fixed recent bug with sorting atoms for GPUs

The sort buffer in the nbnxn gridding for GPUs was made too small
in 8d6cc146. This led to inconsistency errors (not incorrect output).
This is fixed and the sort_atoms call is now made simpler and
multiple consistency checks are now always on in debug builds.
Fixes #1153

Change-Id: Ifcdf45bb4de88e7584628d3ed2699e2fd469d5c6

Update shell completions

There's some strange changes of what completions are being generated
for inputs that take multiple files when generated by different 4.6.x
versions, but nobody seems to know what is going on. Also, those
problems do not have a large impact.

Refs #1159

Change-Id: Ib4b1ad4999e1b68904d46b0d01c2a5dd07507fd7

Update outdated admin things

* remove outdated CMake installation guide
* updated the bootstrap script
* remove outdated admin/README.patches
* update README, including adding reference to
  GROMACS 4.5 paper and DOIs for old papers

Change-Id: I9a55126049806ca67f6ad846cdbd67cc530c7db0

Fixes for install guide page.

Editorial fixes to rename GMX_LIBS_SUFFIX and provide an example
of proper usage of adding suffixes.  These edits now keep the .tex
file in sync with the edits manually made to the wiki page.

Change-Id: Iba5b4c66ad3d0d84ddb06591d4681ff48e4de2ee

Updated install guide

* bumped some versions for 4.6.1
* reviewed various promises about 4.6.1

Change-Id: I6d8549e1f47c53367db275c3091b02556af3b8d8

Warn if X11 was not found and the user wanted it

Also, removed unused HAVE_X11 variable.

Change-Id: I581b2036f9de27a02c034230f2d1212b9814ffbb

Merge "Uncrustified code changes since 4.6" into release-4-6

Declaration-definition consistency nbxn_cuda_wait_gpu.

Changed float->real in nbnxn_cuda_wait_gpu() for consistency between
function declaration and function definition.  Added note that this is
only implemented for single-precision at the moment.  CMake will
complain if GMX_GPU and GMX_DOUBLE are both set.
Addresses Bug #1157.

Change-Id: Ide495cbaba6d120d91f106c6a87ca04e46a2f5a8

Uncrustified code changes since 4.6

The group kernel python scripts have changed slightly to emit
code that uncrustify won't want to change. Group kernel
generation and uncrustify are now mutual null operations.

Recent changes to the declarations in gmx_order in baa65b60
may have exposed a possible bug in uncrustify. Those declarations
have been simplified so that there will be no future issue from
that possible bug.

Refs #845

Change-Id: I33495d57ca37317cef4bf12707fd77d67309d292

fix imcompatibility with tpr vers<64 with free energy option

should fix to redmine #1156

Change-Id: I6e60f1efbb03bf460009b8bc59f80f2e0e15bf44

Bump shared object version to 8

libs are not compatible with the ones from Gromacs 4.5.x, which had so
version 6 through 4.5.6, and now so version 7 for 4.5.7.

Fixes #1147

Change-Id: If96fd044b00a99eb4ba8376ffa0a2ecbea37894a

fixed issues with FEP soft-core and cut-off's

Now the cut-off is applied to the PME mesh correction for perturbed
pairs with soft-core. Now the cut-off is applied to VdW with soft-core.
Fixes possible NaN in free energy kernel with r close to 0.
Replaced a confusing grompp warning with PME and soft-core by a note.
Removed an invalid grompp warning about soft-core and twin-range.
Fixes #1146

Change-Id: I79a06b20158df2bce575808b6e31e660163bd307

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Avoided the 4.5.6 release patch by using
git merge -s ours 10b109beb3ffa95e37386d38140d2c0fd7769f20
git merge release-4-5-patches
tree=$(git log -1 HEAD --pretty=%T)
git reset --hard $(git cat-file commit HEAD | sed '1,/^$/d' | \
    git commit-tree $tree -p 2b05689 -p 8d6cc14)
Conflict resolution was straightforward, except that the vsite
code was somewhat reorganized in the meantime.

