Лаборатория биосинтеза белка

 

Состав лаборатории.

Заведующий лабораторией, к.ф.-м.н.:

 Андрей Леонидович Коневега e-mail: akonevega[at]omrb.pnpi.spb.ru
тел.:     +7 (813 71) 46093
д.б.н., профессор, в.н.с.: Кириллов С.В. e-mail: kirillov[at]omrb.pnpi.spb.ru
тел.:     +7 (813 71) 46784  
к.ф.-м. н., ст.н.с.: Соболева Н.Г. e-mail: soboleva[at]omrb.pnpi.spb.ru
тел.:     +7 (813 71) 46606    
н.с.: Махно В.И. e-mail: makhno[at]omrb.pnpi.spb.ru
тел.:     5586    
ст.н.с.: Смирнова Е.А. e-mail:
тел.:     +7 (813 71) 46784   
ст.н.с.: Полесскова Е.В. e-mail: polesskova[at]omrb.pnpi.spb.ru
тел.:     +7 (813 71) 46068
м.н.с.: Касацкий П.С e-mail: pavel_kasatsky[at]inbox.ru
тел.:     +7 (813 71) 46068          
инженер: Полтавская Н.С. e-mail: natapoltav[at]omrb.pnpi.spb.ru
тел.:     +7 (813 71) 46093
ст. лаборант: Виноградова Д.С.  e-mail:
тел.:     +7 (813 71) 46784 
ст. лаборант: Максимова Е.М.  e-mail:
тел.:     +7 (813 71) 46606
ст. лаборант: Затылкин Ф.А.  e-mail:
тел.:     +7 (813 71) 46068   
ст. лаборант: Толичева О.А. e-mail:
тел.:     +7 (813 71) 46068  
ст. лаборант: Трескова Д.А.  e-mail:
тел.:     +7 (813 71) 46068 

 

 

История создания лаборатории

Основная тематика исследований

Список публикаций сотрудников лаборатории биосинтеза белка

 

История создания лаборатории

     Изучение механизма биосинтеза белка было начато в начале шестидесятых годов в лаборатории биополимеров Семена Ефимовича Бреслера в Институте Высокомолекулярных соединений АН СССР, когда было официально разрешено изучать молекулярную биологию и генетику. Позднее в 1978г. лаборатория была переведена в филиал Физико-Технического Института им. А.Ф. Иоффе АН СССР и при отделении филиала в Ленинградский Институт Ядерной Физики им.Б.П.Константинова АН СССР (вошедший в состав Национального Исследовательского Центра им. Курчатова в 2011 г.). К 1978 г. в составе Отдела Радиационной Биологии ученики С.Е. Бреслера  образовали Сектор Молекулярной Биологии, разделившийся позднее  на ряд лабораторий с более узкой тематикой. Эти лаборатории, в том числе и Лаборатория Биосинтеза белка, составили основной костяк современного Отдела Молекулярной и Радиационной Биофизики ФБГУ ПИЯФ им.Б.П. Константинова.

Заведующие Лабораторией Биосинтеза Белка:

Кириллов С.В. - 1978-1998 г.

Семенков Ю.П. – 1998-2009 г.

Катунин В.И. – 2009-02.11.2012 г.

Коневега А.Л. – с 2013 г.

 

Основная тематика исследований

 

С самого начала лаборатория была ориентирована на строго количественное изучение термодинамики и кинетики взаимодействия  мРНК и тРНК с рибосомными сайтами в процессе синтеза белка с целью установления молекулярных механизмов основных парциальных реакций  цикла элонгации. Для этого потребовалось изучить причины инактивации рибосом при их выделении из клетки, разработать препаративные методы очистки индивидуальных тРНК.

В результате к 1980 г. мы получили рибосомы, связывающие одновременно 3 молекулы тРНК и активные на всех стадиях синтеза пептидной связи. Это привело к замене 2х-сайтовой модели синтеза (господствующей 20 лет) на трехсайтовую. Были измерены термодинамические параметры взаимодействия всех трех функциональных форм тРНК (деацилированная, аминоацил-тРНК и пептидил-тРНК) с сайтами полной рибосомы и рибосомных субчастич. Показано, что два сайта А (аминоацильный) и Р (пептидильный) расположены в основном на  малой субчастице  рибосом и имеют кодон-антикодоновое взаимодействие, а третий Е (выходной) сайт полность принадлежит большой субчастице, где нет кодон-антикодонового взаимодействия. Показано, что в рибосомах эукариот такая же ситуация.

