src/gromacs/analysisdata/tests/analysisdata.cpp

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  */
  31 /*! \internal \file
  32  * \brief
  33  * Tests for analysis data functionality.
  34  *
  35  * These tests check the functionality of gmx::AnalysisData, as well as classes
  36  * used in its implementation: gmx::AbstractAnalysisData and
  37  * gmx::AnalysisDataStorage.
  38  * Most checking is done using gmx::test::AnalysisDataTestFixture and mock
  39  * modules that implement gmx::AnalysisDataModuleInterface.
  40  *
  41  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
  42  * \ingroup module_analysisdata
  43  */
  44 #include <gmock/gmock.h>
  45 #include <gtest/gtest.h>
  46
  47 #include "gromacs/analysisdata/analysisdata.h"
  48 #include "gromacs/analysisdata/paralleloptions.h"
  49 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  50
  51 #include "testutils/datatest.h"
  52 #include "testutils/mock_datamodule.h"
  53
  54 using gmx::test::MockAnalysisDataModule;
  55 using gmx::test::MockAnalysisDataModulePointer;
  56
  57 namespace
  58 {
  59
  60 /********************************************************************
  61  * Tests for gmx::AnalysisData.
  62  */
  63
  64 /*
  65  * Tests that simple initialization works.
  66  */
  67 TEST(AnalysisDataInitializationTest, BasicInitialization)
  68 {
  69     gmx::AnalysisData data;
  70     EXPECT_EQ(0, data.columnCount());
  71     EXPECT_FALSE(data.isMultipoint());
  72     EXPECT_EQ(0, data.frameCount());
  73
  74     data.setColumnCount(1);
  75     EXPECT_EQ(1, data.columnCount());
  76     EXPECT_FALSE(data.isMultipoint());
  77
  78     data.setColumnCount(3);
  79     data.setMultipoint(true);
  80     EXPECT_EQ(3, data.columnCount());
  81     EXPECT_TRUE(data.isMultipoint());
  82
  83     data.setColumnCount(1);
  84     EXPECT_EQ(1, data.columnCount());
  85     EXPECT_TRUE(data.isMultipoint());
  86 }
  87
  88 /*
  89  * Tests that checking for compatibility of modules with multicolumn data
  90  * works.
  91  */
  92 TEST(AnalysisDataInitializationTest, ChecksMultiColumnModules)
  93 {
  94     gmx::AnalysisData data;
  95     data.setColumnCount(2);
  96
  97     MockAnalysisDataModulePointer mod1(new MockAnalysisDataModule(0));
  98     EXPECT_THROW(data.addModule(mod1), gmx::APIError);
  99
 100     MockAnalysisDataModulePointer mod2(
 101             new MockAnalysisDataModule(gmx::AnalysisDataModuleInterface::efAllowMulticolumn));
 102     EXPECT_NO_THROW(data.addModule(mod2));
 103 }
 104
 105 /*
 106  * Tests that checking for compatibility of modules with multipoint data
 107  * works.
 108  */
 109 TEST(AnalysisDataInitializationTest, ChecksMultiPointModules)
 110 {
 111     gmx::AnalysisData data;
 112     data.setColumnCount(1);
 113     data.setMultipoint(true);
 114
 115     MockAnalysisDataModulePointer mod1(new MockAnalysisDataModule(0));
 116     EXPECT_THROW(data.addModule(mod1), gmx::APIError);
 117
 118     MockAnalysisDataModulePointer mod2(
 119             new MockAnalysisDataModule(gmx::AnalysisDataModuleInterface::efAllowMultipoint));
 120     EXPECT_NO_THROW(data.addModule(mod2));
 121 }
 122
 123
 124 //! Test fixture for gmx::AnalysisData.
 125 typedef gmx::test::AnalysisDataTestFixture AnalysisDataTest;
 126
 127 using gmx::test::END_OF_FRAME;
 128 using gmx::test::MPSTOP;
 129 //! Input data for gmx::AnalysisData tests.
 130 const real inputdata[] = {
 131     1.0,  0.0, 1.0, 2.0, END_OF_FRAME,
 132     2.0,  1.0, 1.0, 1.0, END_OF_FRAME,
 133     3.0,  2.0, 0.0, 0.0, END_OF_FRAME
 134 };
 135
 136 /*
 137  * Tests that data is forwarded correctly to modules using two independent
 138  * modules.
 139  */
 140 TEST_F(AnalysisDataTest, CallsModuleCorrectly)
 141 {
 142     gmx::test::AnalysisDataTestInput input(inputdata);
 143     gmx::AnalysisData data;
 144     data.setColumnCount(input.columnCount());
 145
 146     ASSERT_NO_THROW(addStaticCheckerModule(input, &data));
 147     ASSERT_NO_THROW(addStaticCheckerModule(input, &data));
 148     ASSERT_NO_THROW(presentAllData(input, &data));
 149 }
 150
 151 /*
 152  * Tests that data is forwarded correctly to modules that are added using
 153  * addColumnModule().
 154  * Uses two independent modules.
 155  */
 156 TEST_F(AnalysisDataTest, CallsColumnModuleCorrectly)
 157 {
 158     gmx::test::AnalysisDataTestInput input(inputdata);
 159     gmx::AnalysisData data;
 160     data.setColumnCount(input.columnCount());
 161
 162     ASSERT_NO_THROW(addStaticColumnCheckerModule(input, 0, 2, &data));
 163     ASSERT_NO_THROW(addStaticColumnCheckerModule(input, 2, 1, &data));
 164     ASSERT_NO_THROW(presentAllData(input, &data));
 165 }
 166
 167 /*
 168  * Tests that data is forwarded correctly (in frame order) to modules when the
 169  * data is added through multiple handles in non-increasing order.