Conflicts:
        Makefile.am
        src/contrib/Makefile.am
        src/contrib/addquote.c
        src/gmxlib/copyrite.c
        src/mdlib/vsite.c

Change-Id: Ib90ac4e55fac308c433b15c344caf5ee41f0146c

fixed GPU particle gridding performance issue

The scaling factor for the grid binning for the GPU pair search
was set incorrectly, which made the binning 50% slower.

Change-Id: I146592c37094a3d81a7ae50b3903fcc615e748d5

Made g_tune_pme work with 4.6 if user sets "-p" command line option

Added "-p" (performance statistics log file) to the list of files that
must not appear on the mdrun command line at launch time. (This would lead
mdrun to refuse to launch due to an unknown command line option.)

Change-Id: I268bbf6513709866b9a6a8d81c97706ccc832988

Fix CMake namespace pollution

When gmxManageMPI finds MPI and CMake version is less than 2.8.10,
the variable file_cmd ends up in the non-advanced CMake namespace.
Made it advanced in those cases.

Change-Id: I79fd46e1b66d6c5ab008973e654092939eeae4dc

Issue errors/warnings for ICC before 12.0.0

ICC 11.1 with SSE4.1 gives incorrect results, so CMake will
refuse to build with that minor version. Given that we
currently don't know anything specific and 11 is old, we
warn with any version older than 12.0.0. If more information
is available later, this warning can be made more specific.

Fixes #1126

Change-Id: I3c37844c69ce34769187f288c43cd8aef4086c53

bugfix for md-vv + nose-hoover + (nstcalcenergy > nsttcouple)

Need global communication the step befre nsttcouple
in order to get the kinetic energy right, because
of the offsets velocity verlet from leapfrog.

Fixes redmine #1129

Change-Id: Ia6157db8304cc4fb8cccbda0ac3b949e800efeb5

Use explicit kernel pointer typecasts

Some compilers don't like implicit casts from function pointers
to void*, so if we're going to be dirty, dirty people, we may
as well come clean about it.

Change-Id: Ia071c6a10a4ec20b83ddb13e4f0cd2a7b139264f

Merge "Minor fixes to Verlet kernels" into release-4-6

Merge "improved PME load balancing reporting" into release-4-6

Merge "Re-generated group kernels" into release-4-6

Merge "Unwinds flag dependencies in g_order." into release-4-6

Merge "Fixed an initialization issue in gmx_dipoles." into release-4-6

Merge "use legacy CUDA non-bonded kernels only on Fermi" into release-4-6

Merge "More descriptive Verlet kernel macro parameter names" into release-4-6

Fixed an initialization issue in gmx_dipoles.

This fixes a warning in gcc 4.7

Change-Id: Ief8a057dff24c9a61c20301215a7009c2a16e74a

improved PME load balancing reporting

With the group cut-off scheme, rlist was reported incorrectly.
Added a note in log and stderr when PME load balancing increases
the non-bonded workload by more than 50%.

Change-Id: I7d46f5a110b24cbb40b6b9cb53a1d90715c7c5ec

Minor fixes to Verlet kernels

* clarified some comments
* documented use of nbfp_s4 better

Change-Id: I0848f2e570daef881368a45d4a429a3f80fde81b

Unwinds flag dependencies in g_order.

A feature added a while back to g_order had a flag dependency
(-calcdist forced -radial). This patch attempts to unwind that
dependency and allow -calcdist independent of -radial.

Fixed help message for -calcdist

Change-Id: I8c368f9109ee305d79a3c0c1b6838439598a4e89

Merge "Fix and add Verlet kernel error messages" into release-4-6

Merge "Fix code bug with thread-MPI on PowerPC with xlc" into release-4-6

Merge "Fixed the MPI recognition string in g_tune_pme" into release-4-6

Merge "improve setup of multiple tf tables" into release-4-6

Plain text quotes.

