src/gromacs/gmxlib/strdb.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include <stdlib.h>
  41 #include "string2.h"
  42 #include "futil.h"
  43 #include "smalloc.h"
  44 #include "gmx_fatal.h"
  45 #include "strdb.h"
  46
  47 gmx_bool get_a_line(FILE *fp, char line[], int n)
  48 {
  49     char *line0;
  50     char *dum;
  51
  52     snew(line0, n+1);
  53
  54     do
  55     {
  56         if (!fgets(line0, n+1, fp))
  57         {
  58             sfree(line0);
  59             return FALSE;
  60         }
  61         dum = strchr(line0, '\n');
  62         if (dum)
  63         {
  64             dum[0] = '\0';
  65         }
  66         else if (strlen(line0) == n)
  67         {
  68             fprintf(stderr, "Warning: line length exceeds buffer length (%d), data might be corrupted\n", n);
  69             line0[n-1] = '\0';
  70         }
  71         else
  72         {
  73             fprintf(stderr, "Warning: file does not end with a newline, last line:\n%s\n",
  74                     line0);
  75         }
  76         dum = strchr(line0, ';');
  77         if (dum)
  78         {
  79             dum[0] = '\0';
  80         }
  81         strncpy(line, line0, n);
  82         dum = line0;
  83         ltrim(dum);
  84     }
  85     while (dum[0] == '\0');
  86
  87     sfree(line0);
  88     return TRUE;
  89 }
  90
  91 gmx_bool get_header(char line[], char *header)
  92 {
  93     char temp[STRLEN], *dum;
  94
  95     strcpy(temp, line);
  96     dum = strchr(temp, '[');
  97     if (dum == NULL)
  98     {
  99         return FALSE;
 100     }
 101     dum[0] = ' ';
 102     dum    = strchr(temp, ']');
 103     if (dum == NULL)
 104     {
 105         gmx_fatal(FARGS, "header is not terminated on line:\n'%s'\n", line);
 106         return FALSE;
 107     }
 108     dum[0] = '\0';
 109     if (sscanf(temp, "%s%*s", header) != 1)
 110     {
 111         return FALSE;
 112     }
 113
 114     return TRUE;
 115 }
 116
 117 int get_strings(const char *db, char ***strings)
 118 {
 119     FILE  *in;
 120     char **ptr;
 121     char   buf[256];
 122     int    i, nstr;
 123
 124     in = libopen(db);
 125
 126     if (fscanf(in, "%d", &nstr) != 1)
 127     {
 128         gmx_warning("File %s is empty", db);
 129         ffclose(in);
 130         return 0;
 131     }
 132     snew(ptr, nstr);
 133     for (i = 0; (i < nstr); i++)
 134     {
 135         if (1 != fscanf(in, "%s", buf))
 136         {
 137             gmx_fatal(FARGS, "Cannot read string from buffer");
 138         }
 139 #ifdef DEBUG
 140         fprintf(stderr, "Have read: %s\n", buf);
 141 #endif
 142         ptr[i] = strdup(buf);
 143     }
 144     ffclose(in);
 145
 146     *strings = ptr;
 147
 148     return nstr;
 149 }
 150
 151 int search_str(int nstr, char **str, char *key)
 152 {
 153     int i;
 154
 155     /* Linear search */
 156     for (i = 0; (i < nstr); i++)
 157     {
 158         if (gmx_strcasecmp(str[i], key) == 0)
 159         {
 160             return i;
 161         }
 162     }
 163
 164     return -1;
 165 }
 166
 167 int fget_lines(FILE *in, char ***strings)
 168 {
 169     char **ptr;
 170     char   buf[256];
 171     int    i, nstr;
 172     char  *pret;
 173
 174     pret = fgets(buf, 255, in);
 175     if (pret == NULL  || sscanf(buf, "%d", &nstr) != 1)
 176     {
 177         gmx_warning("File is empty");
 178         ffclose(in);
 179
 180         return 0;
 181     }
 182     snew(ptr, nstr);
 183     for (i = 0; (i < nstr); i++)
 184     {
 185         fgets2(buf, 255, in);
 186         ptr[i] = gmx_strdup(buf);
 187     }
 188
 189     (*strings) = ptr;
 190
 191     return nstr;
 192 }
 193
 194 int get_lines(const char *db, char ***strings)
 195 {
 196     FILE *in;
 197     int   nstr;
 198
 199     in   = libopen(db);
 200     nstr = fget_lines(in, strings);
 201     ffclose(in);
 202
 203     return nstr;
 204 }
 205
 206 int get_file(const char *db, char ***strings)
 207 {
 208     FILE  *in;
 209     char **ptr = NULL;
 210     char   buf[STRLEN];
 211     int    i, nstr, maxi;
 212
 213     in = libopen(db);
 214
 215     i = maxi = 0;
 216     while (fgets2(buf, STRLEN-1, in))
 217     {
 218         if (i >= maxi)
 219         {
 220             maxi += 50;
 221             srenew(ptr, maxi);
 222         }
 223         ptr[i] = strdup(buf);
 224         i++;
 225     }
 226     nstr = i;
 227     ffclose(in);
 228     srenew(ptr, nstr);
 229     *strings = ptr;
 230
 231     return nstr;
 232 }