Evaluate enforced rotation potenial with Verlet, fixes #1155

Change-Id: I6231a9a6cd9cd4004d53b721922e5d9298af76a2

Merge "Update linking to MKL and document same" into release-4-6

Merge "general SIMD acceleration for angles+dihedrals" into release-4-6

Merge "PME load balancing now checks for PME grid restrictions" into release-4-6

general SIMD acceleration for angles+dihedrals

Implemented SIMD intrinsics for angle potential and pbc_dx.
Changed SSE2 intrinsics to general SIMD using gmx_simd_macros.h.
Improves performance significantly, especially with AVX-256
and reduces load imbalance, especially with GPUs.

Change-Id: Ic83441cce68714ae91c6d5ca2a6e1069a62cd2ae

Merge "Fixing a problem with dh/dl 1-4 interactions" into release-4-6

Merge "CUDA PME kernels with analytical Ewald correction" into release-4-6

PME load balancing now checks for PME grid restrictions

To enable this, the PME restrictions checks have been moved
to a separate function called gmx_pme_check_restrictions.
Also allowed nkx==nnodes_major*(order-1) again with threading.

Change-Id: I50b6f8cfaeba5e360c534424c80c320515812e43

Merge "improved load balancing with Verlet cut-off scheme" into release-4-6

Fixing a problem with dh/dl 1-4 interactions

In some cases, dh/dl interactions are added twice when the
couple-intermol keyword is not used.

These lines were originally removed in 7763fa8f while fixing thread
safety in free-energy calculations, but were erroneously re-introduced
in f40969c. Versions 4.6 and 4.6.1 were affected.

Fixes #1225

Change-Id: If24177833eb4a96a6c6ef0d1ecc9a23bf80a90b1

Update linking to MKL and document same

Works using nifty feature from icc 11 and up, or any other compiler if
the user does the legwork (which is all we ever used to offer).

Code that used HAVE_LIBMKL had a bug, which we never saw because
the top-level CMakeLists.txt set HAVE_MKL. Fixed that.

Removed unused TextMKL.c code - check_function_exists() is sufficient.

Refs #1110,#1186

Change-Id: I39a66673e5fe571a5f8b0691bbe2ec619cd60778

Merge "v-rescale works with tau-t >= 0" into release-4-6

Merge "Merge branch 'release-4-5-patches'" into release-4-6

Merge "Use git snapshots of the tests if are on git" into release-4-6

v-rescale works with tau-t >= 0

Bug introduced in c7a82654

Change-Id: Iee2d1c8fc5d34811dc022ffbe097114abc10030b

Merge branch 'release-4-5-patches'

Tested that the selection fixes work also in release-4-6.

Conflicts:
src/gmxlib/selection/compiler.c (trivial)

Change-Id: Ib679b1babaf29457c13ca1f10fde5a612ddc3055

changed mdrun -nsteps to gmx_large_int_t

Fixes #1224

Change-Id: Idc66a0de4b8c6463be2df92ee7b8261a90eb5014

CUDA PME kernels with analytical Ewald correction

The analytical Ewald kernels have been used in the CPU SIMD kernels, but
due to CUDA compiler issues it has been difficult to determine in which
cases does this provide a performance advantage compared to the
tabulated kernels.Although the nvcc optimizations are rather unreliable,
on Kepler (SM 3.x) the analytical Ewald kernels are up to 5% faster, but
on Fermi (SM 2.x) 7% slower than the tabulated. Hence, this commit
enables the analytical kernels as default for Kepler GPUs, but keeps the
tabulated kernels as default on Fermi.

Note that the analytical Ewald correction is not implemented in the
legacy kernels as these are anyway only used on Fermi.

Additional minor change is the back-port of some variable (re)naming and
simple optimizations from the default to the legacy CUDA kernels which
give 2-3% performance improvement and better code readability.

Change-Id: Idd4659ef3805609356fe8865dc57fd19b0b614fe

Use git snapshots of the tests if are on git

* Snapshots are available from http://repo.or.cz/w/gromacs
  but hidden by forwards from http://gerrit.gromacs.org/snapshot
* Discussion on I7ba82b22a75532516f481dcb5e4a870047c0bfe8

Change-Id: If3d00d2de8d7286c3b5d7f4b67d468b8d628e28f

Merge "corrected grompp rvdw charge-group radii check" into release-4-6

Merge "added mdrun check for Verlet+perturbed atoms" into release-4-6

improved load balancing with Verlet cut-off scheme

With the Verlet scheme the force calculation order is now like group:
non-bonded, bonded, PME
The non-bonded were done after PME, which prevented load balancing,
unless separate PME nodes were used.

