src/gromacs/gmxpreprocess/h_db.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <string.h>
  41 #include "string2.h"
  42 #include "sysstuff.h"
  43 #include "smalloc.h"
  44 #include "futil.h"
  45 #include "symtab.h"
  46 #include "h_db.h"
  47 #include "gmxfio.h"
  48 #include "fflibutil.h"
  49 #include "gmx_fatal.h"
  50 #include "macros.h"
  51
  52 /* There are 11 types of adding hydrogens, numbered from
  53  * 1 thru 11. Each of these has a specific number of
  54  * control atoms, that determine how the hydrogens are added.
  55  * Here these number are given. Because arrays start at 0 an
  56  * extra dummy for index 0 is added
  57  */
  58 const int ncontrol[] = { -1, 3, 3, 3, 3, 4, 3, 1, 3, 3, 1, 1 };
  59 #define maxcontrol asize(ncontrol)
  60
  61 int compaddh(const void *a,const void *b)
  62 {
  63   t_hackblock *ah,*bh;
  64
  65   ah=(t_hackblock *)a;
  66   bh=(t_hackblock *)b;
  67   return gmx_strcasecmp(ah->name,bh->name);
  68 }
  69
  70 void print_ab(FILE *out,t_hack *hack,char *nname)
  71 {
  72   int i;
  73
  74   fprintf(out,"%d\t%d\t%s",hack->nr,hack->tp,nname);
  75   for(i=0; (i < hack->nctl); i++)
  76     fprintf(out,"\t%s",hack->a[i]);
  77   fprintf(out,"\n");
  78 }
  79
  80
  81 void read_ab(char *line,const char *fn,t_hack *hack)
  82 {
  83   int  i,nh,tp,ns;
  84   char a[4][12];
  85   char hn[32];
  86
  87   ns = sscanf(line,"%d%d%s%s%s%s%s",&nh,&tp,hn,a[0],a[1],a[2],a[3]);
  88   if (ns < 4)
  89     gmx_fatal(FARGS,"wrong format in input file %s on line\n%s\n",fn,line);
  90
  91   hack->nr=nh;
  92   hack->tp=tp;
  93   if ((tp < 1) || (tp >= maxcontrol))
  94     gmx_fatal(FARGS,"Error in hdb file %s:\nH-type should be in 1-%d. Offending line:\n%s",fn,maxcontrol-1,line);
  95
  96   hack->nctl = ns - 3;
  97   if ((hack->nctl != ncontrol[hack->tp]) && (ncontrol[hack->tp] != -1))
  98     gmx_fatal(FARGS,"Error in hdb file %s:\nWrong number of control atoms (%d iso %d) on line:\n%s\n",fn,hack->nctl,ncontrol[hack->tp],line);
  99   for(i=0; (i<hack->nctl); i++) {
 100     hack->a[i]=strdup(a[i]);
 101   }
 102   for(   ; i<4; i++) {
 103     hack->a[i]=NULL;
 104   }
 105   hack->oname=NULL;
 106   hack->nname=strdup(hn);
 107   hack->atom=NULL;
 108   hack->cgnr=NOTSET;
 109   hack->bXSet=FALSE;
 110   for(i=0; i<DIM; i++)
 111     hack->newx[i]=NOTSET;
 112 }
 113
 114 static void read_h_db_file(const char *hfn,int *nahptr,t_hackblock **ah)
 115 {
 116   FILE   *in;
 117   char   filebase[STRLEN],line[STRLEN], buf[STRLEN];
 118   int    i, n, nab, nah;
 119   t_hackblock *aah;
 120
 121   if (debug) fprintf(debug,"Hydrogen Database (%s):\n",hfn);
 122
 123   fflib_filename_base(hfn,filebase,STRLEN);
 124   /* Currently filebase is read and set, but not used.
 125    * hdb entries from any hdb file and be applied to rtp entries
 126    * in any rtp file.
 127    */
 128
 129   in = fflib_open(hfn);
 130
 131   nah = *nahptr;
 132   aah = *ah;
 133   while (fgets2(line,STRLEN-1,in)) {
 134     if (sscanf(line,"%s%n",buf,&n) != 1) {
 135       fprintf(stderr,"Error in hdb file: nah = %d\nline = '%s'\n",
 136               nah,line);
 137       break;
 138     }
 139     if (debug) fprintf(debug,"%s",buf);
 140     srenew(aah,nah+1);
 141     clear_t_hackblock(&aah[nah]);
 142     aah[nah].name     = strdup(buf);
 143     aah[nah].filebase = strdup(filebase);
 144
 145     if (sscanf(line+n,"%d",&nab) == 1) {
 146       if (debug) fprintf(debug,"  %d\n",nab);
 147       snew(aah[nah].hack,nab);
 148       aah[nah].nhack = nab;
 149       for(i=0; (i<nab); i++) {
 150         if (feof(in))
 151           gmx_fatal(FARGS, "Expected %d lines of hydrogens, found only %d "
 152                       "while reading Hydrogen Database %s residue %s",
 153                       nab, i-1, aah[nah].name, hfn);
 154         if(NULL==fgets(buf, STRLEN, in))
 155         {
 156           gmx_fatal(FARGS,"Error reading from file %s",hfn);
 157         }
 158         read_ab(buf,hfn,&(aah[nah].hack[i]));
 159       }
 160     }
 161     nah++;
 162   }
 163   ffclose(in);
 164
 165   /* Sort the list (necessary to be able to use bsearch */
 166   qsort(aah,nah,(size_t)sizeof(**ah),compaddh);
 167
 168   /*
 169   if (debug)
 170     dump_h_db(hfn,nah,aah);
 171   */
 172
 173   *nahptr = nah;
 174   *ah     = aah;
 175 }
 176
 177 int read_h_db(const char *ffdir,t_hackblock **ah)
 178 {
 179   int  nhdbf,f;
 180   char **hdbf;
 181   int  nah;
 182   FILE *fp;
 183
 184   /* Read the hydrogen database file(s).
 185    * Do not generate an error when no files are found.
 186    */
 187   nhdbf = fflib_search_file_end(ffdir,".hdb",FALSE,&hdbf);
 188   nah = 0;
 189   *ah = NULL;
 190   for(f=0; f<nhdbf; f++) {
 191     read_h_db_file(hdbf[f],&nah,ah);
 192     sfree(hdbf[f]);
 193   }
 194   sfree(hdbf);
 195
 196   return nah;
 197 }
 198
 199 t_hackblock *search_h_db(int nh,t_hackblock ah[],char *key)
 200 {
 201   t_hackblock ahkey,*result;
 202
 203   if (nh <= 0)
 204     return NULL;
 205
 206   ahkey.name=key;
 207
 208   result=(t_hackblock *)bsearch(&ahkey,ah,nh,(size_t)sizeof(ah[0]),compaddh);
 209
 210   return result;
 211 }