remove most debug flags from gmxpreprocess

To make pdb2gmx more readable as part of #2566 I
removed the debug info. I went ahead and removed
most debug info from other gmxpreprocess tools as
well.

Change-Id: I88919d1f166d7f44508b4fcfae156ffa051b4d70

Remove hardcoded warp_size == 32 assumption from PME GPU

The PME OpenCL host code now queries the warp_size aka max
execution width from the device. The CUDA/unit test handling
of constants/defines is adjusted. With this, only the PME
device-side code should be relying on warp_size define
(which will be passed to the compiler in the OpenCL
implementation).

Change-Id: Ic2d1512e04d36861590b13e02b5bd7a87240f9e2

Disable FPEs at end of runner

In mdrun unit tests the exceptions enabled for one test were
still active in the next. This caused issues with group
kernel which is known to throw FPEs.

Related #2404

Change-Id: Ie347a29f25ed16836a3164b61c9fca87ca66fc44

Change manual section on restarts w/o checkpoint

As pointed out by Eric, the section on restarting simulations without
a checkpoint file has been wrong/misleading as the feature mentioned
there is no longer available. Changed the section to point this out.

Fixes #2559

Change-Id: I9e14e707e08b9fbcb18a868a80f333b065c34393

Apply local atom sets in pull code

Reduces the dependency of the domain decomposition code on the pull
code.

The local cylinder group now contains all local atom of the group,
no longer only the atoms within the cylinder radius.

Converted pull_group_work_t to C++ since LocalAtomSet requires this.

Change-Id: Ia022f8cea9970dc973d8869a4ca96644a266003b

Update clang static analyzer to version 6

Corrected the comment about how prepare to run such a job.

Fixed check_cons. With econqVeloc, different quantities get passed
into x, and nullptr into v, so the diagnostic output was always wrong
if the run found issues while doing velocity constraining.

Simplified the implementation of SIMD setZero() proxy object.

Added lots of const and some assertions for DD communication code.

Also fixed some complaints from MSVC about bool

Change-Id: Idb741480544189b68db78be57167e3f4ce577bd7

change gmx_bool to bool in gmxpreprocess

This change only replaces gmx_bool with bool in files
the gmxpreprocess dir. This is only refactoring.

Change-Id: If98d69cb11f7560e036b8bb52d1d069dac624bb0

Local atom set handling during simulations.

Initializes and updates local atom sets in the do_md loop.

An instance of local atom sets manager is set up in do_md. Domain
decomposition triggers update to local atom indices.

Change-Id: I361ce33220c423cbce2e6af617dbc5164291ce0a

Fix Windows+Intel

Introduced by 95466e9d55b23

Change-Id: I275ab4e0ceb04ec03dc5d48067842540aa509621

Add LocalAtomSet for handling atom indices.

Moves reading and updating indices for a set of atoms to a single place.
Pulling, IMD, rotation enforcement, essential dynamics etc. all use
their own methods triggered in domain
decompostion to handle atom indices in parallel simulations.
This class works towards removing the exposed hooks to all these modules
in domain decomposition.

Part of casting groupcoord routines to c++.

External potentials will use LocalAtomSet to access atom subsets to make
handling of atom indices not the task of individual
external potentials, but of an parallel-Atom API instead.

Related to #1972.

Change-Id: I69460963927249c7d713e76f166e6c87122c68de

Updated infrastructure for comparing mdrun output in Google Tests

Made some GoogleMock matchers so its easy to check containers of reals
and rvecs.

Implemented better infrastructure for reading and comparing energies
and trajectories. In particular, the functionality for reading frames
and comparing them is now separated.

Added a new templated helper function for comparing either
energies or trajectories between pairs of frames that should match.

Removed use of std::pair, which didn't really help anything.

Reordered names of files in CMakeLists.txt, per intention to have
things alphabetical.

Added unordered_map to the set of C++ headers that the checker
understands, now that we use it.

