Fix warnings & consolidate declarations

- Unused variables warnings with cuda 10.1
- Early declaration of kernel pointers eliminated

Change-Id: I7c8ca06322a3da9c948cc19d6b0b0f6a53f16beb

Create gmx::compat::optional

This C++17 std component is an extremely useful vocabulary type that
has a straightforward implementation in C++14. Having it available is
likely to mean we can write simpler, less buggy code in less developer
time. It should be used in cases where the absence of a proper value
has an obvious natural interpretation, e.g. the type of the return
value of a function that parses an integer value from a string, or
searching for a matching element in a range, or optionally naming
a residue type.

Updated developer guide and COPYING file accordingly.

Used compat::optional for some aspects of residue handling. This
simplifies some code, and sometimes avoids needing to make a dummy
residue name string that then needs to be compared with other strings.

Let .clang-tidy file's header management apply to source fields for
test binaries.

Excluded the external code from Doxygen checking. Noted where to go
for documentation in the file Doxygen.

Fixes #2861

Change-Id: Ife34983f234549702902a0ea45dc3592098e377d

Move pull work struct out of inputrec

Its lifetime is now managed by runner. This will make high-level
organization more comprehensible, and permit more meaningful
const-correctness of t_inputrec.

Change-Id: I66bf765ad7235d84184227325eb52afd58146b72

Improve swapcoords session lifetime management

This is no longer stored in the inputrec (which is now more
const-correct), and it is also now be cleaned up in one place.

Change-Id: I4d3c3ebb8124849cf7e13334759fda731370c1bc

Update clang-tidy to check for dangling references

Change-Id: I4a720ee29dddcb0778f88aaa3b1057c61d319036

Fix pdb-related issues

In editconf, if a PDB input was read, chain IDs are known, and should
be written if the output is also PDB. This now works again, after
being broken in commit 8dd3c9ae88004054b3.

This required adding missing tpr support to readConfAndAtoms(), which
also fixes that pdb2gmx, insert-molecules, and solvate could not read
tpr files. Those are the only tools that directly or indirectly called
readConfAndAtoms with a .tpr file.

Fix in master also closes memory leaks.

Refs #2900

Change-Id: I883777be945023a7e69260b22e76df54477828ee

Remove group scheme search code

This also required removing the generic group kernel code.
Removed domdec group scheme sorting code.
Also removed the nbnxm grid size call from the domdec module off it
turned out the results were not used.

Change-Id: I1a49967bbeca33dcd62834e8a244aaf02e80a95e

Simplify vsite PBC handling

Since we no longer support charge groups, removed the (complex)
vsite pbc tracking code.
Also changed the inter charge group vsite counting to inter update
groups counting, so we can avoid PBC calculation with update groups.

Change-Id: Iebaee9a25e761d38c571563fd0814b57e15c7e5f

Move shellfc code to the mdrun module

This code was previously in mdlib and made use of the force
calculation routines. The introduction of the forceschedules
module (Patch 9363) introduces a cyclic dependency.

Therefore, this clean up is important to ensure that all
users of the Force Schedules are present in a single module.

Related: #2574, #2774

Change-Id: I19563f0f6e7985d198a2497a799c5377b24a1419

Enable printing of known issues in commandline

Showcase in gmx dump.
Added test for it.

Change-Id: If1e70cc3b1a9c73a9483ba643a979edb2838d6a5

Create gmx::compat::string_view

This part of the C++-17 std will likely help in cases we want objects to
store views to std::strings instead of performing a copy of them.

Updated COPYING instructions and developer guide.

Excluded the external code from Doxygen checking.
Noted where to go for documentation in the file Doxygen.

Change-Id: Ibc75f32929d385159d27d0b7ba87f2133995e915

Fix post-submit

Change-Id: I203647ed9ac70c99d188d29223a3a4141d3d4533

Reduce nbnxm CPU kernel arguments

The number of output arguments for nbnxm CPU kernel functions
ave been reduced to one.

