Fixes bug in processing virtual_sitesn in grompp.

Fixes #1343

Change-Id: Ia1d39199a12292ef86d086a6c1bb5f1a0bdb5d35

Use git version info in Doxygen.

The Doxygen documentation now gets labeled with the exact source
version, using the same logic as in the git version info generation.

Added an option to not search for the remote hash in
gmxGenerateVersionInfo.cmake, since this is by far the most expensive
operation, and it is not really necessary for the Doxygen part.

Also some minor cleanup of the CMake script.

Change-Id: I36dd0b7a811d5e48c818bf36a669320cedec6e9e

Un-duplicate gmx_gettime code

Change-Id: I564e6445b27e152feec0da8e98f8d990b8734875

Merge "Merge branch release-4-6"

Merge branch release-4-6

Conflicts:
src/gromacs/gmxlib/bondfree.c
src/gromacs/legacyheaders/bondf.h
src/gromacs/legacyheaders/pme.h
src/gromacs/mdlib/pme.c
src/programs/mdrun/runner.c

Conflicts all resolved in favour of release-4-6 branch,
except where the master-branch removal of unused parameters
was correct.

Change-Id: Ib32a52b97b5443b86b4f0e4d575767990dc6c47e

g_tune_pme: Clean up -Wunused-parameter warnings

Change-Id: Ib46eae156dbb693b013657a017a729888b4ba286
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Made MW of the Vsite particle type.

grompp checks whether particles that are not shells or vsites have
a positive mass. Since MW is used in TIP4P etc. as a massless particle
it should have the appropriate particle type.

Change-Id: I45d0af3230949be8b07a45d131bc10d9d39d945e

programs: clean up -Wunused-parameter warnings

Clean up rest of warnings in programs

Change-Id: Ieed9d732e893eb5cfb14af9d8367bae7c7976f13
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Remove mdrun -ionize feature

Refs #1292

Change-Id: Ic3b8bf33265304f903fcba749fe41d4f00386d1d

Remove General Coupling Theory stuff

Also update mdp_opt.html and src/contrib to no longer refer to
defunct xmdrun machinery. This commit will prevent compilation of
src/contrib/prfn.c, but that is slated for removal in I842a92ec41.

Refs #1292

Change-Id: I8e06d3395787545ae5aba5334acfc57b7d8683c3

thread_mpi: Clean up -Wunused-parameter warnings.

Clean up rest of thread_mpi warnings.
Also clean up some whitespace in thread_mpi.

Change-Id: I02c15ac5f1f402e6d04cd120292f5dd6748e89af

CMake helper for dependent cache variables.

Added somewhat extended version of cmake_dependent_option() and used
that for declaring cache variables that are only used if some condition
is satisfied.  Again, not a big change in functionality, but makes
things work more uniformly, and makes it easier to add such options and
not need to think how to implement all the details.

Some dependent options remain that are not yet using the new macros.

Change-Id: I72f4bd19d24c06475bc7f55b6bd561381e5776aa

optimized generic SIMD invsqrt

The function gmx_invsqrt_pr now uses one instruction less when
FMA is not supported in hardware.
Fixes #1333

Change-Id: Idace7296b88a8ecc0331e22d5bb3088753c478de

Remove old generated HTML files.

Related to #1242.

Change-Id: Ic641c8ee09325d5abf124a94ed2a1c1b525cda31

Remove src/contrib/prfn.c and related code.

The generated file list hadn't probably been updated in more than a
decade.  It this is necessary at some point, it's easier to reimplement
it at that time than to keep it hanging around now.

Change-Id: I842a92ec416bc5232e54fa8567d540c7af751c24

Merge "Merge branch 'release-4-6'"

Remove obsolete tools.

If the user runs one of these tools, print a message directing them to a
wiki page with information about replacements.

Change-Id: I6d213cb28b77de3acd5bb7b66145dea16cb4d833

fixed multiple distance restraints with OpenMP

Distance restraints with multiple pairs (the same label) are no
longer split over multiple OpenMP threads. Some (beneficial)
reorganization of the bonded thread division was required to do this,
most importantly: removed calc_one_bond_foreign.
Fixes #1316

Change-Id: I88d8eafede5cbc26c19026a9272639e652f7abd7

CMake helper for multichoice options.

Add a helper routine to create CMake input options with multiple
choices.  In addition to creating the cache variable, it does
case-insensitive checking of user input, and transforms the input to
uppercase.  It also automatically adds the list of allowed values to the
description and to the error message if the input is not valid.

Doesn't change the behavior much (except for CMake GUI that may honor
the STRINGS property; it appears ccmake doesn't), but makes the code
easier to maintain: changing the list of values in one place propagates
everywhere except to the actual logic of using the variable, and the
code behaves more uniformly for all of these values.

Change-Id: Ic8f674e5ac29c19bac7c846b1970689f71dc2384

Moved ngmx to C++, renamed it to view.

