Enforced rotation: fix compiler warning

Merge branch 'release-4-5-patches'

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed int overflow happening in genion when number of water molecules is large

Merge branch 'release-4-5-patches'

Fixed a rare bug in selection position handling.

If the "whole" prefix was used on a position calculation that applied to
a static selection (e.g., "whole_res_com of name CA CB"), the block data
for the output positions was incorrect.

Added selection unit tests for most keywords.

Now all single keywords are either tested or mentioned in a todo comment
in the test source file.  The ones that are not would mostly require
different kinds of input files (pdb and/or tpr) with all kinds of fancy
features.

One of the tests fails, but will fix the bug in a separate commit.

IssueID #651

Add -tu option to g_hbond.

IssueID #580

Clarified source of g_rmsf reference frame

Small fix to improve xpm2ps output

Added workaround for F_GB13 duplicates

Under some conditions, identical reference bond lengths could lead to
different computed 1-3 lengths (using icc 11 and double precision, at
least). These then failed the memcmp() test that removes duplicate
parameter lists, which led to near-duplicates in the
function-parameters lists. In theory, we shouldn't test for
floating-point equality with memcmp(), but in theory the test should
work, too!

Instead of memcmp(), for F_GB13 only, tests with
gmx_within_tol(a,b,1e-6) are now used. That should be an acceptable
compromise between expected function, numerical accuracy and grompp
execution time.

IssueID #699

Fixed erroneous floating-point comparison

IssueID #699

Added note about doing repeat invocations of genbox

fixed buggy detection of hostname and time of build in CMake

unite GMXRC.zsh with GMXRC.bash

IssueID #698

Removed ancient CVS  tag lines

Used some spacing to make code readable

Used symbolic constant more consistently

Made the "multiple settles" fatal error more helpful

The error message now explains the origin of the issue, hints at a
common reason for erroneously provoking this error, and still
provides the previously-given tip for resolving the issue for users
who really need two molecule blocks of constrained solvent.

Fixed a bug in g_energy -odh

Can now succesfully extract dhdl values with g_energy when
delta_lambda>0

Simpler memory semantics for analysis runner.

The trajectory analysis runner no longer takes ownership of the analysis
module, making the interface a bit cleaner (memory is now freed in the
same layer that allocates it).

Converted rest of selection unit tests.

Now all existing unit tests use the new reference data framework.
Added support for using variables in the selections to be tested.

IssueID #651

Added selection unit tests using new framework.

Added unit tests (or converted old ones) for simple selection keywords
using the new reference data framework.  This didn't yet increase the
coverage significantly, but new tests should now be easy to add: one
just has to add a test with the selections to be tested (and possibly
prepare input topology/coordinate files, at least a PDB file would be
needed for some keywords), run that test to create the reference data,
and check that the reference data is correct.

IssueID #651

Added test framework for reference runs.

The framework allows one to write a test such that it can be invoked to
produce its own reference data that subsequent runs are compared
against.

Functionality in preparation of IssueID #651.

Added functions for path and dir manipulation.

These functions should hide OS-specific functionality behind a common
interface.  Tried to implement them using only POSIX functions, so
hopefully they'll work at least on Linux (tested on OS X).  Should add
separate implementations for Windows.

Low-level functionality in preparation for IssueID #651.

using set_mm_ps to make pgi happy

Asked about this commit 10Apr2010 and got no answer. Committing it now so that it deosn't get lost
Should have no effect on gcc and fixes it for PGI

Merge branch 'release-4-5-patches'

Fixed a typo.

Fixed minor issue with replica exchange

If the user chose mdrun -replex that was not a multiple of
nstcalcenergy, then replica exchange could occur when energies were
not current. Fixed by requiring repl_ex_nst to be a multiple of
nstcalcenergy, as with similar mechanisms for global
intra-simulation communication.