Change-Id: I4d69d848b490dced6007400f8f8fae0ff0638f63

Simplify nbnxm shift force handling

Now thread 0 also stores the shift forces in the out thread buffer
of nbnxn_atomdata_t instead of using the global fshift buffer.

Change-Id: I8c850ffc2d55db1cd7b34c1a18977f73e5cb77b0

Move functions operating on enerdata out of force.cpp

Change-Id: I20165ac5b2a34fcb80db8c7624adb57b4b542df6

Simplify nbnxm buffer clearing

We should not pass both the output index and the buffer to the clearing
function.
Also templated the flagged clearing in preparation for use for clearing
other buffers.

Change-Id: I0fdb8eb0ba9ab5766e9d6ba57804783a87163cd4

Remove RF_excl_correction()

Was only used with the group scheme. The RF correction is computed
along with the non-bonded interactions in the nbnxm kernels.

Change-Id: I1451493faa7fafb7cddf508d396b0bd06cf70272

Remove "coarse load balancing vars" from forcerec

Legacy timing code dropped during cleanup.

Change-Id: I4a3d0f69d926973c6269df15eea8b448539c54d4

Refactor t_pindex

Also change naming of containers for interaction types to better reflect
what is actually stored in the container.

Refs #2833

Change-Id: I581fb2a436528c00770b98ba6e5d45af7c7d9a0c

Group scheme related cleanup

Removed:
- SR force calculation invocation
- LR correction invocations
- SR free energy component accumulation

Minor cleanup.

Refs #1852

Change-Id: I4e22986279039a0f49a5a8be3c447f4115308492

Removed mdrun -gcom

This was previously deprecated, and is now removed to make the
behaviour of mdrun simpler to understand and implement.

Renamed a function whose job was previously not to check a thing,
and is now clearly to compute something

Noted several TODOs to clean up behaviour related to nstcomm.

Refs #1925

Change-Id: I0b3a803fb209148e865957f796c871caef2f1fea

Remove Group scheme neighbor search wrapper

Change-Id: Id89aa1b7b38c918a120385d4f1a2c7bdba82fa7b

Fix for the memory access error in constraints test.

When SIMD enabled, some memory accesses can fall outside
the allocated memory space. Hence, padding was added for
coordinates and velocities.

Change-Id: I95fa496d398fef85c62aa0ee7e90ecda4dbb8daf

Die with helpful note in case of incorrect input to editconf with -conect

Previously editconf would give a cryptic error message
Assertion failed:
Condition: fio->xdr != nullptr
Implementation error: NULL XDR pointers
if -conect was specified and a tpr was not supplied.
This is now replaced by a fatal error

Change-Id: I69efc6d36c8dd8314b2656e88407e8ba00915fd7

fix formatting of editconf note

Change-Id: I628fc820a176fdc4b019e5819e6fa650842024d4

Start making IMD and swap model IMDModule

Moved MDModules to mdrun code module (to relieve cyclic dependency
that would otherwise result), because it is a very high level thing
that is intended to be aware of very many components.

Refs #2877

Change-Id: Ia7d1422bab887f768f8abed01edcbc4fb290dfeb

Add GROMACS library dependency to gmxapi package.

The `gmxapi` Python package has a C++ extension module configured and
built through CMake. This change links the C++ extension module to the
GROMACS library external interface.

No new code is introduced. This change just establishes that a Python
package can be built, installed, and imported with dynamic linking to
an installed GROMACS library.

Ref: #2912

Change-Id: I1c992c30132df25cf6a91902611cb201962649af

Use pybind11 to make a minimal C++ Python extension.

* Bundle pybind11 2.2.4 headers
* Create the `gmxapi._gmxapi` submodule as a C++ extension module.

Ref: #2912

Change-Id: Iadc8645906c2b89d98fae57b891deac80793b050

Reuse rvecs_differ in InteractiveMD module

Change-Id: I5dfbfc0c0934dc734045f41db8075ad5f1a0b635

Make ImdSession into a Pimpl-ed class with factory function

This prepares to make IMD into a proper module. No
functionality changes in this commit.