Part of #673
Moved all files to src/programs/view and made executable
part of the gmx binary as "gmx view".
Removed warnings.
Replacing min and max by std::min and std::max.
Removed warning in asize macro.
Changed typedef enums to C++ enums.
Changed gmx_bool to bool.
Removed g_showcol, g_xrama, xstat, test_ngmx_dialog

Change-Id: I88fc541e27705c498703006f461dd2b9b1e6a3f5

Remove repeat sfree(state->nosehoover_xi)

I2acb48b829c introduced a repeat sfree of nosehoover_xi,
this patch removes the old one. As reported by Christian Wennberg.

Change-Id: Ifef1096f23c595873ae7a35f0fad688783ab1ed8

Merge branch 'release-4-6'

Conflicts:
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_2xnn.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_2xnn.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_2xnn_includes.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_2xnn_inner.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_2xnn_outer.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_4xn.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_4xn.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_4xn_includes.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_4xn_inner.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_4xn_outer.h
src/mdlib/CMakeLists.txt
src/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_2xnn.c
src/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_2xnn_inner.h
src/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_2xnn_outer.h
src/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_4xn.c
src/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_4xn_inner.h
src/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_4xn_outer.h
src/mdlib/nbnxn_kernels/simd_2xnn/nbnxn_kernel_simd_2xnn.c
src/mdlib/nbnxn_kernels/simd_2xnn/nbnxn_kernel_simd_2xnn_inner.h
src/mdlib/nbnxn_kernels/simd_2xnn/nbnxn_kernel_simd_2xnn_outer.h
src/mdlib/nbnxn_kernels/simd_4xn/nbnxn_kernel_simd_4xn.c
src/mdlib/nbnxn_kernels/simd_4xn/nbnxn_kernel_simd_4xn_inner.h
src/mdlib/nbnxn_kernels/simd_4xn/nbnxn_kernel_simd_4xn_outer.h
All resolved in favour of release-4-6, per I0da1faf351def

There was no merge conflict in
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_free_energy.c, but Ic7ba3cc26be and
Ia8202ee90 had duplicated the same clean-up of doubly assigned
variables (e.g. Vc), but in different ways. The version in Ia8202ee90
has been retained.

Change-Id: Ia0ec22b7fc16b2be6817b007e52c8b4832549360

Described another way g_tune_pme might reasonably fail

Change-Id: Ibb75f40a17b81934ae768a57d5e4fb11d07cdc2d

Fix total time measurement with separate PME nodes

The runtime counter needs to be passed to the PME code so that
PME-only nodes can have their time included in the statistics.

Fixes #1325

Change-Id: I13effaa185b1290e41bdd642c607ff75ab8db929

CMake cleanup.

- Remove unused config.h defines and some detection code for them.
- master always has a C++ compiler, so remove unnecessary checks for
  CMAKE_CXX_COMPILER_LOADED.
- Remove unused/unnecessary CMake code.
- Some whitespace cleanup.

Change-Id: If24b3fe07b0598bbd69eec55c5aabf5debb7fc89

Merge branch 'release-4-6'

Merged up to the nbnxn kernel split (i.e., left the current last commit
in release-4-6 yet unmerged).

Conflicts:
    CMakeLists.txt
        (master had changed indentation and added code in suffixing that
         was moved in release-4-6)
    src/gromacs/gmxlib/statutil.cpp
        (code changed in 4.6 removed from master)
    src/gromacs/mdlib/expanded.c (took both changes)
Extra changes:
    src/gromacs/mdlib/nbnxn_search.c (added back a cppcheck suppression)

Change-Id: Ib1d95e53d69714404e594de45442b41d48b5c584

Make uncrustify.sh more verbose on errors.

Capture the output of uncrustify instead of silencing it, and print it
out if uncrustify fails to run for any reason.

Change-Id: Iaefd89b586feb7e3148ad48a2b0f65d69ca7ac17

Fixed reading history_t from checkpoint

The use of the wrong reading function prevented reading any checkpoint
file with distance restraints, (and probably any with orientation
restraints, too) because the stored lengths of the arrays could not be
read.

Additionally, the way a t_state is allocated on the stack and most of
the GROMACS code base assumes structures have been allocated on the
heap (and set to zero) by snew() makes the problem worse. Noted that
this is evil and must go away some time.

Fixes #1174

Change-Id: Ic8240f80c17272a1499421233689ed4b2c640ba3

Fixed g_tune_pme assumption that MPI is available

Refactored function with two distinct parts into two functions. This
makes it easy to call the part that checks that mdrun works only when
that check is necessary. Now g_tune_pme -np 512 -nobench works on
machines like BlueGene/Q where you might only be able to get the MPI
environment via the queuing system. g_tune_pme -nobench should work as
a stand-alone.

Fixes #1319

Change-Id: I7237800a1c67664c9253e5422a7b3f12f4ebd62f

Uniform code path for writing out console help.

