New release 4.5-beta4

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed gmxcpp to always use unix path separators in internal names (just like cpp)

Parenthesis around comparisons and no <= or >= for xlc

Fixed begin and end times in g_bar.

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Fixed another uninitialized variable warning in gmx_energy.c

Add current path (./) to topol.top include when force field was local

More documentation for g_bar.

Dont write EOF warnings to stdout every time we checkpoint if the file size==0

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Fixed first statemement occuring before variable declarations in gmx_pme_error()

Some documentation changes.

Some documentation changes.

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Modified pdb2gmx to automatically pick the force field from the current directory
if a choice is specified with the -ff option, even if others exist. We still
print a notice about it. The full include paths were also removed from the topology,
but we now print information about where the FF was picked up from, and a notice
that this location must be included when processing it if it is a non-standard one.

Modified the OpenMM wrapper interface to support the strange CUDA platform implementation.

The CUDA platform in OpenMM does not allow the user to generate more
than one instance of a force kernel object. That requires to pack
force field terms that have the same form into one instance,
e.g. Urey-Bradley and Bond/Angle, and the harmonic dihedrals.

Added the g_pme_error tool from Florian Dommert. Thanks!

Fixed hardcoded OpenMM library name.

If OpenMM is compiled with debugging information, the build
attaches _d to the library names. Now CMake will be able to
link against them also.

gmx_bar now works with derivative histogram sets.

Fixed several warnings.

Fixed pointer typo in patch from Alexey Shvetsov

Added PBC checking patch to g_cluster from Alexey Shvetsov (Bugzilla 526)

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Modified pdb2gmx to not accept extra hydrogen atoms at the N-terminus

Free energy histogram bug fixes.

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true/false input settings should be called bool instead of gmx_bool

fixed bug that caused corrupted checkpoint files

derivative histograms are now written in both positive and negative directions.

pdb2gmx now only allows a mismatch of a sign (iso any character) at the end of a residue and rtp name

g_bar reads dhdl.xvg files without derivatives.

Free energy writing to ener.edr and four new options work

Four new options dhdl_derivatives separate_dhdl_file, dh_hist_size
and dh_hist_spacing now control the output of free energy data. By default
free energy data still goes to dhdl.xvg, but in the future this will be
changed to ener.edr.

The BAR tool g_bar works with all three formats (dhdl.xvg, ener.edr
energy differences, and ener.edr histograms). To extract data from the
ener.edr file, use the new -odhdl option in g_energy.

Fixed valgrind warnings and a segfault in pdb2gmx.

The current fix for the segfault in the virtual site generation code
does not result in a very useful error message, but it's still better
than to segfault.  Someone with more knowledge of that code could add
checks earlier.

Spelling fixes in pdb2gmx documentation

Made the description of ld_seed and gen_seed seed generation more accurate and maintainable.

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Revert "Made pdb2gmx be slightly more helpful when using AMBER forcefields"

This reverts commit ed6ffded6943193121f59884a26f84c663f5822e.

We should NEVER use any force-field specific names in input files anymore.

Removed the unnecessary hacks from some boolean statements.

Having gmx_bool of type 'char' was causing some boolean operations to issue warnings.
Now that it is 'int' those hacks became unnecessary.

Updated completions for 4.5 release

Made /usr/local/gromacs default installation path in cmake too

Updated html documentation for release 4.5

Updated manual pages, now with correct version (4.5) as a bonus...

Fix for warning in ngmx makefile

Changed version to beta4

Updated scripts to produce 4.5 man pages

Updated manpages for 4.5 release

Removed useless g_logo and g_highway programs from default build

g_kinetics removed from automatically built programs since it is not functional in a default build without GSL.

Fixed HTML documentation to use proper '&ge', not '&gt=', etc.

Clarified documentation about when gen_vel generates velocities

Fixed include path in vmdio.h

Forgot to actually do the char->int change...

Changed bool to signed integer instead of unsigned char.
Since we treat this type similar to the enumerated ones internally,
with names and indices, we get lots of warnings about signed/unsigned
comparisions if the type is not signed, and also warnings about using
'char' array subscripts. The integer has worked on compilers this far,
so let's not make bigger changes than we have to!
(Yeah, I know I was the one who suggested we make it compatible with C++
1-byte-size booleans earlier today. Mea Culpa.)

Redefine the default boolean type to gmx_bool.

There is no standard size for 'bool' in C++, so when
we previously defined it to int for C code the data types
(and structs) would have different size depending on your compiler,
both at gromacs build time and when you use the library.
The only way around this is to NOT assume anything about the C++ type,
so we cannot use the name 'bool' in our C code anymore.
The new gmx_bool is of type unsigned char.

Added missing header include

turned on pdb2gmx Amber rtp renaming for pdb input with Amber residue names on by default

fixed pdb2gmx not automatically changing termini rtp entries for Amber FF's

Made genrestr -constr to produce constraints of type 2 that do not generate
exclusions.

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Made sure all source files have some copyright header and include config.h

Fixed leak from unclosed directory handles when pdb2gmx was scanning
force field directories. See bugzilla 516.

Made pdb2gmx be slightly more helpful when using AMBER forcefields
and the user may have forgotten to use terminus-specific residue
names.

Re-added openmm paper

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Updated intel syntax x86-64 asm files to also support MS win64 call convention (ifdef, so they should still work for linux/mac too)

pdb2gmx can now rename terminal rtp entries with rtp iso gmx residue names when an env.var. is set

added Amber terminal His rtp names to residuetypes.dat

Another try with xlc/ppc atomics..

fixed pdb2gmx using start name iso end name for C-terminus

fixed bug in search_rtp introduced in previous commit

updated gmx_membed.c for a VV update

fixed pdb2gmx behavior for nearly matching residue names and made the matching much stricter

renamed oplsaa HISA to HISD and HISB to HISE in all files (before done only in the rtp file)

fixed too permissive check for pdb2gmx warning about unknown rtp names

reenabled the pdb2gmx force field sorting

Modified memory barrier on ppc/xlc.

Enabled gcc atomic intrinsics for gcc on ppc.

More xlc ppc changes to thread_mpi

fixed 2 typos in headers

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Fixed a typo about non-existing macro in OpenMM

Fixed threads flags in pc files for autotools

The problem is mainly that -pthread, which is saved in PTHREAD_CFLAGS, is
also needed by the linker and for that reason it has to appear in the libs
line of the pc files as well. For cmake this is not a problem, because
PTHREAD_LIBS is not empty.

removed the pdb2gmx -cwd option and updated the pdb2gmx description

pdb2gmx now prints the force field dir before the selection and checks for multiple dirs with the same name

Two spelling fixes in comment and output

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Added CT3 termini and minor edit in doc file.

fixed mpi hang/crash with separate pme nodes and dd nodes without charges

Completely removed all occurrences of 'inline' for xlc on ppc in thread_mpi.

Fixed uninitialized variable error in GB kernel with tabulated LJ

Fixed an unsigned/signed integer comparison

Fixed two more instances of strcasecmp->gmx_strcasecmp

Copied SSE intrinsics kernels from x86-64 to ia32

Replaced all occurences of str(n)casecmp with gmx_str(n)casecmp.

Fixed stupid mistake where a statement was placed before declarations.

Replaced testing of git version with testing for features

Fixed naming problems for double precision Fortran kernels

Fixed a typo in futil.h

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Cleaned up all installed headers to remove strict dependence on config.h. Important settings are now detected directly from the compiler and environment, and non-important stuff has been removed or moved to source files.