Added two new bonded functions.
[alexxy/gromacs.git] / CMakeLists.txt
1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8)
2
3 project(Gromacs)
4 include(Dart)
5 mark_as_advanced(DART_ROOT)
6
7 # PROJECT_VERSION should have the following structure: 
8 # VERSION-dev[-SUFFIX] where the VERSION should have the for: vMajor.vMinor.vPatch
9 #
10 # The "-dev" suffix is important to keep because it makes possible to distinguish 
11 # between a build from official release and a build from git release branch on a 
12 # machine with no git. 
13 #
14 # NOTE: when releasing the "-dev" suffix needs to be stripped off!
15 set(PROJECT_VERSION "4.6-dev")
16 set(CUSTOM_VERSION_STRING ""
17     CACHE STRING "Custom version string (if empty, use hard-coded default)")
18 mark_as_advanced(CUSTOM_VERSION_STRING)
19 if (CUSTOM_VERSION_STRING)
20     set(PROJECT_VERSION ${CUSTOM_VERSION_STRING})
21 endif (CUSTOM_VERSION_STRING)
22 set(SOVERSION 6)
23 # It is a bit irritating, but this has to be set separately for now!
24 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR "4")
25 SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR "6")
26 #SET(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH "0")
27
28
29 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
30 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
31
32 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT)
33 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
34 endif()
35
36 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
37     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel." FORCE)
38 endif(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
39
40 enable_language(C)
41
42 set(CPACK_PACKAGE_VERSION ${PROJECT_VERSION})
43 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "gromacs.org")
44 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Gromacs - a toolkit for high-performance molecular simulation")
45 set(CPACK_SET_DESTDIR "ON")
46 set(CPACK_INCLUDE_TOPLEVEL_DIRECTORY 0)
47 set(CPACK_RESOURCE_FILE_WELCOME "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallWelcome.txt")
48 # Its GPL/LGPL, so they do not have to agree to a license for mere usage, but some installers require this...
49 set(CPACK_RESOURCE_FILE_LICENSE "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallLicense.txt")
50 set(CPACK_RESOURCE_FILE_README "${CMAKE_SOURCE_DIR}/admin/InstallInfo.txt")
51
52 #must come after all cpack settings!
53 include(CPack)
54
55 ########################################################################
56 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
57 ########################################################################
58 if(CMAKE_HOST_UNIX)
59     execute_process(COMMAND hostname
60                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
61                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
62     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
63         message(WARNING "
64             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
65             is being reused! This could lead to inconsitencies; therefore, it is
66             recommended to regenerate the cache!")
67     endif()
68     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
69             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
70 endif()
71
72 ########################################################################
73 # Fix stupid flags on MSVC
74 ########################################################################
75 SET(SHARED_LIBS_DEFAULT ON) 
76 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
77     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
78     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
79     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
80     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE) 
81     SET(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF)        
82 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
83
84 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
85
86
87
88 ######################################################################
89 # compiler tests
90 # these need ot be done early (before further tests).
91 #####################################################################
92
93 include(CheckCCompilerFlag)
94 include(CheckCXXCompilerFlag)
95
96 include(gmxCFlags)
97 gmx_c_flags()
98
99 ########################################################################
100 # User input options                                                   #
101 ########################################################################
102 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" OFF)
103 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
104 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (thread-based) version of GROMACS (cannot be combined with MPI yet)" ON)
105 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
106 mark_as_advanced(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
107 option(GMX_POWERPC_INVSQRT "Use PowerPC hardware 1/sqrt" OFF)
108 mark_as_advanced(GMX_POWERPC_INVSQRT)
109 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
110 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
111 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library (rerun cmake after changing to see relevant options)" OFF)
112 set(GMX_ACCELERATION "auto" 
113     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran")
114
115 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3" 
116     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
117 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE 
118        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
119 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
120 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none" 
121     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess,orca")
122 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
123 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
124 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" ${SHARED_LIBS_DEFAULT})
125 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
126 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
127 option(GMX_LOAD_PLUGINS "Compile with plugin support, needed to read VMD supported file formats" ON)
128 mark_as_advanced(GMX_LOAD_PLUGINS)
129
130
131 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
132 mark_as_advanced(GMX_IA32_ASM)
133 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
134 mark_as_advanced(GMX_X86_64_ASM)
135
136 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
137 mark_as_advanced(USE_VERSION_H)
138
139 option(GMX_DEFAULT_SUFFIX "Use default suffixes for GROMACS binaries and libs (_d for double, _mpi for MPI; rerun cmake after changing to see relevant options)" ON)
140
141 if(UNIX AND NOT APPLE)
142     option(GMX_PREFER_STATIC_LIBS "When finding libraries prefer \".a\" static archives (NOTE: this is enabled only for UNIX (excluding APPLE) platforms but it might not always work!" OFF)
143     mark_as_advanced(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
144 endif()
145
146 ########################################################################
147 # Set up binary and library suffixing 
148 ########################################################################
149 set(GMX_BINARY_SUFFIX "" CACHE STRING "Suffix for GROMACS binaries (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
150 set(GMX_LIBS_SUFFIX "" 
