src/gmxlib/tpxio.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  41 #ifdef GMX_THREADS
  42 #include <thread_mpi.h>
  43 #endif
  44
  45
  46 #include <ctype.h>
  47 #include "sysstuff.h"
  48 #include "smalloc.h"
  49 #include "string2.h"
  50 #include "gmx_fatal.h"
  51 #include "macros.h"
  52 #include "names.h"
  53 #include "symtab.h"
  54 #include "futil.h"
  55 #include "filenm.h"
  56 #include "gmxfio.h"
  57 #include "topsort.h"
  58 #include "tpxio.h"
  59 #include "txtdump.h"
  60 #include "confio.h"
  61 #include "atomprop.h"
  62 #include "copyrite.h"
  63 #include "vec.h"
  64 #include "mtop_util.h"
  65
  66 /* This number should be increased whenever the file format changes! */
  67 static const int tpx_version = 76;
  68
  69 /* This number should only be increased when you edit the TOPOLOGY section
  70  * of the tpx format. This way we can maintain forward compatibility too
  71  * for all analysis tools and/or external programs that only need to
  72  * know the atom/residue names, charges, and bond connectivity.
  73  *
  74  * It first appeared in tpx version 26, when I also moved the inputrecord
  75  * to the end of the tpx file, so we can just skip it if we only
  76  * want the topology.
  77  */
  78 static const int tpx_generation = 23;
  79
  80 /* This number should be the most recent backwards incompatible version
  81  * I.e., if this number is 9, we cannot read tpx version 9 with this code.
  82  */
  83 static const int tpx_incompatible_version = 9;
  84
  85
  86
  87 /* Struct used to maintain tpx compatibility when function types are added */
  88 typedef struct {
  89   int fvnr; /* file version number in which the function type first appeared */
  90   int ftype; /* function type */
  91 } t_ftupd;
  92
  93 /*
  94  *The entries should be ordered in:
  95  * 1. ascending file version number
  96  * 2. ascending function type number
  97  */
  98 /*static const t_ftupd ftupd[] = {
  99   { 20, F_CUBICBONDS        },
 100   { 20, F_CONNBONDS         },
 101   { 20, F_HARMONIC          },
 102   { 20, F_EQM,              },
 103   { 22, F_DISRESVIOL        },
 104   { 22, F_ORIRES            },
 105   { 22, F_ORIRESDEV         },
 106   { 26, F_FOURDIHS          },
 107   { 26, F_PIDIHS            },
 108   { 26, F_DIHRES            },
 109   { 26, F_DIHRESVIOL        },
 110   { 30, F_CROSS_BOND_BONDS  },
 111   { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
 112   { 30, F_UREY_BRADLEY      },
 113   { 30, F_POLARIZATION      }
 114   };*/
 115
 116 /*
 117  *The entries should be ordered in:
 118  * 1. ascending function type number
 119  * 2. ascending file version number
 120  */
 121 static const t_ftupd ftupd[] = {
 122   { 20, F_CUBICBONDS        },
 123   { 20, F_CONNBONDS         },
 124   { 20, F_HARMONIC          },
 125   { 34, F_FENEBONDS         },
 126   { 43, F_TABBONDS          },
 127   { 43, F_TABBONDSNC        },
 128   { 70, F_RESTRBONDS        },
 129   { 76, F_LINEAR_ANGLES     },
 130   { 30, F_CROSS_BOND_BONDS  },
 131   { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
 132   { 30, F_UREY_BRADLEY      },
 133   { 34, F_QUARTIC_ANGLES    },
 134   { 43, F_TABANGLES         },
 135   { 26, F_FOURDIHS          },
 136   { 26, F_PIDIHS            },
 137   { 43, F_TABDIHS           },
 138   { 65, F_CMAP              },
 139   { 60, F_GB12              },
 140   { 61, F_GB13              },
 141   { 61, F_GB14              },
 142   { 72, F_GBPOL             },
 143   { 72, F_NPSOLVATION       },
 144   { 41, F_LJC14_Q           },
 145   { 41, F_LJC_PAIRS_NB      },
 146   { 32, F_BHAM_LR           },
 147   { 32, F_RF_EXCL           },
 148   { 32, F_COUL_RECIP        },
 149   { 46, F_DPD               },
 150   { 30, F_POLARIZATION      },
 151   { 36, F_THOLE_POL         },
 152   { 22, F_DISRESVIOL        },
 153   { 22, F_ORIRES            },
 154   { 22, F_ORIRESDEV         },
 155   { 26, F_DIHRES            },
 156   { 26, F_DIHRESVIOL        },
 157   { 49, F_VSITE4FDN         },
 158   { 50, F_VSITEN            },
 159   { 46, F_COM_PULL          },
 160   { 20, F_EQM               },
 161   { 46, F_ECONSERVED        },
 162   { 69, F_VTEMP             },
 163   { 66, F_PDISPCORR         },
 164   { 54, F_DHDL_CON          },
 165   { 76, F_ANHARM_POL        }
 166 };
 167 #define NFTUPD asize(ftupd)
 168
 169 /* Needed for backward compatibility */
 170 #define MAXNODES 256
 171
 172 static void _do_section(t_fileio *fio,int key,gmx_bool bRead,const char *src,
 173                         int line)
 174 {
 175   char buf[STRLEN];
 176   gmx_bool bDbg;
 177
 178   if (gmx_fio_getftp(fio) == efTPA) {
 179     if (!bRead) {
 180       gmx_fio_write_string(fio,itemstr[key]);
 181       bDbg       = gmx_fio_getdebug(fio);
 182       gmx_fio_setdebug(fio,FALSE);
 183       gmx_fio_write_string(fio,comment_str[key]);
 184       gmx_fio_setdebug(fio,bDbg);
 185     }
 186     else {
 187       if (gmx_fio_getdebug(fio))
 188         fprintf(stderr,"Looking for section %s (%s, %d)",
 189                 itemstr[key],src,line);
 190
 191       do {
 192         gmx_fio_do_string(fio,buf);
 193       } while ((gmx_strcasecmp(buf,itemstr[key]) != 0));
 194
 195       if (gmx_strcasecmp(buf,itemstr[key]) != 0)
 196         gmx_fatal(FARGS,"\nCould not find section heading %s",itemstr[key]);
 197       else if (gmx_fio_getdebug(fio))
 198         fprintf(stderr," and found it\n");
 199     }
 200   }
 201 }
 202
 203 #define do_section(fio,key,bRead) _do_section(fio,key,bRead,__FILE__,__LINE__)
 204
 205 /**************************************************************
 206  *
 207  * Now the higer level routines that do io of the structures and arrays
 208  *
 209  **************************************************************/
 210 static void do_pullgrp(t_fileio *fio, t_pullgrp *pgrp, gmx_bool bRead,
 211                        int file_version)
 212 {
 213   gmx_bool bDum=TRUE;
 214   int  i;
 215
 216   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->nat);
 217   if (bRead)
 218     snew(pgrp->ind,pgrp->nat);
 219   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,pgrp->ind,pgrp->nat);
 220   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->nweight);
 221   if (bRead)
 222     snew(pgrp->weight,pgrp->nweight);
 223   bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,pgrp->weight,pgrp->nweight);
 224   gmx_fio_do_int(fio,pgrp->pbcatom);
 225   gmx_fio_do_rvec(fio,pgrp->vec);
 226   gmx_fio_do_rvec(fio,pgrp->init);
 227   gmx_fio_do_real(fio,pgrp->rate);
 228   gmx_fio_do_real(fio,pgrp->k);
 229   if (file_version >= 56) {
 230     gmx_fio_do_real(fio,pgrp->kB);
 231   } else {
 232     pgrp->kB = pgrp->k;
 233   }
 234 }
 235
 236 static void do_pull(t_fileio *fio, t_pull *pull,gmx_bool bRead, int file_version)
 237 {
 238   int g;
 239
 240   gmx_fio_do_int(fio,pull->ngrp);
 241   gmx_fio_do_int(fio,pull->eGeom);
 242   gmx_fio_do_ivec(fio,pull->dim);
 243   gmx_fio_do_real(fio,pull->cyl_r1);
 244   gmx_fio_do_real(fio,pull->cyl_r0);
 245   gmx_fio_do_real(fio,pull->constr_tol);
 246   gmx_fio_do_int(fio,pull->nstxout);
 247   gmx_fio_do_int(fio,pull->nstfout);
 248   if (bRead)
 249     snew(pull->grp,pull->ngrp+1);
 250   for(g=0; g<pull->ngrp+1; g++)
 251     do_pullgrp(fio,&pull->grp[g],bRead,file_version);
 252 }
 253
 254
 255 static void do_rotgrp(t_fileio *fio, t_rotgrp *rotg,gmx_bool bRead, int file_version)
 256 {
 257   gmx_bool bDum=TRUE;
 258   int  i;
 259
 260   gmx_fio_do_int(fio,rotg->eType);
 261   gmx_fio_do_int(fio,rotg->bMassW);
 262   gmx_fio_do_int(fio,rotg->nat);
 263   if (bRead)
 264     snew(rotg->ind,rotg->nat);
 265   gmx_fio_ndo_int(fio,rotg->ind,rotg->nat);
 266   if (bRead)
 267       snew(rotg->x_ref,rotg->nat);
 268   gmx_fio_ndo_rvec(fio,rotg->x_ref,rotg->nat);
 269   gmx_fio_do_rvec(fio,rotg->vec);
 270   gmx_fio_do_rvec(fio,rotg->pivot);
 271   gmx_fio_do_real(fio,rotg->rate);
 272   gmx_fio_do_real(fio,rotg->k);
 273   gmx_fio_do_real(fio,rotg->slab_dist);
 274   gmx_fio_do_real(fio,rotg->min_gaussian);
 275   gmx_fio_do_real(fio,rotg->eps);
 276   gmx_fio_do_int(fio,rotg->eFittype);
 277   gmx_fio_do_int(fio,rotg->PotAngle_nstep);
 278   gmx_fio_do_real(fio,rotg->PotAngle_step);
 279 }
 280
 281 static void do_rot(t_fileio *fio, t_rot *rot,gmx_bool bRead, int file_version)
 282 {
 283   int g;
 284
 285   gmx_fio_do_int(fio,rot->ngrp);
 286   gmx_fio_do_int(fio,rot->nstrout);
 287   gmx_fio_do_int(fio,rot->nstsout);
 288   if (bRead)
 289     snew(rot->grp,rot->ngrp);
 290   for(g=0; g<rot->ngrp; g++)
 291     do_rotgrp(fio, &rot->grp[g],bRead,file_version);
 292 }
 293
 294
 295 static void do_inputrec(t_fileio *fio, t_inputrec *ir,gmx_bool bRead,
 296                         int file_version, real *fudgeQQ)
 297 {
 298     int  i,j,k,*tmp,idum=0;
 299     gmx_bool bDum=TRUE;
 300     real rdum,bd_temp;
 301     rvec vdum;
 302     gmx_bool bSimAnn;
 303     real zerotemptime,finish_t,init_temp,finish_temp;
 304
 305     if (file_version != tpx_version)
 306     {
 307         /* Give a warning about features that are not accessible */
 308         fprintf(stderr,"Note: tpx file_version %d, software version %d\n",
 309                 file_version,tpx_version);
 310     }
 311
 312     if (bRead)
 313     {
 314         init_inputrec(ir);
 315     }
 316
 317     if (file_version == 0)
 318     {
 319         return;
 320     }
 321
 322     /* Basic inputrec stuff */
 323     gmx_fio_do_int(fio,ir->eI);
 324     if (file_version >= 62) {
 325       gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->nsteps);
 326     } else {
 327       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 328       ir->nsteps = idum;
 329     }
 330     if(file_version > 25) {
 331       if (file_version >= 62) {
 332         gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->init_step);
 333       } else {
 334         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 335         ir->init_step = idum;
 336       }
 337     }  else {
 338       ir->init_step=0;
 339     }
 340
 341         if(file_version >= 58)
 342           gmx_fio_do_int(fio,ir->simulation_part);
 343         else
 344           ir->simulation_part=1;
 345
 346     if (file_version >= 67) {
 347       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcalcenergy);
 348     } else {
 349       ir->nstcalcenergy = 1;
 350     }
 351     if (file_version < 53) {
 352       /* The pbc info has been moved out of do_inputrec,
 353        * since we always want it, also without reading the inputrec.
