src/gromacs/gmxana/addconf.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <stdlib.h>
  42 #include <string.h>
  43 #include "vec.h"
  44 #include "macros.h"
  45 #include "smalloc.h"
  46 #include "addconf.h"
  47 #include "force.h"
  48 #include "gstat.h"
  49 #include "names.h"
  50 #include "nsgrid.h"
  51 #include "mdatoms.h"
  52 #include "nrnb.h"
  53 #include "ns.h"
  54 #include "mtop_util.h"
  55 #include "chargegroup.h"
  56
  57 static real box_margin;
  58
  59 static real max_dist(rvec *x, real *r, int start, int end)
  60 {
  61     real maxd;
  62     int  i, j;
  63
  64     maxd = 0;
  65     for (i = start; i < end; i++)
  66     {
  67         for (j = i+1; j < end; j++)
  68         {
  69             maxd = max(maxd, sqrt(distance2(x[i], x[j]))+0.5*(r[i]+r[j]));
  70         }
  71     }
  72
  73     return 0.5*maxd;
  74 }
  75
  76 static gmx_bool outside_box_minus_margin2(rvec x, matrix box)
  77 {
  78     return ( (x[XX] < 2*box_margin) || (x[XX] > box[XX][XX]-2*box_margin) ||
  79              (x[YY] < 2*box_margin) || (x[YY] > box[YY][YY]-2*box_margin) ||
  80              (x[ZZ] < 2*box_margin) || (x[ZZ] > box[ZZ][ZZ]-2*box_margin) );
  81 }
  82
  83 static gmx_bool outside_box_plus_margin(rvec x, matrix box)
  84 {
  85     return ( (x[XX] < -box_margin) || (x[XX] > box[XX][XX]+box_margin) ||
  86              (x[YY] < -box_margin) || (x[YY] > box[YY][YY]+box_margin) ||
  87              (x[ZZ] < -box_margin) || (x[ZZ] > box[ZZ][ZZ]+box_margin) );
  88 }
  89
  90 static int mark_res(int at, gmx_bool *mark, int natoms, t_atom *atom, int *nmark)
  91 {
  92     int resind;
  93
  94     resind = atom[at].resind;
  95     while ( (at > 0) && (resind == atom[at-1].resind) )
  96     {
  97         at--;
  98     }
  99     while ( (at < natoms) && (resind == atom[at].resind) )
 100     {
 101         if (!mark[at])
 102         {
 103             mark[at] = TRUE;
 104             (*nmark)++;
 105         }
 106         at++;
 107     }
 108
 109     return at;
 110 }
 111
 112 static real find_max_real(int n, real radius[])
 113 {
 114     int  i;
 115     real rmax;
 116
 117     rmax = 0;
 118     if (n > 0)
 119     {
 120         rmax = radius[0];
 121         for (i = 1; (i < n); i++)
 122         {
 123             rmax = max(rmax, radius[i]);
 124         }
 125     }
 126     return rmax;
 127 }
 128
 129 static void combine_atoms(t_atoms *ap, t_atoms *as,
 130                           rvec xp[], rvec *vp, rvec xs[], rvec *vs,
 131                           t_atoms **a_comb, rvec **x_comb, rvec **v_comb)
 132 {
 133     t_atoms *ac;
 134     rvec    *xc, *vc = NULL;
 135     int      i, j, natot, res0;
 136
 137     /* Total number of atoms */
 138     natot = ap->nr+as->nr;
 139
 140     snew(ac, 1);
 141     init_t_atoms(ac, natot, FALSE);
 142
 143     snew(xc, natot);
 144     if (vp && vs)
 145     {
 146         snew(vc, natot);
 147     }
 148
 149     /* Fill the new structures */
 150     for (i = j = 0; (i < ap->nr); i++, j++)
 151     {
 152         copy_rvec(xp[i], xc[j]);
 153         if (vc)
 154         {
 155             copy_rvec(vp[i], vc[j]);
 156         }
 157         memcpy(&(ac->atom[j]), &(ap->atom[i]), sizeof(ap->atom[i]));
 158         ac->atom[j].type = 0;
 159     }
 160     res0 = ap->nres;
 161     for (i = 0; (i < as->nr); i++, j++)
 162     {
 163         copy_rvec(xs[i], xc[j]);
 164         if (vc)
 165         {