151   CACHE STRING "Suffix for GROMACS libs (default: _d for double, _mpi for MPI, _mpi_d for MPI and double).")
152 if (GMX_DEFAULT_SUFFIX)
153   set(GMX_BINARY_SUFFIX "")
154   set(GMX_LIBS_SUFFIX "")
155   if (GMX_MPI)
156     set(GMX_BINARY_SUFFIX "_mpi")
157     set(GMX_LIBS_SUFFIX "_mpi")
158   endif(GMX_MPI)
159   if (GMX_DOUBLE)
160     set (GMX_BINARY_SUFFIX "${GMX_BINARY_SUFFIX}_d")
161     set (GMX_LIBS_SUFFIX "${GMX_LIBS_SUFFIX}_d")
162   endif(GMX_DOUBLE)
163   if (GMX_OPENMM)
164     set (GMX_BINARY_SUFFIX "-gpu")
165     set (GMX_LIBS_SUFFIX "_gpu")
166   endif(GMX_OPENMM)
167   mark_as_advanced(FORCE GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
168   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
169     message(STATUS "Using default binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
170     message(STATUS "Using default library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
171   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
172 else(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
173   mark_as_advanced(CLEAR GMX_BINARY_SUFFIX GMX_LIBS_SUFFIX)
174   if (NOT SUFFIX_QUIETLY)
175     message(STATUS "Using manually set binary suffix: \"${GMX_BINARY_SUFFIX}\"")
176     message(STATUS "Using manually set library suffix: \"${GMX_LIBS_SUFFIX}\"")
177   endif (NOT SUFFIX_QUIETLY)
178 endif(GMX_DEFAULT_SUFFIX)
179 set(SUFFIX_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
180
181 set(PKG_CFLAGS "")
182 if(GMX_DOUBLE)
183     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_DOUBLE")
184 endif(GMX_DOUBLE)
185 if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
186   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_SOFTWARE_INVSQRT")
187 endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
188 if(GMX_POWERPC_INVSQRT)
189   set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_POWERPC_INVSQRT")
190 endif(GMX_POWERPC_INVSQRT)
191
192 ########################################################################
193 #Process MPI settings
194 ########################################################################
195 include(gmxManageMPI)
196
197 #######################################################################
198 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
199 #######################################################################
200 if(GMX_OPENMM)
201     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
202     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
203     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} GMX_FFT_LIBRARY)
204     if(NOT ${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
205         message(STATUS "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to fftpack!")
206         set(GMX_FFT_LIBRARY "fftpack" CACHE STRING 
207                 "No external FFT libraries needed for the OpenMM build, switching to  fftpack!" FORCE)
208     endif()
209     if(GMX_MPI)
210         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
211     endif(GMX_MPI)
212     if(GMX_THREADS)
213         message(STATUS "Threads are  not compatible with OpenMM build, disabled!")
214         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL 
215                 "Threads are not compatible with OpenMM build, disabled!" FORCE)
216     endif(GMX_THREADS)
217     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
218         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE STRING 
219                 "The OpenMM build does not need GROMACS software 1/sqrt!" FORCE)
220     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
221     string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} GMX_ACCELERATION)
222     if(NOT GMX_ACCELERATION STREQUAL "NONE")
223         message(STATUS "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!")     
224         set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING 
225                 "Switching off CPU-based acceleration, the OpenMM build does not support/need any!" FORCE)
226     endif()
227     if(GMX_FAHCORE)
228         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support FAH build!")