Change-Id: If8d0bf076c07e7326473e613a83b46a6794f8505

Warn for type mismatch for gmx printf like functions 1/3

Automatic fixes with clang fix-it

Related #2570

Change-Id: Id565d2705c673d1e45318bb8bf1091c165a724de

Replacement for pdb2gmx tests

This test directly asserts upon the .top and .gro files that are
written out, using fragments of the
regressiontests/complex/aminoacids/conf.gro because these cover all
basic amino acid types. It also adds testing for hydrogen vsites for
amber and charmm.

We now omit doing an energy minimization after the string checks,
which was always a doubtful way to test pdb2gmx. These tests are still
too slow to run with other pre- and post-submit testing, so a new
CTest category has been made for them, and that category is excluded
from Jenkins builds by default. Developers will still run these by
default with "make check" or "ctest" but that should be fast enough on
a workstation. Later we can probably refactor them to use in-memory
buffers and be fast enough to put with the other tests.

Modified pdb2gmx to avoid writing fractional charges for every atom in
the [atoms] output, which isn't very useful for users and makes
writing tests more difficult.

Fixed unstable sorting of dihedrals whose parameters are strings that
identify macros.

Added new capability for refdata tests to filter out lines that vary
at run time by supplying a regex that matches the lines to skip.
That's not ideal, but useful for now. Better would be to refactor
tools so that e.g. header output can go to a different stream, but
first we should have basic tests in place.

Added tests for Regex. Fixed minor bug in c++ stdlib regex
implementation of Regex. Noted the remaining reason why we have
Regex supported by two different implementations.

Minor updates to use compat::make_unique

Extended functionality of CommandLine for convenient use.

Refs #1587, #2566

Change-Id: I6a4aeb1a4c460621ca89a0dc6177567fa09d9200

Enable debug FP exceptions without TPI, not with TPI

This is a second attempt at debugging FP exceptions. It reverts the
revert ab4d87ef1b255504d23b619e57d2e98374ba2b3e.

Remove work-around in tpitest.

Fixes #2404

Change-Id: Ib2f8b2e68eef31eeeaefc4c69cee5edf76e7508c

MSVC: enable code analysis

Change-Id: Iff67fd7640e9a4498525a72bb178b98335e43469

Fix clang-tidy cmake messages

Fixes #2571

Change-Id: Ibae0b68e30fdcdc5f57cb6ff7c5b78a44df3fb01

Fix attribute usage

Undo ddc2297bba8 changes to cmake/gmxCFlags.cmake. [[fallthrough]]
has been removed. So this isn't needed anymore.

Remove gmx_noreturn and always use [[noreturn]].

Change-Id: I74d87c17ccc4cca445f9133c8f05ed877cf43d8a

Temporary disable armhpc-18.2

Required to fix post-submit matrix
bs_overdrive_1000 is offline and no ETA

Change-Id: I201fd0514160cdfb7326760c708fb68db57fb49d

Require ICC 17.0.1

Also fix minor post-submit issue

Change-Id: Ia97cc66ea12a920f0b4002f309bd0b039bb7a9d2

Bump minimum MSVC version to 2017

On this platform, we should generally support only the latest version
of the various tools. It is not widely used by GROMACS users, and
fairly easy for them to install a new or upgraded version, so we
should generally prefer that GROMACS developers are less
inconvenienced in Jenkins by ongoing issues in the quality and
completeness of the implementation of MSVC.

MSVC support for attributes requires compilation in C++17 mode.
That's probably related to the way C++17 requires that unknown
attributes do not cause compilation to fail.

Change-Id: Icca6f537374fd88888a86152388f574ef14912ed

clang: undefined-reinterpret-cast, comma, extra-semi

Change-Id: I8581f68ea62f34818c856e9ff2809f087e352dec

Fix custom build types with cmake 3.11

Since cmake 3.11 setting CMAKE_CXX_FLAGS_{CMAKE_BUILD_TYPE}
without FORCE doesn't work anymore.

