Лаборатория молекулярной генетики

Состав лаборатории.

 

Заведующий лабораторией

Вербенко Валерий Николаевич, д.б.н.
e-mail: verbenko[at]omrb.pnpi.spb.ru
тел.:    +7(813 71) 46601, 46602

 
 
 

Ст. научные сотрудники:

Байтин Д.М., к.б.н.
Бахланова И.В, к.б.н.
Виноградская Г.Р, к.б.н.
Вострюхина О.А, к.x.н.
Коневега Л.В., к.б.н.
Сизова И.А., к.б.н.
Суслов А.В., к.б.н.

 

Научные сотрудники:

Дудкина А.В., к.б.н., совместитель
Гулевич Е.П.
Кузнецова Л.В., к.б.н.
Лучкина Л.А., к.б.н.
Мирлина Е.Д.
Суслова И.Н., к.б.н.
Степанова В.П.,
Червякова Д.Б., к.б.н., совместитель
Юрченко Л.В., к.б.н.
Яровой Б.Ф, к.б.н.

 
 

Мл. научные сотрудники:

Емельянова С.С.
Бутрович Г.М.

 

Ст.лаборанты:

Романова Ю.А.
Суханова Е.А.
Баронина Е.В.
Коновод Е.В.
Фролова Л.И.

История.

Лаборатория молекулярной генетики была создана в 1986 г. с целью объединения усилий различных по научным интересам групп для внедрения новейших методов молекулярной генетики в практику биологического эксперимента. Возглавил лабораторию и определил её развитие профессор, д.б.н. Владислав Александрович Ланцов. Основные задачи ЛМГ были сформулированы как изучение молекулярных механизмов генетической рекомбинации ДНК у про- и эукариот.

Лаборатория установила тесное сотрудничество с такими зарубежными научными центрами, как Калифорнийский университет в Беркли (Prof. Alvin J. Clark), Хельсинский университет (Dr. Peter Engelgardt), Висконсинский университет в Медисоне (Prof. William R. Reznikoff и Prof. Michael M. Cox), Лаборатория энзимологии CRNS, Франция (Prof. Raymond Devoret), Университет г. Осака (Prof. Hideuki Ogawa, Prof. Tomoko Ogawa и Prof. Seiki Kuramitsu) и Национальные институты здоровья США ( Dr. Alex Strunnikov).

С началом грантовой системы в нашей стране и для нашей страны за рубежом ЛМГ активно включилась в конкурс проектов, результатом чего было получение многолетних российских [Геном человека, РФФИ, Президиум РАН] и международных грантов [Howard Huges Medical Institute (США), Monbusho International Grant Support (Япония), Intas (Европа) и FIRCA (США)], которые позволили лаборатории сохранить активные позиции в науке.

В 2010 г. произошло объединение лаборатории молекулярной генетики и группы индуцибельных систем клетки и научная программа дополнилась исследованиями механизмов гиперустойчивости микроорганизмов к неблагоприятным условиям среды.

В Отделении молекулярной и радиационной биофизики ПИЯФ лаборатория тесно сотрудничает с лабораториями биофизики макромолекул, клеточной биологии, генетики эукариот и лабораторией клеточной и радиационной биофизики, организованной ПИЯФ и Санкт-Петербургским политехническим университетом Петра Великого. ЛМГ развивает как фундаментальные, так и прикладные исследования.

Направления исследований и исполнители

Рекомбиногенные и антирекомбиногенные функции при репарации ДНК у бактерий – Вербенко В.Н., Кузнецова Л.В. и Гулевич Е.П.

Механизмы гиперекомбинации, взаимодействия белков RecA, RecX и DinI в рекомбинационном процессе – Байтин Д.М., Бахланова И.В. и Дудкина А.В.

Онкомодулирующее действие цитомегаловирусных инфекций – Виноградская Г.Р. и Емельянова С.С.

Разработка комплексного метода с использованием генетических и белковых маркеров для неинвазивной диагностики злокачественных новообразований толстой кишки на клинических образцах – Вострюхина О.А., Бутрович Г.М., Романова Ю.А. и Мирлина Е.Д.

Сайт-направленный мутагенез у микроводоросли Chlamydomonas reinhardtii с использованием цинк-пальцевых нуклеаз на примере генов CHR1, CHR2, COP1; белки рекомбинаци RAD51 и RAD51C хламидомонады – Сизова И.А.

Микроорганизмы, актуальные для биоремедиации; разработка методов нетермической стерилизации – Суслов А.В., Яровой Б.Ф., Суслова И.Н., Степанова В.П. и Суханова Е.А.

Действие NO-производных на клеточный цикл – Коневега Л.В.

 

Публикации в 2010-2015 г.г.