 354        */
 355       gmx_fio_do_int(fio,ir->ePBC);
 356       if ((file_version <= 15) && (ir->ePBC == 2))
 357         ir->ePBC = epbcNONE;
 358       if (file_version >= 45) {
 359         gmx_fio_do_int(fio,ir->bPeriodicMols);
 360       } else {
 361         if (ir->ePBC == 2) {
 362           ir->ePBC = epbcXYZ;
 363           ir->bPeriodicMols = TRUE;
 364         } else {
 365         ir->bPeriodicMols = FALSE;
 366         }
 367       }
 368     }
 369     gmx_fio_do_int(fio,ir->ns_type);
 370     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstlist);
 371     gmx_fio_do_int(fio,ir->ndelta);
 372     if (file_version < 41) {
 373       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 374       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 375     }
 376     if (file_version >= 45)
 377       gmx_fio_do_real(fio,ir->rtpi);
 378     else
 379       ir->rtpi = 0.05;
 380     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcomm);
 381     if (file_version > 34)
 382       gmx_fio_do_int(fio,ir->comm_mode);
 383     else if (ir->nstcomm < 0)
 384       ir->comm_mode = ecmANGULAR;
 385     else
 386       ir->comm_mode = ecmLINEAR;
 387     ir->nstcomm = abs(ir->nstcomm);
 388
 389     if(file_version > 25)
 390       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcheckpoint);
 391     else
 392       ir->nstcheckpoint=0;
 393
 394     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcgsteep);
 395
 396     if(file_version>=30)
 397       gmx_fio_do_int(fio,ir->nbfgscorr);
 398     else if (bRead)
 399       ir->nbfgscorr = 10;
 400
 401     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstlog);
 402     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstxout);
 403     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstvout);
 404     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstfout);
 405     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstenergy);
 406     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstxtcout);
 407     if (file_version >= 59) {
 408       gmx_fio_do_double(fio,ir->init_t);
 409       gmx_fio_do_double(fio,ir->delta_t);
 410     } else {
 411       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 412       ir->init_t = rdum;
 413       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 414       ir->delta_t = rdum;
 415     }
 416     gmx_fio_do_real(fio,ir->xtcprec);
 417     if (file_version < 19) {
 418       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 419       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 420     }
 421     if(file_version < 18)
 422       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 423     gmx_fio_do_real(fio,ir->rlist);
 424     if (file_version >= 67) {
 425       gmx_fio_do_real(fio,ir->rlistlong);
 426     }
 427     gmx_fio_do_int(fio,ir->coulombtype);
 428     if (file_version < 32 && ir->coulombtype == eelRF)
 429       ir->coulombtype = eelRF_NEC;
 430     gmx_fio_do_real(fio,ir->rcoulomb_switch);
 431     gmx_fio_do_real(fio,ir->rcoulomb);
 432     gmx_fio_do_int(fio,ir->vdwtype);
 433     gmx_fio_do_real(fio,ir->rvdw_switch);
 434     gmx_fio_do_real(fio,ir->rvdw);
 435     if (file_version < 67) {
 436       ir->rlistlong = max_cutoff(ir->rlist,max_cutoff(ir->rvdw,ir->rcoulomb));
 437     }
 438     gmx_fio_do_int(fio,ir->eDispCorr);
 439     gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_r);
 440     if (file_version >= 37) {
 441       gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_rf);
 442     } else {
 443       if (EEL_RF(ir->coulombtype)) {
 444         ir->epsilon_rf = ir->epsilon_r;
 445         ir->epsilon_r  = 1.0;
 446       } else {
 447         ir->epsilon_rf = 1.0;
 448       }
 449     }
 450     if (file_version >= 29)
 451       gmx_fio_do_real(fio,ir->tabext);
 452     else
 453       ir->tabext=1.0;
 454
 455     if(file_version > 25) {
 456       gmx_fio_do_int(fio,ir->gb_algorithm);
 457       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstgbradii);
 458       gmx_fio_do_real(fio,ir->rgbradii);
 459       gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_saltconc);
 460       gmx_fio_do_int(fio,ir->implicit_solvent);
 461     } else {
 462       ir->gb_algorithm=egbSTILL;
 463       ir->nstgbradii=1;
 464       ir->rgbradii=1.0;
 465       ir->gb_saltconc=0;
 466       ir->implicit_solvent=eisNO;
 467     }
 468         if(file_version>=55)
 469         {
 470                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_epsilon_solvent);
 471                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_alpha);
 472                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_beta);
 473                 gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_gamma);
 474                 if(file_version>=60)
 475                 {
 476                         gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_dielectric_offset);
 477                         gmx_fio_do_int(fio,ir->sa_algorithm);
 478                 }
 479                 else
 480                 {
 481                         ir->gb_dielectric_offset = 0.009;
 482                         ir->sa_algorithm = esaAPPROX;
 483                 }
 484                 gmx_fio_do_real(fio,ir->sa_surface_tension);
 485
 486     /* Override sa_surface_tension if it is not changed in the mpd-file */
 487     if(ir->sa_surface_tension<0)
 488     {
 489       if(ir->gb_algorithm==egbSTILL)
 490       {
 491         ir->sa_surface_tension = 0.0049 * 100 * CAL2JOULE;
 492       }
 493       else if(ir->gb_algorithm==egbHCT || ir->gb_algorithm==egbOBC)
 494       {
 495         ir->sa_surface_tension = 0.0054 * 100 * CAL2JOULE;
 496       }
 497     }
 498
 499         }
 500         else
 501         {
 502                 /* Better use sensible values than insane (0.0) ones... */
 503                 ir->gb_epsilon_solvent = 80;
 504                 ir->gb_obc_alpha       = 1.0;
 505                 ir->gb_obc_beta        = 0.8;
 506                 ir->gb_obc_gamma       = 4.85;
 507                 ir->sa_surface_tension = 2.092;
 508         }
 509
 510
 511     gmx_fio_do_int(fio,ir->nkx);
 512     gmx_fio_do_int(fio,ir->nky);
 513     gmx_fio_do_int(fio,ir->nkz);
 514     gmx_fio_do_int(fio,ir->pme_order);
 515     gmx_fio_do_real(fio,ir->ewald_rtol);
 516
 517     if (file_version >=24)
 518       gmx_fio_do_int(fio,ir->ewald_geometry);
 519     else
 520       ir->ewald_geometry=eewg3D;
 521
 522     if (file_version <=17) {
 523       ir->epsilon_surface=0;
 524       if (file_version==17)
 525         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 526     }
 527     else
 528       gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_surface);
 529
 530     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bOptFFT);
 531
 532     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bContinuation);
 533     gmx_fio_do_int(fio,ir->etc);
 534     /* before version 18, ir->etc was a gmx_bool (ir->btc),
 535      * but the values 0 and 1 still mean no and
 536      * berendsen temperature coupling, respectively.
 537      */
 538     if (file_version >= 71)
 539     {
 540         gmx_fio_do_int(fio,ir->nsttcouple);
 541     }
 542     else
 543     {
 544         ir->nsttcouple = ir->nstcalcenergy;
 545     }
 546     if (file_version <= 15)
 547     {
 548         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 549     }
 550     if (file_version <=17)
 551     {
 552         gmx_fio_do_int(fio,ir->epct);
 553         if (file_version <= 15)
 554         {
 555             if (ir->epct == 5)
 556             {
 557                 ir->epct = epctSURFACETENSION;
 558             }
 559             gmx_fio_do_int(fio,idum);
 560         }
 561         ir->epct -= 1;
 562         /* we have removed the NO alternative at the beginning */
 563         if(ir->epct==-1)
 564         {
 565             ir->epc=epcNO;
 566             ir->epct=epctISOTROPIC;
 567         }
 568         else
 569         {
 570             ir->epc=epcBERENDSEN;
 571         }
 572     }
 573     else
 574     {
 575         gmx_fio_do_int(fio,ir->epc);
 576         gmx_fio_do_int(fio,ir->epct);
 577     }
 578     if (file_version >= 71)
 579     {
 580         gmx_fio_do_int(fio,ir->nstpcouple);
 581     }
 582     else
 583     {
 584         ir->nstpcouple = ir->nstcalcenergy;
 585     }
 586     gmx_fio_do_real(fio,ir->tau_p);
 587     if (file_version <= 15) {
 588       gmx_fio_do_rvec(fio,vdum);
 589       clear_mat(ir->ref_p);
 590       for(i=0; i<DIM; i++)
 591         ir->ref_p[i][i] = vdum[i];
 592     } else {
 593       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[XX]);
 594       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[YY]);
 595       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[ZZ]);
 596     }
 597     if (file_version <= 15) {
 598       gmx_fio_do_rvec(fio,vdum);
 599       clear_mat(ir->compress);
 600       for(i=0; i<DIM; i++)
 601         ir->compress[i][i] = vdum[i];
 602     }
 603     else {
 604       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[XX]);
 605       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[YY]);
 606       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[ZZ]);
 607     }
 608     if (file_version >= 47) {
 609       gmx_fio_do_int(fio,ir->refcoord_scaling);
 610       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->posres_com);
 611       gmx_fio_do_rvec(fio,ir->posres_comB);
 612     } else {
 613       ir->refcoord_scaling = erscNO;
 614       clear_rvec(ir->posres_com);
 615       clear_rvec(ir->posres_comB);
 616     }
 617     if(file_version > 25)
 618       gmx_fio_do_int(fio,ir->andersen_seed);
 619     else
 620       ir->andersen_seed=0;
 621
 622     if(file_version < 26) {
 623       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,bSimAnn);
 624       gmx_fio_do_real(fio,zerotemptime);
 625     }
 626
 627     if (file_version < 37)
 628       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 629
 630     gmx_fio_do_real(fio,ir->shake_tol);
 631     if (file_version < 54)
 632       gmx_fio_do_real(fio,*fudgeQQ);
 633     gmx_fio_do_int(fio,ir->efep);
 634     if (file_version <= 14 && ir->efep > efepNO)
 635       ir->efep = efepYES;
 636     if (file_version >= 59) {
 637       gmx_fio_do_double(fio, ir->init_lambda);
 638       gmx_fio_do_double(fio, ir->delta_lambda);
 639     } else {
 640       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 641       ir->init_lambda = rdum;
 642       gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 643       ir->delta_lambda = rdum;
 644     }
 645     if (file_version >= 64) {
 646       gmx_fio_do_int(fio,ir->n_flambda);
 647       if (bRead) {
 648         snew(ir->flambda,ir->n_flambda);
 649       }
 650       bDum=gmx_fio_ndo_double(fio,ir->flambda,ir->n_flambda);
 651     } else {
 652       ir->n_flambda = 0;
 653       ir->flambda   = NULL;
 654     }
 655     if (file_version >= 13)
 656       gmx_fio_do_real(fio,ir->sc_alpha);
 657     else
 658       ir->sc_alpha = 0;
 659     if (file_version >= 38)
 660       gmx_fio_do_int(fio,ir->sc_power);
 661     else
 662       ir->sc_power = 2;
 663     if (file_version >= 15)
 664       gmx_fio_do_real(fio,ir->sc_sigma);
 665     else
 666       ir->sc_sigma = 0.3;
 667     if (bRead)
 668     {
 669         if (file_version >= 71)
 670         {
 671             ir->sc_sigma_min = ir->sc_sigma;
 672         }
 673         else
 674         {
 675             ir->sc_sigma_min = 0;
 676         }
 677     }
 678     if (file_version >= 64) {
 679       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstdhdl);
 680     } else {
 681       ir->nstdhdl = 1;
 682     }
 683
 684     if (file_version >= 73)
 685     {