Change-Id: Ic97a8dcca11b4d5950b827259de562c97fea2a6c

Clang warnings

-Wno-switch-enum
-Wno-shadow-field-in-constructor
-Wno-unreachable-code-break
-Wno-missing-variable-declarations
-Wno-float-conversion
-Wno-shorten-64-to-32

Change-Id: I6b4ed48535b39d0e8a00b2f8f1ef57512be27641

Split TopologyInformation into its own header

This will help provide a useful upgrade path for tools to get away
from t_topology, and eventually into the new framework.

Introduced a builder function to fill TopologyInformation from a tpr
file, which will be needed shortly for porting old tools.

Refs #1862

Change-Id: If2594cdcd3f9817ff83e7fb73208cdb5c497bb1a

Add infrastructure for tools cleanup

Copy and move construction and assignment are useful to have in RVec,
plus tests. These make sense to have in a simple value type, and the
default implementations are appropriate.

Note that plans to replace t_topology reading in legacy analysis tools
in favour of the approach currently in the new analysis suite will
mean we need to use more RVec and less rvec in those legacy
tools. This change prepares for that.

Fixed a comment.

Refs #1862

Change-Id: I7d0b9bbad9dc61299f6b85a3597082c4867c0202

Clang warnings: unreachable

Fixing:
-Wno-unreachable-code
-Wno-unreachable-code-return

Also disabling:
-Wno-missing-field-initializers (set by gmxCFlags)
-Wno-sign-conversion (was warning free)

Change-Id: I2c46ffbf08048b17f065647b4d3a84addbfaff4c

Clarify the implementation of selection -ofpdb output

This prepares for future clean up to remove t_topology. That the
information in the t_pdbinfo is intended to be associated with the
t_atoms is now a bit clearer.

Refs #1862

Change-Id: I07a9796debe25f5023c229b29f0802f9e3c77065

Use fewer gcc-4.8 configurations

This will let us explore having fewer builds where all warnings are
enabled

Change-Id: I44728c16d951397a09896adce4ec5222ede0da65

Fix warnings in internal xdr code

This isn't tested much in Jenkins.

Change-Id: If54f93a9790532b86d3433511c976e4456f30c7b

Merge "Merge release-2018 into master"

Fix AVX_512_KNL

Was broken by b4e3932e: "AVX512: copysign"

Change-Id: I617bc323a1035433251dc827e044484e3f3d3db5

Fix compiler warnings in OCL

Change-Id: I4d5d0fac37a09bd1e74db946db54c17526414a24

Merge release-2018 into master

Changes to fix errors:
gmx_editconf.cpp: clang-tidy fix-it
mdlib/constr.cpp: -> to .

Trivial conflicts:
cmake/gmxVersionInfo.cmake
docs/CMakeLists.txt
src/external/build-fftw/CMakeLists.txt
src/gromacs/awh/read-params.cpp
src/gromacs/commandline/cmdlineprogramcontext.cpp
src/gromacs/gpu_utils/ocl_compiler.cpp

Change-Id: I1776d8c9a766e46f7212cb0ca3bb3ecb0f312fa5

Enable more warnings for Clang 6

Many useful clang warnings are not enabled with -Wall -Wextra.
Enable all with -Weverything and document which are disabled
for what reason. Only do this for the most recent released
version to avoid having false postives from multiple
versions.

Fix the 9 of the least common issued warnings:
class-varargs range-loop-analysis
unused-template implicit-fallthrough non-virtual-dtor
zero-as-null-pointer-constant
header-hygiene unused-member-function missing-noreturn

Change-Id: I70df6553aa715cbd99963dd66d4b4bbd55ffc64d

Fix ManageLmfit

HAVE_LMFIT was set as cache variable without force. This caused it not
to be set properly after changing GMX_USE_LMFIT. Setting it with force
would make it useless to be in the cache. Thus caching is removed.

