Consolidate global mix-ins.

Add a generic documentation section for CI job parameters
and add global.gitlab-ci.yml with mix-in job definitions.

Change-Id: I4e34845deed69e949e849d6a4a34462965f1646f

[ci skip] Remove indirection for default tags parameter.

Change-Id: I839dd92c3884a963bb64eeb396df7d9c25340d24

[ci skip] Reorganize .gitlab-ci.yml

* Move job definitions to a few thematic files in admin/gitlab-ci/
* Remove the layer of indirection from .include-template.yml

Change-Id: I2431647ec32929098d2ca04f57083172bb266a44

Store DeviceInformation inside the DeviceContext class

The device information with which the context was created is
now stored inside the DeviceContext object. This allows to pass
less arguments when information from DeviceInformation is needed
(e.g. for OpenCL optimization). The empty constructor for the
DeviceContext was also removed to make having invalid context less
probable.

Change-Id: Ie9600a89c21327246251c891807c37084f626f76

Simplify finish_update()

Now that coordinates are no longer shifted using the graph
in do_force() and not shifted back in finish_update(),
the handling of frozen atoms can be simplified.

Change-Id: I81b817d25f26eeb5480e729dd858c084431a5117

Remove at_start from t_graph

The start atom for shifting was always 0, so no longer needed.
Also improved the naming of several variables.

Change-Id: If9df778f50383e5b2faacb559ee768062faddf2a

Add script to generate CI Docker files

Refs #3395

Change-Id: Id001c87b52f4d1f7afcb7fbb38cd4b5efdbfd90e

Pass DeviceContext instead of GPU runtime data when possible

Change-Id: I06d66dc24994b15b2ed49ced927b4a5cf59c7c3c

Remove use of graph in do_force()

Removed all unused code paths using t_graph.

TODO: Remove the double coordinate copy in the update code.

Change-Id: I9fcba521e85972e7a0d18e348e0330f845c45182

Use WholeMoleculeTransform for orires and epsilon-surface

Remove direct use of the graph from the orientation restraint
and Ewald epsilon-surface term code by passing in whole molecules
created by the WholeMolecules class.
Since this was the only remaining use of graph in do_force(),
it can now be removed.

Also enabled the epsilon-surface mdrun-test.

Fixes #3441

Change-Id: Idfec6508c6dfd9e1a656cf23613ede3793794901

Add WholeMoleculeTransform class

This class manages a coordinate buffer with molecules not split
over periodic boundary conditions for use in force calculations
which require whole molecules.

Change-Id: Iaa07b8a037d115c9b923978204aaa859ae4256c9

Document CI variable and remove unused template.

Change-Id: I03a3790fa962b508afc797728a94ebaccfb2509b

Fix unused variable in PME OpenCL kernel

This is only found when clang is the device compiler.

Also fixed some Doxygen there

Change-Id: I5b46ef0f5c2b11f9b4e891757a25892e3c1d7739

Simplify PME GPU constants

The values dependent on threadsPerAtom are now computed directly
from a class enum value, rather than indirectly from a bool.

Turned clang-format off for sections of the code where we declare
template functions. That stuff is easier to read and maintain if we
treat it like tabular data rather than free-form code.

Removed some const on template values. Those are useless, because
template values are always const, and confused a compiler when a const
ThreadsPerAtom was compared with a ThreadsPerAtom.

Change-Id: I295d4c2ea52b7912b8bd9a09ee178d104e9bfcb0

Disable sphinx.ext.viewcode

Generates a broken link that causes linkchecker to fail.
This is a useful extension that will help especially for navigating
from the infrastructure documentation to source files (where navigable
content is more important than user-facing polish) but we aren't ready
for it right now.

Change-Id: I1a8c18428fac532c6064ea583c3b6952bd2e821e

Add stub Variables documentation to GitLab CI doc.

Change-Id: I1950c2615919cb08b1af331060b9937f1cfb535e

Make some doxygen errors more clear

Prints more clear error messages when doxygen fails to run on assertion.

Change-Id: I476a97b494484d7b020a60d833d8e59405c970a2

Remove duplicated YAML key.

Change-Id: I611be87f451bd7e82e814c14d16f1086bb69e1fa

Convert t_graph to C++

Convert memory management and initialization of t_graph to C++.
Added a simple class to build the graph. This makes graph generation
a factor 4 slower, but we plan to use gmx_mtop_t for generating
the graph, which will lead to a large speed-up.

Todo: Convert t_graph to a proper class.

