- added gromacs lib to the project
- replaced fit Lib with the new one
- implemented some c++17 fitures

q/a

Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@gentoo.org>

- fixed graphCalculations bug with wrong reference iterator [i] to [j]
- fixed a wrong resize of subGraphRouts
- fixed the order in which Routs are saved (it seems they were in
reverse)
- added 2 function tests

- changed if(){}else{} to =std::max()
- some test touches

- added resize(0) for subGraph data boxes (potential bug fixed)
- minor tests touches

- added some template basis for future tests

- added index into corrType as internal data
- fixed functions to accept index
- changed some names in main function to look better
- implemented test for setDefaults

- созданы шаблоны для заполнения тестов / имплементированы как друзья
класса для доступа к его приватной части

- updated newFit to domain's standart

- separated corr type into (cpp/h) combo
- added template for tests

- added corrtype template (cpp/h)

- added gtest framework
- added fitLib (cpp/h)

- sorted input commands
- added launch template into description

- fixed warnings (sort of)
- deleted old framework, only class remains
- fixed CMake and such to work with Gromacs 2020.x with Alexios changes

- added class usage into code
- next step is to test old/new tech

- added "cgo-arrow" output into the class

added subGraph calculations

supposedly working corrEval class

class birth

- added trj fitting

- clean working version with sliding window

-fashion cleaning

- added difference notifications

- changed routs' output
- merged outputs into 1 file

- routs[i]
- read from file

testing window + tau

trying to find the parralel answer

testing parallel + copy or traj and ref

Fix cmake

Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@gentoo.org>

added -fsanitize crutch to stabilise performance
also made some params const

Make it return =D

Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@gentoo.org>

removed text between matrixes -> just a number

for -> from

reworked output on the screen

probably removed all warnings
except unused params

changed fscanf to fgets

changed reading mtrx

fscanf returns int
made account of that

declared a[100]

temp to &temp in fscanf

added new working mode when crls are evaluated

- complete change to reference instead of basic_frame

- changed correlation evaluation
- added reference frame as reference

omp test

old omp style

also changed omp

fixed diffusion

added diffusion calculation

changed pairs output line

changed the sequence of functions
to write corrs right after their evaluation

minor fixes

-threadsanitazer

different omp enabling

omp tests

fixed omp ?

test with omp

added extra milestones

added extra output func

cleared old rvec tech

removed trajectory fitting
// its FitNG job now

for (ConstArrayRef<int>::iterator ai = atomInd.begin(); (ai <
atomInd.end()); ai++) {
            init_domains[i].push_back(*ai);
        }

to ArrayRef< const int >

- merged with FitNew
- switched full corr output place in code

- new fit
- outside functions
- new graph constant

added new fitting algo

CA only and multiple selections both work

!= instead of ==

fixed a bug with only 1 selection (may be not)

fixed output

cleared extras

- implemented new algorythm

- changed the way routs are found
- added potential multithreading to the last part

local output changes

- added proper output
- added data for graphics

-2

obvouse 0 -> 1

buggs

extra debug

extra \n

minor changes

added graphics' data

added some usefull comments

disabled file writing

looking for segmentation error

- added effective radius for corr search for atom's interaction
- added a selection option for the constant, mentioned above
- added output for entire corr function for the atom pairs which reach
highest numbers along the time interval

added omp.h

removed extra includes for diploma

commit for diploma

fixed < to <=

added corrs output

new routs

added 2 new correlations

fixed graph creation

full matrixes

index[] + 1

const char *

added correlation's file creation

file creation

fixed i -> i1 bug

remade output info

fixed zero rout loss