 166             copy_rvec(vs[i], vc[j]);
 167         }
 168         memcpy(&(ac->atom[j]), &(as->atom[i]), sizeof(as->atom[i]));
 169         ac->atom[j].type    = 0;
 170         ac->atom[j].resind += res0;
 171     }
 172     ac->nr   = j;
 173     ac->nres = ac->atom[j-1].resind+1;
 174     /* Fill all elements to prevent uninitialized memory */
 175     for (i = 0; i < ac->nr; i++)
 176     {
 177         ac->atom[i].m     = 1;
 178         ac->atom[i].q     = 0;
 179         ac->atom[i].mB    = 1;
 180         ac->atom[i].qB    = 0;
 181         ac->atom[i].type  = 0;
 182         ac->atom[i].typeB = 0;
 183         ac->atom[i].ptype = eptAtom;
 184     }
 185
 186     /* Return values */
 187     *a_comb = ac;
 188     *x_comb = xc;
 189     *v_comb = vc;
 190 }
 191
 192 static t_forcerec *fr = NULL;
 193
 194 void do_nsgrid(FILE *fp, gmx_bool bVerbose,
 195                matrix box, rvec x[], t_atoms *atoms, real rlong,
 196                const output_env_t oenv)
 197 {
 198     gmx_mtop_t     *mtop;
 199     gmx_localtop_t *top;
 200     t_mdatoms      *md;
 201     t_block        *cgs;
 202     t_inputrec     *ir;
 203     t_nrnb          nrnb;
 204     t_commrec      *cr;
 205     int            *cg_index;
 206     gmx_moltype_t  *molt;
 207     gmx_ffparams_t *ffp;
 208     ivec           *nFreeze;
 209     int             i, m, natoms;
 210     rvec            box_size;
 211     real           *lambda, *dvdl;
 212
 213     natoms = atoms->nr;
 214
 215     /* Charge group index */
 216     snew(cg_index, natoms);
 217     for (i = 0; (i < natoms); i++)
 218     {
 219         cg_index[i] = i;
 220     }
 221
 222     /* Topology needs charge groups and exclusions */
 223     snew(mtop, 1);
 224     init_mtop(mtop);
 225     mtop->natoms = natoms;
 226     /* Make one moltype that contains the whol system */
 227     mtop->nmoltype = 1;
 228     snew(mtop->moltype, mtop->nmoltype);
 229     molt        = &mtop->moltype[0];
 230     molt->name  = mtop->name;
 231     molt->atoms = *atoms;
 232     stupid_fill_block(&molt->cgs, mtop->natoms, FALSE);
 233     stupid_fill_blocka(&molt->excls, natoms);
 234     /* Make one molblock for the whole system */
 235     mtop->nmolblock = 1;
 236     snew(mtop->molblock, mtop->nmolblock);
 237     mtop->molblock[0].type       = 0;
 238     mtop->molblock[0].nmol       = 1;
 239     mtop->molblock[0].natoms_mol = natoms;
 240     /* Initialize a single energy group */
 241     mtop->groups.grps[egcENER].nr = 1;
 242     mtop->groups.ngrpnr[egcENER]  = 0;
 243     mtop->groups.grpnr[egcENER]   = NULL;
 244
 245     ffp = &mtop->ffparams;
 246
 247     ffp->ntypes = 1;
 248     ffp->atnr   = 1;
 249     ffp->reppow = 12;
 250     snew(ffp->functype, 1);
 251     snew(ffp->iparams, 1);
 252     ffp->iparams[0].lj.c6  = 1;
 253     ffp->iparams[0].lj.c12 = 1;
 254
 255     /* inputrec structure */
 256     snew(ir, 1);
 257     ir->coulombtype = eelCUT;
 258     ir->vdwtype     = evdwCUT;
 259     ir->ndelta      = 2;
 260     ir->ns_type     = ensGRID;
 261     snew(ir->opts.egp_flags, 1);
 262
 263     top = gmx_mtop_generate_local_top(mtop, ir);
 264
 265     /* Some nasty shortcuts */
 266     cgs  = &(top->cgs);
 267
 268     /* mdatoms structure */
 269     snew(nFreeze, 2);
 270     snew(md, 1);
 271     md = init_mdatoms(fp, mtop, FALSE);
 272     atoms2md(mtop, ir, 0, NULL, 0, mtop->natoms, md);
 273     sfree(nFreeze);
 274
