Merge branch release-2016 into release-2018

Change-Id: I2c3aa754de1b8ff971854740da9815fff8a41f0d

Third beta release of 2018

Change-Id: I95296a74713ec41a18dd5c866e36b6c0ab66046b

Fix table tests and improve table construction

Since compilers are allowed to use different FMA constructs, we
now allow the consistency check to deviate a few ulps.

For sinc and other extreme functions that oscillate, the
scan over the definition range to locate the minimum quotient
between the 1st and 4th derivative to set the table spacing
exposes some delicate errors. Basically, it is not possible
to have arbitrarily low relative errors for the derivative
for a function that has large magnitude in the same place.
For now we reduce the test interval for sinc(); this should
anyway not be relevant for normal well-behaved MD functional
forms.

Fixes #2336.

Change-Id: I5f999ae871ae21ddc5b59cf78ad8bd27fe2df622

Make oversubscription warning consistent

The hardware thread oversubscription warning was only issued
with OpenMP and without separate PME ranks. Now it actually reduces
the thread count over the physical node.
Also moved the thread affinity up to the earliest possible point.

Refs #2345

Change-Id: Ifdf62c723fd87b0ddaab0df1e2f1bf36b461ea33

Fix electric field .mdp documentation

Typo accidentally introduced in ca9e2450877d00e49

Change-Id: Idc1bf111b65c4e365aad61b2fb83a447d7c58bfd

Use reduced default tolerances for tpx comparison

The tolerances for gmx check are mainly intended
for handling slight statistical deviations, but they
can hide differences between tpr files, when the
user likely wants exact checks. This changes
changes the default relative tolerance to 0.000001
and the absolute tolerance to zero, so that we only
allow for minor differences due to compiler optimization.

Fixes #2024.

Change-Id: I55b882a194d931bf5c36541e25339b6e1eb0a1e4

Fix cmake error with emacs lock files in place

Change-Id: If95d6a77303373c7a0bac5299e6f9dacd1fac81c

Fix typo introduced in b1b1163a245

Change-Id: I288caff40c6252fd059bc2601b4f5afd438aba08

Change avx_128_fma build to double

Important for:
- Simd4N=Simd4
- sizeof(SimdInt32)!=4*GMX_SIMD_REAL_WIDTH

Change-Id: I79efca09547d84d05533c963d53ed6bf7daf3e7b

Support Simd4N for SimdRealWidth<4

If the SIMD with is smaller 4 but Simd4N is supported
then use Simd4 for Simd4N.

Also move Traits into internal namespace to signify that they
are not intended for usage outside of the simd module.

Fixes #2327

Change-Id: I3d49c57cebc5d565df442d01e322c89312771699

Remove incorrect/misleading OpenMP message

Change-Id: I69e8b84a593aeb3dff868a169ac88f17c101ec59

Revert "Use table Ewald for Skylake"

This reverts commit 80c3f0d8ec228c6266ab721cadcb3dca48aad1d1.

After the bugfix of table (12e9ea41a9cee) this isn't the right
choice anymore.

Change-Id: I4c916c1d038c0e7501b1bd9f91ebc89f5afbd2cd

Make OpenCL implementation of gpu_utils tests conform

These fell out of sync with the CUDA implemention, and can only be
noticed if you run tests from an OpenCL build with no devices
available.

Change-Id: Ib196cf498c2537f814c9153b0279af8fdf01234d

Avoid confusing message at end of non-dynamical runs

EM, TPI, NM, etc. are not targets for performance optimization
so we will not write performance reports. This commit fixes
and oversight whereby we would warn a user when the lack of
performance report is normal and expected.

Fixes #2172

Change-Id: I1097304d79701be748612510572382729f7f26be

Fix return values of frame-reading functions

This function was based on read_first_x that returned the number of
atoms, and was documented to do the same, but has always returned a
logical boolean about whether a frame has been read. This led to
aspects of gmx spatial and gmx trjcat -demux being broken.

