src/pygromacs/sip/trajectoryanalysis/analysismodule.sip

   1
   2 struct t_trxframe {
   3
   4 %TypeHeaderCode
   5 #include <gromacs/fileio/trx.h>
   6 #include "vec.h"
   7 %End
   8
   9     int flags;
  10     int not_ok;
  11     bool bDouble;
  12     int natoms;
  13     double t0;
  14     double tf;
  15     double tpf;
  16     double tppf;
  17     bool bTitle;
  18     const char *title;
  19     bool bStep;
  20     int step;
  21     bool bTime;
  22     double time;
  23     bool bLambda;
  24     bool bFepState;
  25     double lambda;
  26     int fep_state;
  27     bool bAtoms;
  28     // TODO
  29     /*void *atoms;*/
  30     bool bPrec;
  31     double prec;
  32     bool bX;
  33     rvec *x {
  34     %GetCode
  35         rvecs *arr = new rvecs(sipCpp->x, sipCpp->natoms);
  36         sipPy = sipConvertFromNewType(arr, sipType_rvecs, NULL);
  37     %End
  38     %SetCode
  39
  40     %End
  41     };
  42     bool bV;
  43     rvec *v {
  44     %GetCode
  45         rvecs *arr = new rvecs(sipCpp->v, sipCpp->natoms);
  46         sipPy = sipConvertFromNewType(arr, sipType_rvecs, NULL);
  47     %End
  48     %SetCode
  49
  50     %End
  51     };
  52     bool bF;
  53     rvec *f {
  54     %GetCode
  55         rvecs *arr = new rvecs(sipCpp->f, sipCpp->natoms);
  56         sipPy = sipConvertFromNewType(arr, sipType_rvecs, NULL);
  57     %End
  58     %SetCode
  59
  60     %End
  61     };
  62     bool bBox;
  63     matrix box {
  64     %GetCode
  65         Matrix *mat = new Matrix(sipCpp->box);
  66         sipPy = sipConvertFromNewType(mat, sipType_Matrix, NULL);
  67     %End
  68     %SetCode
  69
  70     %End
  71     };
  72     bool bPBC;
  73     int ePBC;
  74     // TODO
  75     /*t_gmxvmdplugin* *vmdplugin; */
  76 };
  77
  78 struct t_pbc {
  79
  80 %TypeHeaderCode
  81 #include <gromacs/pbcutil/pbc.h>
  82 #include "vec.h"
  83 %End
  84     int ePBC;
  85     int ndim_ePBC;
  86     int ePBCDX;
  87     int dim;
  88     matrix box {
  89     %GetCode
  90         Matrix *mat = new Matrix(sipCpp->box);
  91         sipPy = sipConvertFromNewType(mat, sipType_Matrix, NULL);
  92     %End
  93     %SetCode
  94
  95     %End
  96     };
  97     rvec fbox_diag {
  98     %GetCode
  99         py_rvec *vec = new py_rvec(sipCpp->fbox_diag);
 100         sipPy = sipConvertFromNewType(vec, sipType_py_rvec, NULL);
 101     %End
 102     %SetCode
 103
 104     %End
 105     };
 106     rvec hbox_diag {
 107     %GetCode
 108         py_rvec *vec = new py_rvec(sipCpp->fbox_diag);
 109         sipPy = sipConvertFromNewType(vec, sipType_py_rvec, NULL);
 110     %End
 111     %SetCode
 112
 113     %End
 114     };
 115     rvec mhbox_diag {
 116     %GetCode
 117         py_rvec *vec = new py_rvec(sipCpp->mhbox_diag);
 118         sipPy = sipConvertFromNewType(vec, sipType_py_rvec, NULL);
 119     %End
 120     %SetCode
 121
 122     %End
 123     };
 124     double max_cutoff2;
 125     bool bLimitDistance;
 126     double limit_distance2;
 127     int  ntric_vec;
 128     /*ivec tric_shift[MAX_NTRICVEC];*/
 129     /*rvec tric_vec[MAX_NTRICVEC];*/
 130 };
 131
 132 class TrajectoryAnalysisModuleData /NoDefaultCtors/ {
 133
 134 %TypeHeaderCode