  1. Вербенко В.Н., Кузнецова Л.В., Крупьян Е.П., Суслов А.В. Оператор-конститутивная мутация в гене recA повышает радиоустойчивость Escherichia coli. – Генетика, 2009, т. 45, № 8, с. 1048-1054.

  2. Вербенко В.Н., Кузнецова Л.В., Лучкина Л.А., Клопов Н.В. Мутация в кластере генов cspH-cspG повышает экспрессию белков теплового шока и SOS-системы репарации Escherichia coli. – Генетика, 2009, т. 45, № 9, с. 1194-1202.

  3. Вербенко В.Н., Кузнецова Л.В., Крупьян Е.П., Шалгуев В.И. Экспрессия гена recA Deinococcus radiodurans в клетках Escherichia coli. – Генетика, 2009, т. 45, № 10, с. 1324-1331.

  4. Шадрин А.Ю., Мурзин А.А., Дормидонова Ф.С., Суслов А.В., Суслова И.Н., Яровой Б.Ф. Действие сверхкритического СО2 на клетки микроорганизмов экстремофилов. – Сверхкритические флюиды. Теория и практика, 2009, т. 4, № 2, с. 29-33.

  5. Shadrin A.Yu., Murzin A.A., Dormidonova A.S., Suslov A.V., Suslova I.N., and Yarovoy B.F. Effect of Supercritical CO2 on Extremophile Cells. Russian Journal of Physical Chemistry B, 2009, v. 3, № 7, p. 77–79.

  6. Гильяно Н.Я., Коневега Л.В., Семенова Е.Г., Федорцева Р.Ф. Characteristics of spontaneously transformed human endothelial ECV304 cell line: II. Functional responses of ECV304 cells. – Cell and Tissue Biology. 2009, v. 3, № 3, р. 274-282.

  7. Гильяно Н.Я., Коневега Л.В., Носкин Л.А. Динамика изменения внутриклеточного уровня супероксида и NO в эндотелиоцитах и клетках карциномы человека после обработки их ингибиторами NO-синтазы. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2009, т. 145, № с.

  8. Крутяков В.М., Кравецкая Т.П. ДНК-полимеразы и канцерогенез. – Биохимия, 2010, т. 75, в. 8, с. 1055-1061.

  9. Кравецкая Т.П., Ронжина Н.Л., Крутяков В.М. Соотношение 3’-5’-экзонуклеазной и ДНК-полимеразной активностей в нормальных и раковых клетках грызунов и человека. – Цитология, 2010, т. 52, № 8, с. 634-638.

  10. Давыденко С.Г., Яровой Б.Ф., Степанова В.П., Афонин Д.В., Баташов Б.Е., Дедегкаев А.Т. Новый штамм дрожжей для пивоварения: свойства и преимущества. – Генетика, 2010, т. 46, № 11, с. 1473–1484.

  11. Штам Т.А., Варфоломеева Е.Ю., Виноградская Г.Р., Волницкий А.В., Ковалев Р.А., Семенова Е.В., Филатов М.В. Эпигенетическая регуляция функционирования некоторых онкогенов и возможности ее практического использования. – Вопросы гематологии, онкологии и иммунопатологии в педиатрии, 2010, №4.

  12. Гильяно Н.Я., Коневега Л.В., Носкин Л.А. Динамика изменения внутриклеточного уровня супероксида и NO в эндотелиоцитах и клетках карциномы человека после их обработки ингибиторами NO-синтазы. – Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, 2010, т. 149, № 1, с. 85 -88.

  13. Гильяно Н.Я., Коневега Л.В., Носкин Л.А. Модификация внутриклеточного уровня свободных радикалов и апоптоз в эндотелиоцитах и клетках карциномы человека в культуре. – Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, 2010, т. 150, № 11, с. 577-581.

  14. А.В.Суслов, И.Н.Суслова, А.Ю.Шадрин, О.В.Шмидт, Г.А.Багиян, В.В. Бондин, С.И. Бычков, В.П.Степанова, Б.Ф.Яровой, Н.А.Суслова. Осаждение радионуклида 137Cs микроорганизмами из водных промышленно-технологических растворов. – Радиохимия, 2010, т. 52, в. 1, с. 92-96.

  15. Дудкина А.В., Швецов А.В., Бахланова И.В., Байтин Д.М. Изменение динамики филаментации белка RecA, вызванное аминокислотной заменой D112R либо замещением ATP на dATP, приводит к устойчивости филамента к действию белка RecX. Молекулярная биология, 2011, т. 45, № 3, с. 546–553.