Fixed by returning a proper bool, and fixing the remaining logic that
used the return value in a non-boolean sense.

Refs #2157

Change-Id: Ic871b56f68c7dbc654ab11b34ff82932353e6ceb

Require -ntmpi with setting -ntomp with GPUs

With GPUs and thread-MPI, setting only -ntomp could lead to
oversubscription of the hardware threads.
Now with GPUs and thread-MPI the user is required to set -ntmpi when
using -ntomp. Here we chose that to also require -ntmpi when the user
specified both -nt and -ntomp; here we could infer the number of
ranks, but it's safer to ask the user to explicity set -ntmpi.
Note that specifying both -ntmpi and -nt has always worked correctly.

Fixes #2348

Change-Id: Iad380721807f5c53b8c70808cea75c5f29341a8f

Make AVX-512 CMake detction work

Both inline assembly and the support flag have to be set for the
timing code to be compiled.

Also fixed tabs and made the warning about the number of FMA units
only a status message - it's not any more important than anything else
we make assumptions about.

Change-Id: I1a430d12bc52cbea2495d2d3837c851761f552d8

Remove PBC before generating TPR with group scheme

Ensure that all molecules have been made whole before generating the
run input file when using the group scheme, to avoid error
messages for large charge groups when molecules are broken
over PBC boundaries.

Fixes #2339

Change-Id: Iecba013826cbe46e7f70bd674935f9946806ee2e

Simplify CMAP loop

Fixes #2350

Change-Id: Id87a2105012d541f77d1c278029fe36b874328a9

Work around AVX-512 issues in gcc-5.4 and 7.1

Fixes compilation issues with mixed and double precision builds using
AVX-512 SIMD with gcc-5.4 or gcc-7.1. Also tested with gcc-6.3, and
Debug as well as Release builds for all three versions, all of which
now pass the simd unit tests.

Fixes #2325.

Change-Id: I59c3ae0467b51412d1ebbb5b57a248534288a5db

Fix PBC error in gmx_spatial

Fix provided by Alexey Anikeenko.

Fixes #2157.

Change-Id: I2ac8a4ffac5acb0f3e432036ded3b380d720a719

Merge "Merge branch release-2016 into release-2018" into release-2018

Documented power spectrum to gmx velacc

This option was saved by the bell and my nostalgia for
power spectra. The usual recourse is that we get rid of
functionality that nobody takes the time to document.

Fixes #2019.

Change-Id: I09fc5367a59300e2fca780125893fad5c1d72b81

Add work-around for ICC 18.0/.1

Also remove old work-around for unsupported version.

Change-Id: I927749b55f76b30b7d9140f84fa6216c725b5852

Require TPR file for gmx cluster

The program crashes without it, so it wasn't
optional.

Fixes #2170.

Change-Id: I63af728eea047dd4c3b11d890d507473109a7279

Disallow ascii formats for gmx trjcat

Since trjcat (deliberately) does not use any TPR file,
the tool can't handle trajectory formats such as GRO
or PDB where atom/residue names are needed.

Fixes #2225.

Change-Id: I55cbfd5f8a3909c1f76e63fa402f0c3243a6f7c7

Improve grompp missing-parameters error message

If an interaction entry had parameters but not the function type, then
the error message has been confusing. Note that even when only one
function type is implemented, the field is still required, which makes
for ready extensibility.

Refs #2144

Change-Id: I356e14541d4aaffad054d5ecfb8a9e3cb04cd25f

Check for large energy at first step

Also added step number to fatal error message.

Fixes #2333

Change-Id: I6e8aa1fac3a3c9a358b4046de5c8a3547ae14b15

Merge branch release-2016 into release-2018

Change-Id: Icd7a26c399258adccf93b6d49b43567810072802

Avoid yelling about thread pinning twice

Do not print the second, generic note about not pinning threads
when we printed a first, more detailed warnings.
Updated the threadaffinity tests for this.

