Fixed calculation of max and min number of PME-only nodes. Fixes #787.

number of degrees of freedom can be fractional -- in NHC_trotter, 'nd' has to be double, not int.

Removed jargon and abbreviations from pdb2gmx.

Not everyone will know what 'iso' means.  These little tweaks
will hopefully lead to better understanding of the pdb2gmx options.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Added initialization of arrays after srenew call.

Streamlined small part of pdb2gmx

In the absence of manual assignment of histidine protonation, the
automated assignment mechanism analysed the existence of hydrogen
bonds before determining whether any histidine residues existed in
the current chain. This led to confusing output on (for example)
DNA chains.

This improvement checks for the existence of at least one histidine
before analysing and reporting on the hydrogen-bonding network.
Thus pdb2gmx will process chains lacking histidine slightly faster,
and be negligibly slower for those including a histidine.

It's also a little more verbose about why it is searching for
hydrogen-bonding networks.

Reading a .g96 trajectory now causes fatal error

When someone fixes the .g96 reading code to be thread-safe and
correct, this functionality can be re-instated.

IssueID #781

fixed div by 0 in compute_io, fixes #778

Added two missing headers

Fix some identifier naming issues in last commit

That'll teach me not to avoid doing a test compilation! :-(

Avoided some integer overflows

With very large numbers of PME nodes and/or Fourier grid points,
integer overflows could occur in comm_cost_est(). Now fixed.

Clarified use of OPLS/AA zwitterion termini

These are only for use with single-residue amino acids

Fixed improper file close with GB and mdrun -debug

Made pdb2gmx error message less cryptic

Added globsig.h to include/types/Makefile.am

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

dl lib was missing in libgmx.pc if GMX_DLOPEN is enabled

Fixed PME citation.

IssueID #769

Fixes for g_bar output. Units are now correct.

Revert "draft"

This reverts commit 89abdeb7fa078c7b8dd4391aad3df2c03a60a2f0.

Oops, stuff from the gmx_packed_t branch leaked in. Sorry.

Improved error message and documentation

-pbc mol now notes the need for a -s .tpr file. Also, when the index
groups (perhaps implicitly defined by a .tpr file) do not match the
input trajectory, the error message now hints that a mismatch exists.

For example, this wil help users trying to visualize the results of
genion by way of "trjconv -pbc mol -ur compact", by erroneously
using the .tpr file that was input to genion in combination with its
output file.

draft

tpbconv can now read cpt files, fixes #741

fixed convergence of multiple pull constraints

With multiple constraint pull groups, only the convergence
of the last group was checked. This fixes #657

Fixed typos.

Made grompp fatal error a little more explicit.

Expanded LINCS warning text

It now indicates which simulation in a multi-sim is the culprit

Fixed symtab buffer error message.

Symtab error message now a little less cryptic. Buffer size increased to 1024.

cmake: rename LIB to GMXLIB to avoid conflict with FindMPI.cmake

 IssueID #763

fixed grompp enx Nose-Hoover Xi reading, fixes #759

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

genion and genbox now print in a consistent manner.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git://git.gromacs.org/gromacs into release-4-5-patches

Added a comment where bPhobics comes from

IssueID #754

fixed dirrent_t memory allocation issue on Solaris, fixes #739

removed duplicated bPhobics function (thx to Francois Bissey)

IssueID #754

cmake: remove selection/test* from gmxlib sources

IssueID #749

Added support for SunCC on Solaris/SPARC.

Based on a patch provided by Sergey Klyaus.

Adressed over-eager warnings that gcc 4.5 generates.

Minor clarifications to g_rotacf help information.

Fixed spelling of reproducible

Yes, English is stupid.

Further patches to fluctuation code and density of states code.

Added quote.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Flooding as harm. restraint: Abort when origin position is ambiguously set in edi file. Thanks to B. Voss for reporting this.

Fixes to sugar dihedrals.