 686         gmx_fio_do_int(fio, ir->separate_dhdl_file);
 687         gmx_fio_do_int(fio, ir->dhdl_derivatives);
 688     }
 689     else
 690     {
 691         ir->separate_dhdl_file = sepdhdlfileYES;
 692         ir->dhdl_derivatives = dhdlderivativesYES;
 693     }
 694
 695     if (file_version >= 71)
 696     {
 697         gmx_fio_do_int(fio,ir->dh_hist_size);
 698         gmx_fio_do_double(fio,ir->dh_hist_spacing);
 699     }
 700     else
 701     {
 702         ir->dh_hist_size    = 0;
 703         ir->dh_hist_spacing = 0.1;
 704     }
 705     if (file_version >= 57) {
 706       gmx_fio_do_int(fio,ir->eDisre);
 707     }
 708     gmx_fio_do_int(fio,ir->eDisreWeighting);
 709     if (file_version < 22) {
 710       if (ir->eDisreWeighting == 0)
 711         ir->eDisreWeighting = edrwEqual;
 712       else
 713         ir->eDisreWeighting = edrwConservative;
 714     }
 715     gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bDisreMixed);
 716     gmx_fio_do_real(fio,ir->dr_fc);
 717     gmx_fio_do_real(fio,ir->dr_tau);
 718     gmx_fio_do_int(fio,ir->nstdisreout);
 719     if (file_version >= 22) {
 720       gmx_fio_do_real(fio,ir->orires_fc);
 721       gmx_fio_do_real(fio,ir->orires_tau);
 722       gmx_fio_do_int(fio,ir->nstorireout);
 723     } else {
 724       ir->orires_fc = 0;
 725       ir->orires_tau = 0;
 726       ir->nstorireout = 0;
 727     }
 728     if(file_version >= 26) {
 729       gmx_fio_do_real(fio,ir->dihre_fc);
 730       if (file_version < 56) {
 731         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
 732         gmx_fio_do_int(fio,idum);
 733       }
 734     } else {
 735       ir->dihre_fc=0;
 736     }
 737
 738     gmx_fio_do_real(fio,ir->em_stepsize);
 739     gmx_fio_do_real(fio,ir->em_tol);
 740     if (file_version >= 22)
 741       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bShakeSOR);
 742     else if (bRead)
 743       ir->bShakeSOR = TRUE;
 744     if (file_version >= 11)
 745       gmx_fio_do_int(fio,ir->niter);
 746     else if (bRead) {
 747       ir->niter = 25;
 748       fprintf(stderr,"Note: niter not in run input file, setting it to %d\n",
 749               ir->niter);
 750     }
 751     if (file_version >= 21)
 752       gmx_fio_do_real(fio,ir->fc_stepsize);
 753     else
 754       ir->fc_stepsize = 0;
 755     gmx_fio_do_int(fio,ir->eConstrAlg);
 756     gmx_fio_do_int(fio,ir->nProjOrder);
 757     gmx_fio_do_real(fio,ir->LincsWarnAngle);
 758     if (file_version <= 14)
 759       gmx_fio_do_int(fio,idum);
 760     if (file_version >=26)
 761       gmx_fio_do_int(fio,ir->nLincsIter);
 762     else if (bRead) {
 763       ir->nLincsIter = 1;
 764       fprintf(stderr,"Note: nLincsIter not in run input file, setting it to %d\n",
 765               ir->nLincsIter);
 766     }
 767     if (file_version < 33)
 768       gmx_fio_do_real(fio,bd_temp);
 769     gmx_fio_do_real(fio,ir->bd_fric);
 770     gmx_fio_do_int(fio,ir->ld_seed);
 771     if (file_version >= 33) {
 772       for(i=0; i<DIM; i++)
 773         gmx_fio_do_rvec(fio,ir->deform[i]);
 774     } else {
 775       for(i=0; i<DIM; i++)
 776         clear_rvec(ir->deform[i]);
 777     }
 778     if (file_version >= 14)
 779       gmx_fio_do_real(fio,ir->cos_accel);
 780     else if (bRead)
 781       ir->cos_accel = 0;
 782     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint1);
 783     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint2);
 784     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint3);
 785     gmx_fio_do_int(fio,ir->userint4);
 786     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal1);
 787     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal2);
 788     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal3);
 789     gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal4);
 790
 791     /* AdResS stuff */
 792     if (file_version >= 75) {
 793       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bAdress);
 794       if(ir->bAdress){
 795           if (bRead) snew(ir->adress, 1);
 796           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->type);
 797           gmx_fio_do_real(fio,ir->adress->const_wf);
 798           gmx_fio_do_real(fio,ir->adress->ex_width);
 799           gmx_fio_do_real(fio,ir->adress->hy_width);
 800           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->icor);
 801           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->site);
 802           gmx_fio_do_rvec(fio,ir->adress->refs);
 803           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->n_tf_grps);
 804           gmx_fio_do_real(fio, ir->adress->ex_forcecap);
 805           gmx_fio_do_int(fio, ir->adress->n_energy_grps);
 806           gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->do_hybridpairs);
 807
 808           if (bRead)snew(ir->adress->tf_table_index,ir->adress->n_tf_grps);
 809           if (ir->adress->n_tf_grps > 0) {
 810             bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->adress->tf_table_index,ir->adress->n_tf_grps);
 811           }
 812           if (bRead)snew(ir->adress->group_explicit,ir->adress->n_energy_grps);
 813           if (ir->adress->n_energy_grps > 0) {
 814             bDum=gmx_fio_ndo_int(fio, ir->adress->group_explicit,ir->adress->n_energy_grps);
 815           }
 816       }
 817     } else {
 818       ir->bAdress = FALSE;
 819     }
 820
 821     /* pull stuff */
 822     if (file_version >= 48) {
 823       gmx_fio_do_int(fio,ir->ePull);
 824       if (ir->ePull != epullNO) {
 825         if (bRead)
 826           snew(ir->pull,1);
 827         do_pull(fio, ir->pull,bRead,file_version);
 828       }
 829     } else {
 830       ir->ePull = epullNO;
 831     }
 832
 833     /* Enforced rotation */
 834     if (file_version >= 74) {
 835         gmx_fio_do_int(fio,ir->bRot);
 836         if (ir->bRot == TRUE) {
 837             if (bRead)
 838                 snew(ir->rot,1);
 839             do_rot(fio, ir->rot,bRead,file_version);
 840         }
 841     } else {
 842         ir->bRot = FALSE;
 843     }
 844
 845     /* grpopts stuff */
 846     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngtc);
 847     if (file_version >= 69) {
 848       gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.nhchainlength);
 849     } else {
 850       ir->opts.nhchainlength = 1;
 851     }
 852     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngacc);
 853     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngfrz);
 854     gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngener);
 855
 856     if (bRead) {
 857       snew(ir->opts.nrdf,   ir->opts.ngtc);
 858       snew(ir->opts.ref_t,  ir->opts.ngtc);
 859       snew(ir->opts.annealing, ir->opts.ngtc);
 860       snew(ir->opts.anneal_npoints, ir->opts.ngtc);
 861       snew(ir->opts.anneal_time, ir->opts.ngtc);
 862       snew(ir->opts.anneal_temp, ir->opts.ngtc);
 863       snew(ir->opts.tau_t,  ir->opts.ngtc);
 864       snew(ir->opts.nFreeze,ir->opts.ngfrz);
 865       snew(ir->opts.acc,    ir->opts.ngacc);
 866       snew(ir->opts.egp_flags,ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
 867     }
 868     if (ir->opts.ngtc > 0) {
 869       if (bRead && file_version<13) {
 870         snew(tmp,ir->opts.ngtc);
 871         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,tmp, ir->opts.ngtc);
 872         for(i=0; i<ir->opts.ngtc; i++)
 873           ir->opts.nrdf[i] = tmp[i];
 874         sfree(tmp);
 875       } else {
 876         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.nrdf, ir->opts.ngtc);
 877       }
 878       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.ref_t,ir->opts.ngtc);
 879       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.tau_t,ir->opts.ngtc);
 880       if (file_version<33 && ir->eI==eiBD) {
 881         for(i=0; i<ir->opts.ngtc; i++)
 882           ir->opts.tau_t[i] = bd_temp;
 883       }
 884     }
 885     if (ir->opts.ngfrz > 0)
 886       bDum=gmx_fio_ndo_ivec(fio,ir->opts.nFreeze,ir->opts.ngfrz);
 887     if (ir->opts.ngacc > 0)
 888       gmx_fio_ndo_rvec(fio,ir->opts.acc,ir->opts.ngacc);
 889     if (file_version >= 12)
 890       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.egp_flags,
 891                            ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
 892
 893     if(bRead && file_version < 26) {
 894       for(i=0;i<ir->opts.ngtc;i++) {
 895         if(bSimAnn) {
 896           ir->opts.annealing[i] = eannSINGLE;
 897           ir->opts.anneal_npoints[i] = 2;
 898           snew(ir->opts.anneal_time[i],2);
 899           snew(ir->opts.anneal_temp[i],2);
 900           /* calculate the starting/ending temperatures from reft, zerotemptime, and nsteps */
 901           finish_t = ir->init_t + ir->nsteps * ir->delta_t;
 902           init_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-ir->init_t/zerotemptime);
 903           finish_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-finish_t/zerotemptime);
 904           ir->opts.anneal_time[i][0] = ir->init_t;
 905           ir->opts.anneal_time[i][1] = finish_t;
 906           ir->opts.anneal_temp[i][0] = init_temp;
 907           ir->opts.anneal_temp[i][1] = finish_temp;
 908         } else {
 909           ir->opts.annealing[i] = eannNO;
 910           ir->opts.anneal_npoints[i] = 0;
 911         }
 912       }
 913     } else {
 914       /* file version 26 or later */
 915       /* First read the lists with annealing and npoints for each group */
 916       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.annealing,ir->opts.ngtc);
 917       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.anneal_npoints,ir->opts.ngtc);
 918       for(j=0;j<(ir->opts.ngtc);j++) {
 919         k=ir->opts.anneal_npoints[j];
 920         if(bRead) {
 921           snew(ir->opts.anneal_time[j],k);
 922           snew(ir->opts.anneal_temp[j],k);
 923         }
 924         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.anneal_time[j],k);
 925         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.anneal_temp[j],k);
 926       }
 927     }
 928     /* Walls */
 929     if (file_version >= 45) {
 930       gmx_fio_do_int(fio,ir->nwall);
 931       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_type);
 932       if (file_version >= 50)
 933         gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_r_linpot);
 934       else
 935         ir->wall_r_linpot = -1;
 936       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_atomtype[0]);
 937       gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_atomtype[1]);
 938       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_density[0]);
 939       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_density[1]);
 940       gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_ewald_zfac);
 941     } else {
 942       ir->nwall = 0;
 943       ir->wall_type = 0;
 944       ir->wall_atomtype[0] = -1;
 945       ir->wall_atomtype[1] = -1;
 946       ir->wall_density[0] = 0;
 947       ir->wall_density[1] = 0;
 948       ir->wall_ewald_zfac = 3;
 949     }
 950     /* Cosine stuff for electric fields */
 951     for(j=0; (j<DIM); j++) {
 952       gmx_fio_do_int(fio,ir->ex[j].n);
 953       gmx_fio_do_int(fio,ir->et[j].n);
 954       if (bRead) {
 955         snew(ir->ex[j].a,  ir->ex[j].n);
 956         snew(ir->ex[j].phi,ir->ex[j].n);
 957         snew(ir->et[j].a,  ir->et[j].n);
 958         snew(ir->et[j].phi,ir->et[j].n);
 959       }
 960       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->ex[j].a,  ir->ex[j].n);
 961       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->ex[j].phi,ir->ex[j].n);
 962       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->et[j].a,  ir->et[j].n);
 963       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->et[j].phi,ir->et[j].n);
