Change PaddedVector to PaddedHostVector for force CPU buffer
authorArtem Zhmurov <zhmurov@gmail.com>
Mon, 9 Sep 2019 16:44:38 +0000 (18:44 +0200)
committerMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Thu, 12 Sep 2019 15:07:09 +0000 (17:07 +0200)
commitd74fb6499e87d6ed1881add1523909497d9becb1
tree03ccfe4787d2066d8db9e3ed85334d65c89827d3
parent27c220690539b26be6e9e30e242bdf7cf93dc1da
Change PaddedVector to PaddedHostVector for force CPU buffer

The difference between PaddedVector and PaddedHostVector is that
in the builds where CUDA is available, cudaMalloc is used instead
of malloc. This enables one to pin the vector for asynchronous
H2D and D2H copies. Other than that and on the CPU-only builds this
change essentially only renames the data type.

Change-Id: I446ef037a8013f666a78762d37ed44e59f9548c2
18 files changed:
src/gromacs/domdec/distribute.cpp
src/gromacs/domdec/distribute.h
src/gromacs/domdec/partition.cpp
src/gromacs/domdec/partition.h
src/gromacs/domdec/redistribute.cpp
src/gromacs/domdec/redistribute.h
src/gromacs/domdec/utility.cpp
src/gromacs/domdec/utility.h
src/gromacs/mdrun/md.cpp
src/gromacs/mdrun/mimic.cpp
src/gromacs/mdrun/minimize.cpp
src/gromacs/mdrun/rerun.cpp
src/gromacs/mdrun/shellfc.cpp
src/gromacs/mdrun/tpi.cpp
src/gromacs/mdtypes/state.h
src/gromacs/modularsimulator/domdechelper.cpp
src/gromacs/modularsimulator/statepropagatordata.cpp
src/gromacs/modularsimulator/statepropagatordata.h