Tons of tiny changes to documentation.  Manual looks prettier now.

IssueID #671

Trivial fixes to program descriptions.

To keep everything in the manual consistent, a few names must
be changed to reflect the new naming scheme that has been adopted.

Fixes to the demo script.

Various typographical and editorial changes,
no major changes to functionality.

IssueID #669

Improved .mdp file comment about the 'define' field

The -D examples were less helpful than the new ones, which provide
a hint not to use -DPOSRE, and a clue that variable names are
case-sensitive.

Fixes to methanol and mixed demos. Issue ID #669

Removed non-existent program and redundant information to clean up manual

fixed incorrect parameter declarations in gmx_fft_fftw2.c

Various editorial and formatting fixes

Fix Angstrom <=> nm error in documentation

The default value for gb_dielectric_offset .mdp parameter was
listed as 0.09 nm. In the code it is 0.009 nm, which is what it
should be, per the original literature.

Fixes to grompp -maxwarn documentation. Issue ID #627

Made src/kernel/repl_ex.c legible

Some of the formatting was extremely awkward to read, so I
re-formatted the whole file with emacs using the formatting line, and
added braces where consistent with the coding conventions.

IssueID #664 point 2.

fixed zero viscosity energy/log file output with cos_acceleration

Added note that g_msd -mol does treat PBC (by making molecules whole)

Implemented effective test for MPI_IN_PLACE, thanks to Michael Wild on the CMake mailing list. Fixes #594

Stop CMake defaulting to turning off compiler warnings for Intel
compilers, since a) warnings are useful, and b) we show all warnings
with GCC.

Fixed inconvenient output file names if -sep is used in combination with -nzero.
For the first file (numbered 0) there was one digit too many,
now all file numbers have nzero digits.

fixed grompp looking for include files in double relative paths, for instance in ../.. with ../topol.top

Fixed bug in statistics which did not allow fitting with weights.
Added check for return value from statistics codes in g_analyze.

removed incorrect citation print of Engin2010 for pull groups of a single atom

pme.c work-around for MPI fatal error in pme with partticle decomposition

fixed incorrect LJ table in mdrun with reppow!=12

removed editconf warning on box distance with -bt

fixed tpbconv time options leading to negative nsteps for nsteps larger than INT_MAX

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Added 1 quote.

Added CHARMM neutral lysine, LYN, to residuetypes.dat.

Fixed wrong path ordering in GMX.bash introduced in commit 58a6b0bee590c2293fbf3eb35947005db9f7668b

Added fatal error for when people use energy files for computing dipoles. This
is broken due to the fact that the dipole is computed based on broken
molecules.

Added comments and workaround for IBM's BlueGene(/L) MPI_Bcast dereferencing
null pointers even when zero data is to be broadcast. This change will only affect
BlueGene, and does not affect speed of time-critical parts of GROMACS.

Fixed typo.

GMXRC.* - fixed bug #614

added power6 flags from Markus Rampp

Fixed bugzilla 616 about formatting in the help text.

Fixed SEGV bug in g_sham.

fixed segv in grompp due to gmxcpp not checking for #include statements without delimiters

configure: build shared libs unless mpi enabled (bug #562)

Added a hint to the documentation for creating .tpr files with a subset of a simulation sustem using tpbconv.

Fixed TMPI_WAIT_FOR_NO_ONE deadlock.

Made printing in check_multi_init conditional, depending on whether the
log file is NULL or not.

Minor trjconv documentation formatting fix

g_densmap -od writes a .dat file and prevents writing the .xpm file. The latter behaviour is uncharacteristic of GROMACS tools, I thought, so I updated the documentation to note this. Perhaps the .xpm file produced by -o should always be written.

New maintanance release: 4.5.3

added -resnr option to editconf

GMX_POWERPC_INVSQRT should be OFF in CMakeLists.txt by default (PowerPC and BlueGene accelerations turn them on, though)

fixed compiler warning in pdb2gmx.c

Reverting back GMX_DLOPEN to default ON

making error message for vmdio clearer (bug 598)

Deleted redundant charmm27.ff/dna.r2b.

Disable GMX_DLOPEN by default.

Bug 598 is still open though.

Added support for Altivec kernels on POWERPC.