And removed 5 gurgles and 2 bromacses - replaced the bromacses
by new and exciting ones.
Change-Id: Ibdad70d6ceb0caa52be351762704a677e9dddba8

Fix code bug with thread-MPI on PowerPC with xlc

Change-Id: I8254ae915fdd24e02cf8f07789c69c3d4b35525e

More descriptive Verlet kernel macro parameter names

Also more consistent with SIMD kernel usage

Change-Id: Ia8dd723075b5c289d0171e3d34ecd51a0fc152f4

Fix and add Verlet kernel error messages

Handles default cases better

Change-Id: I45d8ebd73184630180e6ed87d54c3a8fc3cbef73

Re-generated group kernels

This should be a null operation, but I had to fix copyright
years in python scripts and it had the following effects:
* removed some debugging printf statements in GB C kernels
* minor whitespace change now consistent between template and output

Change-Id: I3c3fe9be625ca4f7ade6871fc105fd80899e5a70

Added extra check in for setaffinity support.

The Linux version of tMPI_Thread_setaffinity_support() did not check
whether pthread_setaffinity_np() would actually work on the system
it's running on. It now checks by running pthread_getaffinity_np()
and checking its return value.

This is relevant for, for example, Bluegene systems which don't
support explicit affinity setting.

Change-Id: I4833e7384067f897013d6fa4d0b35963ae740fcf

Fixed the MPI recognition string in g_tune_pme

Since the identifying string "NNODES="is not printed any more by MPI-enabled
mdrun, we now use the "MPI library:" string instead.

Change-Id: Ibbcc0678a7c89057743129aa664fad8bb68f1941

Merge "Updated FindGSL.cmake to version written by me." into release-4-6

Merge "PME-only counters are now reset with -maxh -resethway" into release-4-6

Updated FindGSL.cmake to version written by me.

relates to #815

Change-Id: I323f113b4016ef232124fcdcc985d0526bc8a880

Merge "fixed bug with sd integrator and OpenMP threading" into release-4-6

Merge "Fix CUDA_HOST_COMPILER flag name" into release-4-6

use legacy CUDA non-bonded kernels only on Fermi

This solves a remainig todo as well as clarifies some variable naming
and documentation.

Change-Id: Ifad80cb7e740d1329a9c84df992d899400efeca2

Merge "Typo fix" into release-4-6

Typo fix

Change-Id: Id5bb7297adbc38909aa184b6d6a222aa719f90be

Fix CUDA_HOST_COMPILER flag name

Fixes #1143

Change-Id: If34f27aa8fa73420ac85d4ec6997e8ebe78261d4

Merge "added back cuda.h includes to fix missing CUDA_VERSION" into release-4-6

Merge "Fixed flop counting for generic cg/adress kernels" into release-4-6

Merge "cmake: fixed typo in template CMakeLists.txt" into release-4-6

fixed bug with sd integrator and OpenMP threading

This could cause small error in the integration or a segv.
This bug was introduced with d120c370
Fixes #1138

Change-Id: I4ae2c0c857cb68e796d01c5b2e0ea42beaf13d4a

Merge "Documented what GMX_CPU_ACCELERATION really means" into release-4-6

improve setup of multiple tf tables

* buffer string was not initialized
* put tf table info in log instead of on the screen

Change-Id: I11ecdcd8c9a18a8931dbccef528ff02a74959ee1

Merge "improved load balancing on the GPU" into release-4-6

Documented what GMX_CPU_ACCELERATION really means

Discussion arose in I0848f2e570daef881368a45d4a429a3f80fde81b

Change-Id: Ib99ab86ff7d8acf913121decb00756f47327f046

improved load balancing on the GPU

For the GPU, small pair list entries are now sorted to the end.
The improves performance by 5 to 20%.

Change-Id: I25e5efeb813ad5dde48f0955366519db699f21a2

fixed segv in init_forcerec with fr->hwinfo=NULL

This caused genion and g_disre to segv with the Verlet scheme.
Fixes #1136

Change-Id: I9059b0e108c80ea86567a568e9f488b4db500eee

Fixed flop counting for generic cg/adress kernels

Change-Id: I95f2a68a0de64f479820143fdba09ea09805fa93

cmake: fixed typo in template CMakeLists.txt

* prevented build after make clean, when build was used before

Change-Id: I0ba88b36752801c3d492d46c71327fb966edb508

PME-only counters are now reset with -maxh -resethway

Fixes #1125
For clarity gmx_pme_recv_q_x now returns and enum
and gmx_pme_send_switch is renamed to gmx_pme_send_switchgrid.