Change-Id: Ib5a3059e9c0d0cf6888448fe471280ecf6b9467a

Remove dysfunctional QMMM interface pt4

Clean-up leftover QMMM definitions

Change-Id: I751389f02a111f9a7ccd907fe63c0422df65cc92

Remove dysfunctional QMMM interface pt3

Removing QMMM from inputrec

Change-Id: I3873c2bfa97234ebdf25e49f8ed68be221f9f957

Remove dysfunctional QMMM interface pt2

Uncoupling from forcerec, deleting unused files.

Change-Id: Id72281a26b8b39b6d2a37f5f8a43330f399ce5aa

Remove dysfunctional QMMM interface pt1

Removing some of the by now obsolete QMMM functionality to ease
refactoring work on grompp and mtop

Change-Id: I4a973e905f63d06028ec5d0e73afbcbafa7f0cf5

Add document for containerization infrastructure.

Refs #3375

Change-Id: Ia734e6c448959a8d73c274847538e81a8c9191ce

Alphabetize list for readability.

Sort the exported variables passed with EXTRA_VARS in a call to
gmx_configure_version_file().

Change-Id: Iddd878c5b6fefa03a2f0c579147f98e3d51eba08

Reformat arguments for readability.

Put each of the values for the EXTRA_VARS argument on a separate line
with extra indentation to help distinguish values from key words in a
call to gmx_configure_version_file().

Change-Id: I586bb29c9fdd3e9a01fbea76163085d73ec18d47

Define an argparse parent parser for container image tools.

Refs #3395

Change-Id: I8bcb314b21732cb870743f44de6aadc4d6bf534d

Build MPI in Dockerfile.

We should make sure that the MPI compiler wrapper we
set up corresponds to the toolchain we expect to use
in a Docker image.

Refs #3395

Change-Id: I89e2af539199918153560483552b5245c6947acf

Merge conf.py and conf-vars.py.

Combine conf.py and conf-vars.py.cmakein into conf.cmakein.py.
Process conf.cmakein.py into conf.py the same way conf-vars.py.cmakein
was formerly processed.

Reduces repository complexity and improves the readability of conf.py.
Also allows both conf.cmakein.py and conf.py to be valid Python so that
editors and linters can correctly check the source. conf.py was not
usable from its source directory, so no functionality is lost, and it is
clearer now that documentation should be built through CMake instead of
directly from the command line.

Change-Id: Ia569b3c2f55d20fc21107149a672d1b587ab1571

Move testing code to test directory

This should not add bulk to libgromacs

Also decoupled some headers from unnecessarily depending on other
headers, some of which inhibited the proper separation of code and
tests. In particular, there's now a proper getter for warp size.

This needed the default implementation of pmeInitEmpty to move into a
source file, because it was requiring the definition of CodePath to be
available.

Change-Id: I3040c77404ade4d8cf0a41faf4aa4da4db42e3d3

Combine initialization routines for GPUs assigned to PME and Nonbonded

The subroutines that do the initialization share a lot of logic. Also,
the current setup does not allow to have more than one GPU assigned to
a single rank. This make it natural to keep one handle to the GPU
device, if there is a GPU assigned to the rank.

Change-Id: I9177e1a6c00cf6efa7b58370b8fa6220c8fd4496

Remove stream from GPU kernel launch config

The stream is not a configuration parameter, hence
it should not be a part of a kernel config struct.
This also remove dependency of kernel config on
DeviceStream.

Change-Id: Idb0426f21bc9db1490053b82f1d11bee55ae9133

Require padded atom data for PME GPU

The unpadded case doesn't work and is hard-coded not to run, so we
should remove it.

The constant c_usePadding has been true ever since
379b2954fd3efbd1b2c724964932c2ef03078939 introduced it in 2016. This
piece of unecessary complexity probably comes from prior introduction
of the optimization of padding the atom data arrays so that
device-side loads don't have to check boundaries. That's unlikely to
ever change again, and is unused, untested, and poorly
understood. (It's also currently broken - if c_usePadding == false
would be attempted, it would lead to the alignment getter returning
zero that would be used as a divisor, ie. is broken.)

In some places the words alignment and padding were used
interchangeably, which is confusing and fixed. Now code refers to
block size and that it set the minimum divisor for the memory
allocation. Padding size is a misnomer, because the size of the
padding can be interpreted as the number of the extra array elements.

