 297
 298 void set_ddbox_cr(t_commrec *cr, ivec *dd_nc,
 299                   t_inputrec *ir, matrix box, t_block *cgs, rvec *x,
 300                   gmx_ddbox_t *ddbox);
 301
 302 #ifdef __cplusplus
 303 }
 304 #endif
 305
 306 #endif  /* _domdec_h */