Change-Id: I81588ac810ce7c022bd6809f29a19c41ba13449f

Merge "removed x86 specifics from nbnxn SIMD kernels" into release-4-6

Merge "corrected log file wall time breakdown" into release-4-6

Merge "made PME work with a mix of 1 and more threads" into release-4-6

Fix another bug in selection subexpression handling.

In this case, it did not work correctly if a variable with a dynamic
value was used both
1. in a boolean expression such that its evaluation group was not known
   in advance, and
2. in a context where it was always evaluated for all atoms (either as
   a selection, or as a parameter to a selection method),
and additionally the latter context appeared later in the selection set.
The initialization of the SEL_CDATA_STATICEVAL flag has a dependency on
SEL_CDATA_FULLEVAL flag, and they were not initialized in the correct
sequence in the above case.

Fixes #1219.

Backported from master with the same Change-Id.

Change-Id: Ic95d37a424c82c796806b3a5b39678e206c467a1

Fix bug in selection subexpression handling.

Did not work correctly if
1. a static expression was passed to a SPAR_ATOMVAL parameter,
2. other parameters to the same selection method were dynamic
   (so that the expression would not be completely eliminated during
   compilation), and
3. the evaluation group of the SEL_EXPRESSION element was dynamic
   (so that the SPAR_ATOMVAL expression could be evaluated for a
   different group during evaluation and compilation).
In this case, the static atom-valued parameter got evaluated during
compilation for the maximal evaluation group and replaced by a constant.
During evaluation, if the evaluation group was smaller, the values for
that expression were no longer correct.
See #1216 for what kinds of concrete selections this applies to.

Fixes #1216.

Backported from master with the same Change-Id.
Needed to also pull in part of the changes from
6e877567d9d3d08a3f6fb436f7bbfbaf35b95f8e.

Change-Id: Ic6b7f9b8df661a9c78d7862b981a07e65a7ebdbf

Merge "Merge release-4-5-patches into release-4-6" into release-4-6

Merge "Added install guide section for BLAS/LAPACK" into release-4-6

removed x86 specifics from nbnxn SIMD kernels

All x86 specific preprossing and SIMD intrinsics in
nbxn_kernel_simd_???_outer/inner.h have been replaced by generic SIMD
macro code. Exclusion masks are now loaded iso set and the treatment
is the same for most setups and can use only floating point intrinsics.
Moved half-width SIMD from gmx_simd_macros.h to two 2xnn .h files.
Half-width load macros now take the output as an argument,
in preparation for Intel MIC SIMD instrinsics.
Replaced _SSE suffixes by _S in the abovementioned files.

Change-Id: Ib634726af6e51a99c904e05528b0ac10ecbc2462

corrected log file wall time breakdown

The recent commit 873b9854 doubled the wall times in the breakdown
table in the log file when not using separate PME nodes.
Note that this didn't affect cycle count or total timing prints.
Fixes #1210

Change-Id: Ia2b1d5e6c21543990465b7c7a4a8a1e687c41528

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Conflicts:
CMakeLists.txt
configure.ac
src/tools/gmx_mindist.c

Change-Id: I303318f17527a8e1bfe494eb174565b8d5491870

made PME work with a mix of 1 and more threads

Using a mix of 1 and more OpenMP threads on different MPI ranks
would make mdrun terminate with an MPI error.
Fixes #1171

Change-Id: Iffa16e18baf0f74be826b59503208dca01d1ec14

Merge "Essential dynamics: fixed legend in ED .xvg output file" into release-4-6

corrected grompp rvdw charge-group radii check

The grompp note for charge-group radii larger than the buffer size
for VdW interactions only checked for rlist, not rlistlong.
Fixes #1164

Change-Id: I85a615e6c004503440bcae52c220540a843107d0

Merge "fix broken things in mkhtml" into release-4-6

Added install guide section for BLAS/LAPACK

Fixes #1186

Change-Id: If9e95f93cd216b86143685fd0ae9bfbc5d26792e

Merge "Fixes linkage with FFTW + MKL for BLAS/LAPACK" into release-4-6

Essential dynamics: fixed legend in ED .xvg output file

If one performs flooding only and none of the standard essential dynamics
protocols are turned on, the .xvg output file did still print ED legends.
I moved the bNeedDoEdsam check from init_edi() to write_edo_legend(), so
that already here we can check whether ED or only flooding is performed.