Replaced gmx_bool with bool

Used fast returns when IMD is inactive, for better
readability of code.

Refs #2877

Change-Id: Ibbe8c452f6f480e9a357fe1b87da3ab0ae166317

Reform IMD module

Remove GMX_HAVE_WINSOCK which was synonymous with Windows
support. Because that is somewhat risky, introduced CMake variable to
turn off IMD support. Reduced a lot of config.h dependency in
headers. Moved portability constructs to imdsocket source file.

Expanded testing coverage to be of both a minimizer and a dynamical
integrator. Switched the test case to be one that has some
interactions (because steep segfaults otherwise), and updated the mdp
settings to continue to work given the likely future directions of
mdrun.

Removed an unused method

Moved the ownership of the IMD session data structure out of inputrec
and its point of construction out of minimizers and do_md. This is now
done in runner.cpp, alongside other such construction. This prepares
for more use of MDModules. Set up the default period between IMD steps
in a different but equivalent way (since it works differently for
minimization).

Separated the inputrec boolean for whether IMD connections are
supported by the input from the run-time boolean of whether the mdrun
command-line arguments require IMD connections to be possible. Now the
inputrec is logically const with IMD.

Used logging framework for reporting, and noted future improvements as
TOD items.  Improved reporting in some cases where IMD sessions are
impossible.

Note TODOs for future improvements for renaming and restructuring.

Removed some useless inclusion of imd.h

Fixes #2913

Change-Id: I2b13dcdd9a0e69caba697f9dd2c928d94e1fb80c

Introduce gmxapi operations and basic data model.

Ref: #2894

Change-Id: I4e899e63287370fd2fdde89ddc1b2ea39c3fe67d

gmxapi 2019 Q1/Q2 project roadmap.

Lay out project goals, functional requirements, and testing plans.
Provides roadmap.rst and pytest acceptance tests
expressing the required functionality of the Python package.

Ref: #2893

Change-Id: I71ec79eb5d8a6e4d61fb5d7d6e20176c9c07a6af

Remove stale "TODO".

Refs #2839

Change-Id: I927ee73fc9c6ffa423d37fd4606654392cb8a1b8

Remove t_topology from two preprocess tools

Refs #2833

Change-Id: Ic842305579986910db8cc30313f74278239640bc

densityfitting - MDModule declaration

Declaring the infrastructure for running molecular dynamics simulations with
addional forces that are derived from densities.

Adds a IForceProvider for density fitting simulation that is set up with
its DensityFittingParameters that are in turn built from DensityFittingOptions.

refs #2282 #2901

Change-Id: I0732a78747582a6e23bba1e141d73c4cda421011

Revert "Temporarily disable ARM HPC compiler in post-submit"

This reverts commit d8d9b66ca33e423ca09079e5f9294ca872d61ca5.

Reason for revert: build slave software issues resolved.

Change-Id: I9f7c904152e4be951199c9fcdba00bd9d928f33b

Early exit from mdrun if group scheme is detected in .tpr

Fixes #2918

Change-Id: I37566623c3ed4613f8b4e69f9f74882656772d1d

Remove isPressureCouplingStep(...)

The isPressureCouplingStep(..) subroutine is called from places,
where the type of barostat is already known and then checks for it
again. Removing this subroutine eliminates the double-checks and
improves readability of the code.

Change-Id: I5bbb0706432e16414097e87e4e0d302f669ab83f

Update developer guide for changes to Gerrit

Change-Id: I2fad9ad5dfd0fb4536520529706d6dbaaca5d5d9

Remove isTemperatureCouplingStep(...)

This subroutine hides the checks on whether the temperature
coupling should be updated, making it harder to read the
sequence of events in the main loop. Also, the subroutine is
used only twice and both times some of the conditionals are
double checked (e.g. is Velocity-Verlet integrator is in use).