Change-Id: I7ed093c638c12a3cfb4982ee1a240645e234ba48

Fix post-submit issues

domdec/domdec.cpp + mdtypes/state.*:
Fix signed/unsigned issues

gmxana/gmx_trjcat.cpp:
GCC 4.8 false postive maybe-uninitialized warning

utility/gmxassert.h:
Fix that usage of _MSC_VER

Change-Id: I87250505899e8d62a468069fe349159645c6c55f

Fix clang CUDA build

Not sure what the real problem is, but this cmake code can't
crash when LIBGROMACS_SOURCES happens to be empty.

Change-Id: I27c6c3c5e0a061482b456bd3c04908e918d6de9f

Change ArrayRef::size_type to signed

Follows gsl:span and std::span design, and Google and
Core guidelines.

Related #2010

Change-Id: Ia7b977d0d1a14b5a81f7a6390a9dc4fc24bfa1ce

Convert gmx_hash_t to C++

Change-Id: Id8cfb2907eb40a9ede6b744c875d01fb34cb993f

clang-tidy: misc-misplaced-widening-cast

Adds gmx::index to be used as type for index calculations and
comparisons.

given:
int a,b;
size_t c;
static_cast<size_t>(a+b) < c

clang-tidy warns because the static_cast does two things:
- it widens the sum from 32 bit to 64 bit
- it sign casts from signed to unsigned

If the widening is actually required (because while a and b
fit into 32 bit the sum is bigger), then this gives the
wrong result. Thus the terms should be widened prior to summing.
But this gives the wrong result if either of them is negative,
unless the terms are first widened to signed 64 bit and the sum
is then sign converted.

Additionally sign converting the signed to unsigned is unsafe
because it gives the wrong result if it negative. Converting
the unsigned is safe for 64 bit up to 2^63 which is safe to assume
won't be reached.

For all cases clang-tidy complained about (widening after sum), the
sign conversion is changed from signed->unsigned to unsigned->
signed. Introduced gmx::index to have a type for this purpose.

None of the potential bug highlighted by clang-tidy are fixed by
this change. Instead it assumes that in all cases here the intention
was just the signed conversion and no widening prior to summing
is required.

Related #2010

Change-Id: I9251196bf6ed744317868ce9bfc34876e5cfd43b

clang-tidy: misc-misplaced-const

Manual fixes

Change-Id: If4174e56c6974c0188af2f1da496f9aa719b23a3

clang-tidy: more misc+readability

Auto fixes:
misc-macro-parentheses
readability-named-parameter

Enabled with few violations disabled by configuration:
misc-throw-by-value-catch-by-reference
readability-function-size

Set clang-tidy checks as list to allow comments.

Refactored the operator <<< used by GMX_THROW to take the exception by
value and return a copy, which is easier for tools to see is a proper
throw-by-value (of a temporary).  Performance on the throwing path is
not important, but is anyway not affected because the inlining of the
operator allows the compiler to elide multiple copies. This also
avoids casting away the constness.

Change-Id: I85c3e3c8a494119ef906c0492680c0d0b177a38d

Localize variables in dd_redistribute_cg()

Change-Id: Ie3cc99917e73bca7786e5ac39423826839c95441

Convert DD DLB cell size handling to C++

Convert structs of arrays to an array of structs.
Clarify variable names.
This change is only refactoring.

Change-Id: I215d1b47b7d1429db390a79ba52d3918c0e2ad37

Remove some pieces from forcerec.h

This makes it less of a global compilation dependency. Some new
includes required because contents were no longer available via
transitive inclusion. Used more forward declarations to avoid
such transitive inclusion.

Removed some C++ guards too now that some more pieces are no longer
compiled by most/all of the group scheme kernels.

Change-Id: I56a1bb290da639500dbc8c8baa04c1f32758713c

Fix recent bug with 2D/3D DLB

Recent commit 6399cf0a broke DD in 2D and 3D with DLB.