Change-Id: Ic3a784b63b335059c17aed852d1b4a4f3126841a

Fixes #1183 PBC bug in g_mindist

Fixes minimum size of the box if triclinic when checking
the periodic image distance.

Change-Id: I54cb593c42f791b6540147233c345069f84e2f33

Merge "fixed PME time print with -ntomp_pme != -ntomp" into release-4-6

New patch release 4.6.1

Change-Id: I60998e3be8c0c7289d0aa5279e554cc79fb74310

Fix automated regression testing GMXLIB value

Change-Id: I3030a85df4d649106f4620b48374ee41a9bdebc9

fixed bug with DD cut-off check and PME DLB

During the initial stage of PME DLB, the cut-off limit check for the
DD DLB was not checked correcty. This reduced the effectiveness of
both DD and PME DLB and could lead to missing interactions during
a very limited number of steps.
Fixes #1169

Change-Id: I0b0cac22d4abbe8a9b0c16488aeb662d7d4d9bcc

Fix regressiontests automated download

Refs #1150

Change-Id: I7ba82b22a75532516f481dcb5e4a870047c0bfe8

fixed recent bug with sorting atoms for GPUs

The sort buffer in the nbnxn gridding for GPUs was made too small
in 8d6cc146. This led to inconsistency errors (not incorrect output).
This is fixed and the sort_atoms call is now made simpler and
multiple consistency checks are now always on in debug builds.
Fixes #1153

Change-Id: Ifcdf45bb4de88e7584628d3ed2699e2fd469d5c6

Update shell completions

There's some strange changes of what completions are being generated
for inputs that take multiple files when generated by different 4.6.x
versions, but nobody seems to know what is going on. Also, those
problems do not have a large impact.

Refs #1159

Change-Id: Ib4b1ad4999e1b68904d46b0d01c2a5dd07507fd7

Update outdated admin things

* remove outdated CMake installation guide
* updated the bootstrap script
* remove outdated admin/README.patches
* update README, including adding reference to
  GROMACS 4.5 paper and DOIs for old papers

Change-Id: I9a55126049806ca67f6ad846cdbd67cc530c7db0

Fixes linkage with FFTW + MKL for BLAS/LAPACK

The order of linking was incorrect, when using both mkl and fftw
causing the mkl fftw wrapper to be used instead of fftw itself.

Removes all unnecessary transitive libraries (cmake adds those
automatically). Simplifies the target_link_libraries lines, and
makes it much easier to change the fft/blas link order.

Only remaining transitive libraries are gmx/md for binaries. This
is required because OpenMP_LINKER_FLAGS needs to be at the end
but transitive libraries are added at the end. Thus without listing
gmx/md manually the order is incorrect.

Also fixes that nbnxn_cuda has cuda_tools listed as library
dependency. Was prior working without it but now is needed and is
also anyhow the more corect way to do it.

Fixes #1067

Change-Id: I639b16f1460d27a15eb72cc00674c041266f6624

Fixes for install guide page.

Editorial fixes to rename GMX_LIBS_SUFFIX and provide an example
of proper usage of adding suffixes.  These edits now keep the .tex
file in sync with the edits manually made to the wiki page.

Change-Id: Iba5b4c66ad3d0d84ddb06591d4681ff48e4de2ee

Updated install guide

* bumped some versions for 4.6.1
* reviewed various promises about 4.6.1

Change-Id: I6d8549e1f47c53367db275c3091b02556af3b8d8

Warn if X11 was not found and the user wanted it

Also, removed unused HAVE_X11 variable.

Change-Id: I581b2036f9de27a02c034230f2d1212b9814ffbb

fix broken things in mkhtml

Change-Id: Ifb9aa694eddd4bffe457674265a2b17093182c50

Merge "Uncrustified code changes since 4.6" into release-4-6

Declaration-definition consistency nbxn_cuda_wait_gpu.

Changed float->real in nbnxn_cuda_wait_gpu() for consistency between
function declaration and function definition.  Added note that this is
only implemented for single-precision at the moment.  CMake will
complain if GMX_GPU and GMX_DOUBLE are both set.
Addresses Bug #1157.