Change-Id: I21952780f0b719378d947a79324c844ccde7160a

AdResS: fixes bug in the neighbour list routine

* coarse-grained interactions were not excluded in the all-atom region
* Some atomistic interactions were not excluded in the coarse-grained region

Change-Id: Ib4ac145722367cf139ad3d23b86f0de1ca9d6caf

fixed copyright of adress kernel

Change-Id: I21816431b4f77210a93dedc7a265c10f074502c4

Merge "Moved a few comments back into position" into release-4-6

fix invalid read in construct_vsites

* aj is not available in the F_VSITEN case hence cannot be read in
  the common part of the function

Change-Id: Ic98dfb91eb095aea933abc3dbfb4f5cc10bf4166

added back cuda.h includes to fix missing CUDA_VERSION

nvcc doesn't define its version identity macro, CUDA_VERSION, by default,
but this needs to be pulled in through cuda.h. Quite weird and
non-standard behavior, but as swithing to legacy kernels and certain
kernel optimizations are broken now, to fix these we need to include
cuda.h.

Change-Id: I4836335e97a287e18e595c160819db2e46a8d798

Merge "Illegal acceleration defaulted to QPX" into release-4-6

Merge "Re-licenced FindGROMACS.cmake (was written by me)" into release-4-6

Illegal acceleration defaulted to QPX

Change-Id: I1bfd9c7bc7bac68944fd912bda84e8bd03af1fbc

Merge "Fix TOUPPER usage" into release-4-6

Merge "Updated html manual to 4.6" into release-4-6

Merge "added missing cleanup of some nbnxn_cuda data" into release-4-6

Fix TOUPPER usage

The last argument is the variable name, thus it shouldn't be ${..}.
Caused compile error when setting accleration to sse2, because
TOUPPER wasn't done correctly.

Change-Id: I0087a6cf3c9a160862757f561b5782c0ac253df8

Updated html manual to 4.6

Change-Id: I2d66c41c56a44fddc31bba823a264795c07d078a

Moved a few comments back into position

No code changes whatsoever - just formatted some multi-line comments
which uncrustify could not understand.

Change-Id: I85e2f58681c61be937315414dc2a708974b027f8

Merge "Set version info for 4.6.x release series" into release-4-6

Re-licenced FindGROMACS.cmake (was written by me)

Change-Id: If6a94c561933cbc6db9d47d5a364f75e7fdf5e13

Fix AVX double compile error

Introduced by fa181964de6c9

Note that this change will be included in the 4.6 release, therefore
this commit will effectively be the one that the 4.6 release is made
from instead of the parent.

Change-Id: Ieeede7d15109f2c44fcd2e0ef59eff2944206eab

Add fftpack to EXTRA_DIST

The new fftpack files added by 51c2f6c are only compiled if
fftpack is used. Thus "make dist" does not included those
by default.

Change-Id: Id51bba3c622a7087f35e74f7c499b066f095fd0d

Release 4.5.6

- Updated the version to 4.5.6 in CMakeLists.txt, configure.ac
  and gromacs.7
- Regenerated man-pages and completions

Change-Id: I7692220dfe20248b4cdbdd1ed242d1d97f56fda5

Set version info for 4.6.x release series

Change-Id: I31378a7ef5d9b7333aa91f076c2a792072d304f9

New major release: 4.6

* note -dev gets stripped off by the release manager by hand before
  building tarballs

Change-Id: I36fe0b8ec18c7d6f09da852e216fdf6d0a250bb7

Addendum for expanded ensemble options plus formatting fixes.

Change-Id: I4547fe74064593c939fcb292ccee056b49b292af

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Conflicts:
src/gmxlib/confio.c (whitespace only)

286575f0cd68 commit is not needed and is ignored
by this merge.