Change-Id: Idb4196c2f81095c09426b2798e79d2beea4f306e

Initial deactivation of group scheme.

mdrun now gives a fatal error with a group-scheme .tpr, so anybody
using one won't get a segfault.

do_force now only has one implementation, which suits those working
on improved force calculations.

More removal of inactive code will follow later. Noted TODO to fix the
release notes properly in such a commit.

Refs #1852

Change-Id: I3b13135565951f4d7f872ddf3b8518860eccfdb0

Fix post submit

Change-Id: Ia45a8e1154c0d5ddd94155ddb7907c0290d13866

Refactor gpp_bond_atomtype

Refs #2833

Change-Id: Id17a93c9cc4a66b0bf89c465d2d44601fe2c523d

Add std::string case insensitive compare

Add another function for std::string case insensitive
comparison over a user specified length instead of
comparing the full string.

Added tests for functionality.

Showcase in preprocessing.

Change-Id: I1f117261ce56ad7c6bc5e5113da1fef705cf8aa6

Refactor gmx_group_t to SimulationAtomGroups

Change allocation on type to std::container, but did not touch to
underlying t_grps datastructure yet.

Change-Id: I3858e650a31764b3ab83090eaa0653fc579a8af1

Fix simulated annealing and add test

Refs #2871

Change-Id: Ibde5226a664d3d4d5558477fdf9b81e1219a5295

Temporarily disable ARM HPC compiler in post-submit

Change-Id: Ib59a495f70d073f13c08a55344b6323dd163d8b1

Move MDModules initialization earlier

This will permit extending the functionality to also provide
command-line options and help descriptions for gmx tools.

Moved more functionality into Mdrunner::Builder

It also permits the Mdrunner constructor that is normally used to
prompt the construction of a properly formed MDModules. Removed a
comment about default initialization that is a normal fact of life
with constructors. Updating it would be wordy and no real value.

Refs #2877

Change-Id: I70126f297422a9076484083d461b0b003ae2e23b

Move enerdata ownership to mdrunner

All the things managed by runner need a gmx_enerdata_t, so consolidate
the management of its lifetime. This prepares for modularization of
code that requires one of these.

Change-Id: Ibbf03c17beecb53039bb50a5ef6462925d777b52

Removed confusing gpp_atomtype functions.

For some reason there were functions to extract the massB
and chargeB from atomtypes, however atomtypes do only have
a single charge or mass.

Change-Id: Iddcbeb57e4fa7fd905f5969447f14faf6d626ff0

Plumbing for gmxapi 2019 Q1/Q2 project roadmap.

Provide infrastructure so that dependent change can focus on content
of project plan.

Ref: #2893

Change-Id: Idd72e9ede890f7fc97a680c5a5bffe97499eaaf5

Simplify nbnxm final force reduction

Change-Id: I66485bfe1c056db82492b531b266de1071aeb12c

Move early return for nbnxm force reduction

To reduce dependencies and code complexity, the early return for
avoiding overhead of a force reduction reducing no forces at all
has been moved from nonbonded_verlet_t to atomdata.cpp. The check
has been changed from no non-local work to no non-local atoms, which
should not affect performance much.

Change-Id: I3315699e15918482b321b702f6ba24209aa3a6b2

Move PairlistSet declaration

Moved the declaration of PairlistSet to pairlistset.h.
Also completed the documentation.

Change-Id: I0cac4bbf1919b4a2f39d8ead63aa75f112ab60c7

Fix UB vector usage

It is UB to
- increment past end.
- decrement end iterator for empty vector.
- use operator[] on end iterator.

Also fixes a buffer overflow for c_simdBestPairAlignment=2.

All found with _LIBCPP_DEBUG=1.

Change-Id: Ib21ca875244673b27748a01373e7fc10252a7c44

Move nbnxm domainSetup to GridSet

The domain setup belongs with GridSet and moving it there reduces
the dependency of the pairlist construction function on PairSearch.
Removed PairSearch as an argument to those constuction functions.
Also moved SearchCycleCounting out of PairSearch.