Fixes #2342

Change-Id: I1fa8374d70891c3bc1caf2827210875e1c1a020f

Fix shift usage for KNC

9437181eacb removed the shift operator without
replacing the usage for KNC.

Change-Id: Ia5600c02d423cbb6cbaf730f7531f13bfe171132

Second beta release of 2018

Updated release matrix because bs_nix-amd is unreliable

Change-Id: I34262535e7a9cffc21e83fff60570605fbe7955f

Remove duplicated lines from OPLS ffbonded.itp

Only identical lines have been removed, as identified
with sort ffbonded.itp | uniq -c | sort.

Fixes #1678.

Change-Id: Id6f2b335f385ed31ddec1662d2f446b139067d1a

Fewer messages when -cpi file is not present

Removed duplicated message when -cpi restart is not found.

Fixes #2173

Change-Id: I6543c077dfc9660177e61dd2ba0018bf6804ed58

Replace intrinsic with inline asm for AVX512 unit test

Without high optimization, some compilers (icc) produce
assembly that lead to lots of store-to-load forwarding
during initialization, which screws up timing results.
The modified code uses inline asm without loading from
memory, which is fine since the inline (volatile) asm
will not be optimized. Tested to work and detect 2 FMA
units on Core i9-7920X and 1 FMA on Xeon Silver 4116,
with with gcc-5.4, gcc-7.1, icc 2017 and clang-5 with
optimization levels from -O0 to -O3. We also avoid
warning if we override the architecture with the
AVX-512 flags for the source file containing the asm.

Fixes #2340.

Change-Id: I3aea95b162c55c7773182a69f639dff1a01d0603

Don't warn about NVML clocks that are at max

If the clocks are already maxed out there is no
point in echoing warnings about not being able
to set them.

Fixes #2313.

Change-Id: I77bc7111489166b580c2d7742a7729c003f25e9e

Leave NVML use off by default

Even if NVML is found, leave the default off because the
linking is unreliable for reasons that are currently unclear,
and only in some cases is linking with NVML advantageous.

Fixes #2311

Change-Id: I03e833964995f88350bf6cb70c06f1e3f67bb865

Check for GPU detection support before detecting

When a CUDA-enabled binary was run on a node with no CUDA driver
available, a note was issued that the version of the CUDA driver is
insufficient, which was wrong.

Fixed this by separating detection of a valid CUDA driver (or OpenCL
platform) from enumerating the compatible devices. This permits a
GPU-enabled build configuration to gracefully degrade to the same
behaviour as a CPU-only build configuration.

Also suppressed more warnings about use of OpenCL API elements that
have been deprecated but which we intend to contiune to use
regardless.

Also fixed confusing name of rank_local, and replaced it with a
boolean that cleanly describes the required functionality.

Also fixed and simplified logic of printing the GPU report. The
implementation only prints details about the node of the master rank,
so there is no value in checking a variable that reflects the number
of GPUs detected across all nodes.

Fixes #2322

Change-Id: I831d3c0017dafc00f7bb82e3f71be5b122657d1e

Disallow combination of PME-user and verlet cutoff

Fixes #2332

Change-Id: I127a5680a0a83b7e5f8163b99619a6cc3729a992

Consume any error produced during GPU detection

Having reported it, we should clear the CUDA error status so that
future calls do not continue to return it.

Fixes #2321

Change-Id: Id5c6445074b6b835296fcb544b7fc94168edc974

Avoid signed-overflow warning with gcc 7

The code assumes no overflow will occur. Both the old and new code are
vulnerable to over/underflow for different extreme values of *n, which
are both undefined behaviour (for signed integers). So it is not
clear to me why this formulation keeps the compiler happy.