 964     }
 965
 966     /* QMMM stuff */
 967     if(file_version>=39){
 968       gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bQMMM);
 969       gmx_fio_do_int(fio,ir->QMMMscheme);
 970       gmx_fio_do_real(fio,ir->scalefactor);
 971       gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngQM);
 972       if (bRead) {
 973         snew(ir->opts.QMmethod,    ir->opts.ngQM);
 974         snew(ir->opts.QMbasis,     ir->opts.ngQM);
 975         snew(ir->opts.QMcharge,    ir->opts.ngQM);
 976         snew(ir->opts.QMmult,      ir->opts.ngQM);
 977         snew(ir->opts.bSH,         ir->opts.ngQM);
 978         snew(ir->opts.CASorbitals, ir->opts.ngQM);
 979         snew(ir->opts.CASelectrons,ir->opts.ngQM);
 980         snew(ir->opts.SAon,        ir->opts.ngQM);
 981         snew(ir->opts.SAoff,       ir->opts.ngQM);
 982         snew(ir->opts.SAsteps,     ir->opts.ngQM);
 983         snew(ir->opts.bOPT,        ir->opts.ngQM);
 984         snew(ir->opts.bTS,         ir->opts.ngQM);
 985       }
 986       if (ir->opts.ngQM > 0) {
 987         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMmethod,ir->opts.ngQM);
 988         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMbasis,ir->opts.ngQM);
 989         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMcharge,ir->opts.ngQM);
 990         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMmult,ir->opts.ngQM);
 991         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bSH,ir->opts.ngQM);
 992         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.CASorbitals,ir->opts.ngQM);
 993         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.CASelectrons,ir->opts.ngQM);
 994         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.SAon,ir->opts.ngQM);
 995         bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.SAoff,ir->opts.ngQM);
 996         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.SAsteps,ir->opts.ngQM);
 997         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bOPT,ir->opts.ngQM);
 998         bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bTS,ir->opts.ngQM);
 999       }
1000       /* end of QMMM stuff */
1001     }
1002 }
1003
1004
1005 static void do_harm(t_fileio *fio, t_iparams *iparams,gmx_bool bRead)
1006 {
1007   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rA);
1008   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krA);
1009   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rB);
1010   gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krB);
1011 }
1012
1013 void do_iparams(t_fileio *fio, t_functype ftype,t_iparams *iparams,
1014                 gmx_bool bRead, int file_version)
1015 {
1016   int i;
1017   gmx_bool bDum;
1018   real rdum;
1019
1020   if (!bRead)
1021     gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
1022   switch (ftype) {
1023   case F_ANGLES:
1024   case F_G96ANGLES:
1025   case F_BONDS:
1026   case F_G96BONDS:
1027   case F_HARMONIC:
1028   case F_IDIHS:
1029     do_harm(fio, iparams,bRead);
1030     if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && bRead) {
1031       /* Correct incorrect storage of parameters */
1032       iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
1033       iparams->pdihs.cpB  = iparams->pdihs.cpA;
1034     }
1035     break;
1036   case F_LINEAR_ANGLES:
1037     gmx_fio_do_real(fio,iparams->linangle.klinA);
1038     gmx_fio_do_real(fio,iparams->linangle.aA);
1039     gmx_fio_do_real(fio,iparams->linangle.klinB);
1040     gmx_fio_do_real(fio,iparams->linangle.aB);
1041     break;
1042   case F_FENEBONDS:
1043     gmx_fio_do_real(fio,iparams->fene.bm);
1044     gmx_fio_do_real(fio,iparams->fene.kb);
1045     break;
1046   case F_RESTRBONDS:
1047     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.lowA);
1048     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up1A);
1049     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up2A);
1050     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.kA);
1051     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.lowB);
1052     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up1B);
1053     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up2B);
1054     gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.kB);
1055     break;
1056   case F_TABBONDS:
1057   case F_TABBONDSNC:
1058   case F_TABANGLES:
1059   case F_TABDIHS:
1060     gmx_fio_do_real(fio,iparams->tab.kA);
1061     gmx_fio_do_int(fio,iparams->tab.table);
1062     gmx_fio_do_real(fio,iparams->tab.kB);
1063     break;
1064   case F_CROSS_BOND_BONDS:
1065     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.r1e);
1066     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.r2e);
1067     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.krr);
1068     break;
1069   case F_CROSS_BOND_ANGLES:
1070     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r1e);
1071     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r2e);
1072     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r3e);
1073     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.krt);
1074     break;
1075   case F_UREY_BRADLEY:
1076     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.theta);
1077     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.ktheta);
1078     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.r13);
1079     gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.kUB);
1080     break;
1081   case F_QUARTIC_ANGLES:
1082     gmx_fio_do_real(fio,iparams->qangle.theta);
1083     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->qangle.c,5);
1084     break;
1085   case F_BHAM:
1086     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.a);
1087     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.b);
1088     gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.c);
1089     break;
1090   case F_MORSE:
1091     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.b0);
1092     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.cb);
1093     gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.beta);
1094     break;
1095   case F_CUBICBONDS:
1096     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.b0);
1097     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.kb);
1098     gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.kcub);
1099     break;
1100   case F_CONNBONDS:
1101     break;
1102   case F_POLARIZATION:
1103     gmx_fio_do_real(fio,iparams->polarize.alpha);
1104     break;
1105   case F_ANHARM_POL:
1106     gmx_fio_do_real(fio,iparams->anharm_polarize.alpha);
1107     gmx_fio_do_real(fio,iparams->anharm_polarize.drcut);
1108     gmx_fio_do_real(fio,iparams->anharm_polarize.khyp);
1109     break;
1110   case F_WATER_POL:
1111     if (file_version < 31)
1112       gmx_fatal(FARGS,"Old tpr files with water_polarization not supported. Make a new.");
1113     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_x);
1114     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_y);
1115     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_z);
1116     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rOH);
1117     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rHH);
1118     gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rOD);
1119     break;
1120   case F_THOLE_POL:
1121     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.a);
1122     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.alpha1);
1123     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.alpha2);
1124     gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.rfac);
1125     break;
1126   case F_LJ:
1127     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj.c6);
1128     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj.c12);
1129     break;
1130   case F_LJ14:
1131     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c6A);
1132     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c12A);
1133     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c6B);
1134     gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c12B);
1135     break;
1136   case F_LJC14_Q:
1137     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.fqq);
1138     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.qi);
1139     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.qj);
1140     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.c6);
1141     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.c12);
1142     break;
1143   case F_LJC_PAIRS_NB:
1144     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.qi);
1145     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.qj);
1146     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.c6);
1147     gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.c12);
1148     break;
1149   case F_PDIHS:
1150   case F_PIDIHS:
1151   case F_ANGRES:
1152   case F_ANGRESZ:
1153     gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.phiA);
1154     gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.cpA);
1155     if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && file_version < 42) {
1156       /* Read the incorrectly stored multiplicity */
1157       gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rB);
1158       gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krB);
1159       iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
1160       iparams->pdihs.cpB  = iparams->pdihs.cpA;
1161     } else {
1162       gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.phiB);
1163       gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.cpB);
1164       gmx_fio_do_int(fio,iparams->pdihs.mult);
1165     }
1166     break;
1167   case F_DISRES:
1168     gmx_fio_do_int(fio,iparams->disres.label);
1169     gmx_fio_do_int(fio,iparams->disres.type);
1170     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.low);
1171     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.up1);
1172     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.up2);
1173     gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.kfac);
1174     break;
1175   case F_ORIRES:
1176     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.ex);
1177     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.label);
1178     gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.power);
1179     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.c);
1180     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.obs);
1181     gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.kfac);
1182     break;
1183   case F_DIHRES:
1184     gmx_fio_do_int(fio,iparams->dihres.power);
1185     gmx_fio_do_int(fio,iparams->dihres.label);
1186     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.phi);
1187     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.dphi);
1188     gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.kfac);
1189     break;
1190   case F_POSRES:
1191     gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.pos0A);
1192     gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.fcA);
1193     if (bRead && file_version < 27) {
1194       copy_rvec(iparams->posres.pos0A,iparams->posres.pos0B);
1195       copy_rvec(iparams->posres.fcA,iparams->posres.fcB);
1196     } else {
1197       gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.pos0B);
1198       gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.fcB);
1199     }
1200     break;
1201   case F_RBDIHS:
1202     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcA,NR_RBDIHS);
1203     if(file_version>=25)
1204       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcB,NR_RBDIHS);
1205     break;
1206   case F_FOURDIHS:
1207     /* Fourier dihedrals are internally represented
1208      * as Ryckaert-Bellemans since those are faster to compute.