229     endif(GMX_FAHCORE)
230     if(GMX_DOUBLE)
231         message(FATAL_ERROR  "The OpenMM-build does not support double precision calculations!")
232     endif()
233     # mark as advanced the unused variables
234     mark_as_advanced(FORCE GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY 
235         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREADS GMX_DOUBLE)
236 else(GMX_OPENMM)
237      mark_as_advanced(CLEAR GMX_ACCELERATION GMX_MPI GMX_FFT_LIBRARY 
238         GMX_QMMM_PROGRAM GMX_THREADS GMX_DOUBLE)   
239 endif(GMX_OPENMM)
240
241
242 ########################################################################
243 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
244 ########################################################################
245 include(CheckIncludeFiles)
246 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
247 check_include_files(math.h       HAVE_MATH_H)
248 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
249 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
250 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
251 check_include_files(direct.h     HAVE_DIRECT_H)
252 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
253 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
254 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
255 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
256 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
257 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
258 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
259 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
260 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
261 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
262 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
263 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
264 # SSE support
265 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
266 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
267 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
268 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
269 check_include_files(io.h                 HAVE_IO_H)
270
271
272 include(CheckFunctionExists)
273 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
274 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
275 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
276 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
277 check_function_exists(posix_memalign    HAVE_POSIX_MEMALIGN)
278 check_function_exists(memalign          HAVE_MEMALIGN)
279 check_function_exists(_aligned_malloc   HAVE__ALIGNED_MALLOC)
280 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
281 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
282 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
283 check_function_exists(isfinite          HAVE_ISFINITE)
284 check_function_exists(_isfinite         HAVE__ISFINITE)
285 check_function_exists(fsync             HAVE_FSYNC)
286 check_function_exists(_fileno           HAVE__FILENO)
287 check_function_exists(fileno            HAVE_FILENO)
288 check_function_exists(_commit           HAVE__COMMIT)
289
290 include(CheckLibraryExists)
291 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
292 check_library_exists(m cbrt "" HAVE_CBRT)
293
294
295 include(CheckTypeSize)
296
297 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
298 check_type_size("int"           SIZEOF_INT) 
299 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT) 
300 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT) 
301 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
302 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
303
304 if (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
305     set(GMX_64_BIT TRUE)
306 else (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
307     set(GMX_64_BIT FALSE)
308 endif (CMAKE_C_SIZEOF_DATA_PTR EQUAL 8)
309
310 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present 
311 check_type_size(uid_t uid_t)
312 if(NOT uid_t)
313   set(uid_t int)
314 else(NOT uid_t)
315   set(uid_t 0)
316 endif(NOT uid_t)
317
318 check_type_size(gid_t gid_t)
319 if(NOT gid_t)
320   set(gid_t 1)
321 else(NOT gid_t)
322   set(gid_t 0)
323 endif(NOT gid_t)
324
325 check_type_size(size_t size_t)
326 if(NOT size_t)
327   set(size_t int)
328 else(NOT size_t)
329   set(size_t 0)
330 endif(NOT size_t)
331
332 check_type_size(off_t off_t)
333 if(NOT off_t)
334   set(off_t int)
335 else(NOT off_t)
336   set(off_t 0)
337 endif(NOT off_t)
338
339 include(TestBigEndian)
340 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
341
342
343
344
345 ########################################################################
346 # Find external packages                                               #
347 ########################################################################
348 if(UNIX AND NOT APPLE)
349     if(GMX_PREFER_STATIC_LIBS)
350         SET(CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES .a ${CMAKE_FIND_LIBRARY_SUFFIXES})
351         if(BUILD_SHARED_LIBS)
352             message(WARNING "Static libraries requested, the GROMACS libraries will also be build static (BUILD_SHARED_LIBS=OFF)")