Change-Id: I764868f5e7a002cf435ce74d428c95cf1e9dac23

Extract nbnxm PairlistSets

The class PairlistSets was part of nonbonded_verlet_t. This change
extracts it, moves it to pairlistsets.h and hides it from the rest
of the code. This requires a few more, trivial, methods in
nonbonded_verlet_t to operate on PairlistSets.
Also renamed the pairlist params struct to PairlistParams and
moved it to separate include and source files.

Change-Id: I8e728663e145ce1f8504ae7302d7208344cc7cf3

Move DomdecOptions into its own header

This reduces compilation coupling and prepares for implementing proper
Options support into mdrun. Moved content into gmx namespace and
replaced gmx_bool. Renamed nr enum members to Count for future
compatibility with the new enumeration helpers.

Refs #2877

Change-Id: Ib5f5889111f858579f594f4c76f3aa8c222403b2

GPU naming conventions

In GPU programing, it is convenient to indicate what memory space
the pointer points to. This is often done by adding prefixes to the
pointers, which is now indicated in the developers manual.

Refs #2053.

Change-Id: Id39ad0b9c5876e4362fa4e261d0c011125dc380a

Fix nbnxm OpenCL with cluster size 4

Fixed the nbnxm OpenCL setup with cluster size 4 (for Intel IGPUs)
by using the appropriate constexpr to set the clustersize.
Also renamed PairlistType::Hierarchical8x8 to HierarchicalNxN.

Fixes #2906

Change-Id: Ifc373d04481eb7f56211d192014dfef218e56c03

Moving put_atoms_in_box_omp() to pbc.h

This is another patch in the cleaning efforts of sim_util.
It finally removes sim_util.h

The idea is to only have functions relevant to the force
schedules there so that it becomes easy to move it into
its own module with minimal merging pains.

Related: #2574

Change-Id: Ib0c2dbc21bd31ee272888d3fa25a3c0ce65b5478

Getting rid of use_GPU(nbv) function

Using the useGPU() function build within nonbonded_verlet_t
struct

This is another patch in the cleaning efforts of sim_util.

The idea is to only have functions relevant to the force
schedules there so that it becomes easy to move it into
its own module with minimal merging pains.

Related: #2574

Change-Id: I0e0d1dc74aa18032dfb4ab84f3badbb83ef0365b

Move stat function declarations to a new stat.h

This is another patch in the cleaning efforts of sim_util.

The idea is to only have functions relevant to the force
schedules there so that it becomes easy to move it into
its own module with minimal merging pains.

Change-Id: I8decd93e02cfdda79f131171d2b91be095cc77e0
Related: #2574

Skip PBC calculation when there are no listed forces

Change-Id: I3857f2e55bdd052d508acc026b6f77ee5dbc2546

do_force_cutsVERLET cleanup

- removed unused PME cycles returned from do_force_lowlevel
- removed unused variables
- localized variables only used in nbnxn_put_on_grid

Change-Id: I1b36df6c0a0c36962e764fcd252f1c9c3f71821b

Convert nbnxn_pairlist_set_t to class PairlistSet

This change is only refactoring.
Two implementation details have changed:
The CPU and GPU pairlist objects are now straight lists instead
of array of pointer to lists. This means that the pairlist objects are
no longer allocated on their respecitive thtreads. But since the lists
have buffers to avoid cache polution and the actual i- and j-lists are
llocated thread local, this should not affect performance
ignificantly.
The free-energy lists are now only allocated with perturbed atoms.

Change-Id: Ifc76608215518edfc61c0ca8eb71ea2a928cf57c

Remove unused headers

These headers contain integrator_t definition, which is no longe in use.

Change-Id: Ic4acd4e238aa0e06301162001588aaf7f0ad6890

Support ArrayRef of EnumerationArray

Also updated the example and named FooStrings variables correctly.
Introduced keysOf free function so that it is easy to write code that
clang-tidy does not warn about.