Now both 'gmx help <module>' and 'gmx <module> -h' trigger exactly the
same code path, making things a lot easier to work with.
Some notable things:
 - Moved the responsibility to parse the -hidden argument into the
   wrapper binary, from where it gets passed down in
   CommandLineHelpContext.  Quite a few files are touched by this.
 - The -h option now causes all other options to the module get ignored.
   g_tune_pme requires some other approach to deal with option
   validation, but even adding a separate command-line option for only
   this purpose is probably better than the multiple code paths that
   were there before this change.
 - Related to the above, the help output could be significantly
   simplified, since it no longer depends on the command-line.
 - Removed the -verbose option that caused the options to be printed
   during a normal run.  Possible to add back if people want it, but it
   simplifies things if it isn't needed.

Related to #685 and #969.

Change-Id: Ibe735711f650eafaecf28ffb1ed92da97dcb81b6

Framework for help export from wrapper binary.

- Add a separate CommandLineHelpContext.  This class layers extra
  information on top of a HelpWriterContext, specific for command-line
  help export.
- Add a global instance of the above to be able to pass it into
  write_man() through functions unaware of its existence.  Make
  write_man() use the instance if present.
- Add -export option for 'gmx help', and an interface that needs to be
  implemented to export a particular format.

Related to #685 and #969.

Change-Id: Ica16895f8136a09bc5995812c4da5363d097c2b1

made free energy PME kernel 40% faster

Also removed double assignments and unused variables.

Change-Id: Ia8202ee90f70da86474cc946707f016d8ad69286

Remove forcefield-scan feature

Refs #1292

Change-Id: I05d8dec45665d5dc3b72b72d312240abbd2983c7

Fixing manual for sc-coul description.

fixes #1331

Change-Id: I84a388bf8a9e289b37ff838a0d335d96d4393fb2

mdrun without OpenMP with thread-MPI now uses all cores

With the Verlet scheme, mdrun compiled without OpenMP would
often run on a single MPI-thread only.
Fixes #1317

Change-Id: I8fc43fe933ba23047f0ee9368ad9105cfc62eb4a

corrected grompp constraint/DOF warning with vsites

grompp now counts constraints after removing the ones with vsites.
Fixes #1322

Change-Id: I1f2b129fa5f4c5f56fea384f2749af833c92eabc

Add option to build a standalone mdrun binary only.

This makes it again possible to build a leaner version of mdrun, without
the whole wrapper binary.  Enabling the option also removes unnecessary
stuff from libgromacs, and suffixes it with _mdrun.

This also replaces install-mdrun: 'make' builds only mdrun and
'make install' installs only mdrun when the new option is enabled.

Part of #685.

Change-Id: I8d309fadebfcdabc484d632a213ac52c558bfbf4

Move mdrun into the wrapper binary.

Part of #685.

Change-Id: I92d9ad5705356b2ab1e132383a5fee79ade0f4d0

Make parse_common_args() not exit.

Instead, return value of false is interpreted as a need to return
immediately.

Stuff in src/contrib/ is broken by this, and existing user tools may
behave a bit weirdly if they don't check the return value.  If this is a
big deal, can add some extra backwards-compatibility glue, but not done
here.

Uncrustified the touched source files to fix indentation after batch
modification.  This resulted in some additional clean-up, but didn't try
to separate that out from here.

Change-Id: I76c268297481bd125d14f4b4f7fa888f4da99f46

Remove unused -man output formats.

Currently, only HTML, LaTeX, man pages, and console output are
actually used.

Related to #969.

Change-Id: I32e5cec872527a779fad9fe742135bcfb30a13a7

Make gmx_ana_pos_t a C++ class.

Add a constructor and destructor for it, and adjust memory management
where necessary.  Simplifies the code somewhat, and allows making
gmx_ana_indexmap_t a C++ class.

Change-Id: I7b6c9a3d8e14b35655980ef28b32cb82de281dc0

Add some legends to C++ tool output.

Mostly add the selection name as legend for those plots where there is
one or two columns per selection.  The complex legend logic from g_bond
is still missing, since it is not clear how to best represent a generic
selection position as a short string.

Change-Id: I41b3b62a2e40f024e8c9c0b5be50e573881b5d7a

Remove duplicate .nr members from selection structs.

gmx_ana_indexmap_t::nr and gmx_ana_pos_t::nr were leftovers from C times
when these structures were directly exposed to user tools, and the
number of positions was provided as convenience in these members.
Both duplicated the value of (m.)mapb.nr.

Change-Id: If5211d7b513eb3ebcd87d4293d19c19c78952564

Remove gmx_ana_indexmap_t::bMapStatic.

This state can be deduced from other variables in the structure,
removing duplicate state and simplifying the code.

Change-Id: Ia0d90ca544184e2af15a321c447f688d864b1d8d

Move gmx_ana_pos_t::g into gmx_ana_indexmap_t.