Otherwise, we get "cc1plus: warning: assuming signed overflow does not
occur when assuming that (X - c) <= X is always true
[-Wstrict-overflow]"

Change-Id: I354c547f5ae03e2bcf4485874aac454a8397d7b0

Remove SIMD shift operators

These were almost unused, and caused problems in debug or clang builds
when the intrinsics required immediate operands that were not always
understood by the compiler to be available, because the function
argument was a variable. This could be fixed (see #2323), but there is
almost no known use for this functionality. For AVX-512, the fastMultiply
function is now implemented with explict intrinsics.

Fixes #2323

Change-Id: Ide45bde08deb425c18f35cd2adb263e566d643a1

Add grompp note for PR pcouple + position restraints

Refs #2330

Change-Id: I299e39247d69214d9b54c47874d522ac7b00a30e

Revert "Disable default-on NVML support in CMake"

This reverts commit 969fb1d08b7fd33c809ce967b9e3bc38d5ac83cd.

Sorry, my bad for not testing it before submitting. It won't work to
just define the option inside a conditional for whether the option is
set - then it will never be available in the CMake GUI.

Change-Id: Ia8310332932d6ce81c9249560744fdaa2648bee4

Remove SIMD warning for AMD Zen

After choosing nbnxn 2xNN kernels and changing the to tabulated Ewald
nonbonded kernels, AVX2_256 is only a few percent slower than AVX2_128
on AMD Zen and is faster with nonbondeds and PME on a GPU. So we
should not warn the user when AVX2_256 is used.

Refs #2328

Change-Id: I67b66b0025c7e3c31943f3f02b80e97fb9764066

Tone down note about not pinning threads

The note mdrun prints to stderr and log file when not pinning
threads is now a short note instead of the old failure message,
since not pinning is often a choice, not a failure. With more than
one thread, a failure or longer explanatory note will anyhow have
been issued before.
Also removed a warning about OpenMP set affinity when the total
number of threads was chosen by mdrun.
Updated the thread affinity tests for the new message. Added tests
that are now possible with the recently introduced auto thread count
variable.

Fixes #2088 and #2319

Change-Id: I1411a1ce6e222d22da8d70bf7bab2c9bb7564507

Disable default-on NVML support in CMake

Due to the problems related to NVML builds failing in link stage when
linking against stub libs, we disable NVML by default to protect users
from a hard to disagnose bug.

Refs #2311

Change-Id: Id083254bc4344fbb3a91e7dd645a5f814163d043

Refine ulp tolerances for some more ewald tests

Fixes #2337

Change-Id: I86bb615fa147988c8e54f0bbd7e17c2f61b312d0

Correct Shake test tolerances

The shake test used a tolerance on the square of the distance instead
of the distance itself as the documentation says.
Added tolerance for rounding errors due to the absolute size of the
coordinate values involved.

Fixes #2338

Change-Id: I1a771c0682fd694b2672986b46c58d4888d5a4a2

Add Viveca Lindahl as contributor

Also fixed a type in a name of a contributor in the manual.

Change-Id: I62761a3aeb8aabc115592f23f844d9ae72afb108

Add information regarding xlc compiler

Added information concerning that the xlc compiler
is neither supported nor tested.

Refs #2102

Change-Id: I1963a2fdaa6e27f4d9521c28088fc1c1f7eabe97

Added cool quote from Viveca's defense

... from her discussions with Bert de Groot.

Change-Id: Ifaa50cfc236d568b2c659b6cffc94b40ad577762

Fix AWH test accuracy

Fixes #2334

Change-Id: Ieda604a3dbd1c253302214559e169581dfc02fe1

Choose faster nbnxn SIMD kernels on AMD Zen

On AMD Zen tabulated Ewald kernels are always faster than analytical.
And with AVX2_256 2xNN kernels are faster than 4xN.
These faster choices are now made based on CpuInfo at run time.

Refs #2328

Change-Id: I146bc012910bc1f46ed14155651c3d2a7c1f91e5

Fix exp test for ICC in double

Fixes #2335

Change-Id: I5f688c64d59e8d2a23239fc945756bcc5130d15b

Fix RelWithAssert with ICC

The fp-model flags required for ICC to run with fp-assertions
were not correctly appended. The forwarding of build configuration
specific flags was not working. The RelWithAssert for ICC flags
were the only such flags.

