Added do_multiprot in src/contrib, thanks to Ran Friedman

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed bug bugzilla.gromacs.org/show_bug.cgi?id=564 by adding a call to a routine freeing datastructures for lsq fitting. The program still uses memory
linearly with the number of timesteps in the mulsq variable. This should be fixed later on.

gmx_pme_error now uses at most all charges for the self error estimate (even for -self values > 1)

Changes to GB non-polar solvation calculations

When using GB, users now explicitly have to ask for the non-polar
solvation to be calculated. Previously this was always done despite
the sa_algorithm=no in the mdp-file.
Grompp now also honors the value of sa_surface_algorithm in the mdp-file.
The non-polar energy gets printed, so that all partial
energy terms add upp to the total potetial energy.
All of these changes are documented in the online manual.

Fixes for selection modifier initialization.

Selection keywords merge, plus, and permute did not work properly in all
cases, and resulted in double frees if there was a syntax error.  There
are still some pathological cases like "name CA plus x < 5" that don't
work correctly, but those should rarely be needed, and will take more
time to fix.

fixed box vector read in vmdio

Fixed reproducibility of g_pme_error results in parallel

Fixed more checkpointing issues with .edr dh data.

Checkpoints backward-compatible + more consistency checks in g_bar.

Fixed checkpointing bug with g_bar energies

Revert "added GB non-polar solvation energy term to the log and energy file output"

This reverts commit 8c51a787e9cbe208361c8428b949213962bde589.

configure: power6 and fortran can now be enabled at the same time.

This is not extremely useful for the kernels, because power6 kernels
will overwrite fortran kernels, but it allows other fortran stuff,
like the libxdrf fortran interface, on power6.

configure: fortran kernels can also be compiled with gfortran (g77 is not included in >=gcc-4.0 anymore)

added GB non-polar solvation energy term to the log and energy file output

fixed free-energy giving a fatal-error when GB12, GB13 or GB14 terms are present

added hint to g_traj warning

Changed gmx_log_open to fix FAH Checkpointing; see Bugzilla 538.

Corrected name of one of the developers listed in header.

fixed the maximum print for g_traj -cv and -cf

eneconv now warns when throwing away blocks with dH data.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git://git.gromacs.org/gromacs into release-4-5-patches

Improved performance of g_bar while reading .edr files with small nstenergy.

Atom-based charge groups in CHARMM.

fixed some minor issues with g_traj -cv and -cf

tau_t=-1 now works in grompp and with SD

fixed g_traj segv when ran without pbc

fixed charge group radius LJ check, which could produce too low numbers in the grompp notice/warning print

added missing F_PIDIHS case to topsort free energy perturbation check

added GMX_MAX_THREADS env.var. to set the maximum number of threads for thread-MPI

configure: added missing quotes

More scheduler-friendly locks for gmxfio

Fixed synchronization counter update for pwr6 kernels

Fixed version generation script to work on Macs.

There was a non-standard \| construct in a sed script that did work with
some sed implementations, but not with others.

fixed memory allocation and access issues when reading xpm files

grompp option -pp now always writes to cwd

g_density now normalizes every frame separately

Removed unused code from g_pme_error

g_density now normalizes with the average volume instead of the volume of the last frame

fixed incorrect reference position of position restraints with free energy calculations with posA!=posB and lambda!=0

Fixed bug 553 by checking whether an atom name is longer than 2 characters
and has a digit in the third character. In that case the name is expected
to be protein. However, in this case e.g. Si12 will be designated as Sulphur.
The alternative would be to check whether the present residue is an amino acid
but that may be problematic as well.

When grompp failed to find the forcefield, the error messages had some string parameters in the wrong order

Formatting fixes to documentation

When using GBSA, the note encouraging PME over plain cut-offs is no longer printed

Added dependencies for openmm_api_wrapper

Added library dependency for gmx_gpu_utils

fixed grompp -t frame choice for trajectories with frames with and without v

state switches between the cpt and tpr file in mdrun are now only allowed when an env.var. is set

added check and warning for no velocities in grompp -t file

Fixed demo to work with new pdb2gmx that requires two input values.

turned on checkpointing with nstlist=0

removed the lower bound check on test particle insertion energies (this was due to table issues which are now resolved)

removed tip5p from charmm27.ff/watermodels.dat, since several other files would need to be updated as well and we don't want to encourage the use of tip5p

made sure the energy history from a checkpoint file is ignored when not appending mdrun output

CMake documentation improvements (bug #539).

Added a bit of information to CMake cache documentation strings as
discussed in bug #539.

Added TIP5p to CHARMM forcefield by analogy with AMBER03 TIP5p and existing CHARMM TIP[34]p

Spelling fix

Fixed a deadlock while closing files.

added SSE overflow check for TPI

the force tables are now continued linearly from nearly 0 to 0 to treat completely overlapping atoms in energy minimization or TPI

Fixed segv in trajana due to wrong cell index calculation.

added environment variable to run orca in parallel

Fixed segv while reading overly long lines in xvgr.c

mdrun now also generates a fatal error for nnodes with large prime divisors (when -dd is not set)

Fixed binary/lib suffixing inconsistencies (bug 539)

improved the automatic choice of the number of PME nodes

Fixed atomtype H0 for GBSA in amber03

added MCH3S atom type for Charmm for virtual sites in Met

Added note to g_covar about memory costs and managing segfaults

changed the order of the outer loops in the fft5d transpose routines

removed empty edr and xtc files with nm

removed (nan) average printing with normal modes

fixed crash with parallel nm with cut-off's

fixed warnings caused by some uninitialized variables

Fixed segfault in g_bar with unequally distributed sample numbers.

Mark advanced variables/options that are not relevant for the OpenMM build

Mark advanced GMX_BINARY_SUFFIX and GMX_LIBS_SUFFIX when GMX_DEFAULT_SUFFIX=ON

Added a note that running in double precision is slower.

A lot of CMake options are now marked as advanced since most users won't need to modify them.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed reading of older .xvg file formats in g_bar

Improved package version handling in CMake.

Options related to versioning are now marked as advanced (bug #539).
PROJECT_VERSION is no longer cached to keep build trees automatically
up-to-date when the version is increased.  To override the default
version, there is a new cache variable CUSTOM_VERSION_STRING.
Also updated CPack version to match the actual version.

Fixed misinterpretation of -b and -e in g_bar.

Added missing windows thread files to distribution list.

Another missing CMake file.

Updated the version numbers to 4.5.1.

Accidentally tagged the previous commit as 4.5.1 before
updating them.

Added for distribution  missing CMake specific files.

Fix spelling error

New release: 4.5 (final). Yay!!!

Removed lots of unnecessary messages to stdout from g_hbond

Added Gerrit to the list of authors. Sorry for forgetting you Gerrit :-)

Added g_rmsdist and g_rotmat to the CMake build system

Shared libraries off by default on Windows.

Fixed make_edi when no fitting was done in g_covar

Added support for PGI atomics in thread_mpi.

Updated list of supported GPUs

Formatting fixes to documentation

Final thread_mpi fixes (ppc works, no deadlocks on any system).

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

make_opt.html now doesn't use <h4>, rather it uses <b>. This makes things more consistent for turning all the relevant bold bits into monospace for the LaTeX manual. mkmdp has been updated accordingly.