src/gromacs/legacyheaders/disre.h

   1
   2 /*
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  35  */
  36
  37 #ifndef _disre_h
  38 #define _disre_h
  39
  40 #include "sysstuff.h"
  41 #include "typedefs.h"
  42
  43 #ifdef __cplusplus
  44 extern "C" {
  45 #endif
  46
  47 void init_disres(FILE *fplog, const gmx_mtop_t *mtop,
  48                  t_inputrec *ir, const t_commrec *cr, gmx_bool bPartDecomp,
  49                  t_fcdata *fcd, t_state *state, gmx_bool bIsREMD);
  50 /* Initiate *fcd data, must be called once, nbonds is the number
  51  * of iatoms in the ilist of the idef struct.
  52  * When time averaging is used, the history is initialized in state,
  53  * unless it was read before from a checkpoint file.
  54  * The implementation of distance restraints with -multi
  55  * must differ according to whether REMD is active.
  56  */
  57
  58 void calc_disres_R_6(const gmx_multisim_t *ms,
  59                      int nfa, const t_iatom *fa, const t_iparams ip[],
  60                      const rvec *x, const t_pbc *pbc,
  61                      t_fcdata *fcd, history_t *hist);
  62 /* Calculates r and r^-3 (inst. and time averaged) for all pairs
  63  * and the ensemble averaged r^-6 (inst. and time averaged) for all restraints
  64  */
  65
  66 t_ifunc ta_disres;
  67 /* Calculate the distance restraint forces, return the potential */
  68
  69 void update_disres_history(t_fcdata *fcd, history_t *hist);
  70 /* Copy the new time averages that have been calculated in calc_disres_R_6 */
  71
  72 #ifdef __cplusplus
  73 }
  74 #endif
  75
  76 #endif  /* _disre_h */