  16. Гулевич Е.П., Кузнецова Л.В., Вербенко В.Н. Роль конститутивной и индуцибельной репарации в радиоустойчивости Escherichia coli. Генетика, 2011, т. 47, № 7, с. 879-889.

  17. Giliano N.Y., Konevega L.V., Noskin L.A., Serezhenkov V.A., Poltorakov A.P., Vanin A.F. Dinitrosyl iron complexes with thiol-containing ligands and apoptosis: studies with HeLa cell cultures. Nitric Oxide. 2011, v. 24, № 3, р. 151-159.

  18. Гильяно Н.Я., Коневега Л.В., Носкин Л.А. Прямые и отсроченные эффекты низких доз бета-излучения в культуре клеток млекопитающих. Радиационная биология. Радиоэкология. 2011, т. 51, № 6, с. 1-7.

  19. Sizova I., Greiner A., Awasthi S., Hegemann P. Nuclear gene targeting in Chlamydomonas using engineered zinc-finger nucleases. Plant J., 2012, Nov 8. doi: 10.1111/tpj.12066 .

  20. А.В. Волницкий, Г.Р. Виноградская, М.В. Филатов. Экспрессия гена p73 в глиомах. Вопросы онкологии. 2012, т. 58, № 4, с. 545-548.

  21. Н.В. Левицкая, К.М. Пожарисский, О.А. Вострюхина, Л.Н. Алексеева, М.В. Немцова, И.В. Матросова, Т.В. Харитонова, И.В. Поддубная. Карциносаркома матки: молекулярно-генетические и морфологические характеристики. Архив патологии, 2012, №1, 7 с.

  22. Гильяно Н.Я., Коневега Л.В., Носкин Л.А. Изменения уровней оксида азота и супероксида в эндотелиоцитах и клетках карциномы человека после воздействия низких доз ионизирующего излучения. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, 2012, т. 153, № 4, стр. 485-490.

  23. V.N. Verbenko. SOS Repair. Brenner's Encyclopedia of Genetics, 2nd edition, Elsevier, no. 1447.

  24. Сизова И.А., Шалгуев В.И., Грайнер А., Хегеманн П. Сайт-направленный мутагенез у микроводосли Chlamydomonas reinhardtii c использованием цинк-пальцевых нуклеаз. Сборник статей третьей международной научно-практической конференции “Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине.” 26-28 апр. 2012 г., Санкт-Петербург, Россия, Изд. СПГПУ, 2012. Стр. 235-237.

  25. Суслов А.В., Суслова И.Н., Яровой Б.Ф., Степанова В.П., Суханова Е.А., Шадрин А.Ю., Шафиков Д.Н., Мурзин А.А. Действие СО2 на клетки микроорганизмов. Препринт ПИЯФ-2012, №2903, стр. 1-11.

  26. Бахланова И.В., Дудкина А.В., Байтин Д.М. Энзиматический контроль гомологической рекомбинации и гиперрекомбинации в клетке Е.coli. Молекулярная биология, 2013, т. 2, стр. 205-217.

  27. Irina Sizova, Andre Greiner, Mayanka Awasthi, Suneel Kateriya and Peter Hegemann. Nuclear gene targeting in Chlamydomonas using engineered zinc-finger nucleases. The Plant Journal, 2013, V. 73, P. 873–882.

  28. Г.Р. Виноградская. Белок р73 в канцерогенезе и ответе на противоопухолевую терапию. Вопросы онкологии. 2013, т. 59, № 2, стр. 42-48.

  29. Лебедев Д.В., Соколова М.Л., Федорова Я.В., Побегалов Г.Е., Червякова Д.Б., Ланда С.Б., Ходорковский М.А. Надмолекулярные структуры, образуемые in vitro белком TIP49A. Научно-технические ведомости СПбГПУ. Физико-математические науки. 2013, № 2(170), стр. 156-162.

  30. Shtam T., Kovalev R., Varfolomeeva E., Makarov E., Kil Y., Filatov M. Exosomes are natural carries of exogenous siRNA to human cells in vitro. Cell Communications and Signaling. 2013, V. 11, №88, 1-10.

  31. Valery Verbenko. SOS Repair. Brenner’s Encyclopedia of Genetics, 2e Seven-Volume Set. Editors -In-Chief Stanley Maloy, San Diego State University, USA, Kelly Hughes, University of Utah, USA. Elsevier. 2/2013_20130913. MS. 1447.

  32. Н.Я. Гильяно, С.И. Степанов, Л.А. Носкин, Е.Н.Архипова, Л.В.Коневега. Исследование роли супероксида, оксида азота и ионов металлов переменной валентности в цитотоксическом эффекте перекиси водорода и бета амилоида. Патологическая физиология и экспериментальная терапия. 2013, №3, 42-46.