Change-Id: Idbd1e3e7cd327bddc54e1ab6d5d184c553e80f6e

Enable clang-tidy NullDereference

Change-Id: Ifaa59cd72723e61a989f1bf68ad014e90f8ff693

clang-tidy: readability-non-const-parameter (2/2)

Automatic fix-it

Change-Id: I574696fc8595855438802af81112e04b3312b8c2

Removed smalloc.h from many DD files

Many files in the domdec module included smalloc.h unnecessarily.
Replaced use of two pointers by std::vector in domdec_setup.cpp.

Change-Id: Ib2644330113660fedd53af9e6f87454224ec6fc5

clang-tidy: misc-string-compare+perf-value-param

misc-suspicious-string-compare
performance-unnecessary-value-param

Change-Id: Ia9b038206e21ca324cd314385c9a6ca4509473d3

clang-tidy: readability-non-const-parameter (1/2)

Manual part of readability-non-const-parameter.
Auto fix-it works outside of:
 - function pointers
 - passing pointer to constructor for storage
 - non-const usage inside #if

Those are fixed/ignored here. Auto patch is next.

Change-Id: I996367d9710a764db53f84e6601935afb7415544

Convert gmx_domdec_constraints_t to C++

All buffers are now std::vector.
TODO: Get rid of the plain pointer for ga2la.

Change-Id: Ie70c8b0439cdcd4d5897d7aed2c7ff241e856a63

Convert gmx_domdec_specat_comm_t to C++

All buffers in gmx_domdec_specat_comm_t now use std::vector.
Moved the requested atom index buffers into the vsite and
constraint data structures.

Change-Id: I46fac1bac3679126e578cd1a6f677e716cf23796

Initialize DD DLB variable

Recent commit haveTurnedOffDlb caused dd->comm->haveTurnedOffDlb
to be used unitialized.

Change-Id: I5fc412a4ae03654d95b3ce950795ad01d37805c8

New quote from a referee

Change-Id: I527fede219fd6890b7d5a543e968d9213c3f40e2

clang-tidy: misc-suspicious-missing-comma

Fixes bug in src/gromacs/fileio/checkpoint.cpp
Manual changes (check has to auto-fix)

Change-Id: I0d9d26c115a240133e680c4cb3433780a3b398e3

clang-tidy: add modernize nullptr & emplace

Move selection/scanner.cpp and parser.cpp into
libgromacs_generated to exclude it from clang-tidy.

All files had been automatically fixed previously.
Changes are new occurrences of old pattern.

Change-Id: I46df2622b555af83e03cc79077d3510168ffc6d4

New quote from ISC2018

Change-Id: I931d05b9f0470c39e8acf1ab1c1dd9b15cf7fb4b

clang-tidy: readibility redundant

readability-redundant-control-flow (return at end of void fn)
readability-static-definition-in-anonymous-namespace
readability-redundant-member-init

All three remove redundant information.

Manual changes in:
src/gromacs/utility/alignedallocator.cpp (no auto fix)
src/gromacs/utility/futil.cpp (incorrect auto fix)

Change-Id: I807815f2e985f6ff612cdc96f6585ff524da4e54

clang-tidy: misleading-indentation+noexcept-move

manual fixes (check without auto fix) for
readability-misleading-indentation
performance-noexcept-move-constructor

Change-Id: I5c004c623b03a4a9e907ba0b340a3a721f511dd3

clang-tidy: Enable bugprone-integer-division

- Using int{} constructor syntax for intentional
int division with truncation in fp context.
- Adds new exactDiv which does integer division
and asserts that division is without remainder.
- Converts remaining divsion to fp division.

Also make GMX_ASSERT work in constexpr fn.
Convert over_alloc_* from macro to function.