Instead of storing a gmx_ana_index_t structure by reference in the
positions, embed this information in the index mapping structure, as
that is really what it is required for.  This localizes the
responsibility of maintaining that state better, and allows removing
code that was there just to provide such an artificial group structure.
The logic still remains mostly the same: the array of atoms is still
stored by reference instead of copying where possible.

This also makes it simpler to handle cases where the output atoms from
the mapping would actually not equal the input group (e.g., that they
would need to be in a different order).

Prerequisite for #1221.

Change-Id: I9e3e0455d1129fd6c3dd8056b2f088114764f331

Support for parallel data modules.

Main changes:
 - Add parallelDataStarted() to AnalysisDataModuleInterface to
   initialize modules for parallel processing of data.  If this method
   is called, and the module returns true, then the module accepts that
   frame notification methods can be called in relaxed order: the frames
   can be started in any order, and multiple frames may be active
   simultaneously.
 - Implement this method in the existing modules, either explicitly or
   by using convenience base classes.
 - Add notification methods to AnalysisDataModuleManager to notify
   parallel frames.  These methods are called as soon as the data is
   available to notify those modules that accept parallel data.
   Existing methods were changed to only notify the serial modules.
 - Make AnalysisDataStorage call the new notification methods
   appropriately.  In most cases, this absorbs the complexity that these
   new methods bring.
 - Update (part of) the unit tests to make it possible to test this
   relaxed frame ordering.

Part of #869.

Change-Id: I3cccf78a09221b8181c3d8b217a793c996d0c522

AbstractAnalysisData module handling into a separate class.

Move all logic related to maintaining the list of attached modules,
checking their compatibility with the data, and notifying them from
AbstractAnalysisData into a separate AnalysisDataModuleManager class.
AbstractAnalysisData now contains an instance of this class, and
provires a moduleManager() protected method for derived classes to
access it.

Module notification methods are no longer responsible of keeping the
frame count.  Instead, made the frameCount() method pure virtual and
added a method in AnalysisDataStorage to conveniently implement this
method.

Moved the responsibility of calling all data notification methods into
AnalysisDataStorage (including notifyDataStart() and
notifyDataFinish()). This allows modules that use AnalysisDataStorage to
not even know of the implementation details of the module manager.

Improved the semantics of setColumnCount() etc. such that they now
immediately check the compatibility of data modules and throw if there
is a problem.

Rationale:
 - Remove implementation details from the installed abstractdata.h
   header: AbstractAnalysisData is one of the main public interfaces in
   the module, and it exposed unnecessary complexity in the header. Now
   only the subclasses that actually need it see these details.
   In particular with #869, the module notification interface is only
   going to get more complex.
 - Reduce the responsibilities of AbstractAnalysisData: now it only
   keeps track of the dimensionality of the data (and notifies the
   module manager of relevant changes). Now it is closer to a pure
   interface, which is possibly should be.
 - Makes it possible to remove friendship between AbstractAnalysisData
   and AnalysisDataStorage. This allows further simplification in
   datastorage.cpp.

Related to #869.

Change-Id: Ic42d4b27bb6d1e445e3f74aa06ae52b354bf4403

Set upper case of FFTW variable at the right place.

Fixes #1327

Change-Id: Ie9ef1fffceefef7d46f1e7a5a8ca3ceb22a81854

Merge "Merge branch release-4-6 into master"

Updated g_cluster

Rewrote the monte-carlo algorithm to do something useful,
namely generate a smooth trajectory through all the
frames where the ends of the trajectory are at maximum
RMSD from each other.

Change-Id: I9a5ebd127e5d34a19a79becfd8f830b11c82839f

Clean-up and improvements in C++ tools.

- Make gmx-select accept multiple selections for all output options.
- Make gmx-gangle and gmx-distance accept dynamic selections.
- Remove -dump option from gmx-select and remove commented code related
  to the same in the other tools.

Part of #665.

Change-Id: I5e3c4caf2928a95c2620d969b4f447272ad9b051

Split up Verlet SIMD kernels for faster compilation

Each kernel is now defined in a seperate compilation unit, and the
files for the kernel functions, the kernel dispatcher function, and
their definitions are all generated by Python script. See its comments
for details. The generation is done by developers and the results
stored in the repo, to avoid CMake-time dependencies. The source for
the file generation is separated from the results of the generation.

On a 48-core AMD machine using GCC 4.7 for an SSE2 build (i.e. 4xN
Verlet kernels), the time for "make mdrun -j" went from 73 s to 34 s.

On a more recent 8-core Intel machine using GCC 4.6.4 for AVX_256
build (both 2xNN and 4xN), the time for "make mdrun -j" went from
81 s to 63 s.

On 16 cores of a POWER7 BlueGene/Q front-end node, time to compile
release-4-6 stays about the same (around 160s).

Also unwound some include file dependencies and removed repeated
definitions of some supporting structures and functions.

Change-Id: I0da1faf351defbe68d5ca43febcabddd93e21f0d

Fix detection and suggestion in gmx_cpuid for IBM QPX

Also made some variable names more descriptive.