Изучена термодинамика и кинетика процесса транслокации, показана необходимость гидролиза ГТФ для транслокации.

Изучен молекулярный механизм ингибирования синтеза белка более чем 20 антибиотиками. Эти находки и многие другие вошли составной часть в современную схему биосинтеза белка в рибосомах (см. избранные публикации ранних лет).

С развитием техники остановленного потока появилась возможность детально изучать кинетику синтеза на рибосомах. Не имея такой техники в стране, мы стали сотрудничать с рядом передовых зарубежных лабораторий: Institutes of Molecular Biology and Physical Biochemistry, University of Witten-Herdecke и Max Plank Institute for Biophysical Chemistry, Germany; Laboratory of Genetics, Department of Biology MCA, University of Camerino, Italy; Department of Biochemistry and Moleculer Biology, University of Massachusetts; Department of Chemistry, University of Pennsylvania, Department of Biochemistry and Moleculer Biology, Thomas Jefferson University, USA ; RNA Regulation Centre, Institute of Molecular Biology, University of Copenhagen, Denmark.

Исследования рибосом последних 10-15 лет прошли под влиянием установленных рентгеноструктурным анализом нескольких структур субчастиц и функциональных комплексов рибосом с молекулярным разрешением. Кинетические исследования приобрели особенно важное значение, так как все процессы в рибосоме реализуются путем динамических изменений конформаций функциональных доменов самих рибосом,  тРНК, факторов инициирования,  элонгации и терминации.

Наиболее интересные результаты получены в лаборатории по дальнейшему изучению кинетики формирования инициирующего комплекса (9,12,17,20,35), кинетики и конформационных изменений  в ходе транслокационного процесса (5,19,21,32,36,39), механизма пептидилтрансферазной реакции (2,16,22,26,28,33,38), обепечению точности трансляции рибосомой (3,4).

Особо надо отметить установление обратимости транслокационного процесса (16) и наблюдение методом крио-электронной микроскопии 50 последовательных конформационных состояний комплекса при движении тРНК в  обратном ходе транслокации (6), наблюдение кинетически разрешаемых промежуточных комплексов при транслокации (21) и установление функциональной роли центральной области тРНК (Т и Д петель) в формировании промежуточных комплексов при движении тРНК в рибосоме (13,26). 

В 2009 году Нобелевскyю Премию по химии  «За исследования структуры и функции рибосомы» получили трое ученых: Ада Йонат (Ada  E. Yonath, Israel), Венки Рамакришнан (Venkatraman  Ramakrishnan, Unated Kingdom) и Томаc Стейц (Thomas A. Steitz,USA).

Главной задачей молекулярной биологии всегда было и есть: понять, как данная структура выполняет данную функцию.

Для оценки нашего вклада в изучение функций рибосомы можно привести статистику цитирования работ лаборатории  из обзора В. Рамакришнана, опубликованного за 2 месяца до получения НП: «Что недавно установленные структуры рибосомы дали для понимания механизма  трансляции» (Nature 2009; 461:1234-1242) и его экспериментальной работы 2006г:  “Структура 70S рибосомы в комплексе с мРНК и тРНК” (Science 313:1945-1942)

Из 180 ссылок на важнейшие работы по связи структуры и функции рибосомы на долю сотрудниkов Лаборатории Биосинтеза Белка ОМРБ  выпало 9:

Катунин В.И. (зав. ЛББ с 2009 до 02.11.2012) – 3 (Nature 1997;385:37-41;Mol.Cell 2002; 10:339-346; Mol.Cell 2003; 11:1517-1523); Кириллов СВ – 3 (FEBS Lett 2002;514:60-66;JMB 2007; 373:562-572; Mol.Cell 2007;25:519-529); Коневега АЛ – 2 (Mol.Cell 2008;30:712-720; PNAS(USA) 2008; 105:16924-16927; Cеменков ЮП  – 1 (PNAS(USA) 1996;93:12183-12188).

Из нескольких сотен групп, занятых в проблеме во всем мире , больше нас цитированы публикации только  3х коллективов:

(Wintermеyer W + Rodnina MV, Germany), изучали  в основном функции – 18; Noller H, USA ( структура и функции)- 14; Frank J , USA ( структура и функции)- 12.

