- fixed description

- changed to prefix "++"
- changed/fixed selections to not have empty selections in mid and at the
end
- minor changes
- added some comments

- fixed "lud" typo

- pretty sideroad output

- changed the mode 0 implementation

- changed the output

debug
- possible fix for the wrong vector allocation

- fixed possible int overflow

debug

debug

debug

- debug

- fixed a potentional bug with negative values

- looking into an issue

- fixed a bug with a wrong constant

- more debug

- more debug

- cleared

- "up to this point"

- "maybe ???"

- debug info

- fixed forgoten "mode" constant

- less debug output

- changed the way the functions are called
- fixed tests
- possible fix for modes

- removed extra cout

- fixed sels bug
- might lead to more in other places

- possible change to store selections in the data type

- more debug output

- more debug output

- fixed a potential bug in trajectoryPartition #2

- fixed a possible bug in trajectoryPartition

-futher dig

- futher dig

- checking data read

- potential "+1" miss fix

- added extra "ola" flags for debug

- debugging segfault

- debugging

- fixed include

- fixed includes

- changed include

- added gromacs lib to the project
- replaced fit Lib with the new one
- implemented some c++17 fitures

q/a

Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@gentoo.org>

- fixed graphCalculations bug with wrong reference iterator [i] to [j]
- fixed a wrong resize of subGraphRouts
- fixed the order in which Routs are saved (it seems they were in
reverse)
- added 2 function tests

- changed if(){}else{} to =std::max()
- some test touches

- added resize(0) for subGraph data boxes (potential bug fixed)
- minor tests touches

- added some template basis for future tests

- added index into corrType as internal data
- fixed functions to accept index
- changed some names in main function to look better
- implemented test for setDefaults

- созданы шаблоны для заполнения тестов / имплементированы как друзья
класса для доступа к его приватной части

- updated newFit to domain's standart

- separated corr type into (cpp/h) combo
- added template for tests

- added corrtype template (cpp/h)

- added gtest framework
- added fitLib (cpp/h)

- sorted input commands
- added launch template into description

- fixed warnings (sort of)
- deleted old framework, only class remains
- fixed CMake and such to work with Gromacs 2020.x with Alexios changes

- added class usage into code
- next step is to test old/new tech

- added "cgo-arrow" output into the class

added subGraph calculations

supposedly working corrEval class

class birth

- added trj fitting

- clean working version with sliding window

-fashion cleaning

- added difference notifications

- changed routs' output
- merged outputs into 1 file

- routs[i]
- read from file

testing window + tau

trying to find the parralel answer

testing parallel + copy or traj and ref

Fix cmake

Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@gentoo.org>

added -fsanitize crutch to stabilise performance
also made some params const

Make it return =D

Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@gentoo.org>

removed text between matrixes -> just a number

for -> from

reworked output on the screen

probably removed all warnings
except unused params

changed fscanf to fgets

changed reading mtrx

fscanf returns int
made account of that

declared a[100]

temp to &temp in fscanf

added new working mode when crls are evaluated

- complete change to reference instead of basic_frame

- changed correlation evaluation
- added reference frame as reference

omp test

old omp style

also changed omp

fixed diffusion

added diffusion calculation

changed pairs output line

changed the sequence of functions
to write corrs right after their evaluation

minor fixes

-threadsanitazer

different omp enabling

omp tests

fixed omp ?

test with omp

added extra milestones

added extra output func

cleared old rvec tech