353             set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Enable shared libraries (can be problematic with MPI, Windows)" FORCE)
354         endif()
355     endif()
356 endif()
357
358 option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files" ON)
359 if (GMX_XML)
360   find_package(LibXml2)
361   set(PKG_XML "")
362   if(LIBXML2_FOUND)
363     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
364     set(PKG_XML libxml-2.0)
365     set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
366     set(HAVE_LIBXML2 1)
367   endif(LIBXML2_FOUND)
368 endif(GMX_XML)
369
370 option(GMX_GSL "Add support for gsl" OFF)
371 if (GMX_GSL)
372   find_package(gsl)
373   set(PKG_GSL "")
374   if(GSL_FOUND)
375     include_directories(${GSL_INCLUDE_DIR})
376     set(PKG_GSL gsl)
377     set(HAVE_LIBGSL 1)
378   endif(GSL_FOUND)
379 endif (GMX_GSL)
380
381 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
382 if (GMX_X11)
383         find_package(X11)
384         # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
385         if(X11_FOUND)
386         set(HAVE_X11 1)
387         endif(X11_FOUND)
388 endif(GMX_X11)
389
390 if(GMX_THREADS)
391     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_THREADS")
392     include(ThreadMPI)
393     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
394     set(GMX_MPI 1)
395     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
396     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
397         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
398     endif()
399 endif(GMX_THREADS)
400
401 if(GMX_OPENMM)
402     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
403     find_package(CUDA 3.1 REQUIRED)
404     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
405     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")    
406         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
407     endif()
408     find_package(OpenMM) 
409 endif(GMX_OPENMM)
410
411 if(APPLE)
412    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
413    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
414 endif(APPLE)
415
416 if(CYGWIN)
417     set(GMX_CYGWIN 1)
418 endif(CYGWIN)
419
420 # only bother with finding git and using version.h if the source is a git repo
421 if(EXISTS "${CMAKE_SOURCE_DIR}/.git")
422     if(USE_VERSION_H)
423         # We need at least git v1.5.1 be able to parse git's date output. If not 
424         # found or the version is too small, we can't generate version information.
425         find_package(Git)
426
427         # Find out the git version
428         if(GIT_FOUND AND NOT GIT_VERSION)
429           execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE} "--version"
430             OUTPUT_VARIABLE _exec_out
431             OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
432           string(REGEX REPLACE "git version (.*)" "\\1" GIT_VERSION ${_exec_out})
433           set(GIT_VERSION ${GIT_VERSION} CACHE STRING "Git version")
434           mark_as_advanced(GIT_VERSION)
435         endif()
436
437         if(NOT GIT_FOUND OR GIT_VERSION VERSION_LESS "1.5.1")
438           message("No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.")
439           set(USE_VERSION_H OFF)
440         endif()
441     endif()
442 else()
443     set(USE_VERSION_H OFF)
444 endif()
445
446 ########################################################################
447 # Generate development version info for cache
448 ########################################################################
449 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
450 # include(gmxGenerateVersionString)
451
452 ########################################################################
453 # Our own GROMACS tests
454 ########################################################################
455
456 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
457 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
458 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
459
460 include(gmxCheckBuildUserTime)
461 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
462
463 include(gmxTestFloatFormat)
464 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754 
465                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
466                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
467
468 include(gmxTestLargeFiles)
469 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
470 check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
471
472 include(gmxTestSignal)
473 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
474
475 include(gmxTestInline)
476 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
477
478 include(gmxTestRestrict)
479 gmx_test_inline(RESTRICT_KEYWORD)
480
481 include(gmxTestPipes)
482 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
483
484 include(gmxTestInlineASM)
485 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
486 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
487
488 # turn on SSE if supported with reasonable defaults.