IssueID #695

Merge remote branch 'origin/release-4-5-patches'

Conflicts:
src/tools/CMakeLists.txt
src/tools/Makefile.am
src/tools/gmx_membed.c
src/tools/gmx_saltbr.c

Conflict of adding g_options: Undid adding of g_options to src/tools/CMakeLists.txt
IssueID #690

Improved PBC handling for large molecules during cluster PBC

Fixed the pbc cluster option of trjconv by switching to a slower algorithm

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Added code in g_nmeig to compute the quantum corrections to heat capacity
and enthalpy, based on a normal mode analysis.
Added one and fixed one reference in copyrite.c

Added forgotten file

IssueID #690

Turned g_options into a normal GROMACS tool

Made the old src/contrib/options into g_options which is built and
installed by CMake by default.

IssueID #690

Renamed src/tools/options.c

IssueID #690

Improved grompp documentation

Added clarification points about whether coordinates come from -t or -c
files, reworded the recommendations about restarts, and added a tip
that gmxcheck can compare .tpr files.

IssueID #688

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Improved genion -h

Explicit mention is now made of the need to use the correct
molecule names for ions with -pname and -nname, and in the topology.

Relocated some t_matrix documentation

Improved do_dssp -ssdump output

do_dssp -sc now dumps rows of strings with the secondary structure
content for the whole trajectory. g_chi has a feature that reads in
this file, however g_chi is hard-coded to read only the first line,
so this change does not affect that feature.

IssueID #683

Improved do_dssp -sc output

do_dssp -sc now computes the total for each secondary structure type.
This makes it easy to report the average secondary structure content
by type in a comment at the bottom of that file.

IssueID #683

Merge branch 'release-4-5-patches'

Conflicts:
src/kernel/grompp.c
src/kernel/md.c
src/kernel/readir.c

Various small changes to the man pages.

Small fix for editconf related to formatting consistency.

IssueID #677

Removed most autoconf-related files.

Left a few Makefile.am files that contained logic that could be useful
to migrate to CMake before removing those files.  Also, clean-up of
README files etc. is still to be done.

IssueID #645

Remove g_highway from list of programs

Improved conversion of documentation to LaTeX

Sundry improvements to the way textual markup in the inline
documentation for GROMACS tools was converted into LaTeX markup via
'g_tool_name -man tex' for inclusion in the LaTeX manual.

IssueID #677

Improved consistency of text style usage

All references to tool names, option names, and command line inputs
should be like '[TT]g_tool_name[tt]' or '<tt>-rerun</tt>' (depending
on the type of file), so that when it reaches the LaTeX manual, the
monospace font conveys the standard meaning, which is that this is
something the user might type.

IssueID #677

Minor wording fixes

Moved options.c to tools subdir

CMake doesn't work on src/contrib, so in order to get a current version
of the program options to build the manual, options.c has moved to
src/tools. Build systems have been updated accordingly. This program
will not be installed by default. CMake will build it by default, and
autotools will not.

cmake: added back gsl support (GMX_GSL, disabled by default)

Conflicts:

src/tools/CMakeLists.txt

cmake: added GMX_XML to fully disable xml support

this is useful, when compiling statically and libxml2.a is missing or
libxml2 is broken for static linking
(see http://bugs.gentoo.org/show_bug.cgi?id=306479)

cmake: add support for external blas/lapack

cmake: added back gsl support (GMX_GSL, disabled by default)

cmake: added GMX_XML to fully disable xml support

this is useful, when compiling statically and libxml2.a is missing or
libxml2 is broken for static linking
(see http://bugs.gentoo.org/show_bug.cgi?id=306479)

cmake: add support for external blas/lapack

Added documentation for the C++ analysis template.

The documentation now walks through the basic structure of the template,
but it does not explain all the details.

IssueID #641

Fixed bug 678 which was due to calling gmx_fatal without calling
parse_common_args before.

Fixed bug 678 which was due to calling gmx_fatal without calling
parse_common_args before.

Added g_pme_error to programs.txt

More minor formatting/editorial fixes for the manual.

IssueID #671

add g_options to runtime components

fixed cmake build of ngmx

added g_options, needed for the manual, to cmake build

Added NHE to OPLS/AA pdb2gmx hydrogen database

The pdb2gmx residue database includes the NH2 capping group, and its
synonym NHE. The latter was missing from the .hdb, which is now fixed.

Made gmxdump error message clearer.

The old message was a bit cryptic about both the reason for the error,
and the suggested course of action.

Fixes to g_wham documentation.