1209      */
1210      bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcA, NR_RBDIHS);
1211      bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcB, NR_RBDIHS);
1212     break;
1213   case F_CONSTR:
1214   case F_CONSTRNC:
1215     gmx_fio_do_real(fio,iparams->constr.dA);
1216     gmx_fio_do_real(fio,iparams->constr.dB);
1217     break;
1218   case F_SETTLE:
1219     gmx_fio_do_real(fio,iparams->settle.doh);
1220     gmx_fio_do_real(fio,iparams->settle.dhh);
1221     break;
1222   case F_VSITE2:
1223     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1224     break;
1225   case F_VSITE3:
1226   case F_VSITE3FD:
1227   case F_VSITE3FAD:
1228     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1229     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.b);
1230     break;
1231   case F_VSITE3OUT:
1232   case F_VSITE4FD:
1233   case F_VSITE4FDN:
1234     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
1235     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.b);
1236     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.c);
1237     break;
1238   case F_VSITEN:
1239     gmx_fio_do_int(fio,iparams->vsiten.n);
1240     gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsiten.a);
1241     break;
1242   case F_GB12:
1243   case F_GB13:
1244   case F_GB14:
1245     /* We got rid of some parameters in version 68 */
1246     if(bRead && file_version<68)
1247     {
1248         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1249         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1250         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1251         gmx_fio_do_real(fio,rdum);
1252     }
1253         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.sar);
1254         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.st);
1255         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.pi);
1256         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.gbr);
1257         gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.bmlt);
1258         break;
1259   case F_CMAP:
1260         gmx_fio_do_int(fio,iparams->cmap.cmapA);
1261         gmx_fio_do_int(fio,iparams->cmap.cmapB);
1262     break;
1263   default:
1264     gmx_fatal(FARGS,"unknown function type %d (%s) in %s line %d",
1265
1266                 ftype,interaction_function[ftype].name,__FILE__,__LINE__);
1267   }
1268   if (!bRead)
1269     gmx_fio_unset_comment(fio);
1270 }
1271
1272 static void do_ilist(t_fileio *fio, t_ilist *ilist,gmx_bool bRead,int file_version,
1273                      int ftype)
1274 {
1275   int  i,k,idum;
1276   gmx_bool bDum=TRUE;
1277
1278   if (!bRead) {
1279     gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
1280   }
1281   if (file_version < 44) {
1282     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1283       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1284   }
1285   gmx_fio_do_int(fio,ilist->nr);
1286   if (bRead)
1287     snew(ilist->iatoms,ilist->nr);
1288   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ilist->iatoms,ilist->nr);
1289   if (!bRead)
1290     gmx_fio_unset_comment(fio);
1291 }
1292
1293 static void do_ffparams(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,
1294                         gmx_bool bRead, int file_version)
1295 {
1296   int  idum,i,j;
1297   gmx_bool bDum=TRUE;
1298   unsigned int k;
1299
1300   gmx_fio_do_int(fio,ffparams->atnr);
1301   if (file_version < 57) {
1302     gmx_fio_do_int(fio,idum);
1303   }
1304   gmx_fio_do_int(fio,ffparams->ntypes);
1305   if (bRead && debug)
1306     fprintf(debug,"ffparams->atnr = %d, ntypes = %d\n",
1307             ffparams->atnr,ffparams->ntypes);
1308   if (bRead) {
1309     snew(ffparams->functype,ffparams->ntypes);
1310     snew(ffparams->iparams,ffparams->ntypes);
1311   }
1312   /* Read/write all the function types */
1313   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ffparams->functype,ffparams->ntypes);
1314   if (bRead && debug)
1315     pr_ivec(debug,0,"functype",ffparams->functype,ffparams->ntypes,TRUE);
1316
1317   if (file_version >= 66) {
1318     gmx_fio_do_double(fio,ffparams->reppow);
1319   } else {
1320     ffparams->reppow = 12.0;
1321   }
1322
1323   if (file_version >= 57) {
1324     gmx_fio_do_real(fio,ffparams->fudgeQQ);
1325   }
1326
1327   /* Check whether all these function types are supported by the code.
1328    * In practice the code is backwards compatible, which means that the
1329    * numbering may have to be altered from old numbering to new numbering
1330    */
1331   for (i=0; (i<ffparams->ntypes); i++) {
1332     if (bRead)
1333       /* Loop over file versions */
1334       for (k=0; (k<NFTUPD); k++)
1335         /* Compare the read file_version to the update table */
1336         if ((file_version < ftupd[k].fvnr) &&
1337             (ffparams->functype[i] >= ftupd[k].ftype)) {
1338           ffparams->functype[i] += 1;
1339           if (debug) {
1340             fprintf(debug,"Incrementing function type %d to %d (due to %s)\n",
1341                     i,ffparams->functype[i],
1342                     interaction_function[ftupd[k].ftype].longname);
1343             fflush(debug);
1344           }
1345         }
1346
1347     do_iparams(fio, ffparams->functype[i],&ffparams->iparams[i],bRead,
1348                file_version);
1349     if (bRead && debug)
1350       pr_iparams(debug,ffparams->functype[i],&ffparams->iparams[i]);
1351   }
1352 }
1353
1354 static void do_ilists(t_fileio *fio, t_ilist *ilist,gmx_bool bRead,
1355                       int file_version)
1356 {
1357   int i,j,renum[F_NRE];
1358   gmx_bool bDum=TRUE,bClear;
1359   unsigned int k;
1360
1361   for(j=0; (j<F_NRE); j++) {
1362     bClear = FALSE;
1363     if (bRead)
1364       for (k=0; k<NFTUPD; k++)
1365         if ((file_version < ftupd[k].fvnr) && (j == ftupd[k].ftype))
1366           bClear = TRUE;
1367     if (bClear) {
1368       ilist[j].nr = 0;
1369       ilist[j].iatoms = NULL;
1370     } else {
1371       do_ilist(fio, &ilist[j],bRead,file_version,j);
1372     }
1373     /*
1374     if (bRead && gmx_debug_at)
1375       pr_ilist(debug,0,interaction_function[j].longname,
1376                functype,&ilist[j],TRUE);
1377     */
1378   }
1379 }
1380
1381 static void do_idef(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,gmx_moltype_t *molt,
1382                     gmx_bool bRead, int file_version)
1383 {
1384   do_ffparams(fio, ffparams,bRead,file_version);
1385
1386   if (file_version >= 54) {
1387     gmx_fio_do_real(fio,ffparams->fudgeQQ);
1388   }
1389
1390   do_ilists(fio, molt->ilist,bRead,file_version);
1391 }
1392
1393 static void do_block(t_fileio *fio, t_block *block,gmx_bool bRead,int file_version)
1394 {
1395   int  i,idum,dum_nra,*dum_a;
1396   gmx_bool bDum=TRUE;
1397
1398   if (file_version < 44)
1399     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1400       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1401   gmx_fio_do_int(fio,block->nr);
1402   if (file_version < 51)
1403     gmx_fio_do_int(fio,dum_nra);
1404   if (bRead) {
1405     block->nalloc_index = block->nr+1;
1406     snew(block->index,block->nalloc_index);
1407   }
1408   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->index,block->nr+1);
1409
1410   if (file_version < 51 && dum_nra > 0) {
1411     snew(dum_a,dum_nra);
1412     bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,dum_a,dum_nra);
1413     sfree(dum_a);
1414   }
1415 }
1416
1417 static void do_blocka(t_fileio *fio, t_blocka *block,gmx_bool bRead,
1418                       int file_version)
1419 {
1420   int  i,idum;
1421   gmx_bool bDum=TRUE;
1422
1423   if (file_version < 44)
1424     for(i=0; i<MAXNODES; i++)
1425       gmx_fio_do_int(fio,idum);
1426   gmx_fio_do_int(fio,block->nr);
1427   gmx_fio_do_int(fio,block->nra);
1428   if (bRead) {
1429     block->nalloc_index = block->nr+1;
1430     snew(block->index,block->nalloc_index);
1431     block->nalloc_a = block->nra;
1432     snew(block->a,block->nalloc_a);
1433   }
1434   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->index,block->nr+1);
1435   bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->a,block->nra);
1436 }
1437
1438 static void do_atom(t_fileio *fio, t_atom *atom,int ngrp,gmx_bool bRead,
1439                     int file_version, gmx_groups_t *groups,int atnr)
1440 {
1441   int i,myngrp;
1442
1443   gmx_fio_do_real(fio,atom->m);
1444   gmx_fio_do_real(fio,atom->q);
1445   gmx_fio_do_real(fio,atom->mB);
1446   gmx_fio_do_real(fio,atom->qB);
1447   gmx_fio_do_ushort(fio, atom->type);
1448   gmx_fio_do_ushort(fio, atom->typeB);
1449   gmx_fio_do_int(fio,atom->ptype);
1450   gmx_fio_do_int(fio,atom->resind);
1451   if (file_version >= 52)
1452     gmx_fio_do_int(fio,atom->atomnumber);
1453   else if (bRead)
1454     atom->atomnumber = NOTSET;
1455   if (file_version < 23)
1456     myngrp = 8;
1457   else if (file_version < 39)
1458     myngrp = 9;
1459   else
1460     myngrp = ngrp;
1461
1462   if (file_version < 57) {
1463     unsigned char uchar[egcNR];
1464     gmx_fio_ndo_uchar(fio,uchar,myngrp);
1465     for(i=myngrp; (i<ngrp); i++) {
1466       uchar[i] = 0;
1467     }
1468     /* Copy the old data format to the groups struct */
1469     for(i=0; i<ngrp; i++) {
1470       groups->grpnr[i][atnr] = uchar[i];
1471     }
1472   }
1473 }
1474
1475 static void do_grps(t_fileio *fio, int ngrp,t_grps grps[],gmx_bool bRead,
1476                     int file_version)
1477 {
1478   int i,j,myngrp;
1479   gmx_bool bDum=TRUE;
1480
1481   if (file_version < 23)
1482     myngrp = 8;
1483   else if (file_version < 39)
1484     myngrp = 9;
1485   else
1486     myngrp = ngrp;
1487
1488   for(j=0; (j<ngrp); j++) {
1489     if (j<myngrp) {
1490       gmx_fio_do_int(fio,grps[j].nr);
1491       if (bRead)
1492         snew(grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1493       bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1494     }
1495     else {
1496       grps[j].nr = 1;
1497       snew(grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
1498     }
1499   }
1500 }
1501
1502 static void do_symstr(t_fileio *fio, char ***nm,gmx_bool bRead,t_symtab *symtab)
1503 {
1504   int ls;
1505
1506   if (bRead) {
1507     gmx_fio_do_int(fio,ls);
1508     *nm = get_symtab_handle(symtab,ls);
1509   }
1510   else {
1511     ls = lookup_symtab(symtab,*nm);
1512     gmx_fio_do_int(fio,ls);
1513   }
1514 }
1515
1516 static void do_strstr(t_fileio *fio, int nstr,char ***nm,gmx_bool bRead,
1517                       t_symtab *symtab)
1518 {
1519   int  j;
1520
1521   for (j=0; (j<nstr); j++)
1522     do_symstr(fio, &(nm[j]),bRead,symtab);
1523 }
1524
1525 static void do_resinfo(t_fileio *fio, int n,t_resinfo *ri,gmx_bool bRead,
1526                        t_symtab *symtab, int file_version)
1527 {
1528   int  j;
1529
1530   for (j=0; (j<n); j++) {
1531     do_symstr(fio, &(ri[j].name),bRead,symtab);
1532     if (file_version >= 63) {
1533       gmx_fio_do_int(fio,ri[j].nr);
1534       gmx_fio_do_uchar(fio, ri[j].ic);
1535     } else {
1536       ri[j].nr = j + 1;
1537       ri[j].ic = ' ';
1538     }
1539   }
1540 }
1541
1542 static void do_atoms(t_fileio *fio, t_atoms *atoms,gmx_bool bRead,t_symtab *symtab,