489 if (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto" AND NOT GMX_OPENMM)
490   if(CMAKE_SYSTEM_PROCESSOR MATCHES "^(i.86|x86|x64|x86_64|AMD64|amd64)" OR CYGWIN)
491
492     set(GMX_ACCELERATION "SSE" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran" FORCE)
493     
494     # Determine the assembler/compiler to use
495   else()
496     set(GMX_ACCELERATION "none" CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: auto, none, SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec, fortran" FORCE)
497   endif()
498 endif (${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "auto" AND NOT GMX_OPENMM)
499
500 include(gmxTestXDR)
501 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
502 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
503     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
504     set(PKG_CFLAGS "${PKG_CFLAGS} -DGMX_INTERNAL_XDR")
505 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
506
507 # Process nonbonded accelerated kernels settings
508 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
509 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
510   # nothing to do
511 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
512     
513     if (GMX_64_BIT)
514       set(GMX_X86_64_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for x86_64" FORCE)
515     else (GMX_64_BIT)
516       set(GMX_IA32_ASM ON CACHE BOOL "Add SSE assembly files for i386" FORCE)
517     endif (GMX_64_BIT)
518
519     if(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
520       option(GMX_ASM_USEASM-NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" ON)
521     else()
522       option(GMX_ASM_USEASM-NASM "Use Nasm for assembly instead of compiler (necessary on windows)" OFF)
523     endif()
524         mark_as_advanced(GMX_ASM_USEASM-NASM)
525
526     if (NOT GMX_64_BIT)
527         # for 32-bit compiles, we might need to turn on sse 
528         CHECK_C_COMPILER_FLAG("-msse2" XFLAGS_SSE)
529         if (XFLAGS_SSE)
530             set(GROMACS_C_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_C_FLAGS}")
531         endif (XFLAGS_SSE)
532         CHECK_CXX_COMPILER_FLAG("-msse2" XXFLAGS_SSE)
533         if (XXFLAGS_SSE)
534             set(GROMACS_CXX_FLAGS "-msse2 ${GROMACS_CXX_FLAGS}")
535         endif (XXFLAGS_SSE)
536     endif (NOT GMX_64_BIT)
537
538     if(GMX_IA32_ASM)
539       if(GMX_DOUBLE)
540         set(GMX_IA32_SSE2 1)
541       else()
542        set(GMX_IA32_SSE 1)
543       endif()
544     elseif(GMX_X86_64_ASM)
545       if(GMX_DOUBLE)
546        set(GMX_X86_64_SSE2 1)
547       else()
548         set(GMX_X86_64_SSE 1)
549       endif()
550     endif()
551
552 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
553 #        set(GMX_SSE3 1)
554 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
555 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
556 #        set(GMX_SSE4_1 1)
557 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
558
559 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
560     set(GMX_FORTRAN 1)
561     #these are switch on by default sometimes
562     set(GMX_IA32_ASM 0)
563     set(GMX_GMX_X86_64_ASM 0)
564 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
565 # GMX_ACCELERATION=BlueGene should be set in the Toolchain-BlueGene?-???.cmake file
566     message(STATUS "Configuring for BlueGene")
567     set(GMX_BLUEGENE 1)
568     if (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
569         set(SHARED_LIBS_DEFAULT OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
570         set(BUILD_SHARED_LIBS OFF CACHE BOOL "Shared libraries not compatible with BlueGene/L, disabled!" FORCE)
571     endif (${CMAKE_SYSTEM_NAME} STREQUAL "BlueGeneL")
572     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
573     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on BlueGene" FORCE)
574     set(GMX_X11 OFF CACHE BOOL "X11 not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
575     set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL "Threads not compatible with BlueGene, disabled!" FORCE)
576     set(GMX_MPI ON CACHE BOOL "Use MPI on BlueGene" FORCE)
577 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
578     set(GMX_POWER6 1)
579     set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF CACHE BOOL "Do not use software reciprocal square root on Power6" FORCE)
580     set(GMX_POWERPC_INVSQRT ON CACHE BOOL "Use hardware reciprocal square root on Power6" FORCE)
581 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
582     set(GMX_IA64_ASM 1)
583     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
584     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
585 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
586     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
587     if(HAVE_ALTIVEC_H)
588         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
589     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
590 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
591     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of auto, none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
592 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
593
594 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
595     if (GMX_THREADS)
596         message(FATAL_ERROR "FORTRAN/POWER6 is incompatible with threads and only provides a speed-up on certain IBM compilers. Disable FORTRAN (or threads if you really want to use FORTRAN kernels).")