  33. Shvetsov A, Lebedev D, Chervyakova D, Bakhlanova I, Radulescu A, Kuklin A, Yung I, Baitin D, Isaev-Ivanov V. The structure of RecA::RecX::ssDNA complex. FEBS Letters. 2014, 588, 948–955.

  34. Бутрович Г.М., Мирлина Е.Д., Макеева Т.К., Грозов Р.В., Хабарова И.Г., Вострюхина О.А. Разработка ПЦР-диагностики колоректального рака на основе целостности ДНК, выделенной из фекалий пациента. Вопросы онкологии.

  35. Суслов А.В., Суслова И.Н., Яровой Б.Ф., Степанова В.П., Суханова Е.А., Шадрин А.Ю., Шафиков Д.Н., Мурзин А.А. Действие СО2 и тетрафторэтана с этанолом на клетки E. coli. Сверхкритические флюиды. Теория и практика. 2014, Т. 9, № 1, 80-85.

  36. Бутрович Г.М., Мирлина Е.Д., Грозов Р.В. Хабарова И.Г., Вострюхина О.А. ПЦР-анализ фекальной ДНК для скрининга колоректального рака. Принята в печать.

  37. A.V. Suslov, I.N. Suslova, A.A. Murzin, D.N. Shafikov. Effect of CO2, tetrafluoroethane and their mixtures with ethanol on E. coli cells. Russian Journal of Physical Chemistry B. Focus on Physics. 2014, N 8.

  38. Бутрович Г.М., Мирлина Е.Д., Хабарова И.Г., Вострюхина О.А. Неинвазивная диагностика колоректального рака: молекулярно-генетический анализ фекальной ДНК // Ученые записки СПбГМУ им. акад. И.П. Павлова. 2014 – Т. 21 (3) – С. 8-12.

  39. Бутрович Г.М., Мирлина Е.Д., Грозов Р.В., Хабарова И.Г, Вострюхина О.А. ПЦР-анализ фекальной ДНК для скрининга колоректального рака (2014) Ученые записки СПбГМУ им. акад. И.П. Павлова – 21 (4): 58-59.

  40. Н.Е. Федорова, С.С. Емельянова, Г.Р. Виноградская, Е.В. Чичев, А.В. Мурзакова, А.А. Кириченко, В.Н. Вербенко, А.А. Кущ. Влияние антибиотика доксорубицина на фибробласты человека, инфицированные цитомегаловирусом. Цитология, 2015, т. 57, № 4, 260 – 268.

  41. G. Poletaev, G. Cherevatenko, A. Alekseev, A. Sabantsev, O. Kovaleva, A. Vedyaykin, N. Morozova, D. Baitin, M. Khodorkovskii. Deinococcus radiodurans RecA nucleoprotein filaments characterized at the single-molecule level with optical tweezers. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2015, V. 466, P. 426-430.

  42. И.А. Сизова, В.И. Шалгуев, А. Грайнер, П. Хегеманн. Редактирование генов фоторецепторов у микроводоросли Chlamydomonas reinhardtii с использованием цинк-пальцевых нуклеаз. Актуальная биотехнология, №3 (14), 2015, 56-57.

  43. Д.М. Байтин. Изучение динамики изменения длины на одномолекулярном уровне методом оптического захвата. Научный форум с международным участием. Неделя науки СПбПУ. Материалы научно-технической конференции. СПб, 2015, стр. 231-233.

  44. Суслов А.В., Суслова И.Н. Способ инактивации микроорганизмов рода E. coli. Патент на изобретение № 2555329.

  45. Е.П. Гулевич, Л.В. Кузнецова, Ю.В. Киль, Л.А. Лучкина, В.Н. Вербенко. Functional characterization of uvrD helicase from Deinococcus radiodurans R1 in Escherichia coli K-12 cells. Fourth International Conference “Modern Problems of Genetics, Radiobiology, Radioecology, and Evolution, St. Petersburg, 2 - 6 June 2015, стендовый доклад.

  46. Sizova I. Targeted deletion of rhodopsin photoreceptors in Chlamydomonas reinhardtii using zincfinger nucleases and CRISPR-Cas9. 40th Congress of The Federation of European Biochemical Societies (FEBS) “Biochemical Basis of Life”, July 4 - 9, 2015, Berlin, Germany. Poster.

  47. D.B. Chervyakova, D.V. Lebedev, A.S. Afanasyeva, A. Khodorkovsky, V.V. Isaev-Ivanov, M.G. Petukhov. TIP49a protein forms active rod-like structures in solution. 40th Congress of The Federation of European Biochemical Societies (FEBS) “Biochemical Basis of Life”, July 4 - 9, 2015, Berlin, Germany. Thesis.