docs/release-notes/2016/major/bugs-fixed.rst

   1 Bugs fixed
   2 ^^^^^^^^^^
   3
   4 These document fixes for issues that have been fixed for the 2016
   5 release, but which have not been back-ported to other branches.
   6
   7 Fixed two problems related to restarts for velocity-Verlet
   8 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
   9 The first problem is more serious; in addition to causing problems
  10 with restarts in most cases for velocity-Verlet integrators plus either
  11 Berendsen or v-rescale temperature-coupling algorithms, the
  12 temperature coupling code was called twice. This made the distribution of
  13 kinetic energies too broad (but with the correct average).
  14 Other algorithm combinations were unaffected.
  15
  16 In the second problem, the initial step after restarts with velocity-Verlet
  17 integrators and either Berendsen or v-rescale temperature-coupling algorithms
  18 had too high a pressure because they used an empty virial matrix that
  19 was only filled with MTTK pressure control. The effects of this bug were
  20 very small; it only affected the volume integration for one step on restarts.
  21
  22 :issue:`1883`
  23
  24 Fixed Verlet buffer calculation with nstlist=1
  25 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  26 Under rare circumstances the Verlet buffer calculation code was
  27 called with nstlist=1, which caused a division by zero. The division
  28 by zero is now avoided.
  29 Furthermore, grompp now also determines and prints the Verlet buffer
  30 sizes with nstlist=1, which provider the user information and adds
  31 consistency checks.
  32
  33 :issue:`1993`
  34
  35 Fixed large file issue on 32-bit platforms
  36 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  37 At some point gcc started to issue a warning instead of a fatal error
  38 for the checking code; fixed to really generate an error now.
  39
  40 :issue:`1834`
  41
  42 Avoided using abort() for fatal errors
  43 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  44 This avoids situations that produce useless core dumps.
  45
  46 :issue:`1866`
  47
  48 Fixed possible division by zero in polarization code
  49 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  50
  51 Avoided numerical overflow with overlapping atoms in Verlet scheme
  52 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  53 The Verlet-scheme kernels did not allow overlapping atoms, even if
  54 they were not interacting (in contrast to the group kernels). Fixed by
  55 clamping the interaction distance so it can not become smaller than
  56 ~6e-4 in single and ~1e-18 in double, and when this number is later
  57 multiplied by zero parameters it will not influence forces. The
  58 clamping should never affect normal interactions; mdrun would
  59 previously crash for distances that were this small.  On Haswell, RF
  60 and PME kernels get 3% and 1% slower, respectively.  On CUDA, RF and
  61 PME kernels get 1% and 2% faster, respectively.
  62
  63 :issue:`1958`
  64
  65 Relax pull PBC check
  66 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  67 The check in the pull code for COM distances close to half the box
  68 was too strict for directional pulling. Now dimensions orthogonal
  69 to the pull vector are no longer checked. (The check was actually
  70 not strict enough for directional pulling along x or y in triclinic
  71 units cells, but that is a corner case.)
  72 Furthermore, the direction-periodic hint is now only printed with
  73 geometry direction.
  74
  75 :issue:`1962`
  76
  77 Add detection for ARMv7 cycle counter support
  78 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  79 ARMv7 requires special kernel settings to allow cycle
  80 counters to be read. This change adds a cmake setting
  81 to enable/disable counters. On all architectures but ARMv7
  82 it is enabled by default, and on ARMv7 we run a small test
  83 program to see if the can be executed successfully. When
  84 cross-compiling to ARMv7 counters will be disabled, but
  85 either choice can be overridden by setting a value for
  86 GMX_CYCLECOUNTERS in cmake.
  87
  88 :issue:`1933`
  89
  90 Introduced fatal error for too few frames in ``gmx dos``
  91 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  92 To prevent ``gmx dos`` from crashing with an incomprehensible error
  93 message when there are too few frames, test for this.
  94
  95 Part of :issue:`1813`
  96
  97 Properly reset CUDA application clocks
  98 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  99 We now store the application clock values we read when starting mdrun
 100 and reset to these values, but only when clocks have not been changed
 101 (by another process) in the meantime.
 102
 103 :issue:`1846`
 104
 105 Fixed replica-exchange debug output to all go to the debug file
 106 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 107 When ``mdrun -debug`` was selected with replica exchange, some of the
 108 order description was printed to mdrun's log file, but it looks like the
 109 actual numbers were being printed to the debug log. This puts them
 110 both in the debug log.
 111
 112 Fixed gmx mdrun -membed to always run on a single rank
 113 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 114 This used to give a fatal error if default thread-MPI mdrun had chosen
 115 more than one rank, but it will now correctly choose to use a single rank.
 116
 117 Fixed issues with using int for number of simulation steps
 118 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 119 Mostly we use a 64-bit integer, but we messed up a few
 120 things.
 121
 122 During mdrun -rerun, edr writing complained about the negative step
 123 number, implied it might be working around it, and threatened to
 124 crash, which it can't do. Silenced the complaint during writing,
 125 and reduced the scope of the message when reading.
 126
 127 Fixed TNG wrapper routines to pass a 64-bit integer like they should.
 128
 129 Made various infrastructure use gmx_int64_t for consistency, and noted
 130 where in a few places the practical range of the value stored in such
 131 a type is likely to be smaller. We can't extend the definition of XTC
 132 or TRR, so there is no proper solution available. TNG is already good,
 133 though.
 134
 135 :issue:`2006`
 136
 137 Fixed trr magic-number reading
 138 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 139 The trr header-reading routine returned an "OK" value even if the
 140 magic number was wrong, which might lead to chaotic results
 141 everywhere.  This led to problems if other code (e.g. cpptraj)
 142 mistakenly wrote a wrong-endian trr file, which was then used with
 143 GROMACS. (This should never be a thing for XDR files, which are
 144 defined to be big endian, but such code has existed.)