The resulting code is a bit simpler and easier to understand

Change-Id: I51a28c1c722e3ee5a9f3e1787892d81cb9df00fb

Use DeviceStream init(...) function to create streams

Change the stream creation procedures from direct calls to CUDA
and OpenCL API to using pre-defined init(...) method of the
DeviceStream class.

Refs #3314
Refs #3311

Change-Id: I96a0ca41f251b9925ef9bed77c4f355939b65c6d

Make DeviceStream into a class

Refs #3314
Refs #3311

Change-Id: Ic270864f0e82af63f91a91c9951bf678795680fa

Add tests for Ewald surface terms

Note that the surface-epsilon test with flexible bonds is currently
disabled as this functionality assumes whole molecules which is
currently not possible.

Change-Id: Icfe4d41abf12c5832c0d7757eb9dbe5631338f46

grompp: fix the -ref <file> option

Mark <file> optional (e.g. ffALLOW_MISSING).

A typical usage is
gmx grompp -ref rotref[.trr]
in which grompp will use rotref.0.trr, rotref.1.trr and so on,
but not rotref.trr. The easiest fix is hence to mark the file as optional.

Change-Id: Ide2947f57580b680d4f5f04ada22fd67d5fb0f93

Reorganize dipole calculation in do_force

Encapsulated dipole used in do_force in a struct and eliminated
fr->mu_tot and moved code into a separate reduction function.

Note that this change now also computes the dipole when
flags.stateChanged=false, as the old value is no longer stored in fr.

Change-Id: Ibcfda31c450e50d37c2697f6d04a549e8f996823

Fix the post-submit failures

Fix warnings, introduced by 6975fbfd22030a08bbe076151a3de69894a4de2f

1. Change the order in the initialization list
2. Make use of the deviceContext_ field in PP-PME comms
3. Small fix to the comment

Change-Id: I847dbfc187a469eb89405c52b26ee1965f39c44f

Take over management of OpenCL context from PME and NBNXM

This patch set creates the DeviceContext in runner and passes it to the
consumers (PME and NBNXM). This removes unnessesary management code
duplication, makes the device buffers in two modules compatible.

Fixes #2522
Fixes #3315
Refs #3311

Change-Id: I10358cfaced5b5c7dbdddf95679c9a9703f3a2c0

Amend optional documentation

gmx::compat::optional, or the respective std::optional in C++17
are compelling to over-use in some cases. Added developer
documentation on when optional<T> is not the best choice.

Change-Id: I9cbfd42968ab8797109e35eba7e01afe6a1507ae

Add tests for graph

Change-Id: I580eb129b36c7d4185e214f8e1fd03119138b5ef

Fix type in range and add tests

Change-Id: Ie2ffc54ff0382b7753e86c12334c38993979717d

Use init(..) function to build DeviceContext

This patch unifies the logic of OpenCL context creation in PME and
NBNXM by using the same init(..) function for the DeviceContext
object.

Also, the DeviceInfo is now de-referenced directly after the check
on the pointer validity and passed along as a const reference, which
improves the clarity of the code.

Refs. #3315, #3311.

Change-Id: I5ba0f530918f3340fa1a5ad3e8d60fe4e0967dab

Consolidate PME GPU spline infrastructure

This functionality isn't utility

Change-Id: If2ddfc47fda0c6dfc3f26df2f9002564b5d0db99

Fix wrong Docker images in doc builds

Change-Id: Ia1324355c1be2eb10507a085ae6b04014b97596d

Make DeviceContext into a proper class

Having DeviceContext as a platform-agnostic class allows one
to easily create context, which is usefull for setting up the
GPU stream/context manager, tests for GPU functionality.

Refs. #3315.

Change-Id: I496d225b58c96d7642830c8e9552139750891849

Free up Docker image tag namespace.

Allow tags to distinguish Docker images for different release
requirements. Free up the image tag namespace for granularly describing
image revisions (and create smaller image repositories) by using the
matrix slug as the image name. Tag images to indicate the supported
GROMACS branch.

Refs #3395

Change-Id: Idff95d031cd56a28545562862e78cd99902db620

Remove duplicated GitLab-CI jobs.

Remove extra job definitions from merge conflict resolution error.

Fixes #3414

Change-Id: I39b36cef108db6c0274d163707303daea2391079

Reformat .gitlab-ci.yml

Resolve inconsistent white space.

Change-Id: Ieadb6f29815d26a2bae7c756c6f5ef17c91164e2

Consolidate logic for whether to use ModularSimulator.

