Enable the Reference platform for OpenMM.

Additional fixes to the nsttcouple and nstpcouple working correctly for trotter decompositions.

Additional changes for setting nsttcouple

Fix for readir.c so that nstpcouple and nsttcouple are the same when using MTTK for pressure.

Fixed bug with md-vv and with v-rescale

Proposed fix for v-rescale and berendsen for velocity verlet by rescaling at the time of coupling.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Updated GB SSE2 kernels, testing in progress now...

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

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Modified atom order in Amber nucleotide improper torsions to match amber 10

Modified improper torsion atom order in Amber TRP residues to conform to original amber10

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Fixed the execution order in OpenMM so that the generated trajectory frames correspond to the CPU ones.

Cmake tests for SIGUSR1

Preserve the .pl extentions to scripts.

cmake: do not suffix scripts

cmake: add so version to libs

cmake: make demux.pl and xplor2gmx.pl being installed with the right permissions

port lib suffixes to cmake

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Fix to write GB and surface energy to separate terms, rather than putting everything in GB12

reduced the warning limit for Berendsen T-coupling tau_t/dt to 5 steps

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Changed the way energy conservation bookeeping is done.

removed the bNEMD boolean from the main MD loop and stored it in gmx_ekindata_t

added some comment to group grompp assignment options

added group comparison to gmxcheck and print groups names in gmxdump

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Enabled double precision all-vs-all kernels. Tested and appears to work for normal interactions, GB testing in progress.

fixed possible pathe string buffer overflow in get_libdir

Fixed simple typo in last commit

Fixed previous nasm-segv bug for intel-syntax SSE in the double precision SSE2 kernels too

Fixed 64-bit bug in SSE assembly (only visible with nasm)

Worked around an internal compiler error for MSVC when double was used with SSE2

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Deprecated -ins option to g_hbond since nobody seems to support it.

Fixed thread_mpi inline assembly issue and non-optimized compiles.

fsync fix for FAH core.

Copied all-vs-all change from x86-64 to ia32 kernels too

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Fixed potential error in coulomb energy, and maybe segfaults for small molecules in all-vs-all kernels

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store custom GMX defines in pkgconfig files for cmake

fixed some out of srcdir build issue with cmake and GMXRC

store custom GMX defines in pkgconfig files for autotools

split libs in Template.mak

make cmake install a CMakeLists.txt for the template program

added function rescale_velocities

Use always DIR_SEPARATOR

Fix two Windows futil bugs:
1) Fexist for Directories
2) is_absolute with drive letter

fixed spelling mistake introduced by 303d4543

Removed the nb_kernel4xx_intel_syntax.c entries from the makefiles.

Added support for improper dihedrals needed for CHARMM in OpenMM

gmx_rmpbc now guesses ePBC again for each frame

gmx_rmpbc gets natoms passed again, without natoms many tool could not parse trajectories of a part of the system. And added gmx_rmpbc_trxfr

put omp pragma's in fft5d.c between ifdef's

Fixed xdr3dfcoord thread safety issues.

Moved the OS-dependent part of gmx_fio_fsync() to futil.c

added openmp pragma's for the fft5d transpose routines

fixed mdrun writes tpidist.xvg on all nodes

fixed segv in mdrun with replica exchange

fixed fatal error in mdrun file appending with -multi or -seppot

Fixed an issue with gmx_copy_file that would allow copies of empty files.

Cosmetic fixes for selection parsing.

The selection parser should now always replace any amount of whitespace
and line continuation with a single space in the pretty-printed
selection string.  Also updated the parser generation script such that
it can be run from the root of the source tree.

Trying to get vscale working with vv.

Fixed CMake build with CMake 2.6.2.

Apparently, older versions of CMake do not support parentheses inside if
expressions.  They were only used in cmake/gmxCFlags.cmake for clarity,
so I removed them.

gmxcheck now prints rmsd's as %g iso %f

moved full precision real format definition to simple.h

fixed apme bug that caused slightly incorrect results when the grid was not divisible by the number of pme nodes in x or y

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Added double precision SSE2 generalized born kernels. Note that these now _compile_, but they are not yet tested for accuracy (coming next week)

reverted the last, non-cosmetic change to pme.c

minor cosmetic changes in pme.c

OpenMM: added support for AmberFF proper/improper torsion potentials.

made the pdb2gmx occupancy warning more obvious

fixed incorrect pdb2gmx output with multiple (altloc) atom entries in specbonds

Added ia32 all-vs-all kernels

Updated autoconf to work with renamed SSE2 x86-64 asm test file name too

Renamed SSE2 x86-64 asm test file to be consistent with other archs

Fixed typo to detect both x86_64->i386 and i386->x86_64 OS X architecture changes in cmake

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Fixed a naming error introduced yesterday in 32bit SSE GB kernel 430

Fixed compiler errors for MSVC inline intrinsics and added a test to detect incorrect CMake OS X configurations.

Fixed checkpoint problem in 32 bits. We should always check for SIZEOF_GMX_OFF_T, since the implementation _might_ use long int instead of off_t on some hosts.

Fixed a reverted version string in configure.ac

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Warnings about using broken MPI implementations.

The build system doesn't actually check for the MPI version, it just prints a warning.
Proper checks should be implemented though.

Updated the CMake scripts for finding CUDA, LibXml2 and MPI with the latest 2.8.2 modules.

Removed extra TER records after chains we think are polymers - this easily
leads to cluttered PDB files for selections.

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Fixed SSE kernels in double precision for Cmake, working in windows+osx, and fixed MSVC SSE intrinsics problems

C++ type fixes in thread_mpi atomics.

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Cmake and Nasm support for windows

removed -merge from the pdb2gmx manual and clarified the new -chainsep option

Fixed broken linking with single precision fftw3 in CMake.

Even when the single precision libraries were found, CMake would
try to link against double precision ones.

Cmake now honors CFLAGS/CXXFLAGS as much as it can.

Added a new file INSTALL.cmake  with installation instructions for using CMake.

The old INSTALL was renamed INSTALL.automake

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