 275     /* forcerec structure */
 276     if (fr == NULL)
 277     {
 278         fr = mk_forcerec();
 279     }
 280     snew(cr, 1);
 281     cr->nnodes   = 1;
 282     /* cr->nthreads = 1; */
 283
 284     /*    ir->rlist       = ir->rcoulomb = ir->rvdw = rlong;
 285        printf("Neighborsearching with a cut-off of %g\n",rlong);
 286        init_forcerec(stdout,fr,ir,top,cr,md,box,FALSE,NULL,NULL,NULL,TRUE);*/
 287     fr->cg0     = 0;
 288     fr->hcg     = top->cgs.nr;
 289     fr->nWatMol = 0;
 290
 291     /* Prepare for neighboursearching */
 292     init_nrnb(&nrnb);
 293
 294     /* Init things dependent on parameters */
 295     ir->rlistlong = ir->rlist = ir->rcoulomb = ir->rvdw = rlong;
 296     /* create free energy data to avoid NULLs */
 297     snew(ir->fepvals, 1);
 298     printf("Neighborsearching with a cut-off of %g\n", rlong);
 299     init_forcerec(stdout, oenv, fr, NULL, ir, mtop, cr, box,
 300                   NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, TRUE, -1);
 301     if (debug)
 302     {
 303         pr_forcerec(debug, fr);
 304     }
 305
 306     /* Calculate new stuff dependent on coords and box */
 307     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 308     {
 309         box_size[m] = box[m][m];
 310     }
 311     calc_shifts(box, fr->shift_vec);
 312     put_charge_groups_in_box(fp, 0, cgs->nr, fr->ePBC, box, cgs, x, fr->cg_cm);
 313
 314     /* Do the actual neighboursearching */
 315     snew(lambda, efptNR);
 316     snew(dvdl, efptNR);
 317     init_neighbor_list(fp, fr, md->homenr);
 318     search_neighbours(fp, fr, box, top,
 319                       &mtop->groups, cr, &nrnb, md, TRUE, FALSE);
 320
 321     if (debug)
 322     {
 323         dump_nblist(debug, cr, fr, 0);
 324     }
 325
 326     if (bVerbose)
 327     {
 328         fprintf(stderr, "Successfully made neighbourlist\n");
 329     }
 330 }
 331
 332 gmx_bool bXor(gmx_bool b1, gmx_bool b2)
 333 {
 334     return (b1 && !b2) || (b2 && !b1);
 335 }
 336
 337 void add_conf(t_atoms *atoms, rvec **x, rvec **v, real **r, gmx_bool bSrenew,
 338               int ePBC, matrix box, gmx_bool bInsert,
 339               t_atoms *atoms_solvt, rvec *x_solvt, rvec *v_solvt, real *r_solvt,
 340               gmx_bool bVerbose, real rshell, int max_sol, const output_env_t oenv)
 341 {
 342     t_nblist       *nlist;
 343     t_atoms        *atoms_all;
 344     real            max_vdw, *r_prot, *r_all, n2, r2, ib1, ib2;
 345     int             natoms_prot, natoms_solvt;
 346     int             i, j, jj, m, j0, j1, jjj, jnres, jnr, inr, iprot, is1, is2;
 347     int             prev, resnr, nresadd, d, k, ncells, maxincell;
 348     int             dx0, dx1, dy0, dy1, dz0, dz1;
 349     int             ntest, nremove, nkeep;
 350     rvec            dx, xi, xj, xpp, *x_all, *v_all;
 351     gmx_bool       *remove, *keep;
 352     int             bSolSol;
 353
 354     natoms_prot  = atoms->nr;
 355     natoms_solvt = atoms_solvt->nr;
 356     if (natoms_solvt <= 0)
 357     {
 358         fprintf(stderr, "WARNING: Nothing to add\n");
 359         return;
 360     }
 361
 362     if (ePBC == epbcSCREW)
 363     {
 364         gmx_fatal(FARGS, "Sorry, %s pbc is not yet supported", epbc_names[ePBC]);
 365     }
 366
 367     if (bVerbose)
 368     {
 369         fprintf(stderr, "Calculating Overlap...\n");
 370     }
 371
 372     /* Set margin around box edges to largest solvent dimension.