There appeared to be inconsistent logic in runner.cpp about whether
the ModularSimulator would be used, but the apparent inconsistency was
actually just the result of equivalent logic being performed in
multiple places, and unclear ownership of an environment variable. This
change should clarify some logic in runner.cpp and simplify the behavior
of the SimulatorBuilder.

* Reference GMX_DISABLE_MODULAR_SIMULATOR environment variable in a
  single location.
* Use a single utility function to determine whether to use
  ModularSimulator, and call in Mdrunner::mdrunner().
* Refactor SimulatorBuilder to perform an action based solely on its
  arguments, rather than to override the client-provided arguments based
  on an environment variable.

Change-Id: I775ef82461f30b79b4412a473e5a1aa66270e2d5

Manage the list of image tags in Docker build script.

Supports flexibility in future handling of built images.

Refs #3395

Change-Id: I207911f190a57cbc4671777b5b92827aa6d3904a

Make shake work without graph

Shake can now internally compute distances using pbc, so it is
no longer needed to pass whole molecules to shake.

This is required for removing the graph from the force calculation.

Also converted shakedata to C++ and increased use of ArrayRef.

Change-Id: I67e2c85e7b4b26c930af89f413a89c2d72178e87

Simplify compiling GPU code for tests

Documented and extended gmx_add_gtest_executable to let us annotate
which source files may need special treatment for GPU
compilation. Those details are all now hidden in the function rather
than complicating the CMakeLists.txt files in multiple places. There's
a lot of incidental lines changed to make sure people can use the
rearrangement well, but the benefit is illustrated in the following
files:

gpu_utils/test/CMakeLists.txt
mdlib/test/CMakeLists.txt

Accordingly, various test code no longer compiles into
libgromacs. Removed some completely unnecessary compilation of CUDA
code for tests.

Compiling test .cu files that also need MPI libraries is not currently
supported. Thus, removed am unnecessary header dependency in
mdlib/tests on MPI libraries that was not needed (and awkward for nvcc
compilation).

Found and fixed a bug where
src/gromacs/gpu_utils/tests/typecasts_runner.cpp wasn't compiled when
it was intended to be.

Change-Id: I9ba624094092a9951fa63f3264c9d99d7ba0cbd1

Fix Gitlab build issues

Change-Id: I7fd9be313ddfe18947ed7a858ea9dc236dba050f

Add function calls to MdModules to sign up for notifications

Allow MdModules to sign up to notifications after they know their own
options. This makes it possible that modules only get called back when
they need to and not by default and skips the if(active) logic in
functions that are called back in favour of not subscribing to the
notifications to begin with.

refs #3076

Change-Id: Ib95c1f734f919805c661ac6f6451af5da8187eec

Split off implementation details of MdModuleNotification

For better readability and testing, moved the MdModuleNotification and
MdModulesNotifier into separate files, hiding away the implementation
details of the complex general callback-infrastructure and exposing more
clearly the callbacks that MdModules can sign up to.

Moved tests into correct directory.

Moved life-line explaining the notification machinery in MDModules from
MdModulesNotification to MdModuleNotifier, where it is better suited.

Change-Id: I0a73f99e450873903a888bcc04228737d0b814f3

Finalize renaming of bEnerVir to computeEnergyAndVirial

This finishes the renaming started in parent. Also fixes the
function comment, messed up by clang-format.

Change-Id: I74ce276227182364d05b62d1f89166cc2748f6fc

Simplify PME step workload management

Used StepWorkload further down into the PME code, rather than the
custom GMX_PME_* flags.

GMX_PME_CALC_POT was unused, so removed.

Spread, solve, and backFFT were always performed, so removed GMX_PME_*
flags and related booleans for them. Re-indented code that was behind
these branches that were always taken. Note that we don't always
calculate forces in PME (currently TPI, but perhaps soon also MC).

Change-Id: Ia7019a0042bde9ac04c3beacbf05f7af41c7ed3c

Add InteractionDefinitions

This replaces t_idef in gmx_localtop_t.
Note that t_idef is still used in t_topology.

Extends InteractList with functionality to add entries
in a simple and clean way.

Change-Id: Ib59012332b6ba09df1de5dc696438c9aba4e2f2d

Improve TPI handling

These errors are best given in TPI-specific code, not general code.

That TPI-specific code already sets GMX_FORCE_ENERGY, which sets
GMX_PME_CALC_POT, so this should not be managed in two places.

Change-Id: I6415634b5ba63d2dc71f6db1e52daac3d15cd8f0

Separate AWH parameter reading and checking

To avoid dependency on order of parameter reading (pulling
before AWH) AWH now reads parameters before checking them.