 170  */
 171 TEST_F(AnalysisDataTest, CallsModuleCorrectlyWithOutOfOrderFrames)
 172 {
 173     gmx::test::AnalysisDataTestInput input(inputdata);
 174     gmx::AnalysisData data;
 175     data.setColumnCount(input.columnCount());
 176
 177     ASSERT_NO_THROW(addStaticCheckerModule(input, &data));
 178     ASSERT_NO_THROW(addStaticColumnCheckerModule(input, 1, 2, &data));
 179     gmx::AnalysisDataHandle handle1;
 180     gmx::AnalysisDataHandle handle2;
 181     gmx::AnalysisDataParallelOptions options(2);
 182     ASSERT_NO_THROW(handle1 = data.startData(options));
 183     ASSERT_NO_THROW(handle2 = data.startData(options));
 184     ASSERT_NO_THROW(presentDataFrame(input, 1, handle1));
 185     ASSERT_NO_THROW(presentDataFrame(input, 0, handle2));
 186     ASSERT_NO_THROW(presentDataFrame(input, 2, handle1));
 187     ASSERT_NO_THROW(handle1.finishData());
 188     ASSERT_NO_THROW(handle2.finishData());
 189 }
 190
 191 /*
 192  * Tests that data can be accessed correctly from a module that requests
 193  * storage using AbstractAnalysisData::requestStorage() with parameter -1.
 194  */
 195 TEST_F(AnalysisDataTest, FullStorageWorks)
 196 {
 197     gmx::test::AnalysisDataTestInput input(inputdata);
 198     gmx::AnalysisData data;
 199     data.setColumnCount(input.columnCount());
 200
 201     ASSERT_NO_THROW(addStaticStorageCheckerModule(input, -1, &data));
 202     ASSERT_NO_THROW(presentAllData(input, &data));
 203 }
 204
 205 /*
 206  * Tests that a data module can be added to an AnalysisData object after data
 207  * has been added if all data is still available in storage.
 208  */
 209 TEST_F(AnalysisDataTest, CanAddModuleAfterStoredData)
 210 {
 211     gmx::test::AnalysisDataTestInput input(inputdata);
 212     gmx::AnalysisData data;
 213     data.setColumnCount(input.columnCount());
 214     ASSERT_TRUE(data.requestStorage(-1));
 215
 216     ASSERT_NO_THROW(presentAllData(input, &data));
 217     ASSERT_NO_THROW(addStaticCheckerModule(input, &data));
 218 }
 219
 220 /*
 221  * Tests that data can be accessed correctly from a module that requests
 222  * storage using AbstractAnalysisData::requestStorage() only for one frame.
 223  */
 224 TEST_F(AnalysisDataTest, LimitedStorageWorks)
 225 {
 226     gmx::test::AnalysisDataTestInput input(inputdata);
 227     gmx::AnalysisData data;
 228     data.setColumnCount(input.columnCount());
 229
 230     ASSERT_NO_THROW(addStaticStorageCheckerModule(input, 1, &data));
 231     ASSERT_NO_THROW(presentAllData(input, &data));
 232 }
 233
 234 //! Input data for multipoint gmx::AnalysisData tests.
 235 const real multipointinputdata[] = {
 236     1.0,  0.0, 1.0, 2.0, MPSTOP, 1.1, 2.1, 1.1, MPSTOP, 2.2, 1.2, 0.2, END_OF_FRAME,
 237     2.0,  1.0, 1.0, 1.0, MPSTOP, 2.1, 1.1, 0.1, MPSTOP, 1.2, 0.2, 1.2, END_OF_FRAME,
 238     3.0,  2.0, 0.0, 0.0, MPSTOP, 3.1, 2.1, 1.1, MPSTOP, 0.2, 2.2, 1.2, END_OF_FRAME
 239 };
 240
 241 /*
 242  * Tests that multipoint data is forwarded correctly to modules using two
 243  * independent modules.
 244  */
 245 TEST_F(AnalysisDataTest, MultipointCallsModuleCorrectly)
 246 {
 247     gmx::test::AnalysisDataTestInput input(multipointinputdata);
 248     gmx::AnalysisData data;
 249     data.setColumnCount(input.columnCount());
 250     data.setMultipoint(true);
 251
 252     ASSERT_NO_THROW(addStaticCheckerModule(input, &data));
 253     ASSERT_NO_THROW(addStaticCheckerModule(input, &data));
 254     ASSERT_NO_THROW(presentAllData(input, &data));
 255 }
 256
 257 /*
 258  * Tests that multipoint data is forwarded correctly to modules that are added
 259  * using addColumnModule().
 260  * Uses two independent modules.
 261  */
 262 TEST_F(AnalysisDataTest, MultipointCallsColumnModuleCorrectly)
 263 {
 264     gmx::test::AnalysisDataTestInput input(multipointinputdata);
 265     gmx::AnalysisData data;
 266     data.setColumnCount(input.columnCount());
 267     data.setMultipoint(true);
 268
 269     ASSERT_NO_THROW(addStaticColumnCheckerModule(input, 0, 2, &data));
 270     ASSERT_NO_THROW(addStaticColumnCheckerModule(input, 2, 1, &data));
 271     ASSERT_NO_THROW(presentAllData(input, &data));
 272 }
 273
 274 } // namespace