Change-Id: I51ee8adb1b13d771e7b1e8cd75f263bc6e921ffb

Remove uses of std::iterator mix-in.

std::iterator<> is used as a mix-in (via CRLT) to inherit compatibility
with std::iterator_traits<>. However, inheriting from std::iterator<>
is unnecessary, may hurt clarity, and is deprecated (as of C++17).

Instead, explicitly express the member types that are necessary for
compatibility with std::iterator_traits<>

Change-Id: I32cdd97681a73cdf7beec257635f9132ec67de03

Convert gmx dump to module

Used Options and more std::string.

Minor fixes and improvements to text. Removed the report of the known
bug, replacing it with a TODO.

Added eftRunInput to the filename option types understood by
FileNameOption machinery, so that tools that only operate on .tpr
files work properly. This is then used for gmx dump -s.

Refs #2877

Change-Id: I5bb1c73c39a4cdd820735f894d4cb55d171afd48

densityfitting - serializer for mrc header data.

Serializes mrc header data.

Change-Id: I6160eba199cb2e355f7cf4f65d5729346735cc92

Add simple tests for symbol table

Refs #2833

Change-Id: I0e69a0b6c5410c56cb2b62a9320814f93cd2f23c

Reorder PBC setup in do_force_lowlevel

Eliminated redundant set_pbc() call so now there is always a single call
to the DD-optimized set_pbc_dd() called only when needed with clarified
conditionals for the different use cases (listed forces and Group
scheme).

Also improve the t_forcerec.bMolPBC documentation.

Change-Id: I8a0782bf81e05f1c7221ee5f0da42bf5e4d24ac9

Move around PairSearch code

Renamed internal.h to pairsearch.h.
Moved PairSearch member functions to new file pairsearch.cpp.

TODO: Remove dependencies of pairlist.cpp on Pairsearch.
TODO: Make all PairSearch functions in pairlist.cpp members.

Change-Id: I21e3f93fa69a5ee0ffd00faf01a7d0267d7e79b9

Clean up mdrun help description

Details about how unix signals are implemented can go in the user
guide.

The nice level does not actually change with whether mpirun is used,
so we should not say so.

Mentions of "experimental" features that have been in the code for a
decade don't belong here.

Fixed a repeated word.

Preparation for #2877

Change-Id: Ib68ab15717e52a9155be869581c18ba21513f067

Improve mimic module

File naming did not conform to style. Improved some include structure. This
module no longer needs to depend on gmxpreprocess.

Preparation for #2877

Change-Id: I0a3a4e72828f3e47f28d0d7420e5c65e580d5428

Add simple test to preprocess bond atom type

Refs #2833

Change-Id: I401678c4d5f266794c2018db3f4168432d33450d

Add test for string comparison

Change-Id: If42579ceb2d98d270389d4e401f504955df73761

Add support for serializing 32-bit integers

Some file formats explicitly require this size, which we should
support explicitly. Note that C++ requires that int be at least 16
bits. In practice on current systems it is always 32 bits, but being
explicit might help future portability if any architecture would use
64-bit int.

Also added some support for unsigned 32- and 64-bit integers where
I saw it was missing and might be useful.

Added some test coverage where it already exists.

Refs #1877

Change-Id: I05efd7d4ba07b695fc4ed7c9d9cac8738873a3a5

densityfitting - density file format (mrc) header.

Implements mrc/cc4/map format file headers as decribed in
"EMDB Map Distribution Format Description Version 1.01 (c)
emdatabank.org 2014"

Reading and writing is part of a follow-up patch.

refs #2282 and #1877

Change-Id: Ifd43cedb137c0beeb320e1299df8bae9916c8ea8

Fix case insensitive string comparison

Changed instances of string comparison back to use same order as in
original code, and revert one change for comparison over length to
original code.

Change-Id: I07c3ccce93c37ff897365d80c0ff384e29aa6322

Fix clang warning

Change-Id: I905b387692bfa606da0db74bbb8aee42ddc24ab7

Reduce dependencies of nbnxn_atomdata_t

Now the nbnxn atomdata module no longer depends on PairSearch,
but on GridSet instead.
Also moved the cycle counting to nbnxm.cpp.