Noller H и  Frank J были реально обсуждаемыми претендентами на премию, так как внесли существенный вклад в изучение как структуры, так и функций рибосомы.

Работ самих Нобелевских лауреатов цитировано: Ramakrishnan V (самоцит.) – 9; Steitz T -6;Yonath A -2. 

Работ остальных Российских ученых цитировано только 4.

ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШИХ ИССЛЕДОВАНИЙ

Действие большинства антибиотиков, широко применяемых для терапевтических целей, прямо или косвенно связано с ингибированием синтеза белков в рибосоме. Установление пространственной структуры активных рибосомных комплексов открывает сегодня широкие возможности как для целенаправленного изменения уже известных антибиотиков, так и для  поиска новых эффективных ингибиторов синтеза.

Еще более перспективным является изучение роли рибосом в регуляции важнейших процессов в живой клетке таких, например, как развитие вирусных инфекций.

С установлением генетического кода и механизма его считывания в рибосоме казалось бы не было причин сомневаться в универсальности трансляции. Триплеты, кодирующие определенную аминокислоту, должны были бы считываться одинаково, независимо от их местоположения в информационной РНК. Однако оказалось, что  это не так. Рибосома может в некоторых случаях сдвинуть рамку считывания мРНК в обоих направлениях (frameshifting), пропустить целые блоки нуклеотидов без считывания (bypassing), изменить значение определенных кодонов, обычно терминирующих (suppression, read-through) или даже сменить мРНК (trans-translation). Эти события динамического репрограммирования трансляции под общим названием перекодирование (recoding) являются сложным дополнением к стандартному декодированию. Рекодирование позволяет запустить синтез новых белков в ответ на определенные сигналы или приводит к синтезу двух разных белков в определенной пропорци  по одной и той же мРНК (один в результате нормального декодирования, другой со сдвигом рамки считывания). Такие явления выполняют регуляторную роль при некоторых ретровирусных инфекциях (включая вирус иммунодефицита человека) и поэтому их детальное изучение несомненно позволит  разработать новый класс лекарств против вирусных инфекций.

Правила декодирования временно изменяются под действием специальных сигналов, встроенных в последовательность нуклеотидов мРНК, но реализуются они через тРНК-мРНК-рибосома взаимодействия. Наши знания о деталях молекулярных взаимодействий тРНК в рибосоме относятся в основном к стационарным  А, Р и Е сайтам, в то время как мы много меньше знаем о промежуточных группах взаимодействия и рибосомы и тРНК, обеспечивающих движение  тРНК между сайтами. Только в последние годы мы обнаружили участие Т и Д петлей тРНК во временных взаимодействиях с рибосомой в процессе транслокации и связывании на А сайт и показали, что  сохранение консервативной L –образной формы молекулы тРНК  является необходимым для обеспечения движения тРНК в рибосоме. Это предполагает прямое и/или косвенное участие Т и Д петель так же и в обеспечении динамических явлений, необходимых для реализации рекодирования.

Сегодня задача исследования любого этапа синтеза пептидной связи в рибосоме состоит в том, чтобы,  пользуясь установленными замороженными молекулярными структурами комплексов, установить как изменяющиеся взаимодействия участвующих групп обеспечивают протекание того или иного процесса.

 

 

СПИСОК  ПУБЛИКАЦИЙ СОТРУДНИКОВ ЛАБОРАТОРИИ БИОСИНТЕЗА БЕЛКА

2015

Byrne, R.T., Jenkins, H.T., Peters, D.T., Whelan F., Stowell J., Aziz N., Kasatsky, P., Rodnina, M.V., Koonin, E.V., Konevega, A.L., Antson, A.A. (2015) Major reorientation of tRNA substrates defines specificity of dihydrouridine synthasesProc. Natl. Acad. Sci. U S A. 112, 6033-7

Fischer, N., Neumann, P., Konevega, A.L., Bock, L.V., Ficner, R., Rodnina, M.V. and Stark, H. (2015) Structure of the E. coli ribosome-EF-Tu complex at <3 Å resolution by Cs-corrected cryo-EM. Nature, 520, 567-70.