Change-Id: Ide495cbaba6d120d91f106c6a87ca04e46a2f5a8

fixed PME time print with -ntomp_pme != -ntomp

Fixes #1158

Change-Id: I9028e6309b8802125e91935e87d96b341ec30f77

Uncrustified code changes since 4.6

The group kernel python scripts have changed slightly to emit
code that uncrustify won't want to change. Group kernel
generation and uncrustify are now mutual null operations.

Recent changes to the declarations in gmx_order in baa65b60
may have exposed a possible bug in uncrustify. Those declarations
have been simplified so that there will be no future issue from
that possible bug.

Refs #845

Change-Id: I33495d57ca37317cef4bf12707fd77d67309d292

fix imcompatibility with tpr vers<64 with free energy option

should fix to redmine #1156

Change-Id: I6e60f1efbb03bf460009b8bc59f80f2e0e15bf44

added mdrun check for Verlet+perturbed atoms

Currently the Verlet scheme does not support perturbed atoms.
This will be implemented soon.

Change-Id: Id8656aa680b6581882f5371514cdbd85f429c418

Bump shared object version to 8

libs are not compatible with the ones from Gromacs 4.5.x, which had so
version 6 through 4.5.6, and now so version 7 for 4.5.7.

Fixes #1147

Change-Id: If96fd044b00a99eb4ba8376ffa0a2ecbea37894a

fixed issues with FEP soft-core and cut-off's

Now the cut-off is applied to the PME mesh correction for perturbed
pairs with soft-core. Now the cut-off is applied to VdW with soft-core.
Fixes possible NaN in free energy kernel with r close to 0.
Replaced a confusing grompp warning with PME and soft-core by a note.
Removed an invalid grompp warning about soft-core and twin-range.
Fixes #1146

Change-Id: I79a06b20158df2bce575808b6e31e660163bd307

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Avoided the 4.5.6 release patch by using
git merge -s ours 10b109beb3ffa95e37386d38140d2c0fd7769f20
git merge release-4-5-patches
tree=$(git log -1 HEAD --pretty=%T)
git reset --hard $(git cat-file commit HEAD | sed '1,/^$/d' | \
    git commit-tree $tree -p 2b05689 -p 8d6cc14)
Conflict resolution was straightforward, except that the vsite
code was somewhat reorganized in the meantime.

Conflicts:
        Makefile.am
        src/contrib/Makefile.am
        src/contrib/addquote.c
        src/gmxlib/copyrite.c
        src/mdlib/vsite.c

Change-Id: Ib90ac4e55fac308c433b15c344caf5ee41f0146c

fixed GPU particle gridding performance issue

The scaling factor for the grid binning for the GPU pair search
was set incorrectly, which made the binning 50% slower.

Change-Id: I146592c37094a3d81a7ae50b3903fcc615e748d5

Made g_tune_pme work with 4.6 if user sets "-p" command line option

Added "-p" (performance statistics log file) to the list of files that
must not appear on the mdrun command line at launch time. (This would lead
mdrun to refuse to launch due to an unknown command line option.)

Change-Id: I268bbf6513709866b9a6a8d81c97706ccc832988

Fix CMake namespace pollution

When gmxManageMPI finds MPI and CMake version is less than 2.8.10,
the variable file_cmd ends up in the non-advanced CMake namespace.
Made it advanced in those cases.

Change-Id: I79fd46e1b66d6c5ab008973e654092939eeae4dc

Issue errors/warnings for ICC before 12.0.0

ICC 11.1 with SSE4.1 gives incorrect results, so CMake will
refuse to build with that minor version. Given that we
currently don't know anything specific and 11 is old, we
warn with any version older than 12.0.0. If more information
is available later, this warning can be made more specific.

Fixes #1126

Change-Id: I3c37844c69ce34769187f288c43cd8aef4086c53

bugfix for md-vv + nose-hoover + (nstcalcenergy > nsttcouple)

Need global communication the step befre nsttcouple
in order to get the kinetic energy right, because
of the offsets velocity verlet from leapfrog.

Fixes redmine #1129

Change-Id: Ia6157db8304cc4fb8cccbda0ac3b949e800efeb5

Use explicit kernel pointer typecasts

Some compilers don't like implicit casts from function pointers
to void*, so if we're going to be dirty, dirty people, we may
as well come clean about it.

Change-Id: Ia071c6a10a4ec20b83ddb13e4f0cd2a7b139264f

Merge "Minor fixes to Verlet kernels" into release-4-6

Bump shared object version to 7

Almost certainly the ABI is binary incompatible for the 4.5.5 -> 4.5.6
transition, but we didn't think of handling the issue at the time.
So we can do so now.

