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   1 GROMACS 2019.3 release notes
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   4 This version was released on June 14, 2019. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2019.2 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2018.7 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
   9
  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
  14    a space between the colon and number!
  15
  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Fix missing interactions with domain decomposition
  20 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 When running with domain decomposition, any interactions described by
  23 the rarely-used topology file section
  24 ``[ intermolecular_interactions ]`` were ignored. This did not
  25 affect normal non-bonded or intra-molecular interactions.
  26
  27 :issue:`2953`
  28
  29 Fix possible floating point exception during minimization.
  30 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  31
  32 It was possible that very small forces during minimization could lead to
  33 a crash due to a divide by zero error. Fixed by introducing a check.
  34
  35 :issue:`2917`
  36
  37 Fix segmentation fault when using membrane embedding
  38 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  39
  40 :issue:`2947`
  41
  42 Allow AWH with pull-geometry 'direction' to be periodic
  43 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  44
  45 When applying AWH to a pull coordinate with geometry 'direction'
  46 with a AWH interval length of more than 95% of the box size,
  47 the dimension is now made periodic.
  48
  49 :issue:`2946`
  50
  51 Fixes for ``gmx`` tools
  52 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  53
  54 Fixed residue and molecule indexing in selections
  55 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  56
  57 :issue:`2951`
  58
  59 Fix PQR formatting
  60 """"""""""""""""""""
  61
  62 The formatting was incorrect for some tools that use PQR files.
  63
  64 :issue:`2955`
  65
  66 Fix gmx wham with angle geometries
  67 """"""""""""""""""""""""""""""""""
  68
  69 gmx wham would mix up degree and radian units leading to no overlap
  70 or not-a-number output. **Note**: this fix is not correct, a correct
  71 fix is applied in the next patch release.
  72
  73 :issue:`2609`
  74 :issue:`3094`
  75
  76 Add some information for grompp error with wrong line endings
  77 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  78
  79 Give meaningful error with too large grid in hbond
  80 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  81
  82 When using a grid that is too large :ref:`hbond <gmx hbond>` could try to
  83 allocate enough memory to cause a crash.
  84
  85 :issue:`2962`
  86
  87 Add some information for syntax errors with include delimiters in grompp
  88 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  89
  90 :issue:`2911`
  91
  92 Fixes that affect portability
  93 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  94
  95 Fixed wider reference SIMD setups
  96 """""""""""""""""""""""""""""""""
  97
  98 The reference SIMD builds could use a too small memory alignment,
  99 leading to mdrun exiting with an alignment error
 100
 101 :issue:`2952`
 102
 103 Fixed build failure with Apple Clang
 104 """"""""""""""""""""""""""""""""""""
 105
 106 Builds would fail because of qsort being undefined.
 107
 108 Miscellaneous
 109 ^^^^^^^^^^^^^
 110
 111 Removed non-existent mdp option awh1-dim1-period from user guide
 112 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 113
 114 :issue:`2940`
 115
 116 Add checks for too many interactions during memory allocation
 117 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 118
 119 :issue:`2932`
 120