Change-Id: Ieaeedd4558865a9dd541d24cf246f5c5733e87a1

Add clang-tidy to pre-submit

Also use clang 6 and cmake 3.11.4

Change-Id: I40aed48b12c17d485a965dfd254547cd8a817c84

Rename atomGroups in gmx_domdec_t to atomGrouping

This is to avoid a name conflict with the atom group indices
(which index into atomGrouping).

Change-Id: Ieebb47e86ff6d84a79ff58cbb68f42b109e4658b

Clean up dd_move_cellx()

Change-Id: Iaad99796610a3fea9d6c1b8c1224f3faf867e64f
Note: only used with the group cut-off scheme.

Convert gmx_domdec_sort_t to C++

All pointers have been replaced by std::vector.
Elements are now appended with push_back() where there is little
effect on performance; otherwise resize() and direct elemnt access
is used and a note is added to the documentation.

Change-Id: Id1e1662c629b0e90c5cfeead69a0945d3069af97

Change BlockRanges to class RangePartitioning

Now RangePartitioning is a proper class, apart from the temporary
method that allows direct access to the (private) index.
Range based for loops are now used where possible.
Also simplified some use of this in DD distribute.

Change-Id: Ic7b1895024a74a79a4838253545329bd4c8f27c0

clang-tidy: 4 readability checks

readability-redundant-smartptr-get
readability-redundant-string-cstr
readability-simplify-boolean-expr
readability-container-size-empty

Change in src/gromacs/utility/exceptions.cpp manual.

Change-Id: I25580faa80f2d5b81a1e754ae7486e954b490dc8

clang-tidy: performance-type-promotion-in-math-fn

Change-Id: I7cca74e0c280c564f7a71cc1a68a5402172eefd1

Clang-tidy: enable further tests

Those out of misc, performance, readiability, mpi with managable
number of required fixes.

Remaining checks:
      4 readability-redundant-smartptr-get
      4 readability-redundant-string-cstr
      4 readability-simplify-boolean-expr
      5 misc-misplaced-widening-cast
      5 readability-named-parameter
      6 performance-noexcept-move-constructor
      8 readability-misleading-indentation
     10 readability-container-size-empty
     13 misc-suspicious-string-compare
     13 readability-redundant-control-flow
     17 performance-unnecessary-value-param
     17 readability-static-definition-in-anonymous-namespace
     18 misc-suspicious-missing-comma
     20 readability-redundant-member-init
     40 misc-misplaced-const
     75 performance-type-promotion-in-math-fn
     88 misc-incorrect-roundings
    105 misc-macro-parentheses
    151 readability-function-size
    201 readability-else-after-return
    202 readability-inconsistent-declaration-parameter-name
    316 misc-throw-by-value-catch-by-reference
    383 readability-non-const-parameter
  10284 readability-implicit-bool-conversion

Change-Id: I5b35ce33e723349fa583f527fec55bbf29a57508

Fix bug with 2D/3D triclinic DD

Recent commit 68ec0470 introduced a bug with detecting triclinic
dimensions during communication setup for 2D and 3D decomposition.

Change-Id: I345fd5f4387d3dc81b96ce14af185c02194b7087

Base vacuum DD on atom coordinates

The domain decomposition partitioning for vacuum system was based
on the distribution of centers of geometry of charge groups.
But there is no reason not to use the atom positions, which results
in a better distribution and simpler code.
Also replaced several rvec pointers by arrayrefs.

Change-Id: I49b9b97f5f7beed838f9cf10382e17f7bde69906

Add consistency check to DDAtomRanges

Change-Id: Iee153a6268258f32fc1724376188fae35187f345

Partial conversion of gmx_domdec_comm_t to C++

Replaced generic communication buffers by proper classes.
Raplaced some other buffer by std::vector.
Now gmx_domdec_comm_t is allocated with new.

Also removed the halo pulse print to stderr.