Change-Id: I0eaac7ff6ce5cb0da82d9c54d10c555850a3dad1

introduced nbnxn data structure for bounding boxes

The nbnxn search code now uses a well organized bounding box data
structure instead of a complicated indexed plain float array
for the cluster bounding boxes.

Change-Id: Ia5adf2d33d495cff3178ca950e8c16aefcfef1fb

Fixes for Bluegene/Q

* Moved suffixing code to after where gmxManageBlueGene sets
  GMX_MPI. Since nothing depends on the suffixing until the calls to
  add_subdirectory(), this is safe. There is a complication from the
  way that GMX_MPI means "real MPI" for most of CMake and "real or
  thread MPI" in the source code; that is managed by GMX_THREAD_MPI=ON
  causing GMX_MPI=ON at a certain point. To cope with this, we add the
  "_mpi" suffix in response to GMX_LIB_MPI=on, which is how things
  should have been done back when GMX_MPI was co-opted, except that
  the suffixing was probably being done too early... Altogether, this
  change means that real-MPI binaries are always built with the _mpi
  suffix, like users have come to expect.
* Added compiler suppression for a useless information message that
  is otherwise issued for almost every source file
* Made the C and CXX platform files identical; I'd originally
  thought they could be combined on the command line, but
  that is not true

Change-Id: I26cb782a1b47cf48f47b80ec8c8d0a53db338872

Consolidated NBNxN SIMD kernel utility routines

Hardware-, precision-, and j-width-specific routines used only by the
NBNxN kernels are now all defined in
nbnxn_kernel_simd_utils*.h. Hardware-specific details are contained in
files specific to that hardware.

A major feature contained in this patch is a refactored treatment of
NBNxN particle-particle exclusions. This hides the
x86-implementation-specific details of using integer- or real-valued
SIMD registers and operations. Both inner and outer NBNXN loops are
now more independent of hardware.

* Moved SIMD types, constants and functions for exclusions to the
  NBNxN kernel module, because that is the only place where they are
  used.
* Introduced gmx_exclfilter type to hide the implementation detail of
  whether the masking is handled in integer- or real-valued SIMD
  registers
* Consolidated gmx_checkbitmask* likewise, and renamed to reflect that
  it returns a gmx_mm_pb
* Eliminated the need for gmx_castsi_pr, gmx_set1_epi32, gmx_load_si
  by recasting the code as the composite operation of
  gmx_load1?_exclfilter
* Through the above, eliminated the need for CHECKBITMASK preprocessor
  defines and checks
* Converted code macros to static inline functions
* Converted FILTER_STRIDE and NBFP_STRIDE to a static const instead of
  macro, since neither are ever used as an array dimension in C. This
  works towards using the compiler where possible and the preprocessor
  only where necessary.
* Introduced functions for exclusion mask loading so that there will
  be a link seam for testing with in master branch

TODO: Respond to two questions addressed to Berk embedded in new
comments.

Change-Id: I2a74638b982bdbf5a88442b93736df0a2f0c14b0

Fix minor wallcycle output issues

Document 19-character wcn name restriction better.

Enforce 19-character wcn name restriction better. The new behaviour
correctly truncates a wcn[] that is too long for the 19-printing
character field width of the wallcycle table.

Compress two names into one field for GMX_CYCLE_ALL correctly. The
previous version was buggy because the first call to snprintf()
resulted in 0 == buf[8], which suppressed output of the second name
completely. The previous version's second call to snprintf() was
probably wrong similarly.

Change-Id: I430ca6eb2bccfe3775e58bae4b6fc3326bcde706

Fixed GMX_DD_DUMP_GRID

The pdb format string no longer matched the parameters it was given

Change-Id: I682154a0986fdbd73ae414264982a68fed164c87

Fine-tune copyright printing.

Based on discussion in earlier changes, made the copyright on by
default.  It is now possible to suppress it while keeping other parts of
the startup header with -nocopyright.

Simplify the copyright printing code and make the output more in line
with the rest of the startup header (left-aligned etc.).  Move the
copyright to the beginning of the header to have all diagnostic
information available under it; that makes it easier for the user (and
for us in bug reports) to spot all the relevant information.

Also adjust the wording of the license text; LGPL does not automatically
place a user program that calls GROMACS under the same license, so
changed "This program" to "GROMACS".  Made a similar clarification to
the "Written by" text.

Part of #1209.

Change-Id: If104074995db891702dd9eb410fe811408add4ad

[RFC] Really uniform startup path for all binaries.