Refs #1147

Change-Id: I15f978547d7fbcc9a72454067825c71c0ffb459a

Merge "improved PME load balancing reporting" into release-4-6

Merge "Re-generated group kernels" into release-4-6

Merge "Unwinds flag dependencies in g_order." into release-4-6

Merge "Fixed an initialization issue in gmx_dipoles." into release-4-6

Merge "use legacy CUDA non-bonded kernels only on Fermi" into release-4-6

Merge "More descriptive Verlet kernel macro parameter names" into release-4-6

Fixed an initialization issue in gmx_dipoles.

This fixes a warning in gcc 4.7

Change-Id: Ief8a057dff24c9a61c20301215a7009c2a16e74a

improved PME load balancing reporting

With the group cut-off scheme, rlist was reported incorrectly.
Added a note in log and stderr when PME load balancing increases
the non-bonded workload by more than 50%.

Change-Id: I7d46f5a110b24cbb40b6b9cb53a1d90715c7c5ec

Minor fixes to Verlet kernels

* clarified some comments
* documented use of nbfp_s4 better

Change-Id: I0848f2e570daef881368a45d4a429a3f80fde81b

Unwinds flag dependencies in g_order.

A feature added a while back to g_order had a flag dependency
(-calcdist forced -radial). This patch attempts to unwind that
dependency and allow -calcdist independent of -radial.

Fixed help message for -calcdist

Change-Id: I8c368f9109ee305d79a3c0c1b6838439598a4e89

Merge "Fix and add Verlet kernel error messages" into release-4-6

Merge "Fix code bug with thread-MPI on PowerPC with xlc" into release-4-6

Merge "Fixed the MPI recognition string in g_tune_pme" into release-4-6

Merge "improve setup of multiple tf tables" into release-4-6

Plain text quotes.

And removed 5 gurgles and 2 bromacses - replaced the bromacses
by new and exciting ones.
Change-Id: Ibdad70d6ceb0caa52be351762704a677e9dddba8

Fix code bug with thread-MPI on PowerPC with xlc

Change-Id: I8254ae915fdd24e02cf8f07789c69c3d4b35525e

More descriptive Verlet kernel macro parameter names

Also more consistent with SIMD kernel usage

Change-Id: Ia8dd723075b5c289d0171e3d34ecd51a0fc152f4

Fix and add Verlet kernel error messages

Handles default cases better

Change-Id: I45d8ebd73184630180e6ed87d54c3a8fc3cbef73

Re-generated group kernels

This should be a null operation, but I had to fix copyright
years in python scripts and it had the following effects:
* removed some debugging printf statements in GB C kernels
* minor whitespace change now consistent between template and output

Change-Id: I3c3fe9be625ca4f7ade6871fc105fd80899e5a70

Added extra check in for setaffinity support.

The Linux version of tMPI_Thread_setaffinity_support() did not check
whether pthread_setaffinity_np() would actually work on the system
it's running on. It now checks by running pthread_getaffinity_np()
and checking its return value.

This is relevant for, for example, Bluegene systems which don't
support explicit affinity setting.

Change-Id: I4833e7384067f897013d6fa4d0b35963ae740fcf

Fixed the MPI recognition string in g_tune_pme

Since the identifying string "NNODES="is not printed any more by MPI-enabled
mdrun, we now use the "MPI library:" string instead.

Change-Id: Ibbcc0678a7c89057743129aa664fad8bb68f1941

Merge "Updated FindGSL.cmake to version written by me." into release-4-6

Merge "PME-only counters are now reset with -maxh -resethway" into release-4-6

Updated FindGSL.cmake to version written by me.

relates to #815

Change-Id: I323f113b4016ef232124fcdcc985d0526bc8a880

Merge "fixed bug with sd integrator and OpenMP threading" into release-4-6

Merge "Fix CUDA_HOST_COMPILER flag name" into release-4-6

use legacy CUDA non-bonded kernels only on Fermi

This solves a remainig todo as well as clarifies some variable naming
and documentation.

Change-Id: Ifad80cb7e740d1329a9c84df992d899400efeca2

Merge "Typo fix" into release-4-6

Typo fix

Change-Id: Id5bb7297adbc38909aa184b6d6a222aa719f90be

Fix CUDA_HOST_COMPILER flag name

Fixes #1143

Change-Id: If34f27aa8fa73420ac85d4ec6997e8ebe78261d4