2014

Polikanov, Y.S., Osterman, I.A., Szal, T., Tashlitsky, V.N., Serebryakova, M.V., Kusochek, P., Bulkley, D., Malanicheva, I.A., Efimenko, T.A., Efremenkova, O.V., Konevega, A.L., Shaw, K.J., Bogdanov, A.A., Rodnina, M.V., Dontsova, O.A., Mankin, A.S., Steitz, T.A., Sergiev, P.V. (2014) Amicoumacin A Inhibits Translation by Stabilizing mRNA Interaction with the Ribosome. Molecular Cell 56, 531-40.

Samatova, E., Konevega, A.L., Wills, N.M., Atkins, J.F., and Rodnina, M.V.  (2014). High-efficiency translational bypassing of non-coding nucleotides specified by mRNA structure and nascent peptide. Nature Communications. 5:4459. doi: 10.1038/ncomms5459.

Holtkamp, W., Cunha, C., Peske, F., Konevega, A.L., Wintermeyer, W., and Rodnina, M.V.  (2014). GTP hydrolysis by EF-G synchronizes tRNA translocation on small and large ribosomal subunits.EMBO Journal 33, 1073-85. DOI:10.1002/embj.201387465

2013

Mittelstaet, J., Konevega, A.L., and Rodnina, M.V. (2013). A kinetic safety gate controlling the delivery of unnatural amino acids to the ribosome. J Am Chem Soc 135, 17031-8.

Rezgui, V.A., Tyagi, K., Ranjan, N., Konevega, A.L., Mittelstaet, J., Rodnina, M.V., Peter, M., Pedrioli, P.G. (2013) tRNA tKUUU, tQUUG, and tEUUC wobble position modifications fine-tune protein translation by promoting ribosome A-site binding. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110, 12289-94.

2012

1) Paleskava A, Konevega AL, Rodnina MV.(2012). Thermodynamics of the GTP-GDP-operated conformational switch of selenocysteine-specific translation factor SelB. J Biol Chem. 287:27906-12.

2011

2) Mittelstaet J, Konevega AL, Rodnina MV.(2011). Distortion of tRNA upon near-cognate codon recognition on the ribosome. J Biol Chem. 286:8158-64.

3) Burakovsky DE, Sergiev PV, Steblyanko MA, Konevega AL, Bogdanov AA, Dontsova OA.(2011). The structure of helix 89 of 23S rRNA is important for peptidyl transferase function of Escherichia coli ribosome. FEBS Lett. 585:3073-8.

4) Wohlgemuth I, Pohl C, Mittelstaet J, Konevega AL, Rodnina MV.(2011). Evolutionary optimization of speed and accuracy of decoding on the ribosome. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 366:2979-86. Review.

5)  Wintermeyer W, Savelsberg A, Konevega AL, Peske F, Katunin VI, Semenkov YP, Fisher N, Stark H, Rodnina MV. (2011). Function of elongation factor G in translocation and ribosome recycling. In the  RIBOSOMES: Structure, Function, and Dynamics,. MV Rodnina, W Wintermeyer, R Green eds. SpringerWienNewYork, pp.329-338.

2010

6) Fischer N, Konevega AL, Wintermeyer W, Rodnina MV, Stark H. (2010). Ribosome dynamics and tRNA movement by time-resolved electron cryomicroscopy. Nature. 466:329-33. 65. Вurakovsky DE, Sergiev PV, Steblyanko MA, Kubarenko AV, Konevega AL, Bogdanov AA, Rodnina MV, Dontsova OA.(2010). Mutations at the accommodation gate of the ribosome impair RF2-dependent translation termination. RNA. 16:1848-53.

7) Burakovsky, D.E., Sergiev, P.V., Steblyanko, M.A., Kubarenko, A.V., Konevega, A.L., Bogdanov, A.A., Rodnina, M.V., and Dontsova, O.A. (2010) Mutations at the accommodation gate of the ribosome impair RF2-dependent translation termination. RNA 16, 1848-1853.

8) Byrne RT, Konevega AL, Rodnina MV, Antson AA.(2010). The crystal structure of unmodified tRNAPhe from Escherichia coli. Nucleic Acids Res.38:4154-62.

9)  Milon P, Carotti M, Konevega AL, Wintermeyer W, Rodnina MV, Gualerzi CO.(2010). The ribosome-bound initiation factor 2 recruits initiator tRNA to the 30S initiation complex. EMBO Rep. 11:312-6.