Main changes:
- Move MPI_Init() call from init_par() to a separate initialization
  method that is now called from the beginning of the wrapper binary.
  Similarly, make it the wrapper binary's responsibility to call
  MPI_Finalize().  Also make this behave uniformly for the wrappers that
  implement main().
- Call MPI_Abort() on exceptions.
- Move the LegacyCmdLineWrapper from legacymodules.cpp to
  cmdlinemodulemanager.cpp, rename it, and add methods to access it in
  other contexts as well.
- Merge g_pme_error into the wrapper binary.  Make mdrun and other
  remaining binaries to use this code path for initialization, even
  though they still remain independent binaries.
- Remove unnecessary code from statutil.*, now that the common options
  are handled by CommandLineModuleManager.

All executables now start up through CommandLineModuleManager::run(),
making it easy to adjust common behavior.

RFC because I don't have easy access to an environment where I could
test MPI or X11 code; thus I would appreciate it if someone could test
these parts (if Jenkins verification is not sufficient).

Part of #685.

Change-Id: I2cb9b0745c084b3d77f95ca163aa6745af01c1bc

Statistics for gmx-distance.

Add support for calculating statistics more or less like g_bond has into
the new C++ gmx-distance tool.  The output format may not be as nice,
but one can at least get the same numbers out.

Extended the averaging analysisdata modules to handle multiple data sets
to support this, which required changing the data structure slightly
(this is the source of most modifications to existing data in XML files;
new tests/new output data of course adds additional entries).
Supporting changes in the plotting to handle missing values and errors,
and in test code to handle missing data points.

Part of #665.

Change-Id: If5f0b54d6d3eec0145625de9ab745e6ba9dc468a

Lifetime statistics into gmx-select.

This provides a lot more flexible alternative to g_dist -lt.

Added an analysisdata module that computes lifetime statistics and test
for it.  Currently tuned for this one application, but should be
possible to make more flexible if required.  Using this module, the
implementation in gmx-select is straightforward.

Part of #665.

Change-Id: I8bff89599c9d8a820c761b426c01ceafa9afcc5a

Remove OpenMM

This code is not functional in release-4-6 branch, and nobody has
plans to fix it. Many things are already out of sync in the duplicated
code. This will get much worse as time passes, so simplifying the few
places that still touch the main code base has slight advantages. And
nobody will feel the need to clean up the duplicated code.

Change-Id: I06c2eb71042fd830fd888fbee1b5e3efcae0379d

fixed parallel normal modes with PME

When doing a normal mode calculation with PME and (thread-)MPI,
the PME forces were incorrect. Also fixed some EM/NM output layout.
Fixes #1308

Change-Id: Ia7862fa62e235336c546824afdcbe28f37b145c5

Replacement for g_bond and g_dist.

Added a proper implementation for the 'distance' tool.
It should now do most of what g_bond or g_dist can do.
The help text related to the distance histogramming is somewhat
different from g_bond, but the behavior is more or less the same; now
the help text just describes how it is actually implemented.

The main things missing are proper legends in the output files, some
statistics output (g_bond), and g_dist -dist and g_dist -lt.
g_dist -dist can already be done with g_select, and g_dist -lt also
makes most sense to implement separately into g_select instead.

Part of #665.

Change-Id: I293cf8f0d30480e1873d5dcdef414f0089f177a6

Productive afternoon of meetings... more quotes!

Change-Id: Ib83511d76e23db13cb3a995bc6c6c08a11ffd552

Support for multiple analysis data sets in modules.

Main changes:
- Support for multiple data sets in the input data for most analysisdata
  modules.  For the clearest output, standard deviation values were
  moved from a separate column into the error value instead, which
  required updating a lot of unit test reference data.
- Support for computing multiple sets of angles using 'gmx gangle'.
- Extend the analysis data test utilities to handle multiple data sets
  when comparing against reference data.
- Add some unit tests for the new functionality.

Supporting changes:
- Add support for providing error values through AnalysisDataTestInput.
- AbstractArrayData now provides the means to use the full functionality
  of AnalysisDataValue for constructing the data.  AnalysisDataValue
  objects were already used internally for storage, so this amounts to
  exposing accessors for those objects instead of wrapping them in
  simple setters/getters for the value only.

Part of #1010.

Change-Id: I63abc05ab7e24362169e7d9ba0fa6ffc561be9d6

Base support for multiple analysisdata data sets.

Make it possible for an AbstractAnalysisData object to contain multiple
data sets.  See #1010 for the rationale for implementing this.

The main changes are:
- Support for specifying the number of data sets and the number of
  columns for each data set in AbstractAnalysisData and classes deriving
  from it.  At the same time, improved checking the constraints for
  analysis data modules, so that the restrictions for calling the
  various set*() methods are now more uniform.
- Modeling multiple data sets in the dataframe.h interfaces: now the
  point set has an additional attribute, specifying the data set.
  Data with multiple data sets now always has multiple point sets.
  There is exactly one per data set if it is not multipoint.
- Support for storage in AnalysisDataStorage. This is straighforward
  extension of multipoint storage.
- Support for creating the data sets in AnalysisDataStorage and
  AnalysisData.
- Adjust unit test framework to support at least basic testing of
  multiple data sets.