Change-Id: I2e0be6cc6776026dcd5d64d042175e8473d8258a

Template and overload dd_sendrecv functions

All dd_sendrecv functions were identical, except for the data types.
Now there is a single template function that is called by all other
functions.
Also added overload versions using gmx::ArrayRef, not used yet.

Noted the deprecated status of the non-ArrayRef template functions.

Change-Id: Ibfbb8aa35340d5fed8120c62be5c164c84076657

Correct DD zone size loop bound

The loop that set the size of the non-home zones in set_zones_size()
looped beyond the value of zone_end passed to the function.
When called for updating for the home zone (zone_end=1), the range
of values the maximum was taken over contained outdated values.
Because the data is initialized by snew, the result was correct
at the first call. At subsequent calls the zones would have the size
set to maximum of the old and new size instead of only the new one.
This only caused zones to be slightly larger, which did not affect
correctness and only had a minor effect on performance.

Change-Id: I3372022a08b865ed863449606ca2344d199a4fc8

Move vectype_ops.clh into gpu_utils

OpenCL compilation now uses gpu_utils as an include directory in source.
All the OpenCL sources are still installed into one directory.

Change-Id: Ib8f4b441867b685d774202319a7d54fd085d1a9b

Move the PME GPU kernel launch functions into pme-gpu-internal.cpp

Change-Id: Iafd464a94aa12eb9c9743e3c3fae307208f2a3dd

Test both internal and external clFFT build in Jenkins

Chose to test external linking of clFFT in pre-submit because that
compiles several minutes faster. Chose to test internal linking in
post-submit because rapid throughput is less important there.

The clfft label is used to understand that external linking of clFFT
is required for this configuration, much like the fftw, fftpack and
mkl labels, however there is no need to explicitly tie the clfft label
to the gpu or opencl ones.

Refs #2500

Change-Id: I455f7f7713310153f2fdbf5197bb32660332649c

Fix unused variable warnings

The default switch case could otherwise warn that plan was used
uninitialized, etc.

Change-Id: If0b4bd8e09280f1192f2aae511a07e4e078e1553

Allow GMX_OCL_DEBUG for any vendor

Change-Id: Iefcce1a2881a5c979c2114a159799c08c779974e

clang-tidy: Enable most bugprone checks

Change-Id: I63f3cdd76e1d4a5141cca62b8ed03e36251a68b4

Allow to enable clang-tidy with GMX_CLANG_TIDY

Fix all warnings with clang-tidy 6 without OpenMP.
OpenMP+clang-tidy has issue: #37442

Change-Id: I2380f63ba1d7541cf230fb99d53e42f7f515986a

Update energy and trajectory frame types

Introduced new classes that may eventually replace t_enxframe and
t_trxframe. Currently only used in tests that compare mdrun results.

Consolidated energy.h with the new energyframe.h

Change-Id: Ia49ece9ff99d8604112f8e3e0807fc9bede5fe8d

Updated to prepare for 2018.3 release

Change-Id: I0c33fcbdfcc0010b5a13cbbc5503c6a95df751dc

Version 2018.2

Updated release notes for some commits that were missing them.

Change-Id: Id9eca559faa981fb762699a34336b6b3d0f58399

Changed documentation on common errors during minimization

Fixed title of non-converged minimization in common errors to reflect actual error

Added section on non-finite forces to match the new minimization error message added in
changeset I7428fe4e54304b6cd2a9843445fb3c3d2ab7bc9b

Change-Id: I61e8b7e5493b3ca925e92bdb54a62769901ec7e5

Minimization now detects infinite forces

With non-finite forces, energy minimization now prints a non-converged
message mentioning non-finite forces instead of the machine precision
message.

Change-Id: I7428fe4e54304b6cd2a9843445fb3c3d2ab7bc9b

Ensure PME with OpenCL does not attempt to pin

Host-only memory pinning was designed with CUDA in mind, while OpenCL
requires managing both host and device memory buffer for efficient
mapping, which is not yet implemented.