 373      * The maximum distance between atoms in a solvent molecule should
 374      * be calculated. At the moment a fudge factor of 3 is used.
 375      */
 376     r_prot     = *r;
 377     box_margin = 3*find_max_real(natoms_solvt, r_solvt);
 378     max_vdw    = max(3*find_max_real(natoms_prot, r_prot), box_margin);
 379     fprintf(stderr, "box_margin = %g\n", box_margin);
 380
 381     snew(remove, natoms_solvt);
 382
 383     nremove = 0;
 384     if (!bInsert)
 385     {
 386         for (i = 0; i < atoms_solvt->nr; i++)
 387         {
 388             if (outside_box_plus_margin(x_solvt[i], box) )
 389             {
 390                 i = mark_res(i, remove, atoms_solvt->nr, atoms_solvt->atom, &nremove);
 391             }
 392         }
 393         fprintf(stderr, "Removed %d atoms that were outside the box\n", nremove);
 394     }
 395
 396     /* Define grid stuff for genbox */
 397     /* Largest VDW radius */
 398     snew(r_all, natoms_prot+natoms_solvt);
 399     for (i = j = 0; i < natoms_prot; i++, j++)
 400     {
 401         r_all[j] = r_prot[i];
 402     }
 403     for (i = 0; i < natoms_solvt; i++, j++)
 404     {
 405         r_all[j] = r_solvt[i];
 406     }
 407
 408     /* Combine arrays */
 409     combine_atoms(atoms, atoms_solvt, *x, v ? *v : NULL, x_solvt, v_solvt,
 410                   &atoms_all, &x_all, &v_all);
 411
 412     /* Do neighboursearching step */
 413     do_nsgrid(stdout, bVerbose, box, x_all, atoms_all, max_vdw, oenv);
 414
 415     /* check solvent with solute */
 416     nlist = &(fr->nblists[0].nlist_sr[eNL_VDW]);
 417     fprintf(stderr, "nri = %d, nrj = %d\n", nlist->nri, nlist->nrj);
 418     for (bSolSol = 0; (bSolSol <= (bInsert ? 0 : 1)); bSolSol++)
 419     {
 420         ntest = nremove = 0;
 421         fprintf(stderr, "Checking %s-Solvent overlap:",
 422                 bSolSol ? "Solvent" : "Protein");
 423         for (i = 0; (i < nlist->nri && nremove < natoms_solvt); i++)
 424         {
 425             inr = nlist->iinr[i];
 426             j0  = nlist->jindex[i];
 427             j1  = nlist->jindex[i+1];
 428             rvec_add(x_all[inr], fr->shift_vec[nlist->shift[i]], xi);
 429
 430             for (j = j0; (j < j1 && nremove < natoms_solvt); j++)
 431             {
 432                 jnr = nlist->jjnr[j];
 433                 copy_rvec(x_all[jnr], xj);
 434
 435                 /* Check solvent-protein and solvent-solvent */
 436                 is1 = inr-natoms_prot;
 437                 is2 = jnr-natoms_prot;
 438
 439                 /* Check if at least one of the atoms is a solvent that is not yet
 440                  * listed for removal, and if both are solvent, that they are not in the
 441                  * same residue.