Change-Id: I11ac76f1def61eac577ef8083698d76f6aac3dd4

Do not count PME only rank when initializing NBNXM

Non-local particles should only exist when there is are more than one PP rank.

Change-Id: Ife99786652dc634039c59f530d2489bf3976c476

Merge "Merge branch release-2020 into master"

Save excluded non-bonded interactions in .tpr file

The intermolecularExclusionGroup of the molecular topology (mtop) has
not been saved in the tpr file before, which lead to the unexpected
behviour that an mtop as set up in grompp was not available in the same
state when the simulation was started.

Excluding non-bonded interactions of a group with the rest of the system
is currently needed for the QM/MM implementation. This change will allow
to complete system setup for simulations that need to exclude non-bonded
interactions at grompp time instead when starting the simulation.

refs #3172

Change-Id: Ia0e3f0571fa467337664bedec2e91a5a008507ca

Add classhelper macro to forbid copy, move and any assigment

The current macro only deletes the copying and copy-assignemnt, but for
most cases also the move equivalent of these operations should be
deleted. This patch introduces a new macro to forbid copying and moving.

Change-Id: I6f2f8591b289322cf7e79003a50507cdc9d6b5b9

Merge branch release-2020 into master

Resolved Conflicts:
.gitlab-ci.yml
admin/builds/gromacs.py
cmake/gmxVersionInfo.cmake
src/gromacs/ewald/pme.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_disre.cpp
src/gromacs/gpu_utils/cudautils.cu
src/gromacs/gpu_utils/gpu_utils.cu
src/gromacs/hardware/gpu_hw_info.h
src/gromacs/listed_forces/orires.cpp
src/gromacs/mdlib/forcerec.cpp
src/gromacs/mdlib/forcerec.h
src/gromacs/mdlib/md_support.cpp
src/gromacs/mdlib/md_support.h
src/gromacs/mdlib/mdoutf.cpp
src/gromacs/mdlib/mdoutf.h
src/gromacs/mdlib/sim_util.cpp
src/gromacs/mdlib/vsite.cpp
src/gromacs/mdlib/vsite.h
src/gromacs/mdrun/minimize.cpp
src/gromacs/modularsimulator/forceelement.cpp
src/gromacs/modularsimulator/shellfcelement.cpp
src/gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref.h
src/programs/mdrun/tests/CMakeLists.txt

Change-Id: Ic95c6b35c8a7b7bd0b9c3fa0833136d32bb74242

Move the PmePPCommGpu initialization from forcerec to runner

Change-Id: I955c7c53bcee571c560b1efd8a4eed7bde4d42fc

Prepare for 2020.2

Reset DOI strings

Change-Id: I8a269a8537595d1070c50cfc31c610f2133618b2

Version 2020.1

Set DOI strings.
Updated regressiontest hash.

Change-Id: I2fa83321688bf052516bab3301336d8b3145e458

Always hash files when building from release tarball

The CMake logic to check if the source files in a release tarball have
not been modified has not been robust enough in cases where people first
run cmake to generate the build directory and then later change files in
the source tree.

The build has now been changed to be more in line with the development
builds, where checking for modifications is happening in all cases.

Fixes #3302

Change-Id: Id54c529bfbe51191ed5262d8da05897b2f53c057

Allow PME coordinate send before H2D coordinate transfer

The introduction of the GPU PME-PP communication functionality had the
side effect of delaying the PME coordinate send until after the H2D
coordinate transfer, even on the default code path. This patch allows
the PME transfer to occur in its original location when the send is
not originating from GPU memory. This is a lightweight solution,
without any new functionality, suitable for the release branch. (There
will be a more comprehensive change in the master branch which also
extends the GPU PME-PP communication functionality.)

Implements #3159

Change-Id: Ic30c154e04bb4c2846bbad3de603f879a71b9133

Store dHdL for all neighbor lambdas

This is required for calculating forces along a lambda dimension
in AWH.

Change-Id: Ic5247a53998b1e733858419d20338b5419dd7ae4

Add Cuda build to gitlab CI

Change-Id: I7e5917fd26c0e22107fb6d9ade4ca69959737df4

Fix center of mass motion removal with frozen atoms

When frozen atoms were part of center of mass motion removal groups,
they would still contribute to the mass of those groups. This meant
that the COM velocity correction was (slightly) too small. Now
completely frozen atoms are removed from COM removal groups by grompp.
When atoms are only frozen along one or two dimensions and part of
a COM removal group, grompp now issues a warning.