Change-Id: I138fd82eb758157f47ff5186a040afb9e4a2d956

Fix C++11 library check's thread dependency

Test was depending on thread library without explicit linking it,
which some compiler require.

Fixes #2051

Change-Id: I9929d9373a4e8caa393f548d25a78bc03c016bf9

Relaxed precision in spline interpolation tests

The recent change I2babd8a7c5d4ab436e67a8b8d1ec0532a482ec94
removed the precision-dependent testing tolerances and
inadvertently tightened the double precision tolerance of
spline interpolation tests. This change relaxes the
spline values/derivatives tolerances for all precisions.

Change-Id: I4e97a86ba75f234cfa2ac2c4e644f52403578f1f

Fix ICC warnings

Fixes #2300

Change-Id: Ia5ce081af805d905b7642d773fa51fb0b729a109

Provide dummy initialization to silence a warning

Either the real value is set in the loop below, or the program terminates.

Fixes #2329

Change-Id: Iefa89e1e1ad6d454befd461ea650e7f3bb79904c

Added doxygen note to clarify rounding mode of SIMD

Also moved unit test of rounding mode into own test to make
obvious that rounding mode is independent of ldexp.

Fixes #2249

Change-Id: Iae66e080de141ace7f2b1298f94fdb867f8632fe

Implement alternating GPU wait

When both PME and nonbonded tasks are offloaded, instead of waiting in a
blocking call for each task in a predefined order, we poll the GPU
streams and start the reduction of the forces of the task that finishes
first. This allows overlapping one of the reductions with the GPU
compute/transfer of the task arriving second.

Change-Id: I612a0c5cae54bee04c1d587b98b6fc534e766de6

Fix build with cmake 3.10 on Linux

Without this fix cmake will fail with at least on Gentoo

Change-Id: Ie04c2e5f5884f05c3648fed7289157e73fd8d81f
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Do not accept unsupported combination "-pme cpu -pmefft gpu"

Previously "-pmefft" was silently ignored in this case,
now this causes an error.

Change-Id: Ia72fc5845591a9ff349a110268bec87e5b87464b

Fix mdrun -nb auto -pme auto when GPUs are absent

The logic was flawed such that GPUs were "selected" for use even
though none had been detected. That led to the GPU behaviour of
avoiding using separate PME ranks.

Also made a minor fix to the logic for emulation. The new
interpretation of mdrun -gpu_id does not need to trigger an error when
GPU IDs have been supplied along with the emulation environmnet
variable.

Fixes #2315

Change-Id: I68da27c9bfef9f73b9dae4f04f196066d2efb1e2

Fix ArrayRef<SimdDInt32> for SSE/AVX128

Fixes #2326

Change-Id: I0af16deb658984fb9d9cbf0cfaf9926ff479f9af

Update testing to include cmake 3.10.0

Change-Id: Ic5b9cd0e4e5a86ccc0576d8c7bb9acc27cdc3d4c

SIMD accelerated Urey-Bradley

Enable SIMD for Urey-Bradley without energies and shift forces.

Change-Id: I8bb94ad4be6db41c0b3d8e820ceacc5c1005146e

Fix DD exact continuation bug

With domain decomposition the local atom density, used for setting
the search grid for sorting particles, was based on the local atom
count including atoms/charge groups that would be moved to
neighboring cells. This lead do a different density value, which in turn
could result in a different number of search grid cells and thus
a different summation order during a run versus when continuing a run
from checkpoint, when no atoms would be moved. Now exact continuation
is guaranteed for the domdec module with the mdrun -reprod option.

