docs/release-notes/2019/2019.2.rst

   1 GROMACS 2019.2 release notes
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   4 This version was released on April 16th, 2019. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2019.1 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2018.6 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
   9
  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
  14    a space between the colon and number!
  15
  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Fix L-BGFS minimizer
  20 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 The minimizer could fail on a number of systems.
  23
  24 :issue:`2641`
  25
  26 Disallow pull geometry direction-periodic with AWH
  27 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  28
  29 This could lead to incorrect behavior or a cryptic error message.
  30
  31 :issue:`2923`
  32
  33 Fixed mdrun -nsteps option
  34 """"""""""""""""""""""""""
  35
  36 Fixed that the, deprecated, mdrun option -nsteps only allowed extension
  37 of the simulation under certain conditions.
  38
  39 :issue:`2881`
  40
  41 Fixes for ``gmx`` tools
  42 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  43
  44 gmx cluster -clndx indices now correct
  45 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  46
  47 The reported indices of trajectory frames in clusters were
  48 too small by one.
  49
  50 :issue:`2926`
  51
  52 gmx editconf -f in.pdb -o out.pdb again preserves chain IDs
  53 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  54
  55 This had been inadvertently broken and is now fixed.
  56
  57 :issue:`2900`
  58
  59
  60 Tools again accept .tpr files as input
  61 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  62
  63 The pdb2gmx, solvate, and insert-molecules tools could no longer
  64 accept input configurations contained in .tpr format files. This
  65 is now fixed.
  66
  67 :issue:`2900`
  68
  69 Fix segmentation fault when preparing simulated annealing inputs
  70 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  71
  72 grompp was unable to prepare tpr files for inputs containing simulated annealing
  73 procedures. The code has been fixed to allow the generation of those files again.
  74
  75 :issue:`2871`
  76
  77 Fixes that affect portability
  78 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  79
  80 Fix error in AVX 512 detection code
  81 """""""""""""""""""""""""""""""""""
  82
  83 The CMake detection code had a typo that could lead to wrong detection results.
  84
  85 Miscellaneous
  86 ^^^^^^^^^^^^^
  87
  88 Added warning with the use of GROMOS force fields
  89 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  90
  91 grompp now warns when a GROMOS force field is used. The GROMOS force fields
  92 have been parametrized with a physically incorrect multiple-time-stepping
  93 scheme for a twin-range cut-off. When used with a single-range cut-off,
  94 physical properties, such as the density, might be off from the intended values.
  95
  96 :issue:`2884`
  97
  98 Prevented internal build of FFTW with clang and AVX-512 SIMD
  99 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 100
 101 Prevented the internal build of FFTW with clang from attempting to
 102 configure FFTW to compile with AVX-512 support. That SIMD level is not
 103 supported by FFTW with the clang compiler, and compilation fails.
 104
 105 :issue:`2892`
 106
 107 Updated performance guide for recent Intel processors with AVX512 instruction support
 108 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 109
 110 Noted the tradeoffs between CPU frequency and SIMD throughput and advising users to
 111 prefer AVX2 over AVX512 in GPU-offload or highly parallel MPI cases.
 112
 113 Updated release notes for 2019.1
 114 """"""""""""""""""""""""""""""""
 115
 116 A :ref:`fix <release-notes-2019-1-gpu>` made to GPU kernels in 2019.1 was
 117 thought to resolve :issue:`2845` but further investigation suggests that
 118 the real cause is not yet known.
 119