597     endif(GMX_THREADS)
598     enable_language(Fortran)
599     include(FortranCInterface)
600     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
601     if(extra_under_score)
602         set(extrasuffix "_")
603     endif(extra_under_score)
604     if(prefix)
605       set(prefix "${prefix} ##")
606     endif(prefix)
607     if(suffix)
608       set(suffix "## ${suffix}")
609       if(extrasuffix)
610         set(extrasuffix "${suffix}${extrasuffix}")
611       endif(extrasuffix)
612     else(suffix)
613       if(extrasuffix)
614         # Don't know if this is needed, but it can't hurt
615         set(extrasuffix "## ${extrasuffix}")
616       endif(extrasuffix)
617     endif(suffix)
618
619     if(isupper)
620         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} NAME ${suffix}")
621         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} NAME ${extrasuffix}")
622     else(isupper)
623         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} name ${suffix}")
624         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} name ${extrasuffix}")
625     endif(isupper)
626 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
627         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
628         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
629 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
630
631 # Process QM/MM Settings
632 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
633 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
634     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
635 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
636     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
637 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
638     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
639 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
640     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
641 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
642     # nothing to do
643 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
644     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, Orca, None")
645 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
646
647 # Process FFT library settings - if not OpenMM build 
648 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
649 set(PKG_FFT "")
650 set(PKG_FFT_LIBS "")
651 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
652 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
653     if(GMX_DOUBLE)
654         find_package(FFTW3 REQUIRED)
655                 include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
656         set(FFT_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
657         set(PKG_FFT "fftw3")
658     else(GMX_DOUBLE)
659         find_package(FFTW3F REQUIRED)
660         include_directories(${FFTW3F_INCLUDE_DIR})
661         set(FFT_LIBRARIES ${FFTW3F_LIBRARIES})
662         set(PKG_FFT "fftw3f")
663     endif(GMX_DOUBLE)
664
665     if(NOT FFTW3_FOUND AND NOT FFTW3F_FOUND)
666         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
667     endif(NOT FFTW3_FOUND AND NOT FFTW3F_FOUND)
668
669     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
670
671 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
672 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
673     if(GMX_DOUBLE)
674         find_package(FFTW2 REQUIRED)
675     else(GMX_DOUBLE)
676         find_package(FFTW2F REQUIRED)
677     endif(GMX_DOUBLE)
678
679     if(NOT FFTW2_FOUND)
680            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
681     endif(NOT FFTW2_FOUND)
682     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
683     set(FFT_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
684     set(PKG_FFT_LIBS ${FFTW2_LIBRARIES})
685
686     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
687         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
688     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
689         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
690     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
691         set(FFTW2_NAME_FFTW 1) 
692     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
693
694     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
695 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
696 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
697     find_package(MKL REQUIRED)
698     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
699     set(FFT_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
700     set(PKG_FFT_LIBS ${MKL_LIBRARIES})
701
702     set(GMX_FFT_MKL 1)
703     set(HAVE_MKL 1)
704
705 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
706 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
707 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
708 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
709     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
710     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
711 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
712     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
713 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
714
715 # MKL has BLAS/LAPACK routines
716 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
717   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
718   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
719 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
720   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in") 
721   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in") 
722   if(GMX_EXTERNAL_BLAS)
723     #FindBLAS needs Fortran
724     enable_language(Fortran)
725     if (GMX_BLAS_USER)
726         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_BLAS_USER})
727     else(GMX_BLAS_USER)
728         find_package(BLAS REQUIRED)
729         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
730     endif(GMX_BLAS_USER)
731   endif(GMX_EXTERNAL_BLAS)
732   if(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
733     #FindLAPACK needs Fortran
734     enable_language(Fortran)
735         if (GMX_LAPACK_USER)
736         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_LAPACK_USER})
737         else(GMX_LAPACK_USER)
738         find_package(LAPACK REQUIRED)
739         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
740     endif(GMX_LAPACK_USER)
741   endif(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
742 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
743 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_LAPACK)
744 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_BLAS)
745
746 set(GMX_USE_PLUGINS OFF CACHE INTERNAL "Whether GROMACS will really try to compile support for VMD plugins")
747 set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
748 mark_as_advanced(GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
749
750 if(GMX_LOAD_PLUGINS)
751   if(CYGWIN OR NOT WIN32)
752     # Native Windows does not have, nor need dlopen
753     # Note that WIN32 is set with Cygwin, but Cygwin needs dlopen to use plug-ins
754     include(gmxTestdlopen)
755     gmx_test_dlopen(HAVE_DLOPEN)
756   endif()
757
758   find_package(VMD)
759
760   # Test for unsuitable versions of VMD
761
762   if(VMD_FOUND AND NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
763     message(STATUS "Checking for suitable VMD version")
764     exec_program(${VMD_EXECUTABLE}
765       ARGS --help
766       OUTPUT_VARIABLE VMD_HELP
767       RETURN_VALUE VMD_EXEC_RETURN)
768
769     if(VMD_EXEC_RETURN EQUAL 0)
770       # This is the accepted idiom for subexpression matching, unfortunately
771       string(REGEX REPLACE ".*VMD for .*, version ([0-9]+\\.[0-9]*\\.?[0-9]*).*" "\\1" VMD_VERSION ${VMD_HELP})
772       string(REGEX REPLACE ".*VMD for (.*), version .*" "\\1" VMD_ARCH ${VMD_HELP})
773
774       if(VMD_VERSION VERSION_LESS "1.8")
775         MESSAGE(WARNING "Found VMD version ${VMD_VERSION}, but GROMACS needs at least 1.8")
776         unset(VMD_EXECUTABLE)
777         set(VMD_FOUND FALSE)
778       else()
779         message(STATUS "VMD version ${VMD_VERSION} is suitable")
780         if(DEFINED ENV{VMDDIR})
781           # This permits GROMACS to avoid hard-coding a fall-back
782           # path that it can tell right now would be useless.
