src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35
  36 #ifndef _toppush_h
  37 #define _toppush_h
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40 #include "toputil.h"
  41 #include "gpp_atomtype.h"
  42 #include "gpp_bond_atomtype.h"
  43 #include "warninp.h"
  44
  45 typedef struct {
  46     int       nr;   /* The number of entries in the list            */
  47     int       nra2; /* The total number of entries in a                 */
  48     atom_id  *nra;  /* The number of entries in each a array (dim nr)   */
  49     atom_id **a;    /* The atom numbers (dim nr) the length of each element     */
  50     /* i is nra[i]                                              */
  51 } t_block2;
  52
  53 extern void generate_nbparams(int comb, int funct, t_params plist[],
  54                               gpp_atomtype_t atype,
  55                               warninp_t wi);
  56
  57 extern void push_at (t_symtab *symtab, gpp_atomtype_t at,
  58                      t_bond_atomtype bat, char *line, int nb_funct,
  59                      t_nbparam ***nbparam, t_nbparam ***pair,
  60                      warninp_t wi);
  61
  62 extern void push_bt(directive d, t_params bt[], int nral,
  63                     gpp_atomtype_t at, t_bond_atomtype bat, char *line,
  64                     warninp_t wi);
  65
  66 extern void push_dihedraltype(directive d, t_params bt[],
  67                               t_bond_atomtype bat, char *line,
  68                               warninp_t wi);
  69
  70 extern void push_cmaptype(directive d, t_params bt[], int nral, gpp_atomtype_t at,
  71                           t_bond_atomtype bat, char *line,
  72                           warninp_t wi);
  73
  74 extern void push_nbt(directive d, t_nbparam **nbt, gpp_atomtype_t atype,
  75                      char *plines, int nb_funct,
  76                      warninp_t wi);
  77
  78 void
  79 push_gb_params(gpp_atomtype_t atype,
  80                char          *line,
  81                warninp_t      wi);
  82
  83 extern void push_atom(t_symtab      *symtab,
  84                       t_block       *cgs,
  85                       t_atoms       *at,
  86                       gpp_atomtype_t atype,
  87                       char          *line,
  88                       int           *lastcg,
  89                       warninp_t      wi);
  90
  91 extern void push_bond(directive d, t_params bondtype[], t_params bond[],
  92                       t_atoms *at, gpp_atomtype_t atype, char *line,
  93                       gmx_bool bBonded, gmx_bool bGenPairs, real fudgeQQ,
  94                       gmx_bool bZero, gmx_bool *bWarn_copy_A_B,
  95                       warninp_t wi);
  96
  97 extern void push_cmap(directive d, t_params bondtype[], t_params bond[],
  98                       t_atoms *at, gpp_atomtype_t atype, char *line,
  99                       gmx_bool *bWarn_copy_A_B,
 100                       warninp_t wi);
 101
 102 extern void push_vsitesn(directive d, t_params bondtype[], t_params bond[],
 103                          t_atoms *at, gpp_atomtype_t atype, char *line,
 104                          warninp_t wi);
 105
 106 extern void push_mol(int nrmols, t_molinfo mols[], char *pline,
 107                      int *whichmol, int *nrcopies,
 108                      warninp_t wi);
 109
 110 extern void push_molt(t_symtab *symtab, int *nmol, t_molinfo **mol, char *line,
 111                       warninp_t wi);
 112
 113 extern void init_block2(t_block2 *b2, int natom);
 114
 115 extern void done_block2(t_block2 *b2);
 116
 117 extern void push_excl(char *line, t_block2 *b2);
 118
 119 extern void merge_excl(t_blocka *excl, t_block2 *b2);
 120
 121 extern void b_to_b2(t_blocka *b, t_block2 *b2);
 122
 123 extern void b2_to_b(t_block2 *b2, t_blocka *b);
 124
 125 extern int add_atomtype_decoupled(t_symtab *symtab, gpp_atomtype_t at,
 126                                   t_nbparam ***nbparam, t_nbparam ***pair);
 127 /* Add an atom type with all parameters set to zero (no interactions).
 128  * Returns the atom type number.
 129  */
 130
 131 extern void convert_moltype_couple(t_molinfo *mol, int atomtype_decouple,
 132                                    real fudgeQQ,
 133                                    int couple_lam0, int couple_lam1,
 134                                    gmx_bool bCoupleIntra,
 135                                    int nb_funct, t_params *nbp);
 136 /* Setup mol such that the B-state has no interaction with the rest
 137  * of the system, but full interaction with itself.
 138  */
 139
 140 #endif  /* _toppush_h */