 145
 146 :issue:`1926`
 147
 148 Changed to use only legal characters in OpenCL cache filename
 149 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 150 The option to cache JIT-compiled OpenCL short-ranged kernels needed to
 151 be hardened, so that mdrun would write files whose names would usually
 152 be specific to the device, but also only contain filenames that would
 153 work everywhere, ie only alphanumeric characters from the current
 154 locale.
 155
 156 Fixes for bugs introduced during development
 157 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 158
 159 These document fixes for issues that were identified as having been
 160 introduced into the release-2016 branch since it diverged from
 161 release-5-1. These will not appear in the final release notes, because
 162 no formal release is thought to have had the problem. Of course, the
 163 tracked `issues`_ remain available should further discussion arise.
 164
 165 Fixed bug in v-rescale thermostat & replica exchange
 166 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 167
 168 Commit 2d0247f6 made random numbers for the v-rescale thermostat that
 169 did not vary over MD steps, and similarly the replica-exchange random
 170 number generator was being reset in the wrong place.
 171
 172 :issue:`1968`
 173
 174 Fixed vsite bug with MPI+OpenMP
 175 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 176 The recent commit b7e4f30d caused non-local virtual sites not be
 177 treated when using OpenMP. This means their coordinates lagged one
 178 step behind and their forces are not spread to the atoms, leading
 179 to small errors in the forces. Note that non-local virtual sites are
 180 only used when local virtual sites use them as a constructing atom;
 181 the most common case is a C/N in a CH3/NH3 group with vsite H's.
 182 Also added a check on the vsite count for debug builds.
 183
 184 :issue:`1981`
 185
 186 Fixed some thread affinity cases
 187 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 188 Fixed one deadlock in newly refactored thread-affinity code, which
 189 happened with automatic pinning, if only part of the nodes were full.
 190
 191 There is one deadlock still theoretically possible: if thread-MPI
 192 reports that setting the affinity is not possible only on a subset of
 193 ranks, the code deadlocks.  This has always been there and might never
 194 happen, so it is not fixed here.
 195
 196 Removed OpenMP overhead at high parallelization
 197 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 198 Commit 6d98622d introduced OpenMP parallelization for for loops
 199 clearing rvecs of increasing rvecs. For small numbers of atoms per
 200 MPI rank this can increase the cost of the loop by up to a factor 10.
 201 This change disables OpenMP parallelization at low atom count.
 202
 203 Removed std::thread::hardware_concurrency()
 204 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 205 We should not use std::thread::hardware_concurrency() for determining
 206 the logical processor count, since it only provides a hint.
 207 Note that we still have 3 different sources for this count left.
 208
 209 Added support for linking against external TinyXML-2
 210 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 211 This permits convenient packaging of GROMACS by distributions, but
 212 it got lost from gerrit while rebasing.
 213
 214 :issue:`1956`
 215
 216 Fixed data race in hwinfo with thread-MPI
 217 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 218 :issue:`1983`
 219
 220 Fixes for Power7 big-endian
 221 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 222 Now compiles and passes all tests in both double and single precision
 223 with gcc 4.9.3, 5.4.0 and 6.1.0 for big-endian VSX.
 224
 225 The change for the code in incrStoreU and decrStoreU addresses an
 226 apparent regression in 6.1.0, where the compiler thinks the type
 227 returned by vec_extract is a pointer-to-float, but my attempts a
 228 reduced test case haven't reproduced the issue.
 229
 230 Added some test cases that might hit more endianness cases in future.
 231
 232 We have not been able to test this on little-endian Power8; there is
 233 a risk the gcc-specific permutations could be endian-sensitive. We'll
 234 test this when we have hardware access, or if somebody runs the tests
 235 for us.
 236
 237 :issue:`1997`
 238 :issue:`1988`
 239
 240 Reduce hwloc & cpuid test requirements
 241 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 242 On some non-x86 linux platforms hwloc does not report
 243 caches, which means it will fail our strict test
 244 requirements of full topology support. There is no
 245 problem whatsoever with this, so we reduce the
 246 test to only require basic support from hwloc - this
 247 is still better than anything we can get ourselves.
 248 Similarly for CPUID, it is not an error for an
 249 architecture to not provide any of the specific flags
 250 we have defined, so avoid marking it as such.
 251
 252 :issue:`1987`
 253
 254 Work around compilation issue with random test on 32-bit machines
 255 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 256 gcc 4.8.4 running on 32-bit Linux fails a few
 257 tests for random distributions. This seems
 258 to be caused by the compiler doing something
 259 strange (that can lead to differences in the lsb)
 260 when we do not use the result as floating-point
 261 values, but rather do exact binary comparisions.
 262 This is valid C++, and bad behaviour of the
 263 compiler (IMHO), but technically it is not required
 264 to produce bitwise identical results at high
 265 optimization. However, by using floating-point
 266 tests with zero ULP tolerance the problem
 267 appears to go away.
 268
 269 :issue:`1986`
 270
 271 Updated ``gmx wham`` for the new pull setup
 272 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 273 This bring ``gmx wham`` up to date with the new pull setup where the pull
 274 type and geometry can now be set per coordinate and the pull
 275 coordinate has changed and is more configurable.
 276
 277 Fix membed with partial revert of 29943f
 278 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 279 The membrane embedding algorithm must be initialized before
 280 we call init_forcerec(), so it cannot trivially be moved into
 281 do_md(). This has to be cleaned up anyway for release-2017
 282 since we will remove the group scheme be then, but for now
 283 this fix will allow us have the method working in release-2016.
 284
 285 :issue:`1998`