 442                  */
 443                 if ((!bSolSol &&
 444                      bXor((is1 >= 0), (is2 >= 0)) && /* One atom is protein */
 445                      ((is1 < 0) || ((is1 >= 0) && !remove[is1])) &&
 446                      ((is2 < 0) || ((is2 >= 0) && !remove[is2]))) ||
 447
 448                     (bSolSol  &&
 449                      (is1 >= 0) && (!remove[is1]) &&                   /* is1 is solvent */
 450                      (is2 >= 0) && (!remove[is2]) &&                   /* is2 is solvent */
 451                      (bInsert ||                                       /* when inserting also check inside the box */
 452                       (outside_box_minus_margin2(x_solvt[is1], box) && /* is1 on edge */
 453                        outside_box_minus_margin2(x_solvt[is2], box))   /* is2 on edge */
 454                      ) &&
 455                      (atoms_solvt->atom[is1].resind !=                 /* Not the same residue */
 456                       atoms_solvt->atom[is2].resind)))
 457                 {
 458
 459                     ntest++;
 460                     rvec_sub(xi, xj, dx);
 461                     n2 = norm2(dx);
 462                     r2 = sqr(r_all[inr]+r_all[jnr]);
 463                     if (n2 < r2)
 464                     {
 465                         if (bInsert)
 466                         {
 467                             nremove = natoms_solvt;
 468                             for (k = 0; k < nremove; k++)
 469                             {
 470                                 remove[k] = TRUE;
 471                             }
 472                         }
 473                         /* Need only remove one of the solvents... */
 474                         if (is2 >= 0)
 475                         {
 476                             (void) mark_res(is2, remove, natoms_solvt, atoms_solvt->atom,
 477                                             &nremove);
 478                         }
 479                         else if (is1 >= 0)
 480                         {
 481                             (void) mark_res(is1, remove, natoms_solvt, atoms_solvt->atom,
 482                                             &nremove);
 483                         }
 484                         else
 485                         {
 486                             fprintf(stderr, "Neither atom is solvent%d %d\n", is1, is2);
 487                         }
 488                     }
 489                 }
 490             }
 491         }
 492         if (!bInsert)
 493         {
 494             fprintf(stderr, " tested %d pairs, removed %d atoms.\n", ntest, nremove);
 495         }
 496     }
 497     if (debug)
 498     {
 499         for (i = 0; i < natoms_solvt; i++)
 500         {
 501             fprintf(debug, "remove[%5d] = %s\n", i, bool_names[remove[i]]);
 502         }
 503     }
 504
 505     /* Search again, now with another cut-off */
 506     if (rshell > 0)
 507     {
 508         do_nsgrid(stdout, bVerbose, box, x_all, atoms_all, rshell, oenv);
 509         nlist = &(fr->nblists[0].nlist_sr[eNL_VDW]);
 510         fprintf(stderr, "nri = %d, nrj = %d\n", nlist->nri, nlist->nrj);
 511         nkeep = 0;
 512         snew(keep, natoms_solvt);
 513         for (i = 0; i < nlist->nri; i++)
 514         {
 515             inr = nlist->iinr[i];
 516             j0  = nlist->jindex[i];
 517             j1  = nlist->jindex[i+1];
 518
 519             for (j = j0; j < j1; j++)
 520             {
 521                 jnr = nlist->jjnr[j];
 522
 523                 /* Check solvent-protein and solvent-solvent */
 524                 is1 = inr-natoms_prot;
 525                 is2 = jnr-natoms_prot;
 526
 527                 /* Check if at least one of the atoms is a solvent that is not yet
 528                  * listed for removal, and if both are solvent, that they are not in the
 529                  * same residue.
