A check for perturbed listed pairs beyond rlist
authorBerk Hess <hess@kth.se>
Thu, 10 Dec 2020 13:34:59 +0000 (13:34 +0000)
committerChristian Blau <cblau.mail@gmail.com>
Thu, 10 Dec 2020 13:34:59 +0000 (13:34 +0000)
commitda9026923650548e3b421eb144e7ec02fced5ee1
tree15e3b0c730e1aa85f97fa30c87c0f0678899b295
parent5e2603c92a63ae722b8396a5078b41077ec9ef49
A check for perturbed listed pairs beyond rlist

Excluded atoms pairs should be within the pairlist cut-off, as
otherwise long-range corrections are not applied. This is problematic
for free-energy calculations where intra-molecular interactions are
not coupled and replaced by pair interactions. Now a fatal error
is generated when perturbed pair interactions are beyond rlist.

Also added PME grid correction for LJ excluded pairs beyond rvdw,
which was missing from #3403.

Added missing release note for the fix of #3403.

Fixes #3403
Fixes #3809
api/nblib/gmxsetup.cpp
docs/release-notes/2021/major/bugs-fixed.rst
src/gromacs/ewald/pme_load_balancing.cpp
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_free_energy.cpp
src/gromacs/mdlib/forcerec.cpp
src/gromacs/mdlib/forcerec.h
src/gromacs/nbnxm/benchmark/bench_setup.cpp