10) Paleskava A, Konevega AL, Rodnina MV.(2010). Thermodynamic and kinetic framework of selenocysteyl-tRNASec recognition by elongation factor SelB. J Biol Chem.285:3014-20.

2008

11) Julián P, Konevega AL, Scheres SH, Lázaro M, Gil D, Wintermeyer W, Rodnina MV, Valle M.(2008). Structure of ratcheted ribosomes with tRNAs in hybrid states. Proc Natl Acad Sci U S A. 105:16924-7.

12) Milon P, Konevega AL, Gualerzi CO, Rodnina MV.(2008). Kinetic checkpoint at a late step in translation initiation. Mol Cell. 30:712-20.

13) Pan D, Zhang CM, Kirillov S, Hou YM, Cooperman BS.(2008). Perturbation of the tRNA tertiary core differentially affects specific steps of the elongation cycle. J.Biol.Chem. 283:18431-18440.

14)  Bruel CM, Eicholz C, Kubarenko A, Post V, Katunin VI, Hobbie SN, Rodnina MV, Böttger EC (2008). Conservation of bacterial protein synthesis machinery: initiation and elongation in Mycobacterium  smegmatis. Biochemistry 47:8828-39.

2007

15) Fischer N, Paleskava A, Gromadski KB, Konevega AL, Wahl MC, Stark H, Rodnina MV.(2007). Towards understanding selenocysteine incorporation into bacterial proteins. Biol Chem. 388:1061-7.

16) Konevega AL, Fischer N, Semenkov YP, Stark H, Wintermeyer W, Rodnina MV. (2007).Spontaneous reverse movement of mRNA-bound tRNA through the ribosome. Nature Struct & Mol Biol. 14: 318-24.

17) Milon P, Konevega AL, Peske F, Fabbretti A, Gualerzi CO, Rodnina MV.(2007). Transient kinetics, fluorescence, and FRET in studies of initiation of translation in bacteria. Methods Enzymol. 430:1-30.

18) Betteridge T, Gamper H, Kirillov SV, Cooperman BS.(2007). Fluorescent labelling of tRNAs for dynamic experiments. RNA 13:1594-1600.

19) Wang YH, Qin H, Kudaravally RD,Kirillov SV, Dempsey GT, Pan D, Cooperman BS, Goldman YE.(2007). Single-molecule structural dynamics of EF-G-ribosome interaction during translocation. Biochemistry 46:10767-10775.

20) Grigoriadou C, Marzi S, Kirillov SV, Gualerzi CO, Cooperman DS.(2007). A quantitative kinetic scheme for 70S translation initiation complex formation. J.Mol.Biol. 373:562-572.

21) Pan D, Kirillov SV, Cooperman BS. (2007). Kinetically competent intermediate(s) in the translocation step of protein synthesis. Mol.Cell 25:519-530.

22) Катунин В.И. (2007). Пептидилтрансфераза: кинетические исследования и механизм катализа. Молекулярная генетика, биофизика и медицина сегодня; Бреслеровские чтения . Российская Академия наук, Санкт-Петербургский научный центр РАН, Петербургский Институт Ядерной Физики им.Б.П.Константинова РАН. С.348-362.

23) Соболева Н.Г. и Катунин В.И. (2007). Изучение молекулярного механизма программируемого сдвига рамки считывания происходящего на рибосоме в процессе трансляции. Молекулярная генетика, биофизика и медицина сегодня; Бреслеровские чтения . Российская Академия наук, Санкт-Петербургский научный центр РАН, Петербургский Институт Ядерной Физики им.Б.П.Константинова РАН. С.335-347.

24) Кириллов СВ.(2007). Движение тРНК в рибосоме: роль Т- и Д-петель в обеспечении динамических взаимодействий с рибосомой. Молекулярная генетика, биофизика и медицина сегодня; Бреслеровские чтения . Российская Академия наук, Санкт-Петербургский научный центр РАН, Петербургский Институт Ядерной Физики им.Б.П.Константинова РАН. С.363-382..

2006

25) Kothe U, Paleskava A, Konevega AL, Rodnina MV.(2006). Single-step purification of specific tRNAs by hydrophobic tagging. Anal Biochem.  356:148-50.

26) Pan D, Kirillov SV, Zhang CM, Hou YM, Cooperman BS.(2006) Rapid ribosomal translocation depends on the conserved 18-55 base pair in P-site transfer RNA. Nature Struct.Mol.Biol. 13:354-359.