 530                  */
 531                 if (is1 >= 0 && is2 < 0)
 532                 {
 533                     mark_res(is1, keep, natoms_solvt, atoms_solvt->atom, &nkeep);
 534                 }
 535                 else if (is1 < 0 && is2 >= 0)
 536                 {
 537                     mark_res(is2, keep, natoms_solvt, atoms_solvt->atom, &nkeep);
 538                 }
 539             }
 540         }
 541         fprintf(stderr, "Keeping %d solvent atoms after proximity check\n",
 542                 nkeep);
 543         for (i = 0; i < natoms_solvt; i++)
 544         {
 545             remove[i] = remove[i] || !keep[i];
 546         }
 547         sfree(keep);
 548     }
 549     /* count how many atoms and residues will be added and make space */
 550     if (bInsert)
 551     {
 552         j     = atoms_solvt->nr;
 553         jnres = atoms_solvt->nres;
 554     }
 555     else
 556     {
 557         j     = 0;
 558         jnres = 0;
 559         for (i = 0; ((i < atoms_solvt->nr) &&
 560                      ((max_sol == 0) || (jnres < max_sol))); i++)
 561         {
 562             if (!remove[i])
 563             {
 564                 j++;
 565                 if ((i == 0) ||
 566                     (atoms_solvt->atom[i].resind != atoms_solvt->atom[i-1].resind))
 567                 {
 568                     jnres++;
 569                 }
 570             }
 571         }
 572     }
 573     if (debug)
 574     {
 575         fprintf(debug, "Will add %d atoms in %d residues\n", j, jnres);
 576     }
 577     if (!bInsert)
 578     {
 579         /* Flag the remaing solvent atoms to be removed */
 580         jjj = atoms_solvt->atom[i-1].resind;
 581         for (; (i < atoms_solvt->nr); i++)
 582         {
 583             if (atoms_solvt->atom[i].resind > jjj)
 584             {
 585                 remove[i] = TRUE;
 586             }
 587             else
 588             {
 589                 j++;
 590             }
 591         }
 592     }
 593
 594     if (bSrenew)
 595     {
 596         srenew(atoms->resinfo,  atoms->nres+jnres);
 597         srenew(atoms->atomname, atoms->nr+j);
 598         srenew(atoms->atom,     atoms->nr+j);
 599         srenew(*x,              atoms->nr+j);
 600         if (v)
 601         {
 602             srenew(*v,       atoms->nr+j);
 603         }
 604         srenew(*r,              atoms->nr+j);
 605     }
 606
 607     /* add the selected atoms_solvt to atoms */
 608     if (atoms->nr > 0)
 609     {
 610         resnr = atoms->resinfo[atoms->atom[atoms->nr-1].resind].nr;
 611     }
 612     else
 613     {
 614         resnr = 0;
 615     }
 616     prev    = -1;
 617     nresadd = 0;
 618     for (i = 0; i < atoms_solvt->nr; i++)
 619     {
 620         if (!remove[i])
 621         {
 622             if (prev == -1 ||
 623                 atoms_solvt->atom[i].resind != atoms_solvt->atom[prev].resind)
 624             {
 625                 nresadd++;
 626                 atoms->nres++;
 627                 resnr++;
 628                 atoms->resinfo[atoms->nres-1] =
 629                     atoms_solvt->resinfo[atoms_solvt->atom[i].resind];
 630                 atoms->resinfo[atoms->nres-1].nr = resnr;
 631                 /* calculate shift of the solvent molecule using the first atom */
 632                 copy_rvec(x_solvt[i], dx);
 633                 put_atoms_in_box(ePBC, box, 1, &dx);
 634                 rvec_dec(dx, x_solvt[i]);
 635             }
 636             atoms->atom[atoms->nr]     = atoms_solvt->atom[i];
 637             atoms->atomname[atoms->nr] = atoms_solvt->atomname[i];
 638             rvec_add(x_solvt[i], dx, (*x)[atoms->nr]);
 639             if (v)
 640             {
 641                 copy_rvec(v_solvt[i], (*v)[atoms->nr]);
 642             }
 643             (*r)[atoms->nr]               = r_solvt[i];
 644             atoms->atom[atoms->nr].resind = atoms->nres-1;
 645             atoms->nr++;
 646             prev = i;
 647         }
 648     }
 649     if (bSrenew)
 650     {
 651         srenew(atoms->resinfo,  atoms->nres+nresadd);
 652     }
 653
 654     if (bVerbose)
 655     {
 656         fprintf(stderr, "Added %d molecules\n", nresadd);
 657     }
 658
 659     sfree(remove);
 660     done_atom(atoms_all);
 661     sfree(x_all);
 662     sfree(v_all);
 663 }