783           set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH "$ENV{VMDDIR}/plugins/${VMD_ARCH}/molfile" CACHE PATH "Path to VMD plugins for molfile I/O")
784         else()
785           set(GMX_VMD_PLUGIN_PATH "/usr/local/lib/vmd/plugins/*/molfile" CACHE PATH "Path to VMD plugins for molfile I/O")
786         endif()
787       endif()
788
789       # clean up
790       unset(VMD_HELP)
791       unset(VMD_VERSION)
792       unset(VMD_ARCH)
793     endif()
794   endif()
795
796   # so, should we use plug-ins?
797   if((WIN32 AND NOT CYGWIN) OR (HAVE_DLOPEN AND BUILD_SHARED_LIBS))
798     if (NOT VMD_QUIETLY)
799       MESSAGE(STATUS "Found the ability to use plug-ins when building shared libaries, so will compile to use plug-ins (e.g. to read VMD-supported file formats).")
800     endif(NOT VMD_QUIETLY)
801     set(GMX_USE_PLUGINS ON)
802     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${CMAKE_DL_LIBS}) # magic cross-platform pre-set variable for dlopen library
803     set(PKG_DL_LIBS "-l${CMAKE_DL_LIBS}")
804   else()
805     set(PKG_DL_LIBS)
806   endif()
807 endif(GMX_LOAD_PLUGINS)
808 set(VMD_QUIETLY TRUE CACHE INTERNAL "")
809
810 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
811 if(HAVE_LIBM)
812     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
813 endif(HAVE_LIBM)
814
815 if(GMX_FAHCORE)
816   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING 
817       "Path to swindirect.h")
818   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
819 endif(GMX_FAHCORE)
820
821 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
822 # these are set after everything else
823 if (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
824     set(GROMACS_C_FLAGS_SET true CACHE INTERNAL "Whether to reset the C flags" 
825         FORCE)
826     set(CMAKE_C_FLAGS "${GROMACS_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}" CACHE STRING 
827         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
828     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${GROMACS_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}" CACHE STRING 
829         "Flags used by the compiler during all build types" FORCE)
830     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS 
831         "${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}" 
832         CACHE STRING "Linker flags" FORCE) 
833 endif (NOT DEFINED GROMACS_C_FLAGS_SET)
834
835 ########################################################################
836 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
837 ########################################################################
838 if ( DEFINED GMXLIB )
839     set(LIB_INSTALL_DIR "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/${GMXLIB}")
840 else()
841     set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
842 endif()
843 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
844 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
845 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
846 set(INCL_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/include)
847
848 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
849
850 ##################################################################
851 # Shared library settings - Darwin uses INSTALL_NAME_DIR instead!
852 ##################################################################
853 if(NOT CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
854     set(CMAKE_SKIP_BUILD_RPATH  FALSE)
855     set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH FALSE)
856     set(CMAKE_INSTALL_RPATH "${LIB_INSTALL_DIR}")
857     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
858 endif()
859
860 add_subdirectory(share)
861 add_subdirectory(include)
862 add_subdirectory(man)
863 add_subdirectory(src)
864 add_subdirectory(scripts)
865
866 #######################
867 ## uninstall target
868 #######################
869     CONFIGURE_FILE(
870                    "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
871                    "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
872                    IMMEDIATE @ONLY)
873 ###########################
874 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
875                   "${CMAKE_COMMAND}" -P 
876                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
877 ###########################
878
879
880 ########################################################################
881 # Tests                                                                #
882 ########################################################################
883
884 include(CTest)
885 mark_as_advanced(BUILD_TESTING)
886 IF(BUILD_TESTING)
887         enable_testing()
888         add_subdirectory(tests)
889 ENDIF()
890