This change teaches the PME module to understand what pinning policy
is appropriate to the build configuration, so that the setup of data
structures in various parts of the code can use a pinning policy that
always works.

Refs #2498

Change-Id: I2a294aee460947cd3aad5e23869cead1b99fd610

Introduced DDAtomRanges class

Replaces manually managed atom range data.
A consistency check for range setting order will be added later.

Change-Id: I1cc502ff3a1e596ac676b376b30f46ba485eda17

Call Constraints::setConstraints with other setup code

Refs #2423

Change-Id: Iebee644a133f60778fea9b8030b7b7bf9656ba82

Remove LINCS prints to log file

LINCS printed RMS and max constraint deviations before and after
constraining to the log file. Since this information is not useful
for the user and it is rank-local, is it now printed to debug instead.
Note that these prints appeared after refactoring, since before null
as passed as fplog.

Also removed LINCS warning prints to the log file, since they are
rank local, so only warnings on the master rank would show up.
Now warnings are only issued to stderr.

Change-Id: Ia60446ef0c21105c9687f31329ec6d4d17e8d838

Fix premature reporting of action when GPUs are not detected

The decision about what to do when GPUs could not be detected is a
responsbility taken at a higher level, so the detection handling code
should just report the facts.

Clarified some of the intended usage in the documentation

Fixes #2374

Change-Id: I63b569e053dd88d66351640019efc758e91bbdff

Use initializer lists for Lincs and Task

This permits us to have some constructors that work the same way that
snew used to do (ie. calloc), so that future cleanup can use more
vectors, etc.

Also made a destructor of Constraints::Impl so the Lincs object gets
freed.

Refs #2423

Change-Id: Ie4a2001556d04f620a9d5241a9e1da9024cb9ce1

Use more containers and views for constraints code

Lifetime and usage is clearer if we don't use raw pointers.

Refs #2423

Change-Id: I7d76e30acfd209baf2256efbd3c40290ed38caab

Partial conversion of gmx_domdec_t to C++

Most of the simple buffers in gmx_domdec_t now use std::vector.
Changed AtomDistribution to use std::unique_ptr.
Now new is used for gmx_domdec_t with some default zero values.

Renamed charge groups to atom groups for all modified code
in preparation for the introduction of update groups.

Change-Id: Ie54b2e6fc354cd2fbc874023922369261b3cd092

Update top-level README

Included most recent core GROMACS publication

Change-Id: If389c72902831598b7cf0263a7b74e40c8d21f86

Fixed documentation typo

This version is true to the original text.

Refs #2359

Change-Id: I3c2ab7a30109a397999883d5147346f1244a77f0

Bump lmfit support to version 7

The breaking API change means that distributions will not be able to
build GROMACS reliably with support for lmfit of arbitrary versions.
Nor does lmfit provide any support for querying the version.

Updated the FindLmfit and other cmake code to make better use of
modern cmake idioms for managing build targets. lmfit support is now
handled by a tri-state GMX_USE_LMFIT cmake variable, which defaults to
using the bundled version. When building without lmfit support, tools
that call such fitting will now issue a fatal error.

Reorganized aspects of gmx_lmcurve to better encapsulate the
dependency, now that we have to support the absence of lmfit.

Updated install guide and COPYING file.

Refs #2533

Change-Id: I6b14e08be216f803326b0ad9215b8d89bb0962c1

Add AWH continuation consistency checking

AWH now checks at checkpoint continuation that the number of
visits/samples matches the update count. This catches unallowed
changes of AWH parameters or the number of walkers.

Change-Id: I3e3325327552f1f6c2f25c61ff8991c06c6fc36a

More fixes to suit gcc 8 for double build

gcc 7 supports the same syntax, but only gcc 8 requires it.

xl code path untested, because we have no access to a working compiler

Fixes #2421

Change-Id: I8f89af4b066be68e07a286a9fa45b8ded3c925f3