src/gromacs/gmxana/gmx_rama.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <math.h>
  42 #include <string.h>
  43
  44 #include "typedefs.h"
  45 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  46 #include "macros.h"
  47 #include "gromacs/math/vec.h"
  48 #include "gromacs/fileio/xvgr.h"
  49 #include "viewit.h"
  50 #include "gromacs/math/units.h"
  51 #include "pbc.h"
  52 #include "gromacs/utility/futil.h"
  53 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  54 #include "index.h"
  55 #include "nrama.h"
  56 #include "gmx_ana.h"
  57
  58
  59 static void plot_rama(FILE *out, t_xrama *xr)
  60 {
  61     int  i;
  62     real phi, psi;
  63
  64     for (i = 0; (i < xr->npp); i++)
  65     {
  66         phi = xr->dih[xr->pp[i].iphi].ang*RAD2DEG;
  67         psi = xr->dih[xr->pp[i].ipsi].ang*RAD2DEG;
  68         fprintf(out, "%g  %g  %s\n", phi, psi, xr->pp[i].label);
  69     }
  70 }
  71
  72 int gmx_rama(int argc, char *argv[])
  73 {
  74     const char  *desc[] = {
  75         "[THISMODULE] selects the [GRK]phi[grk]/[GRK]psi[grk] dihedral combinations from your topology file",
  76         "and computes these as a function of time.",
  77         "Using simple Unix tools such as [IT]grep[it] you can select out",
  78         "specific residues."
  79     };
  80
  81     FILE        *out;
  82     t_xrama     *xr;
  83     int          j;
  84     output_env_t oenv;
  85     t_filenm     fnm[] = {
  86         { efTRX, "-f", NULL,  ffREAD },
  87         { efTPX, NULL, NULL,  ffREAD },
  88         { efXVG, NULL, "rama", ffWRITE }
  89     };
  90 #define NFILE asize(fnm)
  91
  92     if (!parse_common_args(&argc, argv, PCA_CAN_VIEW | PCA_CAN_TIME | PCA_BE_NICE,
  93                            NFILE, fnm, 0, NULL, asize(desc), desc, 0, NULL, &oenv))
  94     {
  95         return 0;
  96     }
  97
  98
  99     snew(xr, 1);
 100     init_rama(oenv, ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm), ftp2fn(efTPX, NFILE, fnm), xr, 3);
 101
 102     out = xvgropen(ftp2fn(efXVG, NFILE, fnm), "Ramachandran Plot", "Phi", "Psi", oenv);
 103     xvgr_line_props(out, 0, elNone, ecFrank, oenv);
 104     xvgr_view(out, 0.2, 0.2, 0.8, 0.8, oenv);
 105     xvgr_world(out, -180, -180, 180, 180, oenv);
 106     fprintf(out, "@    xaxis  tick on\n@    xaxis  tick major 60\n@    xaxis  tick minor 30\n");
 107     fprintf(out, "@    yaxis  tick on\n@    yaxis  tick major 60\n@    yaxis  tick minor 30\n");
 108     fprintf(out, "@ s0 symbol 2\n@ s0 symbol size 0.4\n@ s0 symbol fill 1\n");
 109
 110     j = 0;
 111     do
 112     {
 113         plot_rama(out, xr);
 114         j++;
 115     }
 116     while (new_data(xr));
 117     fprintf(stderr, "\n");
 118     gmx_ffclose(out);
 119
 120     do_view(oenv, ftp2fn(efXVG, NFILE, fnm), NULL);
 121
 122     return 0;
 123 }