 135 #include <gromacs/trajectoryanalysis/analysismodule.h>
 136 using namespace gmx;
 137 %End
 138
 139 public:
 140     virtual void finish() = 0;
 141 };
 142
 143 class TrajectoryAnalysisModule {
 144
 145 %TypeHeaderCode
 146 #include <gromacs/trajectoryanalysis/analysismodule.h>
 147 using namespace gmx;
 148 %End
 149 public:
 150     virtual void initOptions(Options *options, TrajectoryAnalysisSettings *settings) = 0;
 151     virtual void optionsFinished(Options *options, TrajectoryAnalysisSettings *settings);
 152     virtual void initAnalysis(const TrajectoryAnalysisSettings &settings, const TopologyInformation &top) = 0;
 153     virtual void initAfterFirstFrame(const TrajectoryAnalysisSettings &settings, const t_trxframe &fr);
 154 //    virtual TrajectoryAnalysisModuleDataPointer       startFrames (const AnalysisDataParallelOptions &opt, const SelectionCollection &selections);
 155     virtual void analyzeFrame(int frnr, const t_trxframe &fr, t_pbc *pbc, TrajectoryAnalysisModuleData *pdata ) = 0;
 156     virtual void finishFrames(TrajectoryAnalysisModuleData *pdata);
 157     virtual void finishAnalysis(int nframes) = 0;
 158     virtual void writeOutput() = 0;
 159     const char* name() const;
 160     const char* description() const;
 161     int datasetCount() const;
 162 protected:
 163     TrajectoryAnalysisModule(const char *name, const char *description);
 164 private:
 165     TrajectoryAnalysisModule(const TrajectoryAnalysisModule &other);
 166 };
 167
 168 %Exception gmx::InconsistentInputError(SIP_Exception) {
 169
 170 %TypeHeaderCode
 171 #include <gromacs/utility/exceptions.h>
 172 using namespace std;
 173 %End
 174
 175 %RaiseCode
 176     printf("lALLA\n");
 177     const char *detail = sipExceptionRef.what();
 178
 179     SIP_BLOCK_THREADS
 180     PyErr_SetString(sipException_gmx_InconsistentInputError, detail);
 181     SIP_UNBLOCK_THREADS
 182 %End
 183 };
 184
 185 class TrajectoryAnalysisCommandLineRunner {
 186 %TypeHeaderCode
 187 #include <gromacs/trajectoryanalysis/cmdlinerunner.h>
 188 %End
 189
 190 public:
 191     TrajectoryAnalysisCommandLineRunner(TrajectoryAnalysisModule *module);
 192     int run(SIP_PYLIST) throw (gmx::InconsistentInputError);
 193     %MethodCode
 194     int argc = PyList_GET_SIZE(a0);
 195
 196     char **argv = new char *[argc + 1];
 197
 198     // Convert the list.
 199     for (int a = 0; a < argc; ++a)
 200     {
 201         PyObject *arg_obj = PyList_GET_ITEM(a0, a);
 202         const char *arg = sipString_AsLatin1String(&arg_obj);
 203
 204         if (arg)
 205         {
 206             arg = strdup(arg);
 207             Py_DECREF(arg_obj);
 208         }
 209         else
 210         {
 211             arg = "unknown";
 212         }
 213
 214         argv[a] = const_cast<char *>(arg);
 215     }
 216
 217     argv[argc] = NULL;
 218
 219     try {
 220         sipCpp->run(argc, argv);
 221     } catch (gmx::InconsistentInputError &e) {
 222         sipIsErr = 1;
 223         PyErr_SetString(sipException_gmx_InconsistentInputError, e.what());
 224     }
 225     %End
 226 private:
 227     TrajectoryAnalysisCommandLineRunner(const TrajectoryAnalysisCommandLineRunner &other);
 228 };
 229