1543                      int file_version,
1544                      gmx_groups_t *groups)
1545 {
1546   int i;
1547
1548   gmx_fio_do_int(fio,atoms->nr);
1549   gmx_fio_do_int(fio,atoms->nres);
1550   if (file_version < 57) {
1551     gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpname);
1552     for(i=0; i<egcNR; i++) {
1553       groups->ngrpnr[i] = atoms->nr;
1554       snew(groups->grpnr[i],groups->ngrpnr[i]);
1555     }
1556   }
1557   if (bRead) {
1558     snew(atoms->atom,atoms->nr);
1559     snew(atoms->atomname,atoms->nr);
1560     snew(atoms->atomtype,atoms->nr);
1561     snew(atoms->atomtypeB,atoms->nr);
1562     snew(atoms->resinfo,atoms->nres);
1563     if (file_version < 57) {
1564       snew(groups->grpname,groups->ngrpname);
1565     }
1566     atoms->pdbinfo = NULL;
1567   }
1568   for(i=0; (i<atoms->nr); i++) {
1569     do_atom(fio, &atoms->atom[i],egcNR,bRead, file_version,groups,i);
1570   }
1571   do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomname,bRead,symtab);
1572   if (bRead && (file_version <= 20)) {
1573     for(i=0; i<atoms->nr; i++) {
1574       atoms->atomtype[i]  = put_symtab(symtab,"?");
1575       atoms->atomtypeB[i] = put_symtab(symtab,"?");
1576     }
1577   } else {
1578     do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomtype,bRead,symtab);
1579     do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomtypeB,bRead,symtab);
1580   }
1581   do_resinfo(fio, atoms->nres,atoms->resinfo,bRead,symtab,file_version);
1582
1583   if (file_version < 57) {
1584     do_strstr(fio, groups->ngrpname,groups->grpname,bRead,symtab);
1585
1586     do_grps(fio, egcNR,groups->grps,bRead,file_version);
1587   }
1588 }
1589
1590 static void do_groups(t_fileio *fio, gmx_groups_t *groups,
1591                       gmx_bool bRead,t_symtab *symtab,
1592                       int file_version)
1593 {
1594   int  g,n,i;
1595   gmx_bool bDum=TRUE;
1596
1597   do_grps(fio, egcNR,groups->grps,bRead,file_version);
1598   gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpname);
1599   if (bRead) {
1600     snew(groups->grpname,groups->ngrpname);
1601   }
1602   do_strstr(fio, groups->ngrpname,groups->grpname,bRead,symtab);
1603   for(g=0; g<egcNR; g++) {
1604     gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpnr[g]);
1605     if (groups->ngrpnr[g] == 0) {
1606       if (bRead) {
1607         groups->grpnr[g] = NULL;
1608       }
1609     } else {
1610       if (bRead) {
1611         snew(groups->grpnr[g],groups->ngrpnr[g]);
1612       }
1613       bDum=gmx_fio_ndo_uchar(fio, groups->grpnr[g],groups->ngrpnr[g]);
1614     }
1615   }
1616 }
1617
1618 static void do_atomtypes(t_fileio *fio, t_atomtypes *atomtypes,gmx_bool bRead,
1619                          t_symtab *symtab,int file_version)
1620 {
1621   int i,j;
1622   gmx_bool bDum = TRUE;
1623
1624   if (file_version > 25) {
1625     gmx_fio_do_int(fio,atomtypes->nr);
1626     j=atomtypes->nr;
1627     if (bRead) {
1628       snew(atomtypes->radius,j);
1629       snew(atomtypes->vol,j);
1630       snew(atomtypes->surftens,j);
1631       snew(atomtypes->atomnumber,j);
1632       snew(atomtypes->gb_radius,j);
1633       snew(atomtypes->S_hct,j);
1634     }
1635     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->radius,j);
1636     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->vol,j);
1637     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->surftens,j);
1638     if(file_version >= 40)
1639     {
1640         bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,atomtypes->atomnumber,j);
1641     }
1642         if(file_version >= 60)
1643         {
1644                 bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->gb_radius,j);
1645                 bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->S_hct,j);
1646         }
1647   } else {
1648     /* File versions prior to 26 cannot do GBSA,
1649      * so they dont use this structure
1650      */
1651     atomtypes->nr = 0;
1652     atomtypes->radius = NULL;
1653     atomtypes->vol = NULL;
1654     atomtypes->surftens = NULL;
1655     atomtypes->atomnumber = NULL;
1656     atomtypes->gb_radius = NULL;
1657     atomtypes->S_hct = NULL;
1658   }
1659 }
1660
1661 static void do_symtab(t_fileio *fio, t_symtab *symtab,gmx_bool bRead)
1662 {
1663   int i,nr;
1664   t_symbuf *symbuf;
1665   char buf[STRLEN];
1666
1667   gmx_fio_do_int(fio,symtab->nr);
1668   nr     = symtab->nr;
1669   if (bRead) {
1670     snew(symtab->symbuf,1);
1671     symbuf = symtab->symbuf;
1672     symbuf->bufsize = nr;
1673     snew(symbuf->buf,nr);
1674     for (i=0; (i<nr); i++) {
1675       gmx_fio_do_string(fio,buf);
1676       symbuf->buf[i]=strdup(buf);
1677     }
1678   }
1679   else {
1680     symbuf = symtab->symbuf;
1681     while (symbuf!=NULL) {
1682       for (i=0; (i<symbuf->bufsize) && (i<nr); i++)
1683         gmx_fio_do_string(fio,symbuf->buf[i]);
1684       nr-=i;
1685       symbuf=symbuf->next;
1686     }
1687     if (nr != 0)
1688       gmx_fatal(FARGS,"nr of symtab strings left: %d",nr);
1689   }
1690 }
1691
1692 static void do_cmap(t_fileio *fio, gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bRead)
1693 {
1694         int i,j,ngrid,gs,nelem;
1695
1696         gmx_fio_do_int(fio,cmap_grid->ngrid);
1697         gmx_fio_do_int(fio,cmap_grid->grid_spacing);
1698
1699         ngrid = cmap_grid->ngrid;
1700         gs    = cmap_grid->grid_spacing;
1701         nelem = gs * gs;
1702
1703         if(bRead)
1704         {
1705                 snew(cmap_grid->cmapdata,ngrid);
1706
1707                 for(i=0;i<cmap_grid->ngrid;i++)
1708                 {
1709                         snew(cmap_grid->cmapdata[i].cmap,4*nelem);
1710                 }
1711         }
1712
1713         for(i=0;i<cmap_grid->ngrid;i++)
1714         {
1715                 for(j=0;j<nelem;j++)
1716                 {
1717                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
1718                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
1719                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
1720                         gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
1721                 }
1722         }
1723 }
1724
1725
1726 void tpx_make_chain_identifiers(t_atoms *atoms,t_block *mols)
1727 {
1728     int m,a,a0,a1,r;
1729     char c,chainid;
1730     int  chainnum;
1731
1732     /* We always assign a new chain number, but save the chain id characters
1733      * for larger molecules.
1734      */
1735 #define CHAIN_MIN_ATOMS 15
1736
1737     chainnum=0;
1738     chainid='A';
1739     for(m=0; m<mols->nr; m++)
1740     {
1741         a0=mols->index[m];
1742         a1=mols->index[m+1];
1743         if ((a1-a0 >= CHAIN_MIN_ATOMS) && (chainid <= 'Z'))
1744         {
1745             c=chainid;
1746             chainid++;
1747         }
1748         else
1749         {
1750             c=' ';
1751         }
1752         for(a=a0; a<a1; a++)
1753         {
1754             atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainnum = chainnum;
1755             atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainid  = c;
1756         }
1757         chainnum++;
1758     }
1759
1760     /* Blank out the chain id if there was only one chain */
1761     if (chainid == 'B')
1762     {
1763         for(r=0; r<atoms->nres; r++)
1764         {
1765             atoms->resinfo[r].chainid = ' ';
1766         }
1767     }
1768 }
1769
1770 static void do_moltype(t_fileio *fio, gmx_moltype_t *molt,gmx_bool bRead,
1771                        t_symtab *symtab, int file_version,
1772                        gmx_groups_t *groups)
1773 {
1774   int i;
1775
1776   if (file_version >= 57) {
1777     do_symstr(fio, &(molt->name),bRead,symtab);
1778   }
1779
1780   do_atoms(fio, &molt->atoms, bRead, symtab, file_version, groups);
1781
1782   if (bRead && gmx_debug_at) {
1783     pr_atoms(debug,0,"atoms",&molt->atoms,TRUE);
1784   }
1785
1786   if (file_version >= 57) {
1787     do_ilists(fio, molt->ilist,bRead,file_version);
1788
1789     do_block(fio, &molt->cgs,bRead,file_version);
1790     if (bRead && gmx_debug_at) {
1791       pr_block(debug,0,"cgs",&molt->cgs,TRUE);
1792     }
1793   }
1794
1795   /* This used to be in the atoms struct */
1796   do_blocka(fio, &molt->excls, bRead, file_version);
1797 }
1798
1799 static void do_molblock(t_fileio *fio, gmx_molblock_t *molb,gmx_bool bRead,
1800                         int file_version)
1801 {
1802   int i;
1803
1804   gmx_fio_do_int(fio,molb->type);
1805   gmx_fio_do_int(fio,molb->nmol);
1806   gmx_fio_do_int(fio,molb->natoms_mol);
1807   /* Position restraint coordinates */
1808   gmx_fio_do_int(fio,molb->nposres_xA);
1809   if (molb->nposres_xA > 0) {
1810     if (bRead) {
1811       snew(molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1812     }
1813     gmx_fio_ndo_rvec(fio,molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1814   }
1815   gmx_fio_do_int(fio,molb->nposres_xB);
1816   if (molb->nposres_xB > 0) {
1817     if (bRead) {
1818       snew(molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1819     }
1820     gmx_fio_ndo_rvec(fio,molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1821   }
1822
1823 }
1824
1825 static t_block mtop_mols(gmx_mtop_t *mtop)
1826 {
1827   int mb,m,a,mol;
1828   t_block mols;
1829
1830   mols.nr = 0;
1831   for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1832     mols.nr += mtop->molblock[mb].nmol;
1833   }
1834   mols.nalloc_index = mols.nr + 1;
1835   snew(mols.index,mols.nalloc_index);
1836
1837   a = 0;
1838   m = 0;
1839   mols.index[m] = a;
1840   for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1841     for(mol=0; mol<mtop->molblock[mb].nmol; mol++) {
1842       a += mtop->molblock[mb].natoms_mol;
1843       m++;
1844       mols.index[m] = a;
1845     }
1846   }
1847
1848   return mols;
1849 }
1850
1851 static void add_posres_molblock(gmx_mtop_t *mtop)
1852 {
1853   t_ilist *il;
1854   int am,i,mol,a;
1855   gmx_bool bFE;
1856   gmx_molblock_t *molb;
1857   t_iparams *ip;
1858
1859   il = &mtop->moltype[0].ilist[F_POSRES];
1860   if (il->nr == 0) {
1861     return;
1862   }
1863   am = 0;
1864   bFE = FALSE;
1865   for(i=0; i<il->nr; i+=2) {
1866     ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
1867     am = max(am,il->iatoms[i+1]);
1868     if (ip->posres.pos0B[XX] != ip->posres.pos0A[XX] ||
1869         ip->posres.pos0B[YY] != ip->posres.pos0A[YY] ||
1870         ip->posres.pos0B[ZZ] != ip->posres.pos0A[ZZ]) {
1871       bFE = TRUE;
1872     }
1873   }
1874   /* Make the posres coordinate block end at a molecule end */
1875   mol = 0;
1876   while(am >= mtop->mols.index[mol+1]) {
1877     mol++;
1878   }
1879   molb = &mtop->molblock[0];
1880   molb->nposres_xA = mtop->mols.index[mol+1];
1881   snew(molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
1882   if (bFE) {
1883     molb->nposres_xB = molb->nposres_xA;
1884     snew(molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
1885   } else {
1886     molb->nposres_xB = 0;
1887   }
1888   for(i=0; i<il->nr; i+=2) {
1889     ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
1890     a  = il->iatoms[i+1];