27) Коневега АЛ, Соболева НГ, Махно ВИ., Пешехонов АВ, Катунин ВИ. (2006). Влияние  модифицированного  нуклеотида в положении 37 тРНК   на ее взаимодействие с А- и  Р- сайтами 70S рибосом Escherichia coli. Молекулярная биология 40:669-83.

2005

28) Beringer M, Bruell C, Xiong L, Pfister P, Bieling P, Katunin VI, Mankin AS, Böttger EC, Rodnina MV.(2005).Essential mechanism in the catalysis of peptide bond formation on the ribosome. J Biol Chem. 280:36065-72.

29) Коневега, А. Л. (2005) Термодинамические и кинетические параметры взаимодействия транспортной РНК с А сайтом 70S рибосомы Escherichia coli: роль 37 нуклеотида. Диссертация на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук (спец. 03.00.02 - биофизика).  Санкт-Петербург. 134 стр.

2004

30) Konevega AL, Soboleva NG, Makhno VI, Semenkov YP, Wintermeyer W, Rodnina MV, Katunin VI.(2004). Purine bases at position 37 of tRNA stabilize codon-anticodon interaction in the ribosomal A site by stacking and Mg2+-dependent interactions. RNA. 10:90-101.

31) Коневега А.Л., Махно В.И., Семенков Ю.П., Винтермайер В., Роднина М.В., Катунин В.И. (2004) Механизм стабилизации кодон-антикодонового взаимодействия в А сайте 70S рибосом Escherichia coli, индуцируемый пуриновым основанием в 37 положении тРНК. Препринт ПИЯФ - 2555. Гатчина. 34 стр.

32) Peske, F., Savelsbergh, A., Katunin, V.I., Rodnina, M.V., Wintermeyer, W. (2004)
Conformational changes of the small subunit during elongation factor G-dependent tRNA-mRNA translocation. J. Mol. Biol. 343:1183-94.

33)  Hesslein AE, Katunin VI, Beringer M, Kosek AB, Rodnina MV, Strobel SA.(2004).
Exploration of the conserved A+C wobble pair within the ribosomal peptidyl transferase center using affinity purified mutant ribosomes.  Nucleic Acids Res. 32:3760-70.

2003

34) Соболева Н.Г., Махно В.И., Коневега А.Л., Семенков Ю.П., Катунин В.И. (2003).Влияние модифицированного нуклеотида в положении 37 на взаимодействие аминоацил-тРНК с А сайтом 70S рибосомы.. Молекулярная биология 37: 121-127.

35) Marzi S, Knight W, Brandi L, Caserta E, Soboleva N, Hill WE, Gualerzi CO, Lodmell JS.(2003). Ribosomal localization of translation initiation factor IF2. RNA. 9:958-69.

36) Savelsbergh A, Katunin VI, Mohr D, Peske F, Rodnina MV, Wintermeyer W.(2003). An elongation factor G-induced ribosome rearrangement precedes tRNA-mRNA translocation.
Mol Cell 11:1517-23.

2002

37) Kirillov, S.V., Wower, J., Hixson, S.S. & Zimmermann, R.A.(2002). Transit of tRNA through the Escherichia coli  ribosomes: cross-linking the 3’ end of tRNA to ribosomal proteins at the P and E sites. FEBS Lett. 514:60-66.

38)  Katunin VI, Muth GW, Strobel SA, Wintermeyer W, Rodnina MV (2002).Important contribution to catalysis of peptide bond formation by a single ionizing group within the ribosome.  Mol Cell. 10:339-46.

39)  Katunin VI, Savelsbergh A, Rodnina MV, Wintermeyer W (2002).
Coupling of GTP hydrolysis by elongation factor G to translocation and factor recycling on the ribosome. Biochemistry. 41:12806-12.

2001-1966 Избранные публикации cотрудников лаборатории, внесшие существенный вклад в построение современной схемы биосинтеза белка

40) Wintermeyer W, Savelsbergh A, Semenkov YP, Katunin VI, Rodnina MV.(2001). Mechanism of elongation factor G function in tRNA translocation on the ribosome. Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 66:449-58.