Will implement support for multiple data sets in the modules, including
the angle trajectory analysis module, in a separate change to keep the
amount of simultaneous changes limited.

Part of #1010.

Change-Id: Ieb373638d25ecd885d563c467bff893dd47b23b5

Remove superfluous selection names from refdata.

Now that there are proper tests for handling the selection names,
removed the testing of the name from most other tests, since the name
was always identical to the selection text.

Part of #651.

Change-Id: I3844031f94336c9934d79fec711920eed04cea4a

Add check for unsorted index groups in selections.

Selections did not work properly if an index group was used that
did not have the atom indices in strictly ascending order.
Added a check for this, and tests that check that this now gives an
error.

Refactored the way index group references are resolved such that the
logic and the related error messages are now only in one place:
selelem.cpp.  This resolves TODOs about improving the error messages.
Also made this piece of code to use exceptions for error reporting.

Related to #651 and #655.

Change-Id: I2318823b1be74775d0a0f8bd4a3c58b0aed1aba1

Treat exceptions better in interactive selections.

If a user input error occurs in an interactive selection parser, the
message is now printed and parsing continues, like it used to work
before exceptions were introduced here.  Although most code still does
not use exceptions for user error reporting, this makes the code more
future-proof (and a subsequent commit will add some exceptions that take
advantage of this).

Refactored exception message formatting to support this, removing a TODO
related to duplicated code in the process.

Related to #655 and #838.

Change-Id: I4ba23c6dd1005f61d50515e6857a5dc23fc1768a

Reordered FFTW fatal error; avoids using unset variables

Now variables that are set in FFTW detection are only used when the
variable that reports FFTW has been found is set (i.e. there has not
been a fatal error). Not sure why we haven't seen problems with this
so far, but we do see them on Power7 with cmake 2.8.8 when FFTWF is
not available.

Change-Id: I1a3e84002dda7f29f90eb532ab14ce51dfca6e5c

Fixed reference SIMD code to work with MSVC

Also noted minor issue with rounding to even. Using rint would be
preferable, but that's even harder to work around on MSVC.

Change-Id: I495cf2d43cf0b33cc0896958f15703ba8632c7e4

Add unit tests for index groups in selections.

Add tests for using the "group" keyword in selections to select external
index groups, and in particular for directly providing an index group as
the selection value.

Fixed a master-only issue in handling the selection name in the latter
cases.  Also fixed master-only memory leaks and other issues in
gmx_ana_indexgrps_init().

Part of #651.

Change-Id: I0d908213f109ced9ab6708e55c6acf53371f6aa1

Add unit test coverage for simple selection keywords.

"molindex" and "atomtype" keywords are now covered by separate tests.
Also updated one test to use the "z" keyword to have that covered.
Added a comment in sm_simple.cpp about unreachable code that is not
currently covered by tests.

Part of #651.

Change-Id: Id9ac9ea8e7d144214537265d9ed89335684934f1

File utils to C++.

Preparation for moving get_libdir() into gmx::ProgramInfo.

Change-Id: Ic13b0567e7528e43ea03298f835b3d842ab44c28

Add an option to disable all asserts for coverage.

Related to #1300; see there for rationale.

Change-Id: I76c1a4e676a543922b0e027e6693416175797d76

Fixing problem caused by overflow in expanded ensemble.

Basic problem: logic was failing for single precision because of round off errors.
Solution: convert some of the intermediate arrays into double.

Fixes redmine #1314

Change-Id: Id7e3771d257bbeebeed2f340593b817015a0cd4c

Refactored preparation of buffer for NBNxN table loads

The outer and inner kernels try to be hardware-agnostic, but some
architectures need a thread-local buffer for transferring computed
table indices to integer registers via memory. It is better to set up
this buffer using a helper function that is implemented in
hardware-specific files, because the compiler can help prevent some
bugs. In particular, you can no longer forget to make a function
definition on non-SSE2. This eliminates one of the special-case kernel

Change-Id: I1ebdd15afaf03ff4559365867970b88e9ce0ed5e

Properly finalize MPI on mdrun -version. Fixes #1313

Change-Id: I1ae5f342da96980df322770d134555e2dc9fe712

Fixed example code function name

Change-Id: If0c54a8c42be7b978805bf3f94e46904de6e8826

cmake: Improve some error messages

Lessons learned from the Q-bio summer school

Change-Id: I521a08ba3a83566582137740a0d097c0637d7d3e

Removed unused variables

Change-Id: Iee3ae450996ae125e65f9e4c0dd4cc42128fdf63

Handle wrapper binary options also for symlinks.

Now the -quiet, -version, and -copyright options also work when the
binary is invoked through a symlink (so, e.g., g_angle -quiet suppresses
the startup headers).  They also work for the user tools, implemented
using the single-module wrapper.

Extended the command-line parser to support parsing only recognized
options and removing those from the command line while leaving the rest
untouched.

Related to #685 and #1209.