1891     molb->posres_xA[a][XX] = ip->posres.pos0A[XX];
1892     molb->posres_xA[a][YY] = ip->posres.pos0A[YY];
1893     molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->posres.pos0A[ZZ];
1894     if (bFE) {
1895       molb->posres_xB[a][XX] = ip->posres.pos0B[XX];
1896       molb->posres_xB[a][YY] = ip->posres.pos0B[YY];
1897       molb->posres_xB[a][ZZ] = ip->posres.pos0B[ZZ];
1898     }
1899   }
1900 }
1901
1902 static void set_disres_npair(gmx_mtop_t *mtop)
1903 {
1904   int mt,i,npair;
1905   t_iparams *ip;
1906   t_ilist *il;
1907   t_iatom *a;
1908
1909   ip = mtop->ffparams.iparams;
1910
1911   for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
1912     il = &mtop->moltype[mt].ilist[F_DISRES];
1913     if (il->nr > 0) {
1914       a = il->iatoms;
1915       npair = 0;
1916       for(i=0; i<il->nr; i+=3) {
1917         npair++;
1918         if (i+3 == il->nr || ip[a[i]].disres.label != ip[a[i+3]].disres.label) {
1919           ip[a[i]].disres.npair = npair;
1920           npair = 0;
1921         }
1922       }
1923     }
1924   }
1925 }
1926
1927 static void do_mtop(t_fileio *fio, gmx_mtop_t *mtop,gmx_bool bRead,
1928                     int file_version)
1929 {
1930   int  mt,mb,i;
1931   t_blocka dumb;
1932
1933   if (bRead)
1934     init_mtop(mtop);
1935   do_symtab(fio, &(mtop->symtab),bRead);
1936   if (bRead && debug)
1937     pr_symtab(debug,0,"symtab",&mtop->symtab);
1938
1939   do_symstr(fio, &(mtop->name),bRead,&(mtop->symtab));
1940
1941   if (file_version >= 57) {
1942     do_ffparams(fio, &mtop->ffparams,bRead,file_version);
1943
1944     gmx_fio_do_int(fio,mtop->nmoltype);
1945   } else {
1946     mtop->nmoltype = 1;
1947   }
1948   if (bRead) {
1949     snew(mtop->moltype,mtop->nmoltype);
1950     if (file_version < 57) {
1951       mtop->moltype[0].name = mtop->name;
1952     }
1953   }
1954   for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
1955     do_moltype(fio, &mtop->moltype[mt],bRead,&mtop->symtab,file_version,
1956                &mtop->groups);
1957   }
1958
1959   if (file_version >= 57) {
1960     gmx_fio_do_int(fio,mtop->nmolblock);
1961   } else {
1962     mtop->nmolblock = 1;
1963   }
1964   if (bRead) {
1965     snew(mtop->molblock,mtop->nmolblock);
1966   }
1967   if (file_version >= 57) {
1968     for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
1969       do_molblock(fio, &mtop->molblock[mb],bRead,file_version);
1970     }
1971     gmx_fio_do_int(fio,mtop->natoms);
1972   } else {
1973     mtop->molblock[0].type = 0;
1974     mtop->molblock[0].nmol = 1;
1975     mtop->molblock[0].natoms_mol = mtop->moltype[0].atoms.nr;
1976     mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
1977     mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
1978   }
1979
1980   do_atomtypes (fio, &(mtop->atomtypes),bRead,&(mtop->symtab), file_version);
1981   if (bRead && debug)
1982     pr_atomtypes(debug,0,"atomtypes",&mtop->atomtypes,TRUE);
1983
1984   if (file_version < 57) {
1985     /* Debug statements are inside do_idef */
1986     do_idef (fio, &mtop->ffparams,&mtop->moltype[0],bRead,file_version);
1987     mtop->natoms = mtop->moltype[0].atoms.nr;
1988   }
1989
1990   if(file_version >= 65)
1991   {
1992       do_cmap(fio, &mtop->ffparams.cmap_grid,bRead);
1993   }
1994   else
1995   {
1996       mtop->ffparams.cmap_grid.ngrid        = 0;
1997       mtop->ffparams.cmap_grid.grid_spacing = 0.1;
1998       mtop->ffparams.cmap_grid.cmapdata     = NULL;
1999   }
2000
2001   if (file_version >= 57) {
2002     do_groups(fio, &mtop->groups,bRead,&(mtop->symtab),file_version);
2003   }
2004
2005   if (file_version < 57) {
2006     do_block(fio, &mtop->moltype[0].cgs,bRead,file_version);
2007     if (bRead && gmx_debug_at) {
2008       pr_block(debug,0,"cgs",&mtop->moltype[0].cgs,TRUE);
2009     }
2010     do_block(fio, &mtop->mols,bRead,file_version);
2011     /* Add the posres coordinates to the molblock */
2012     add_posres_molblock(mtop);
2013   }
2014   if (bRead) {
2015     if (file_version >= 57) {
2016       mtop->mols = mtop_mols(mtop);
2017     }
2018     if (gmx_debug_at) {
2019       pr_block(debug,0,"mols",&mtop->mols,TRUE);
2020     }
2021   }
2022
2023   if (file_version < 51) {
2024     /* Here used to be the shake blocks */
2025     do_blocka(fio, &dumb,bRead,file_version);
2026     if (dumb.nr > 0)
2027       sfree(dumb.index);
2028     if (dumb.nra > 0)
2029       sfree(dumb.a);
2030   }
2031
2032   if (bRead) {
2033     close_symtab(&(mtop->symtab));
2034   }
2035 }
2036
2037 /* If TopOnlyOK is TRUE then we can read even future versions
2038  * of tpx files, provided the file_generation hasn't changed.
2039  * If it is FALSE, we need the inputrecord too, and bail out
2040  * if the file is newer than the program.
2041  *
2042  * The version and generation if the topology (see top of this file)
2043  * are returned in the two last arguments.
2044  *
2045  * If possible, we will read the inputrec even when TopOnlyOK is TRUE.
2046  */
2047 static void do_tpxheader(t_fileio *fio,gmx_bool bRead,t_tpxheader *tpx,
2048                          gmx_bool TopOnlyOK, int *file_version,
2049                          int *file_generation)
2050 {
2051   char  buf[STRLEN];
2052   gmx_bool  bDouble;
2053   int   precision;
2054   int   fver,fgen;
2055   int   idum=0;
2056   real  rdum=0;
2057
2058   gmx_fio_checktype(fio);
2059   gmx_fio_setdebug(fio,bDebugMode());
2060
2061   /* NEW! XDR tpb file */
2062   precision = sizeof(real);
2063   if (bRead) {
2064     gmx_fio_do_string(fio,buf);
2065     if (strncmp(buf,"VERSION",7))
2066       gmx_fatal(FARGS,"Can not read file %s,\n"
2067                   "             this file is from a Gromacs version which is older than 2.0\n"
2068                   "             Make a new one with grompp or use a gro or pdb file, if possible",
2069                   gmx_fio_getname(fio));
2070     gmx_fio_do_int(fio,precision);
2071     bDouble = (precision == sizeof(double));
2072     if ((precision != sizeof(float)) && !bDouble)
2073       gmx_fatal(FARGS,"Unknown precision in file %s: real is %d bytes "
2074                   "instead of %d or %d",
2075                   gmx_fio_getname(fio),precision,sizeof(float),sizeof(double));
2076     gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
2077     fprintf(stderr,"Reading file %s, %s (%s precision)\n",
2078             gmx_fio_getname(fio),buf,bDouble ? "double" : "single");
2079   }
2080   else {
2081     gmx_fio_write_string(fio,GromacsVersion());
2082     bDouble = (precision == sizeof(double));
2083     gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
2084     gmx_fio_do_int(fio,precision);
2085     fver = tpx_version;
2086     fgen = tpx_generation;
2087   }
2088
2089   /* Check versions! */
2090   gmx_fio_do_int(fio,fver);
2091
2092   if(fver>=26)
2093     gmx_fio_do_int(fio,fgen);
2094   else
2095     fgen=0;
2096
2097   if(file_version!=NULL)
2098     *file_version = fver;
2099   if(file_generation!=NULL)
2100     *file_generation = fgen;
2101
2102
2103   if ((fver <= tpx_incompatible_version) ||
2104       ((fver > tpx_version) && !TopOnlyOK) ||
2105       (fgen > tpx_generation))
2106     gmx_fatal(FARGS,"reading tpx file (%s) version %d with version %d program",
2107                 gmx_fio_getname(fio),fver,tpx_version);
2108
2109   do_section(fio,eitemHEADER,bRead);
2110   gmx_fio_do_int(fio,tpx->natoms);
2111   if (fver >= 28)
2112     gmx_fio_do_int(fio,tpx->ngtc);
2113   else
2114     tpx->ngtc = 0;
2115   if (fver < 62) {
2116     gmx_fio_do_int(fio,idum);
2117     gmx_fio_do_real(fio,rdum);
2118   }
2119   gmx_fio_do_real(fio,tpx->lambda);
2120   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bIr);
2121   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bTop);
2122   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bX);
2123   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bV);
2124   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bF);
2125   gmx_fio_do_int(fio,tpx->bBox);
2126
2127   if((fgen > tpx_generation)) {
2128     /* This can only happen if TopOnlyOK=TRUE */
2129     tpx->bIr=FALSE;
2130   }
2131 }
2132
2133 static int do_tpx(t_fileio *fio, gmx_bool bRead,
2134                   t_inputrec *ir,t_state *state,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop,
2135                   gmx_bool bXVallocated)
2136 {
2137   t_tpxheader tpx;
2138   t_inputrec  dum_ir;
2139   gmx_mtop_t  dum_top;
2140   gmx_bool        TopOnlyOK,bDum=TRUE;
2141   int         file_version,file_generation;
2142   int         i;
2143   rvec        *xptr,*vptr;
2144   int         ePBC;
2145   gmx_bool        bPeriodicMols;
2146
2147   if (!bRead) {
2148     tpx.natoms = state->natoms;
2149     tpx.ngtc   = state->ngtc;
2150     tpx.lambda = state->lambda;
2151     tpx.bIr  = (ir       != NULL);
2152     tpx.bTop = (mtop     != NULL);
2153     tpx.bX   = (state->x != NULL);
2154     tpx.bV   = (state->v != NULL);
2155     tpx.bF   = (f        != NULL);
2156     tpx.bBox = TRUE;
2157   }
2158
2159   TopOnlyOK = (ir==NULL);
2160
2161   do_tpxheader(fio,bRead,&tpx,TopOnlyOK,&file_version,&file_generation);
2162
2163   if (bRead) {
2164     state->flags  = 0;
2165     state->lambda = tpx.lambda;
2166     /* The init_state calls initialize the Nose-Hoover xi integrals to zero */
2167     if (bXVallocated) {
2168       xptr = state->x;
2169       vptr = state->v;
2170       init_state(state,0,tpx.ngtc,0,0);  /* nose-hoover chains */ /* eventually, need to add nnhpres here? */
2171       state->natoms = tpx.natoms;
2172       state->nalloc = tpx.natoms;
2173       state->x = xptr;
2174       state->v = vptr;
2175     } else {
2176       init_state(state,tpx.natoms,tpx.ngtc,0,0);  /* nose-hoover chains */
2177     }
2178   }
2179
2180 #define do_test(fio,b,p) if (bRead && (p!=NULL) && !b) gmx_fatal(FARGS,"No %s in %s",#p,gmx_fio_getname(fio))
2181
2182   do_test(fio,tpx.bBox,state->box);
2183   do_section(fio,eitemBOX,bRead);
2184   if (tpx.bBox) {
2185     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->box,DIM);
2186     if (file_version >= 51) {
2187       gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->box_rel,DIM);
2188     } else {
2189       /* We initialize box_rel after reading the inputrec */
2190       clear_mat(state->box_rel);
2191     }
2192     if (file_version >= 28) {
2193       gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->boxv,DIM);
2194       if (file_version < 56) {
2195         matrix mdum;
2196         gmx_fio_ndo_rvec(fio,mdum,DIM);
2197       }
2198     }
2199   }
2200
2201   if (state->ngtc > 0 && file_version >= 28) {
2202     real *dumv;
2203     /*ndo_double(state->nosehoover_xi,state->ngtc,bDum);*/
2204     /*ndo_double(state->nosehoover_vxi,state->ngtc,bDum);*/
2205     /*ndo_double(state->therm_integral,state->ngtc,bDum);*/
2206     snew(dumv,state->ngtc);
2207     if (file_version < 69) {
2208       bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,dumv,state->ngtc);
2209     }
2210     /* These used to be the Berendsen tcoupl_lambda's */
2211     bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,dumv,state->ngtc);
2212     sfree(dumv);
2213   }
2214
2215   /* Prior to tpx version 26, the inputrec was here.