The force field files distributed by GROMOS (i.e., via ATB) were
incorrect.  The GROMACS files matched these files exactly, thus
propagating the incorrect parameters.  The sugar dihedrals now match
the most recent version of the 53A5 and 53A6 force field files
distributed via ATB.

IssueID #668

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Re-implemented the fluctuation analysis, based on Enthalpy, Volume,
Temperature and/or Total Energy. Now correct as well.

Fixed g_tcaf citation in html docs

fixed minor memory leak with particle decomposition, fixes #752

corrected typo: if(errno=EINVAL)

removed memory allocation/free during constraining

Added reference to g_sas -h

Reference provided by Xavier Periole on gmx-users

Cleaned up g_sas help text

Fixed typo.

Fixed g_dipoles help description.  Fixed spacing and removed non-existent
command line argument.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Increased debugging output

Fixed long standing bug where the merging resulted in too few hbonds.

Added hint about calling trjconv more than once

Spaced out paragraphs in trjconv help

Added computation of A and U.

Updated, made default tolerance for bisector more stringent and used double
all the way for computing fluidicity.

Fixed weight functions and added -dump option (hidden) to make graphs for
debugging.

Updated. Fixed computation of frequency.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Update doc to clarify that Amber nucleic params are from Amber94 (recommendation by Adrian Rothberg)

Updated the eqn for computing Delta. Now get roughly the right f.

Removed duplicate definition of md_print_warning()

IssueID #738

Commented out re-declaration of md_print_warning()

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

removed parentheses that caused problem with openmp

Changed isfinite() to combination of isinf() and isnan()

Fixed description of .mdp option to "h-bonds"

Multiplied the DoS by the timestep (between frames).

Small fixes to mdp_opt.html

Updated. Now computes diffusion from the VACF.

Fixed x-axis to be in reciprocal cm.

Further updates. Still not perfect.

Added stuff to compute cP and S. Not complete yet.

Better checks for pthread_setaffinity_np().

Hard CPU affinity is set when Nthreads == Ncores.

This causes a slight thread_mpi performance gain on NUMA systems.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed NaN/Inf in acf

Updated to compute the fluidicity. Added refs for citation.

Windows build fix.

Added one last missing header in md_support.c

removed an natoms*natoms double loop in index.c

Fixed thread_mpi's Makefile.am to not include removed file.

Added prototypes for functions in md_support.c to mdrun.h

This fixes a number of build warnings (that are really bugs).

First version of a Density of States analysis tool.

Revert "NUMA aware memory allocators get called (for Windows)."

This reverts commit c839ee9b0293c22a009252cea76f0dede8781c38.

NUMA aware memory allocators get called (for Windows).

Based on a patch provided by Scott Field.

smalloc.c now calls a NUMA aware allocator that allocates memory local to the
core the calling thread is running on, provided that:
- support for this is available (currently, only on Windows)
- enable_numa_allocator(TRUE), (defined in smalloc.h) is called.

This is currently only done in mdrun.c, when compiled with GMX_NUMA_ALLOCATOR

New thread_mpi library, with NUMA aware allocator for Windows

Based on a patch provided by Scott Field.

Made Gromacs compile again.

Missing references to newly moved code caused lots of undefined symbols.
I think this is related to IssueID #738

Small improvement to g_protonate, to use gmx_strdup instead of strcpy.

IssueID #589

Standardized spacing of *.ff/ions.itp and fixed some typos.

The use of tabs instead of spaces made the column alignment really
nasty so I decided to fix it.  There were also some typos and names
that conflicted with the genion help information description of atom,
residue, and molecule names, so I fixed those as well.

Removed unnecessary #includes

Deleted duplicated code

I'm not able to test either of these deletions, but as far as I can
see the deletions from md_openmm.c should be covered by the same
code introducted in src/mdlib/md_support.c.

The same should go for gmx_membed.c, but there's a lot more
duplicated code that forked a while ago, and I'm not interested
in spending more of my time to consider any differences, when
they're probably all irrelevant to the purpose of g_membed.

IssueID #738