Merge branch 'release-4-5-patches'

Fixed typo.

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Proper appending with enforced rotation output files.

GMXRC.* - fixed bug #614

added power6 flags from Markus Rampp

Merge branch 'release-4-5-patches'

Fixed bugzilla 616 about formatting in the help text.

Fixed SEGV bug in g_sham.

Enforced rotation: fixed torque calculation for FLEX potential when using mass-weighting

fixed segv in grompp due to gmxcpp not checking for #include statements without delimiters

configure: build shared libs unless mpi enabled (bug #562)

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Enforced rotation: code cleanup

Added a hint to the documentation for creating .tpr files with a subset of a simulation sustem using tpbconv.

Fixed segv in gmx_pme_error when gromacs compiled with threads

Fixed TMPI_WAIT_FOR_NO_ONE deadlock.

Made printing in check_multi_init conditional, depending on whether the
log file is NULL or not.

Better description of rotation options

Removed unnecessary include

Merge branch 'rotation'

Merge branch 'release-4-5-patches'

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Enforced rotation: define Gaussian norm

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Enforced rotation: use the right tpx_version

Enforced rotation: set the right tpx_version

Merge branch 'release-4-5-patches' into rotation-4-5

Minor trjconv documentation formatting fix

g_densmap -od writes a .dat file and prevents writing the .xpm file. The latter behaviour is uncharacteristic of GROMACS tools, I thought, so I updated the documentation to note this. Perhaps the .xpm file produced by -o should always be written.

New maintanance release: 4.5.3

added -resnr option to editconf

GMX_POWERPC_INVSQRT should be OFF in CMakeLists.txt by default (PowerPC and BlueGene accelerations turn them on, though)

fixed compiler warning in pdb2gmx.c

Reverting back GMX_DLOPEN to default ON

making error message for vmdio clearer (bug 598)

Deleted redundant charmm27.ff/dna.r2b.

Disable GMX_DLOPEN by default.

Bug 598 is still open though.

Added support for Altivec kernels on POWERPC.

Hopefully closes bug 573.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Merge branch 'master' into rotation

Conflicts:
src/tools/Makefile.am

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Enforced rotatin: Put in check for acos value; enhanced output file description

Merge branch 'release-4-5-patches' into rotation-4-5

Made mdrun exit with a fatal error for EM or NM with -rerun

Fixed .xvg legends for g_sas options -or and -oa

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Merge branch 'release-4-5-patches'

Conflicts:
src/tools/Makefile.am

Fixed compilation issue.

Fixed compilation issue.

Added flag to gmx_stats_get_point

More atom-based charge groups in CHARMM (termini and hard-coded residues).

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Flexible RMSD fitting is now optionally mass-weighted

Print warning when reference file is set but could not be found

pdb2gmx now puts atoms with cgnr=-1 in separate charge groups

Merge branch 'release-4-5-patches' into rotation-4-5

print more information in case of lock error

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Conflicts:
src/tools/Makefile.am

Doxygen comment for dd_make_local_rotation_groups

Fixed md.log being opened twice when appending, which prevented file locking.
Added check for -seppot and -append.

Merge branch 'master' into rotation

Conflicts:
src/kernel/runner.c

Merge branch 'release-4-5-patches' into rotation-4-5

Merge branch 'rotation-4-5' into rotation

Updated normalization factor

added GB params for charmm MCH3S

clarified GB parameter error messages in grompp

now it's possible to run binaries in the build tree (fixes bug #570)

Changed CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH to FALSE which results in the
rpath being rewritten on while installing binaries. CPack also works.

fixed incorrect print in fatal error on charge group size

proper defined of MAX_CHARGEGROUP_SIZE=32 in a single include file

Fixed bug 608 by throwing a fatal error in grompp.

Fixed double precision energy file reading + box matrix writing to ener.edr

- double precision energy files can now be read back
- All non-zero elements of the box matrix are now correctly written out
  when needed

fixed incorrect y result in mvmul_ur0, only used in g_vanhove

Added back the "-dev" suffixes to the version strings.

New bugfix release: 4.5.2

For MPI builds, CMake will first try to compile a sample MPI program.

On some systems such as Cray the FindMPI.cmake module can't find the proper
libraries to link to. Therefore we now test whether the given C compiler
is an MPI wrapper and skip the rest of the tests.
Thanks to Roland Schulz for the patch.

Added Windows macro for snprintf.

added g_kinetics to the CMake build scripts

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

enabled GMX_PREFER_STATIC_LIBS CMake option for CYGWIN

As it turns out that Cygwin also uses ".a" for static libraries,
the it is safe to enable this option.

Fixed segv in gmx_hbond

fixed the default for OpenMM plugin dir location (bug #606)

The OpenMM plugin lookup mechanism works again, so when running mdrun-gpu
on the same machine/OS where the binaries were built, the plugins are picked
up from the OpenMM installation used for building (but the env.var.
OPENMM_PLUGIN_DIR still has priority over all defaults!).

fixed make install-mdrun issue (bug #605)

(re)added "-dev" suffix for the CMake hardcoded version number

This avoids the potential confusion when the source from a git
release banch is used on machines without git. In these cases the
version reported by gromacs binaries would be the same as the
version of an official release, while former might actually
differ from the release in some patches from git.

added CMake option GMX_PREFER_STATIC_LIBS (also fixes bug #541)

This option instructs CMake to prefer static external libs when both static
and shared version available. This makes possible linking statically against
external libraries (e.g. fftw, xml2).

The option only available on *NIX platforms, except APPLE and CYGWIN.

Note, that when the option is enabled UILD_SHARED_LIBS gets disabled.
Also note, that with this option on, the binaries built will still be
dynamically linked against system libraries.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed bug 604 as requested.

Fixed a bug in the all-vs-all sse gb kernels, where an exclusion mask was
calculated incorrectly. Also fixes to loop indeces in the all-vs-all non-sse
code.

added HEM to HEME renaming for Gromos and Charmm ff's

fixed pdb2gmx chain merging bug (bugzilla 544)

changed fftw2_empty to fftw3_empty in gmx_fft_fftw3.c

fixed cycle print type cast issue on certain platforms, fixes bugzilla 601

Don't sprintf variable-sized input into fixed-size buffers

Re-enabled for BlueGene/L an optimization in the BG kernels that works for BG/L but not always for BG/P. Bugzilla 429 says this optimization is not stable for use in BG/P, however the work-around in 764d171c36b32c0497090531a11de disables it for BG/P too, which is undesirable.

Rearranged cmake+BlueGene solution to have the same form as the other GMX_ACCELERATION solutions

Made GMX_POWERPC_INVSQRT work properly on Power6 and BlueGene

Power6 FORTRAN kernels do not work on PPC440 or PPC450 (these are the BlueGene chips)

Fixing a trivial mangle introduced in b5d842ff1d94174b6e70120855ded6d5d62e6f51

Fixed segv in g_potential. Field output has now also the correct prefactor for V/nm

Added a check in grompp for the case with particles having a non-zero
charge while all GB-parameters are set to zero. This fixes bug #599.