2216    * I moved it to enable partial forward-compatibility
2217    * for analysis/viewer programs.
2218    */
2219   if(file_version<26) {
2220     do_test(fio,tpx.bIr,ir);
2221     do_section(fio,eitemIR,bRead);
2222     if (tpx.bIr) {
2223       if (ir) {
2224         do_inputrec(fio, ir,bRead,file_version,
2225                     mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
2226         if (bRead && debug)
2227           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",ir,FALSE);
2228       }
2229       else {
2230         do_inputrec(fio, &dum_ir,bRead,file_version,
2231                     mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ :NULL);
2232         if (bRead && debug)
2233           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",&dum_ir,FALSE);
2234         done_inputrec(&dum_ir);
2235       }
2236
2237     }
2238   }
2239
2240   do_test(fio,tpx.bTop,mtop);
2241   do_section(fio,eitemTOP,bRead);
2242   if (tpx.bTop) {
2243     if (mtop) {
2244       do_mtop(fio,mtop,bRead, file_version);
2245     } else {
2246       do_mtop(fio,&dum_top,bRead,file_version);
2247       done_mtop(&dum_top,TRUE);
2248     }
2249   }
2250   do_test(fio,tpx.bX,state->x);
2251   do_section(fio,eitemX,bRead);
2252   if (tpx.bX) {
2253     if (bRead) {
2254       state->flags |= (1<<estX);
2255     }
2256     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->x,state->natoms);
2257   }
2258
2259   do_test(fio,tpx.bV,state->v);
2260   do_section(fio,eitemV,bRead);
2261   if (tpx.bV) {
2262     if (bRead) {
2263       state->flags |= (1<<estV);
2264     }
2265     gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->v,state->natoms);
2266   }
2267
2268   do_test(fio,tpx.bF,f);
2269   do_section(fio,eitemF,bRead);
2270   if (tpx.bF) gmx_fio_ndo_rvec(fio,f,state->natoms);
2271
2272   /* Starting with tpx version 26, we have the inputrec
2273    * at the end of the file, so we can ignore it
2274    * if the file is never than the software (but still the
2275    * same generation - see comments at the top of this file.
2276    *
2277    *
2278    */
2279   ePBC = -1;
2280   bPeriodicMols = FALSE;
2281   if (file_version >= 26) {
2282     do_test(fio,tpx.bIr,ir);
2283     do_section(fio,eitemIR,bRead);
2284     if (tpx.bIr) {
2285       if (file_version >= 53) {
2286         /* Removed the pbc info from do_inputrec, since we always want it */
2287         if (!bRead) {
2288           ePBC          = ir->ePBC;
2289           bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
2290         }
2291         gmx_fio_do_int(fio,ePBC);
2292         gmx_fio_do_gmx_bool(fio,bPeriodicMols);
2293       }
2294       if (file_generation <= tpx_generation && ir) {
2295         do_inputrec(fio, ir,bRead,file_version,mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
2296         if (bRead && debug)
2297           pr_inputrec(debug,0,"inputrec",ir,FALSE);
2298         if (file_version < 51)
2299           set_box_rel(ir,state);
2300         if (file_version < 53) {
2301           ePBC          = ir->ePBC;
2302           bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
2303         }
2304       }
2305       if (bRead && ir && file_version >= 53) {
2306         /* We need to do this after do_inputrec, since that initializes ir */
2307         ir->ePBC          = ePBC;
2308         ir->bPeriodicMols = bPeriodicMols;
2309       }
2310     }
2311   }
2312
2313     if (bRead)
2314     {
2315         if (tpx.bIr && ir)
2316         {
2317             if (state->ngtc == 0)
2318             {
2319                 /* Reading old version without tcoupl state data: set it */
2320                 init_gtc_state(state,ir->opts.ngtc,0,ir->opts.nhchainlength);
2321             }
2322             if (tpx.bTop && mtop)
2323             {
2324                 if (file_version < 57)
2325                 {
2326                     if (mtop->moltype[0].ilist[F_DISRES].nr > 0)
2327                     {
2328                         ir->eDisre = edrSimple;
2329                     }
2330                     else
2331                     {
2332                         ir->eDisre = edrNone;
2333                     }
2334                 }
2335                 set_disres_npair(mtop);
2336             }
2337         }
2338
2339         if (tpx.bTop && mtop)
2340         {
2341             gmx_mtop_finalize(mtop);
2342         }
2343
2344         if (file_version >= 57)
2345         {
2346             char *env;
2347             int  ienv;
2348             env = getenv("GMX_NOCHARGEGROUPS");
2349             if (env != NULL)
2350             {
2351                 sscanf(env,"%d",&ienv);
2352                 fprintf(stderr,"\nFound env.var. GMX_NOCHARGEGROUPS = %d\n",
2353                         ienv);
2354                 if (ienv > 0)
2355                 {
2356                     fprintf(stderr,
2357                             "Will make single atomic charge groups in non-solvent%s\n",
2358                             ienv > 1 ? " and solvent" : "");
2359                     gmx_mtop_make_atomic_charge_groups(mtop,ienv==1);
2360                 }
2361                 fprintf(stderr,"\n");
2362             }
2363         }
2364     }
2365
2366     return ePBC;
2367 }
2368
2369 /************************************************************
2370  *
2371  *  The following routines are the exported ones
2372  *
2373  ************************************************************/
2374
2375 t_fileio *open_tpx(const char *fn,const char *mode)
2376 {
2377   return gmx_fio_open(fn,mode);
2378 }
2379
2380 void close_tpx(t_fileio *fio)
2381 {
2382   gmx_fio_close(fio);
2383 }
2384
2385 void read_tpxheader(const char *fn, t_tpxheader *tpx, gmx_bool TopOnlyOK,
2386                     int *file_version, int *file_generation)
2387 {
2388   t_fileio *fio;
2389
2390   fio = open_tpx(fn,"r");
2391   do_tpxheader(fio,TRUE,tpx,TopOnlyOK,file_version,file_generation);
2392   close_tpx(fio);
2393 }
2394
2395 void write_tpx_state(const char *fn,
2396                      t_inputrec *ir,t_state *state,gmx_mtop_t *mtop)
2397 {
2398   t_fileio *fio;
2399
2400   fio = open_tpx(fn,"w");
2401   do_tpx(fio,FALSE,ir,state,NULL,mtop,FALSE);
2402   close_tpx(fio);
2403 }
2404
2405 void read_tpx_state(const char *fn,
2406                     t_inputrec *ir,t_state *state,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop)
2407 {
2408   t_fileio *fio;
2409
2410   fio = open_tpx(fn,"r");
2411   do_tpx(fio,TRUE,ir,state,f,mtop,FALSE);
2412   close_tpx(fio);
2413 }
2414
2415 int read_tpx(const char *fn,
2416              t_inputrec *ir, matrix box,int *natoms,
2417              rvec *x,rvec *v,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop)
2418 {
2419   t_fileio *fio;
2420   t_state state;
2421   int ePBC;
2422
2423   state.x = x;
2424   state.v = v;
2425   fio = open_tpx(fn,"r");
2426   ePBC = do_tpx(fio,TRUE,ir,&state,f,mtop,TRUE);
2427   close_tpx(fio);
2428   *natoms = state.natoms;
2429   if (box)
2430     copy_mat(state.box,box);
2431   state.x = NULL;
2432   state.v = NULL;
2433   done_state(&state);
2434
2435   return ePBC;
2436 }
2437
2438 int read_tpx_top(const char *fn,
2439                  t_inputrec *ir, matrix box,int *natoms,
2440                  rvec *x,rvec *v,rvec *f,t_topology *top)
2441 {
2442   gmx_mtop_t mtop;
2443   t_topology *ltop;
2444   int ePBC;
2445
2446   ePBC = read_tpx(fn,ir,box,natoms,x,v,f,&mtop);
2447
2448   *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop);
2449
2450   return ePBC;
2451 }
2452
2453 gmx_bool fn2bTPX(const char *file)
2454 {
2455   switch (fn2ftp(file)) {
2456   case efTPR:
2457   case efTPB:
2458   case efTPA:
2459     return TRUE;
2460   default:
2461     return FALSE;
2462   }
2463 }
2464
2465 gmx_bool read_tps_conf(const char *infile,char *title,t_topology *top,int *ePBC,
2466                    rvec **x,rvec **v,matrix box,gmx_bool bMass)
2467 {
2468   t_tpxheader  header;
2469   int          natoms,i,version,generation;
2470   gmx_bool         bTop,bXNULL;
2471   gmx_mtop_t   *mtop;
2472   t_topology   *topconv;
2473   gmx_atomprop_t aps;
2474
2475   bTop = fn2bTPX(infile);
2476   *ePBC = -1;
2477   if (bTop) {
2478     read_tpxheader(infile,&header,TRUE,&version,&generation);
2479     if (x)
2480       snew(*x,header.natoms);
2481     if (v)
2482       snew(*v,header.natoms);
2483     snew(mtop,1);
2484     *ePBC = read_tpx(infile,NULL,box,&natoms,
2485                      (x==NULL) ? NULL : *x,(v==NULL) ? NULL : *v,NULL,mtop);
2486     *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
2487     sfree(mtop);
2488     strcpy(title,*top->name);
2489     tpx_make_chain_identifiers(&top->atoms,&top->mols);
2490   }
2491   else {
2492     get_stx_coordnum(infile,&natoms);
2493     init_t_atoms(&top->atoms,natoms,FALSE);
2494     bXNULL = (x == NULL);
2495     snew(*x,natoms);
2496     if (v)
2497       snew(*v,natoms);
2498     read_stx_conf(infile,title,&top->atoms,*x,(v==NULL) ? NULL : *v,ePBC,box);
2499     if (bXNULL) {
2500       sfree(*x);
2501       x = NULL;
2502     }
2503     if (bMass) {
2504       aps = gmx_atomprop_init();
2505       for(i=0; (i<natoms); i++)
2506         if (!gmx_atomprop_query(aps,epropMass,
2507                                 *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
2508                                 *top->atoms.atomname[i],
2509                                 &(top->atoms.atom[i].m))) {
2510           if (debug)
2511             fprintf(debug,"Can not find mass for atom %s %d %s, setting to 1\n",
2512                     *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
2513                     top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].nr,
2514                     *top->atoms.atomname[i]);
2515         }
2516       gmx_atomprop_destroy(aps);
2517     }
2518     top->idef.ntypes=-1;
2519   }
2520
2521   return bTop;
2522 }