Лаборатория протеомики

 

Состав лаборатории

 

Заведующий лабораторией Нарыжный Станислав Николаевич,  д.б.н.

         тел. +7 81371 46737  snaryzhny[at]mail.ru

 

Сотрудники лаборатории:

Ронжина Наталья Леонидовна, нс, к.б.н., ronzhina[at]list.ru

Белякова Наталья Владимировна, нс, к.б.н., bel_tasha[at]mail.ru

Легина Ольга Карнельевна, нс, к.б.н., legina[at]omrb.pnpi.spb

Клейст Ольга Андреевна,  ст.лаборант

 

Направления исследований:

Научные работы, ведущиеся в лаборатории протеомики, можно условно разделить на пять тем, хотя все они базируются на классическом подходе протеомики – разделении белков двумерным электрофорезом высокого разрешения с последующим анализом,  в основном масс-спектрометрией или иммунологически. Объектами исследования являются различные пробы человеческого происхождения (ткани, жидкости, клеточные культуры..).

1) Выявление глобальных изменений на уровне протеомов, происходящих в клетках при их переходе от нормального состояния к раковому;

2) определение  набора (штрих-кода) маркерных белков, суммарный профиль экспрессии которых позволит диагностировать и судить о состоянии глиобластомы;

3) протеомныйанализеэкзосом.Есть  основания полагать, что количественная и качественная характеристика этих микрочастиц, которые секретируются клетками,может дать существенную диагностическую и прогностическую информацию и служить биомаркером различных заболеваний, включая онкологические. Исследования реализуются в сотрудничестве с  лабораторий клеточной биологии;

4) определение количества различных белковых форм, присутствующих в отдельных клетках. Создание каталога (инвентаризация) всех белковых форм человека на основе двумерных электрофоретических карт;

5) создание интерактивных баз данных о белках человека. Исследование носит хромосомоцентричный уклон в сторону 18 хромосомы (реализация, как участие в российской части проекта международной организации HUPO «Протеом человека») и основывается на двумерных виртуальных картах.

 

Публикации:

  1.             Штам Т. А., Нарыжный С. Н., Ланда С. Б., Бурдаков В. С, Артамонова Т. О., Филатов М. В.. Получение и анализ экзосом, секретируемых злокачественно трансформированными клетками человека в системах invitro. 2012.Цитология. 54 (5) : 430–438
  2.             T. A. Shtam, S. N. Naryzhny, S. B. Landa, V. S. Burdakov, T. O. Artamonova, M. V. Filatov Purification and in vitro analysis of exosomes secreted by malignantly transformed human cells Cell and Tissue Biology July 2012, Volume 6, Issue 4, pp 317-325
  3.            Victor G. Zgoda †, Arthur T. Kopylov †, Olga V. Tikhonova †, Alexander A. Moisa †, Nadezhda V. Pyndyk †, Tatyana E. Farafonova †, Svetlana E. Novikova †, Andrey V. Lisitsa †, Elena A. Ponomarenko †, Ekaterina V. Poverennaya †, Sergey P. Radko †, Svetlana A. Khmeleva †, Leonid K. Kurbatov †, Aleksey D. Filimonov †, Nadezhda A. Bogolyubova †, Ekaterina V. Ilgisonis †, Aleksey L. Chernobrovkin †, Alexis S. Ivanov †, Alexei E. Medvedev †, Yury V. Mezentsev †, Sergei A. Moshkovskii †, Stanislav N. Naryzhny †‡, Elena N. Ilina §, Elena S. Kostrjukova §, Dmitry G. Alexeev §, Alexander V. Tyakht §, Vadim M. Govorun §, and Alexander I. Archakov * Chromosome 18 Transcriptome Profiling and Targeted Proteome Mapping in Depleted Plasma, Liver Tissue and HepG2 Cells, J. Proteome Res., 2013, 12 (1), pp 123–134
  4.             Archakov A, Zgoda V, Kopylov A, Naryzhny S, Chernobrovkin A, Ponomarenko E, Lisitsa A. Chromosome-centric approach to overcoming bottlenecks in the Human Proteome Project. Expert Rev Proteomics. 2012 Dec;9(6):667-76.
  5.             НарыжныйС.Н. «Ядерныйантигенпролиферирующихклеток: координаторклеточныхфункций » LAP Lambert Academic Publishing. (2011-07-29),монография.
  6.             Нарыжный С.Н. «Ядерный антиген пролиферирующих клеток (PCNA): координатор клеточных функций в норме и патологии» автореферат диссертации на соискание ученой степени доктора биологических наук. 2011
  7.             Нарыжный С.Н. К вопросу об онкомаркерах: о чем нам может рассказать PCNA? // Креативная Хирургия и Онкология. 2010. №.4 (Приложение). C.43.
  8.             Naryzhny S. N., Lee H. Proliferating cell nuclear antigen in the cytoplasm interacts with components of glycolysis and cancer. FEBS Lett. 2010. 584(20):4292-8.
  9.             Richard C., Lanner C., Naryzhny S.N., Sherman L., Lee H., Lambert P., Zehbe I. The immortalizing and transforming ability of two common human papillomavirus 16 E6 variants with different prevalences in cervical cancer Oncogene 29, 3435-3445 (10 June 2010)
  10.           Naryzhny S. N.  Blue Dry Western: simple, economic, informative, and fast way of immunodetection. Anal.Biochem. 2009, 392(1):90-5
  11.           Naryzhny S. N. Proliferating cell nuclear antigen (PCNA): a proteomics view (review). Cell Mol   Life Sci. 2008 Nov; 65(23):3789-808
  12.           Naryzhny S. N., Lee H. Characterization of proliferating cell nuclear antigen (PCNA) isoforms in normal and cancer cells: There is no cancer-associated form of PCNA. FEBS Lett. 2007 Oct 16;581(25):4917-20.
  13.           Naryzhny S. N., DeSouza L.V., Siu K.W.M., Lee H. Characterization of the human proliferating nuclear antigen physico-chemical properties: aspects of double trimer stability. Biochemistry and Cell Biology 2006, 84(5), 669-676
  14.           Naryzhny S. N  Coordination of multiple cellular functions by proliferating cell nuclear antigen (PCNA): Structure-functional aspect.  Gatchina, Бреслеровскиечтения,  2007, 1-13
  15.           Lee H ,Naryzhny S. N., Coordination of multiple cellular functions by PCNA: Implication of the PCNA double trimer model, in the book “PCNA”, 2007, ed. H.Lee
  16.           Naryzhny S. N., Zhao H., Lee H. Human proliferating cell nuclear antigen (PCNA) may function  as a double- homotrimer complex  in the mammalian cell. J. Biol. Chem. 2005 280(14), 13888-13894
  17.           Naryzhny S. N., Lee H. The post-translational modifications of proliferating cell nuclear antigen (PCNA): acetylation, not phosphorylation, plays an important role in the regulation of its function. J. Biol. Chem. 2004, 279(19), 20194-20199.
  18.           Naryzhny S. N., Lee H. Observation of multiple isoforms and specific proteolysis patterns of PCNA in the context of cell-cycle compartments and sample preparations. Proteomics  2003, 3, 930-936.
  19.           Naryzhny S. N., Lee H.  Protein profiles of the Chinese hamster ovary cells in the resting and proliferating stages. Electrophoresis2001, 22, 1764-1775.