41) Wower J, Kirillov SV, Wower IK, Guven S, Hixson SS, Zimmermann RA.(2000).Transit of tRNA through the Escherichia coli ribosome. Cross-linking of the 3' end of tRNA to specific nucleotides of the 23 S ribosomal RNA at the A, P, and E sites.
J Biol Chem. 275:37887-94.

42) Semenkov YP, Rodnina MV, Wintermeyer W. (2000). Energetic contribution of tRNA hybrid state formation to translocation catalysis on the ribosome. Nature Struct Biol. 7:1027-31.

43) Rodriguez-Fonseca C, Phan H, Long KS, Porse BT, Kirillov SV, Amils R, Garrett RA.(2000). Puromycin-rRNA interaction sites at the peptidyl transferase center. RNA. 6:744-54.

44) Rodnina MV, Savelsbergh A, Matassova NB, Katunin VI, Semenkov YP, Wintermeyer W.(1999). Thiostrepton inhibits the turnover but not the GTPase of elongation factor G on the ribosome. Proc Natl Acad Sci U S A. 96:9586-90.

45) Porse, Bo T., Kirillov, S.V., Awayez,M.J., Ottenheijm,H.C.J., & Garrett, R.A.(1999). Direct crosslinking of the antitumor antibiotic sparsomycin, and its derivatives, to A2602 in the peptidyl transferase centre of 23S rRNA within ribosome-tRNA complexes.Proc Natl Acad Sci USA, 96:9003-9008.

46) Kirillov,S.V., Porse,Bo T. & Garrett, R.A.(1999). Peptidyl transferase antibiotics perturb the relative positioning of the 3’-terminal adenosine of P/P’ - site-bound tRNA and 23S rRNA in the ribosome.RNA, 5:1003-1013.

47) Rodnina MV, Savelsbergh A, Katunin VI, Wintermeyer W.(1997).  Hydrolysis of GTP by elongation factor G drives tRNA movement on the ribosome.  Nature. 385:37-41.

48) Kirillov,S.V., Vitali,L.A., Goldstein,B.P., Monti,F., Semenkov,Yu.P., Makhno,V.I., Ripa,S., Pon,C.L., & Gualerzi,C.O.(1997). Purpuromycin: An antibiotic inhibiting tRNA aminoacylation. RNA, 3:905-913. 

49) Kirillov,S.V., Porse,Bo T., Vester, B., Wooleey,P., & Garrett,R.A. (1997). Movement of the 3’-end of tRNA through the peptidyl transferase centre and its inhibition by antibiotics. FEBS Letts, 406:223-233.

50 Semenkov YP, Rodnina MV, Wintermeyer W. The "allosteric three-site model" of elongation cannot be confirmed in a well-defined ribosome system from Escherichia coli. Proc Natl Acad Sci U S A. (1996)  93:12183-8.

51) Katunin,V., Soboleva,N., Sedelnikova,S., Zhenodarova,S.,  Kirillov,S. (1994). Effect of the nucleotide-37 on the interaction of tRNA(Phe) with the P site of Ecsherichia coli  ribosomes.  Biochimie, 76: 51-57.

52) Semenkov,Yu.P., Shapkina,T.G., Kirillov,S.V.(1992). Puromycin reaction for the A- site bound peptidyl-tRNA.Biochimie, 74: 411-417.

53) Rodnina, M., El’skaya, A., Semenkov,Yu. & Kirillov, S.(1989). Interaction of tRNA with the A  and P sites of rabbit-liver 80S ribosomes and their 40S subunits. Eur.J.Biochem. 185: 563-568.

54) Махно ВИ, Пешин НН, Семенков ЮП, Кириллов СВ.(1988). Модифицированный способ получения  “tight” 70S рибосом из Escherichia coli,  высокоактивных в отдельных стадиях цикла элонгации. Молекулярная биология 22:528-537.

55) Rodnina, M., El’skaya, A., Semenkov,Yu. & Kirillov, S.(1988). Number of tRNA binding sites on the 80S ribosomes and their subunits.FEBS Letts, 231: 71-74.

56) Kirillov,S., Semenkov,Yu.(1986). Extension of Watson’s model for the elongation cycle of protein biosynthesis. J.Biomol.Str. & Dyn. 4: 263-269.

57) Semenkov, Yu., Kirillov, S., Stahl, J, (1985). 40S subunits from rat liver ribosomes contain two codon-dependent sites for transfer RNA. FEBS Letts, 193: 105-108.

