src/gromacs/gmxlib/strdb.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <stdio.h>
  42 #include <stdlib.h>
  43 #include "string2.h"
  44 #include "gromacs/fileio/futil.h"
  45 #include "smalloc.h"
  46 #include "gmx_fatal.h"
  47 #include "strdb.h"
  48
  49 gmx_bool get_a_line(FILE *fp, char line[], int n)
  50 {
  51     char *line0;
  52     char *dum;
  53
  54     snew(line0, n+1);
  55
  56     do
  57     {
  58         if (!fgets(line0, n+1, fp))
  59         {
  60             sfree(line0);
  61             return FALSE;
  62         }
  63         dum = strchr(line0, '\n');
  64         if (dum)
  65         {
  66             dum[0] = '\0';
  67         }
  68         else if (strlen(line0) == n)
  69         {
  70             fprintf(stderr, "Warning: line length exceeds buffer length (%d), data might be corrupted\n", n);
  71             line0[n-1] = '\0';
  72         }
  73         else
  74         {
  75             fprintf(stderr, "Warning: file does not end with a newline, last line:\n%s\n",
  76                     line0);
  77         }
  78         dum = strchr(line0, ';');
  79         if (dum)
  80         {
  81             dum[0] = '\0';
  82         }
  83         strncpy(line, line0, n);
  84         dum = line0;
  85         ltrim(dum);
  86     }
  87     while (dum[0] == '\0');
  88
  89     sfree(line0);
  90     return TRUE;
  91 }
  92
  93 gmx_bool get_header(char line[], char *header)
  94 {
  95     char temp[STRLEN], *dum;
  96
  97     strcpy(temp, line);
  98     dum = strchr(temp, '[');
  99     if (dum == NULL)
 100     {
 101         return FALSE;
 102     }
 103     dum[0] = ' ';
 104     dum    = strchr(temp, ']');
 105     if (dum == NULL)
 106     {
 107         gmx_fatal(FARGS, "header is not terminated on line:\n'%s'\n", line);
 108         return FALSE;
 109     }
 110     dum[0] = '\0';
 111     if (sscanf(temp, "%s%*s", header) != 1)
 112     {
 113         return FALSE;
 114     }
 115
 116     return TRUE;
 117 }
 118
 119 int get_strings(const char *db, char ***strings)
 120 {
 121     FILE  *in;
 122     char **ptr;
 123     char   buf[256];
 124     int    i, nstr;
 125
 126     in = libopen(db);
 127
 128     if (fscanf(in, "%d", &nstr) != 1)
 129     {
 130         gmx_warning("File %s is empty", db);
 131         ffclose(in);
 132         return 0;
 133     }
 134     snew(ptr, nstr);
 135     for (i = 0; (i < nstr); i++)
 136     {
 137         if (1 != fscanf(in, "%s", buf))
 138         {
 139             gmx_fatal(FARGS, "Cannot read string from buffer");
 140         }
 141 #ifdef DEBUG
 142         fprintf(stderr, "Have read: %s\n", buf);
 143 #endif
 144         ptr[i] = strdup(buf);
 145     }
 146     ffclose(in);
 147
 148     *strings = ptr;
 149
 150     return nstr;
 151 }
 152
 153 int search_str(int nstr, char **str, char *key)
 154 {
 155     int i;
 156
 157     /* Linear search */
 158     for (i = 0; (i < nstr); i++)
 159     {
 160         if (gmx_strcasecmp(str[i], key) == 0)
 161         {
 162             return i;
 163         }
 164     }
 165
 166     return -1;
 167 }
 168
 169 int fget_lines(FILE *in, char ***strings)
 170 {
 171     char **ptr;
 172     char   buf[STRLEN];
 173     int    i, nstr;
 174     char  *pret;
 175
 176     pret = fgets(buf, STRLEN-1, in);
 177     if (pret == NULL  || sscanf(buf, "%d", &nstr) != 1)
 178     {
 179         gmx_warning("File is empty");
 180         ffclose(in);
 181
 182         return 0;
 183     }
 184     snew(ptr, nstr);
 185     for (i = 0; (i < nstr); i++)
 186     {
 187         fgets2(buf, STRLEN-1, in);
 188         ptr[i] = gmx_strdup(buf);
 189     }
 190
 191     (*strings) = ptr;
 192
 193     return nstr;
 194 }
 195
 196 int get_lines(const char *db, char ***strings)
 197 {
 198     FILE *in;
 199     int   nstr;
 200
 201     in   = libopen(db);
 202     nstr = fget_lines(in, strings);
 203     ffclose(in);
 204
 205     return nstr;
 206 }
 207
 208 int get_file(const char *db, char ***strings)
 209 {
 210     FILE  *in;
 211     char **ptr = NULL;
 212     char   buf[STRLEN];
 213     int    i, nstr, maxi;
 214
 215     in = libopen(db);
 216
 217     i = maxi = 0;
 218     while (fgets2(buf, STRLEN-1, in))
 219     {
 220         if (i >= maxi)
 221         {
 222             maxi += 50;
 223             srenew(ptr, maxi);
 224         }
 225         ptr[i] = strdup(buf);
 226         i++;
 227     }
 228     nstr = i;
 229     ffclose(in);
 230     srenew(ptr, nstr);
 231     *strings = ptr;
 232
 233     return nstr;
 234 }