Refs #2318

Change-Id: I78452c7dfcf3ca6bdee63ece3795efc7e4ac467f

Fix pme gather in double with AVX(2)_128

The 4NSIMD PME gather change did not change the conditional
for grid alignment. This is made consistent here.
Note that the 4NSIMD change lowered the performance of PME gather
on AVX_128_FMA and AVX2_128 in double precision. We should consider
using 256-bit AVX for double precision instead.

Refs #2326

Change-Id: I07bfb3ca8d334bce18ed0b6989405bbc02c25b7b

Reformulate PME solving tests tolerances

Output complex grid tolerance is now expressed in terms of
B-spline moduli and SIMD exp() error.

Fixes #2306

Change-Id: Ie158597d4a4e798af38d57988278e89d408eb205

Merge "Merge branch release-2016 into release-2018" into release-2018

Fix free_gpu

If a device context was not used, CUDA gives an error if we attempt to
clear it, so we must avoid clearing it.

Refs #2322

Change-Id: I67b8b2d263eaed9c7489a6de6f612b27496cc6c2

Fixed initial temperature reporting

Fixes #2314

Change-Id: I13dec05ede9b4ad976c22b4910ee02256dcaac74

Fix unused variables in CPU pruning kernels

aj is unused when UNROLLJ != STRIDE, so should not be declared

Change-Id: I889e47a3d62ad5644a96c6d05403b4b9285975e4

Merge branch release-2016 into release-2018

Change-Id: If84bee0ff744533c841532efbf29e6338c412c5a

Update mdrun signal help text

Updated mdrun help text on signal handling for old and recent changes
to the behavior.

Fixes #2324

Change-Id: I48dd30b7da3a1dc57331978c7d3b0e1509850187

Only stop at nstlist steps with -reprod

Stopping mdrun with two INT or TERM signals would always happen right
after the first global communication step. But this breaks exact
continuation. Now with mdrun -reprod a second signal will still stop
at a pair-list generation step, like with the first signal, so we can
still have exact continuation.

Refs #2318

Change-Id: If65c1215d2509d60c1c5a6444769e7809288e798

Fix compilation issues for AVX-512

- gcc-5.4.0 incorrectly requires the second argument of
  _mm512_i32gather_pd() to be a double pointer instead
  of void, but this should fix compilation for both
  cases.
- Work around double precision permute instruction
  only available with AVX512VL instructions.

Fixes #2312.

Change-Id: I31420e71064b1c5c25c8af29a1d41c7f372375c1

Clear vsite velocities for simple integrators

The simple integrator loops (introduced in 69470fc4) do not clear
the velocities of virtual sites. This allows velocities of virtual
sites to slowly increase over time. To prevent this, velocities
of virtual sites are now cleared in a separate loop.

Fixes #2316

Change-Id: I12ff0fae2cd3c45ad4e63bfeccfc8c88505cdb1e

Fix fft5d pinning

A CUDA build on a node with no driver installed can never have
selected a CUDA pinning policy, and erroneously unpinning leads to a
fatal error. Instead, FFT5D now remembers whether it made pinning
possible, which can only occur when there was a driver and a valid
device, so that it can unpin only when appropriate.

Removed some C++ guards and named a variable more precisely.

Noted the a TODO to make a Jenkins configuration to test this code
path.

Fixes #2322

Change-Id: I50ae9cdeeb26ac0d0bd5ecf48b28b44cf0716745

Tighten B-spline moduli single precision test tolerance from 6 to 1 ULP

Also get rid of the misused double precision tolerance helper.

Change-Id: I2babd8a7c5d4ab436e67a8b8d1ec0532a482ec94

Avoid assertion failure in AWH

With an unstable reaction coordinate or unequilibrated system, AWH
could cause an assertion to fail. Now AWH checks for valid coordinate
input and throws an exception with a clear message.

Change-Id: I059d9cd9fbff74fc096a9c1e4c16cf8d84b2118a

Correct AWH input file name in documentation

Mdrun was expecting user input data file 'awhinit.xvg' while the
mdp-option documentation has 'awh-init'.xvg'.