58) Кириллов СВ, Семенков ЮП. (1984). Взаимодействие тРНК с рибосомами (обзор).Молекулярня биология 18:1249-1263.

59) Кириллов СВ. (1983). Механизм кодон-антикодонового взаимодействия в рибосомах. ИТОГИ НАУКИ и ТЕХНИКИ. Серия Биологическая химия, Структура и функция рибосом. т.18(2): 5-98. ВИНИТИ, Москва.

60)Kirillov,S., Makarov,E. &  Semenkov,Yu.(1983). Quantitative study of interaction of  deacylated tRNA with Escherichia coli.  ribosomes. Role of 50S subunits in the formation of the E site. FEBS Letts, 157: 91-94.

61) Kirillov,S., & Semenkov,Yu. (1982). Non-exclusion principle of AcPhe-tRNA interaction with the donor and acceptor sites of Escherichia coli  ribosomes. FEBS Letts, 148: 235-238.

62) Semenkov,Yu., Makarov,E., Makhno,V., & Kirillov,S.(1982). Kinetic aspects of tetracycline action on the acceptor (A) site of Escherichia coli  ribosomes. FEBS Letts, 144: 125-129.

63) Bondarev,G., Isaev-Ivanov,V., Isaeva-Ivanova,L., Kirillov,S., Kleiner,A., Lepekhin,A., Odinzov,V., & Fomichev,V. (1982). Study on conformational states of Escherichia coli  tRNA(Phe) in solution by a modulation-free ESR-spectrometer. Nucl.Acids Res.10: 1113-1126.

64) Grajevskaja R.A., Ivanov Y.V., Saminsky E.M. (1982). 70S-ribosomes of Escherichia coli have an additional site for deacylated tRNA binding. Eur.J.Biochem.128: 47-52.

65) Kirillov, S., Katunin, V., & Semenkov, Yu. (1981). Mechanism of codon-anticodon interaction in ribosomes. Comparative study of interaction of Phe-tRNA and AcPhe-tRNA with the donor site of Escherichia coli  ribosomes. FEBS Letts, 125: 15-18.

66) Kemkhadze,K., Odintsov,V., Semenkov,Yu. & Kirillov,S. (1981). Quantitative study of the interaction of aminoacyl-tRNA with the A site of Escherichia coli  ribosomes. Equilibrium and kinetic parameters of binding in the absence of EF-Tu factor and GTP. FEBS Letts, 125: 10-14.

67) Kirillov,S., Kemkhadze,K., Makarov,E., Makhno,V., Odintsov,V., & Semenkov,Yu.(1980). Mechanism of codon-anticodon interaction in ribosomes. Codon-anticodon interaction of aminoacyl-tRNA at the ribosomal donor site. FEBS Letts, 120: 221-224.

68) Kirillov,S., Makhno,V., & Semenkov.Yu.P. (1980). Mechanism of codon-anticodon  interaction in ribosomes. Direct functional evidence that isolated 30S subunits contain two codon-specific binding sites for transfer RNA. Nucl.Acids Res. 8: 183-196.

69) Kirillov, S., Makhno, V., Peshin, N. & Semenkov, Yu. (1978). Separation of ribosomal subunits of Escherichia coli  by Sepharose chromatography using reverse salt gradient. Nucl.Acids Res. 5: 4305-4315.

70) Odinzov, V., & Kirillov, S. (1978). Interaction of N-acetylphenylalanyl-tRNA with 70S ribosomes of Escherichia coli. Nucl.Acids Res. 5: 3871-3879.

71) Kirillov, S., & Odinzov,V.(1978). The interconversion of conformesr of Phenylalanyl-tRNA with different affinity to 70S ribosomes of Escherichia coli. Nucl.Acids Res. 5: 1501-1514.

72) Kirillov, S., Makhno, V. & Semenkov, Yu. (1978). The mechanism of codon-anticodon interaction in ribosomes. Quantitative study of codon-dependent binding of tRNA to the 30S ribosomal subunits of Escherichia coli . Eur.J.Biochem. 89: 297-294

73) Bresler, S., Grajevskaja, R., Kirillov, S., Saminski, E., Shutov, F.(1966). Peptidyl-transfer RNA: an intermediate in protein biosynthesis. Biochim.Biophys.Acta, 123: 534-54553.