Hopefully closes bug 573.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Made mdrun exit with a fatal error for EM or NM with -rerun

Fixed .xvg legends for g_sas options -or and -oa

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

More atom-based charge groups in CHARMM (termini and hard-coded residues).

pdb2gmx now puts atoms with cgnr=-1 in separate charge groups

print more information in case of lock error

Fixed md.log being opened twice when appending, which prevented file locking.
Added check for -seppot and -append.

added GB params for charmm MCH3S

clarified GB parameter error messages in grompp

now it's possible to run binaries in the build tree (fixes bug #570)

Changed CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH to FALSE which results in the
rpath being rewritten on while installing binaries. CPack also works.

fixed incorrect print in fatal error on charge group size

proper defined of MAX_CHARGEGROUP_SIZE=32 in a single include file

Fixed bug 608 by throwing a fatal error in grompp.

Fixed double precision energy file reading + box matrix writing to ener.edr

- double precision energy files can now be read back
- All non-zero elements of the box matrix are now correctly written out
  when needed

fixed incorrect y result in mvmul_ur0, only used in g_vanhove

Added back the "-dev" suffixes to the version strings.

New bugfix release: 4.5.2

For MPI builds, CMake will first try to compile a sample MPI program.

On some systems such as Cray the FindMPI.cmake module can't find the proper
libraries to link to. Therefore we now test whether the given C compiler
is an MPI wrapper and skip the rest of the tests.
Thanks to Roland Schulz for the patch.

Added Windows macro for snprintf.

added g_kinetics to the CMake build scripts

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

enabled GMX_PREFER_STATIC_LIBS CMake option for CYGWIN

As it turns out that Cygwin also uses ".a" for static libraries,
the it is safe to enable this option.

Fixed segv in gmx_hbond

fixed the default for OpenMM plugin dir location (bug #606)

The OpenMM plugin lookup mechanism works again, so when running mdrun-gpu
on the same machine/OS where the binaries were built, the plugins are picked
up from the OpenMM installation used for building (but the env.var.
OPENMM_PLUGIN_DIR still has priority over all defaults!).

fixed make install-mdrun issue (bug #605)

(re)added "-dev" suffix for the CMake hardcoded version number

This avoids the potential confusion when the source from a git
release banch is used on machines without git. In these cases the
version reported by gromacs binaries would be the same as the
version of an official release, while former might actually
differ from the release in some patches from git.

added CMake option GMX_PREFER_STATIC_LIBS (also fixes bug #541)

This option instructs CMake to prefer static external libs when both static
and shared version available. This makes possible linking statically against
external libraries (e.g. fftw, xml2).

The option only available on *NIX platforms, except APPLE and CYGWIN.

Note, that when the option is enabled UILD_SHARED_LIBS gets disabled.
Also note, that with this option on, the binaries built will still be
dynamically linked against system libraries.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed a bug in the all-vs-all sse gb kernels, where an exclusion mask was
calculated incorrectly. Also fixes to loop indeces in the all-vs-all non-sse
code.

added HEM to HEME renaming for Gromos and Charmm ff's

fixed pdb2gmx chain merging bug (bugzilla 544)

changed fftw2_empty to fftw3_empty in gmx_fft_fftw3.c

fixed cycle print type cast issue on certain platforms, fixes bugzilla 601

Don't sprintf variable-sized input into fixed-size buffers

Re-enabled for BlueGene/L an optimization in the BG kernels that works for BG/L but not always for BG/P. Bugzilla 429 says this optimization is not stable for use in BG/P, however the work-around in 764d171c36b32c0497090531a11de disables it for BG/P too, which is undesirable.

Rearranged cmake+BlueGene solution to have the same form as the other GMX_ACCELERATION solutions

Made GMX_POWERPC_INVSQRT work properly on Power6 and BlueGene

Power6 FORTRAN kernels do not work on PPC440 or PPC450 (these are the BlueGene chips)

Fixing a trivial mangle introduced in b5d842ff1d94174b6e70120855ded6d5d62e6f51

Fixed segv in g_potential. Field output has now also the correct prefactor for V/nm

Added a check in grompp for the case with particles having a non-zero
charge while all GB-parameters are set to zero. This fixes bug #599.

clarified make_ndx error message

Fixed cmake to work with BlueGene/L. This fix does not work for BlueGene/P.

file reading error messages in g_bar less confusing.

Removed code for calculating logarithms using a table
This was not much faster than the builtin c-function,
and also only used in the non-sse loops

changed enxio warning into fatal errors by default, can be overridden with an env var

Fixed a compiler warning introduced by commit 9ccc786e4...

Replaced _mm_castsi128_pd with gmx_mm_castsi128_pd everywhere
in gmx_sse2_double

Double precision GB energies are now summed corrently (bug #585)

The issue was that __m128d _mm_add_sd(a,b) should give back r0 = a0 + b0
and r1 = a0, but it gives back r1 = 0. But since this is not true for
all architectures, it is also important to carefully zeroing out of some
variables in the code (explained in the kernel4XX-comments).