Change-Id: I66a4957d58a7808213029bb33ad1ab69cacc304f

Change the GPU SMT cut-off to quadratic

The advantage of SMT diminishes rapidly with the number of cores.
So the system sizes should be compares to the square of the number
of cores.

Change-Id: I58f2efb3bb70b039452822bb18865c734ba52189

Fix AVX-512 SIMD test for C

Avoid using C++ features in the test, since
it should test both the C and C++ compilers.

Change-Id: Ia85d925faff87f39bc7ae34c8eac813bd45a7e37

GROMACS 2018 first beta release

Change-Id: I153d464d62e99f429dd31accf21bae033da4b61c

Update documention of Nose-Hoover output

The documentation of Nose-Hoover chain variable printing was
(long) outdated.

Refs #2301

Change-Id: I2ef02e676141000937fedecf096b635ee2e69281

Refactor nbnxn exclusion setting

Consolidate common parts of the simple and GPU exclusion mask
generation code. Made variable names more descriptive.
No functionality and performance changes, except that the direct
j-cluster lookup now also works when the first j-cluster does not
equal the i-cluster.

Change-Id: I3ef6344ae2796e649ae30bf5ff0668a4548c011f

Extend grompp missing energy term message

Fixes #2301

Change-Id: Ie28dcdb1d9f4100a9b4389f8d060b0f0749ec401

Replace of pmeGPU variable name with pmeGpu

Sticking to one spelling is hard.

find ./src/gromacs/ewald -type f -exec sed -i 's/pmeGPU/pmeGpu/g' {} ';'

Change-Id: I80290027464343a034bfc0194fa2340663c2cbd0

Separate local GPU NB wait from emulation launch

Refactoring splits the combined nonbonded GPU and emulation path
conditional in preparation for the polling/alternating wait.

Change-Id: I685fb0ca5f72b92efb510d281c1078011f0c8b16

Refactor GPU rolling prune launch

Move the launch call and related logic to separate function.

Change-Id: Iba4d331fa0aa14b95a43d752d04ea3e4833667a2

Improve status messages for SIMD checks

The present SIMD checks always include a blank flag as the last
variable. This will (obviously) always work as a compiler flag,
and then we instead issued a status message saying a compiler
flag was found, but updating binutils might help. This alters
the error message to reflect that no flag was found, and we are
intentionally unspecific and suggest updating the compiler and/or
binutils.

Change-Id: If99aeac391adc709c295e71b94583a8f9e395b0e

Fix bugs introduced in c4cd996

Flags being appended every time to cache, causing endless loop
with cmake 3.6.3 and ninja 1.7.2. Appending not necessary. Only
case which is multi-step (AVX128/FMA) is anyhow appending
manual. Flags were appended by gmx_find_flags before c4cd996
but the usage of it caused the flags to be appended in the
cache. This bug-fix changes gmx_find_flags rather than the
usage because functions shouldn't append outputs.

Change-Id: I0d9ae1edae937fe871f0085894858746778ffe0f

Time FFT/gather in mixed mode

Add separate cycle counters as the main PME ones are not practical as
they are treated in a special way, assumed to be part of the seaparately
accoutned for "PME mesh" section.

Change-Id: I189f256e7df24ff34420edfa8f6a3729709930fa

Do not force separate PME rank to recompute reciprocal box every step

Change-Id: I5015a13ecda6b14831619d7fb1e78fde4eb2002d

Test more AVX-512F instructions before enabling support

Test instructions that are not implemented on
earlier versions of clang, and fix a bug where the
KNL version of the avx test was called by mistake due
to similar names.

Change-Id: I47bbaf363feac9f6b34276295508e147d0c9e3e8

Disable failing separate PME rank tests

Change-Id: I2a954c766b06dcc99bf69c27fa1d56f275454adf

Add tests for PME tuning and fix mixed PME mode with tuning

Fixes #2303

Change-Id: Id9acd3d9b01b585d772b2009dcea9a9e0b8b0539