Change-Id: I740f70386d89694246c3e25ba0a1c1c4df17dc6b

Better command-line option handling for tests.

The options are now registered using global initializers (somewhat ugly,
but is the same mechanism as used by GTest for registering the test
cases).  This makes them all available on startup in initTestUtils(),
allowing it to print help text for them.  It also properly allows having
multiple option definitions in the same binary.  This did compile with
the previous approach as well, but didn't always work because of
limitations in the command-line parser.

The command-line parser now accepts, but does not require, a GNU-style
-- prefix for command-line options, and gives an error for unknown
options starting with --.  While at it, also made the parser accept
options that start with digits, and even options consisting of only
digits (the latter requires one to use a double dash).

Add a helper for ignoring return values of
__attribute__((warn_unused_result)) functions (works only for C++), and
remove unused function from ngmx.cpp that had previously had a dummy
variable for this purpose (the dummy variable was removed when
converting to C++).

Change-Id: Id1674510c4feb88ffc1d193274a6357cebef3916

Merge branch release-4-6 into master

Conflicts:
src/gmxlib/CMakeLists.txt
resolved in src/gromacs/CMakeLists.txt and
src/gromacs/linearalgebra/CMakeLists.txt

Conflicts:
src/gromacs/legacyheaders/gmx_x86_simd_double.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_x86_simd_single.h
resolved by deletion, because this functionality is
now in gmx_simd_macros.h and nbnxn_kernels_simd_utils*.h

Conflicts:
src/gromacs/mdlib/nbnxn_search_simd_2xnn.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_search_simd_4xn.h
src/gromacs/mdlib/pme.c
resolved in favour of release-4-6 because of new
SIMD approach

Conflicts:
src/gromacs/mdlib/sim_util.c
resolved comment in favour of release-4-6 (which is accurate)
and code in favour of master (where refactoring has occured).

Change-Id: I6c1a365fcff66c7023ec824c3f2e0e9e2b9ade59

Updated dlist.c to recognize more atom names.

Previously, g_chi basically only worked correctly for OPLS-AA and
Gromos96 force fields, based on C-terminal atom names.  This commit
adds atom names for AMBER and CHARMM force fields so that g_chi
calculates dihedral properties for all residues.

Change-Id: I48517fb55bd46e7d49941f7902f4f6531e443e62

nb_kernel_sparc64_hpc_ace_double: clean up -Wunused-parameter warnings

Clean up (most) of unused params

Change-Id: I55ffc910f53826529550c836af5d0c85c773074b
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

nb_kernel_sse4_1_double: clean up -Wunused-parameter warnings

Clean up (most) of unused params

Change-Id: I46b28dbf3a367c877fa7a90801936c9f40ffc8f7
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

nb_kernel_sse2_double: clean up -Wunused-parameter warnings

Clean up (most) of unused params

Change-Id: I2fa97a6b3e85666707e3dab11bc0da556233caba
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

nb_kernel_avx_256_double: clean up -Wunused-parameter warnings

Clean up (most) of unused params

Change-Id: Ia6ca3b66816da852ef13fea145d0c42ac5d17c91
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

nb_kernel_avx_128_fma_double: clean up -Wunused-parameter warnings

Clean up (most) of unused params

Change-Id: I3b7849c28b0d6c2e7a446086e7c506cdad881004
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

nb_kernel_sse2_single: clean up -Wunused-parameter warnings

Clean up (most) of unused params

Change-Id: I878b5c89378eec7f88304fda23dd8747a348a8a9
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

nb_kernel_sse4_1_single: clean up -Wunused-parameter warnings

Clean up (most) of unused params

Change-Id: Ifabba35a46ac8e8fe11b6044b63e6c65947d4912
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

nb_kernel_avx_128_fma_single: clean up -Wunused-parameter warnings

Clean up (most) of unused params

Change-Id: I4cd73a5863349a44b11fa9480685ef25df4bed26
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

nb_kernel_avx_256_single: clean up -Wunused-parameter warnings

Clean up (most) of unused params

Change-Id: I48b8a816f75bc905c41656924fd0285c8a5aca48
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Clarified logic in g_wham

The fragment "!i==0" is less clear than "i!=0," and clang 3.4-SVN even
issues warnings about a possible problem. Checked with Jochen Hub (the
original author) and he agrees the new form is appropriate.

Change-Id: I640e2104b3aa2d740895ee1145e56b731b11350f

Find mkl.h on more icc versions

Refs #1110

Change-Id: I0b6bc2497fc2a504b6c29b0697ee9e354fe6cffd

nonbonded and nb_kernel_c: clean up -Wunused-parameter warnings

Clean up (most) of unused params

Change-Id: I75cd722907de96082295dd119217b7b5fea13b19
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

mdlib: clean up -Wunused-parameter warnings

Clean up (most) of unused params, nbnxn stuff still need cleanup
Also this commit removes some dead (unused) functions

Change-Id: I9aae68266f66a149565c3e5f6e06810db4de287b
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>