Change-Id: I7c4aabd918384aadbf6108501023ca77e019d6c1

Fix typo

Change-Id: Iba23e5cea570b2a283a19290774fe21b0e625cab

Code beautification with uncrustify

We are going to try to keep our eyeballs from bleeding when we
read prehistoric code from this project while maintaining it.
So we need a point in time where release-4-6 gets beautiful
in tandem with master. That time is now.

At some point we hope to be able to do this automatically so
we can have reviewers concentrate on code quality and not
formatting trivia. But we have to do a whole-of-project
fix first.

Refs #845

Change-Id: I8e99228cc118f75c0831e8297c171fcbbabc8f73

Add colon after macro to help uncrustify

Without the colon uncrustify adds braces incorrectly

Change-Id: Ib361762c1b252de2b4a274c2be44f1fecb31b7da

thread affinity now uses some topology information

The order of logical cores on x86 is hardware and software dependent.
The cpuid topology reports this and this information is now used.
The mdrun -pinht option is generalized for SMT to -pinstride.
The mdrun -pinoffset option is now in logical (iso phyiscal) cores.
Thread-MPI no longer sets affinity, it's now all done in one place.
The option -pin is now an enum, default auto: only on when using all
cores and when no external affinity has been set.
A big NOTE is printed with auto when no pinning is used.
Option -pin on can now override thread affinity set outside mdrun.
Fixes #1122
All thread affinity code has been moved from runner.c to
gmx_thread_affinity.c.
Updated the mdrun manual for pinning also active without OpenMP.

Change-Id: Ibf0fe5882688de80c223640502c68e6170d4d044

Fixing copyright issues and code contributors

Added Mark Abraham, Christoph Junghans and
Carsten Kutzner to the list of code contributors,
per discussion with Erik and Berk.

* Now that 2013 is a copyrightable year, we need to
  assert that copyright
* No, we can't just say 1995-2013, unless we also say
  that every year in the range is a copyrightable year. I'm
  not interested in demonstrating after the fact that this is
  true for all the years before I was born. So we may as
  well start listing explicit years.
  Please read "howto (L)GPL" guides before arguing :-)
* Removed erroneous GROMACS copyright statements on
  unmodified FindBLAS.cmake,FindLAPACK.cmake,
  FindOpenMP.cmake and slightly modified FindGit.cmake
* Note Szilard's uncertainty about the origin of
  vectype_ops.cuh and thus its copyright status
* TODO for 4.6.1 deal with material in admin and scripts

References #818

Change-Id: I946200651de7f05c2ff292fcded8f33fca7b356f

Merge "remove unnecessary cmake messages" into release-4-6

Merge "fix OpenMP detection on Mac OS broken by a6fee0b" into release-4-6

Fix reading of g96 title

Change-Id: I5b077ef2f581d704848b658c588636c7510d3c38

remove unnecessary cmake messages

Unfortunately f8885a6 slipped in with two debug messages in the compiler
version detection code. This commit removes them so we're back to clean
& silent cmake.

Change-Id: I322183445f75688e3626e8c2382186ce1df1d0a1

fix OpenMP detection on Mac OS broken by a6fee0b

Compiler version check was done before the version got detected. This
code will avoid false positives even if the compiler version is not
available (although for GNUCC it should always be).

Change-Id: I554f13e4b101ae7c9f70674e966065bf9fcf2b27

Updating the shell completion files

Hope this g_tool -man completion technology still works!

Change-Id: I4bfd04ee1e0cc050a0690263d1e7e76f560b0372

added missing cleanup of some nbnxn_cuda data

While the content of the data structures the pointers in nbnxn_cuda
point to was freed up, the data structures themselves were not.

Change-Id: Icb1c5da9867ee252e2a6dadf7f164d7bb4f41a26

Gromacs install guide updates.

Change-Id: I6822ef3898abf81f548163386147cbb1a0a01ad0

Merge "Remove unnecessary ICC flags affecting performance" into release-4-6