Change-Id: Ibb1af368e38e84459c77f41fa867c4fc18dc5756

Update ElectricField module

As we use this as an example module, we should have it up to date with
style and language features, etc.

Change-Id: I2e350a2c7f9f78840be433ecd81f8b6b24f8209d

Move initialize_lambdas(...) to state

This is another patch in the cleaning efforts of sim_util.

The idea is to only have functions relevant to the force
schedules there so that it becomes easy to move it into
its own module with minimal merging pains.

Change-Id: I270e75126b6ec3aa3cf194e92e7589d713ac6bcd
Related: #2574

Simple tests for C-style string comparison

Those tests are meant to be used to guide reimplementation of the
C-style functions in C++ and should be extended for additional functions
that are replaced.

Change-Id: Icb12192c676bd5d24110000668790e4193a9a268

Moving do_constraints_first(...) to constr.h

This is another patch in the cleaning efforts of sim_util.

The idea is to only have functions relevant to the force
schedules there so that it becomes easy to move it into
its own module with minimal merging pains.

Change-Id: Ic311bd9afe8baddc0589f368ebf464f1699589dc
Related: #2574

Change nbnxn_search to class PairSearch

Changed some nbnxm functions to methods located in new file nbnxm.cpp
to keep the internals of the nbnxm module private and hidden.

TODO: Rename internal.h to pairsearch.h
TODO: Move Pairsearch definitions to new file pairsearch.cpp
TODO: Rename nonbonded_verlet_t to Nbxnm

Change-Id: I8fa5d3b88ed453598cbed3ab4b8548258f851e20

Extract DomainSetup from nbnxn_search

Change-Id: I1a46c543e063b250e27b3759ddc050a46fc6692d

Change nbnxm macros to constexpr

Also added an inline function to clarify the code and avoid code
duplication.

Change-Id: If68ad4f745a9b6f1c68379af24305a47084b608b

Move functions to gridset.cpp

Change-Id: Ib8b6b0159d25b50ddfd0d4ced37b8486ed2c6081

Add nbnxm GridSet class

Collected all data that is shared between nbnxm grids to a new class
called GridSet.

TODO: Turn nbnxn_search into a class and move some functions

Change-Id: Iae0dc988d88310d88e0541656f896e552cd19260

Fix compilation issue

Automatic rebase allowed merging code with outdated types.

Added namespace and fixed Doxygen while we were there

Change-Id: I7543f53d07fba5010ef15e4e81fbb7e2d632d167

Reorganize search-time code in do_force_cutsVERLET

Only code reordering done here in order to facilitate splitting out the
DD/search work from the force computation schedule.

Change-Id: I04b7fa97eed3a48b38389b9da4ac9be4b36c718a

Add haveGpuBondedWork flag to PpForceWorkload

Also move init of PpForceWorkload to make sure it precedes the GPU bonded
data initialization that the value of flag depends on.

Change-Id: Icdaab084d718087a44b2a2ec7702edd0ba86285b

Start modularizing force workload setup

Extend ppForceWorkload flags with listed forces-related booleans
and add a setup function that re-initializes ppForceWorkload every
search step.

Change-Id: I71c783cf22e58e880d7d8655bc1e9b44e6428407

Add tests for preprocess atom types

Adds some tests for the handling of preprocessing atom types and fixes a
bug that I introduced while refactoring the code.

Refs #2833

Change-Id: I3dabd11a1bc8a78379f4187bc8efa266a7c46d74

Remove custom datastructure in vsite preprocessing

Refs #2833

Change-Id: I6801264e743b3bf8cf205b8b297315c4b739de06

Fix errors caused by automatic rebase

A recent merge caused an automatic rebase that did not take a change
in a parent commit into account, leading to all builds to fail.
This fixes the error.

Change-Id: Iee9064e723fdc1d546fe140256467a6b0cb0b2fa