Mostly formatting issues in the source code, making it
(hopefully) a bit easier to read and keep track of. The
help info ate up a lot of space in the manual, so the
changes I made should make it a bit more compact.

IssueID #671

Tons of tiny changes to documentation.  Manual looks prettier now.

IssueID #671

Make default option values more flexible.

Added a new method that only provides default values for options that
are set, but for which no value is provided.  This makes it possible to
conveniently use file name options like they used to work in the old
tools, namely that '-ox' without a file name would turn on the output
for a certain feature using the default file name.  The implementation
now supports the same functionality for all types of options.

IssueID #642

Trivial fixes to program descriptions.

To keep everything in the manual consistent, a few names must
be changed to reflect the new naming scheme that has been adopted.

fixed libgromacs pkg-config file

Fixes to the demo script.

Various typographical and editorial changes,
no major changes to functionality.

IssueID #669

Improved .mdp file comment about the 'define' field

The -D examples were less helpful than the new ones, which provide
a hint not to use -DPOSRE, and a clue that variable names are
case-sensitive.

Fixes to methanol and mixed demos. Issue ID #669

Removed non-existent program and redundant information to clean up manual

Added common unit testing utilities.

Currently, only main() functions for GTest and GMock tests are included,
and basic functionality for finding the location of test data files.

IssueID #650

fixed incorrect parameter declarations in gmx_fft_fftw2.c

Various editorial and formatting fixes

Fix Angstrom <=> nm error in documentation

The default value for gb_dielectric_offset .mdp parameter was
listed as 0.09 nm. In the code it is 0.009 nm, which is what it
should be, per the original literature.

Improved Doxygen docs for trajectoryanalysis/.

The public API is now documented at some level, but a lot still remains
to be improved.

IssueID #640

Fixes to grompp -maxwarn documentation. Issue ID #627

Enforced rotation: added fit type 'potential'

Made src/kernel/repl_ex.c legible

Some of the formatting was extremely awkward to read, so I
re-formatted the whole file with emacs using the formatting line, and
added braces where consistent with the coding conventions.

IssueID #664 point 2.

Added Doxygen support for limited documentation.

In addition to a basic Doxyfile that generates all Doxygen
documentation, two other files, Doxyfile-lib and Doxyfile-user are now
generated by CMake for producing limited sets of Doxygen documentation
that exclude intramodule symbols (-lib) or only public API symbols
(-user).

IssueID #638

Added a C++ template for analysis tools.

Also added a C++ wrapper for the neighborhood search code used in the
selection module for use in analysis tools.

IssueID #641

fixed zero viscosity energy/log file output with cos_acceleration

Moved protonate and tpbconv to src/programs/.

IssueID #637

Removed libgmxpreprocess from CMake.

All shared content has been moved to src/gromacs/gmxpreprocess/, and it
was no longer referenced by any of the existing code.

IssueID #637

Moved x2top, gmxcheck and gmxdump to src/programs/.

IssueID #637

Moved pdb2gmx from src/kernel/ to src/programs/pdb2gmx/.

Functionality shared with g_x2top and/or g_protonate was moved to
src/gromacs/gmxpreprocess/.

IssueID #637

Moved grompp from src/kernel/ to src/programs/grompp/.

Functions related to topology IO where moved to
src/gromacs/gmxpreprocess/ because they were also referenced by pdb2gmx.

IssueID #637

Moved mdrun from src/kernel/ to src/programs/mdrun/.

compute_io.* were moved to src/gromacs/gmxpreprocess/ because they are
used by both grompp and mdrun.  No other changes were necessary.

IssueID #637

Added basic Doxygen support for CMake.

Doxyfile is generated at the root of the binary directory, and set up
such that documentation is generated under doxygen-doc/html/.

IssueID #638

Added note that g_msd -mol does treat PBC (by making molecules whole)

Implemented effective test for MPI_IN_PLACE, thanks to Michael Wild on the CMake mailing list. Fixes #594

Stop CMake defaulting to turning off compiler warnings for Intel
compilers, since a) warnings are useful, and b) we show all warnings
with GCC.

Merge branch 'release-4-5-patches'

Fixed inconvenient output file names if -sep is used in combination with -nzero.
For the first file (numbered 0) there was one digit too many,
now all file numbers have nzero digits.