improved option compatibility checking with OpenMM

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Merge branch 'release-4-5-patches'

configure: added '--disable-la-files' option

changed the grompp charge group radii to always check against rlist iso againt rlistlong

Error message on enabling FORTRAN and threads.

made vmdio work with older api version (e.g. vmd 1.8.6)
improved error message

include "error.h" was not neccessary and caused problems with xlc (bug 575)

1) gmx_fio_seek was not returning correct return value, thus trjacat thought the seek failed and trjcat -overwrite wasn't working
2) checkpoint didn't check the return value of gmx_fio_seek
3) log file wasn't truncated if md5 file was available in checkpoint
4) made comments more clear

Reverted changes to md_openmm.c, get rid of 'nan' in averages.

Merge branch 'release-4-5-patches'

Conflicts:

share/top/gurgle.dat

Added software-related quote

mdrun-gpu now doesn't output individual energy term, only the totals.

Closes bug 568.

fixed case of opls atom types in share/top/ions.itp to make old opls topologies work with the new ff setup

Updated to reflect bug 557.

Fixes for g_chi for bugzilla 569, so that it now uses the GROMACS 4.5 residuetypes.dat database, not the old aminoacids.dat. These fixes use the new gmx_residuetypes API functions contained in the previous commit (bbf195d).

Extensions to the gmx_residuetypes_t API to meet the needs of g_chi

vmdio read the box but didn't mark it as beeing read (bBox)

MCH3S was missing

Added missing includes to gmx_tune_pme.c

added a warning/note for bond oscillational periods of a few times the time step

added check for tau_t<=0 with integrator sd

fixed incorrect gmxcheck comparison of ir->separate_dhdl_file

Added missing #ifdef around MPI directive

Fixed missing installation of the openmm_api_wrapper; added INSTALL.*make* for distribution.

improved the initial guess and fitting weights for autocorrelation fitting with -beginfit>0

removed g_analyze confusing fitting messages about fitting the function when fitting only the acf

FindFFT?[F] scripts can use a path provided in FFTWx[F]_ROOT_DIR environment variable when looking for libs/headers

fixed too small fixed array in grompp top reading (only used with incorrect input

Added do_multiprot in src/contrib, thanks to Ran Friedman

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

Merge branch 'release-4-5-patches'

Fixed bug bugzilla.gromacs.org/show_bug.cgi?id=564 by adding a call to a routine freeing datastructures for lsq fitting. The program still uses memory
linearly with the number of timesteps in the mulsq variable. This should be fixed later on.

gmx_pme_error now uses at most all charges for the self error estimate (even for -self values > 1)

Changes to GB non-polar solvation calculations

When using GB, users now explicitly have to ask for the non-polar
solvation to be calculated. Previously this was always done despite
the sa_algorithm=no in the mdp-file.
Grompp now also honors the value of sa_surface_algorithm in the mdp-file.
The non-polar energy gets printed, so that all partial
energy terms add upp to the total potetial energy.
All of these changes are documented in the online manual.

Fixes for selection modifier initialization.

Selection keywords merge, plus, and permute did not work properly in all
cases, and resulted in double frees if there was a syntax error.  There
are still some pathological cases like "name CA plus x < 5" that don't
work correctly, but those should rarely be needed, and will take more
time to fix.

fixed box vector read in vmdio

Fixed reproducibility of g_pme_error results in parallel

Fixed more checkpointing issues with .edr dh data.

Checkpoints backward-compatible + more consistency checks in g_bar.

Fixed checkpointing bug with g_bar energies

Revert "added GB non-polar solvation energy term to the log and energy file output"

This reverts commit 8c51a787e9cbe208361c8428b949213962bde589.

configure: power6 and fortran can now be enabled at the same time.

This is not extremely useful for the kernels, because power6 kernels
will overwrite fortran kernels, but it allows other fortran stuff,
like the libxdrf fortran interface, on power6.

configure: fortran kernels can also be compiled with gfortran (g77 is not included in >=gcc-4.0 anymore)

added GB non-polar solvation energy term to the log and energy file output

fixed free-energy giving a fatal-error when GB12, GB13 or GB14 terms are present

added hint to g_traj warning

Removed gmx_membed from cmake files as well.

Changed gmx_log_open to fix FAH Checkpointing; see Bugzilla 538.

Merge branch 'release-4-5-patches'

Corrected name of one of the developers listed in header.

fixed the maximum print for g_traj -cv and -cf

eneconv now warns when throwing away blocks with dH data.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git://git.gromacs.org/gromacs into release-4-5-patches

Improved performance of g_bar while reading .edr files with small nstenergy.

Atom-based charge groups in CHARMM.

fixed some minor issues with g_traj -cv and -cf

tau_t=-1 now works in grompp and with SD

fixed g_traj segv when ran without pbc

fixed charge group radius LJ check, which could produce too low numbers in the grompp notice/warning print

added missing F_PIDIHS case to topsort free energy perturbation check

added GMX_MAX_THREADS env.var. to set the maximum number of threads for thread-MPI

configure: added missing quotes

More scheduler-friendly locks for gmxfio

Fixed synchronization counter update for pwr6 kernels

Fixed version generation script to work on Macs.

There was a non-standard \| construct in a sed script that did work with
some sed implementations, but not with others.

fixed memory allocation and access issues when reading xpm files

grompp option -pp now always writes to cwd

g_density now normalizes every frame separately

Removed unused code from g_pme_error

g_density now normalizes with the average volume instead of the volume of the last frame

fixed incorrect reference position of position restraints with free energy calculations with posA!=posB and lambda!=0

Merge branch 'release-4-5-patches'

Fixed bug 553 by checking whether an atom name is longer than 2 characters
and has a digit in the third character. In that case the name is expected
to be protein. However, in this case e.g. Si12 will be designated as Sulphur.
The alternative would be to check whether the present residue is an amino acid
but that may be problematic as well.

When grompp failed to find the forcefield, the error messages had some string parameters in the wrong order

Formatting fixes to documentation

When using GBSA, the note encouraging PME over plain cut-offs is no longer printed

Added dependencies for openmm_api_wrapper

Added library dependency for gmx_gpu_utils

membed renaming and adding tools wrapper

fixed grompp -t frame choice for trajectories with frames with and without v

state switches between the cpt and tpr file in mdrun are now only allowed when an env.var. is set

added check and warning for no velocities in grompp -t file

Fixed demo to work with new pdb2gmx that requires two input values.

turned on checkpointing with nstlist=0

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

removed the lower bound check on test particle insertion energies (this was due to table issues which are now resolved)

Merge remote branch 'origin/release-4-5-patches'

removed tip5p from charmm27.ff/watermodels.dat, since several other files would need to be updated as well and we don't want to encourage the use of tip5p

made sure the energy history from a checkpoint file is ignored when not appending mdrun output

CMake documentation improvements (bug #539).

Added a bit of information to CMake cache documentation strings as
discussed in bug #539.

Added TIP5p to CHARMM forcefield by analogy with AMBER03 TIP5p and existing CHARMM TIP[34]p

Spelling fix

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Fixed a deadlock while closing files.

added SSE overflow check for TPI

the force tables are now continued linearly from nearly 0 to 0 to treat completely overlapping atoms in energy minimization or TPI

Fixed segv in trajana due to wrong cell index calculation.

added gmx_membed.c to CMakeLists.txt for mdrun