Also fixed an nullptr or incorrect string buffer passed to warning()
with invalid freeze group dimension user input.

Fixes #2553

Change-Id: I20a03fea511e75a131cb27880acc1f4ee4a2bfb8

Update the message on whether update and constraints are offloaded

Update and constraints are done in PP task, which is now indicated
in the printed message.

Refs #3292

Change-Id: Id3ad64c424cca6ab5e678a90db767a1c3d43b014

Fix grompp unbound atom check

The check in grompp for unbound atoms would check for any
potential (and constraints) instead of only potentials involving
two atoms. This enabled false negatives.

Change-Id: I677b86a4e4bbe8cd0c6a8a0bf43983be622edfa6

Fix nrdf with partial COMM removal

In the uncommon case where the center of mass motion is removed for
part of the system but not the whole system, the number of degrees
of freedom for the part without COMM removal would be incorrectly
lowered by 3.

Fixes #3406

Change-Id: I371bcfbbd6cf7ddddccb9234752128239bad356f

Fix too small pairlist buffer on Intel GPUs

The pairlist buffer generated for Intel GPUs was slightly too small,
because it assumed a 4x4 atom-cluster pair kernel instead of 4x2.
This also fixes incorrect kernel setup messages in the log file.

Fixes #3407

Change-Id: I744f98a934b5d9f60e0708cb064571aa6e389c44

Revert "Remove frozen atoms from VCM groups"

This reverts commit 3a93c3a8ed49d20b47aed181d98f64921b864a3d.

Reason for revert: Change is incorrect

Change-Id: I808655e109e1da7ce37a59c1d55dabd059a32bb7

Remove frozen atoms from VCM groups

Atoms are removed during preprocessing.

Also add release note missing for previous patch.

Fixes #2553

Change-Id: I4fd52d50a9ef3af4ed11f9b507902d4ac59ed487

Remove unused variable from nbnxm headers.

Since the (SimdFloat) mone_S variable is set but never used,
this commit simply removes it.

Change-Id: Id374da57d1fb33a269c1c39eb80c064fc40de8e8

Merge branch release-2019 into release-2020

Resolved Conflicts:
cmake/gmxVersionInfo.cmake
src/gromacs/ewald/pme.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_disre.cpp
src/gromacs/gpu_utils/gpu_utils.cu
src/gromacs/hardware/gpu_hw_info.cpp
src/gromacs/hardware/gpu_hw_info.h
src/gromacs/mdrun/rerun.cpp

Change-Id: I2a89270a1321a51e0bc25e2b6890245f562945a2

Define all CPU NB kernels

Access to kernels that where not defined could otherwise lead to
undefined behaviour.

Fixes #2728

Change-Id: Ib014cfd0dbc46961eb4e6a81acb3e06d57c3df73

Moves call to choose best performaing kernels to pme_gpu_reinit_atoms

atoms.nAtoms is zero when pme_gpu_reinit is called, resulting in
the useOrderThreadsPerAtom and recalculateSplines always being set to false.

Refs #3189

Change-Id: I36d4be71565cfe8cd8e50fbe6cfe1035f3e15c8e

Version 2019.6

Set DOI strings.
Updated regressiontest hash.

Change-Id: If7c04fbd26756275daea1c252ef977a367669b42

Loosen gmxapi stopsignaler test

Gmxapi stopsignaler test was checking whether simulations were stopped
on the step after a stop signal was set. This is true for the legacy
implementation, but only due to the exact order of instructions. The
StopSignalHandler does not guarantee to stop simulations at the next
NS step after a signal has been set, it promises to stop a simulation
at the next NS step after a signal has been communicated. This change
loosens the criterion to reflect this.

Further, this change
* Changes the numberOfTimesCalled() function to timeElapsedSinceStart(),
  also including a different treatment of the call before the restraint
  is ever called, to avoid misunderstandings.
* Adds a comment to explain the expectations validated by this test.

Fixes #3397

Change-Id: I2a3805a14c03d0ee12ebd21b5863c5243b1c3671

Resolve a Python linting error.

Remove an unnecessary compatibility check that otherwise causes lint
errors.

Change-Id: If6b79c9cc4b7b4adf37a0bad291ce421a23564c9

Fix broken Python error check.

A check in the physical validation utilities referenced a constant in a
module that does not exist, but the intended module was clear.

Additionally, the constant is not guaranteed to be defined, so we check
for it to avoid producing unrelated exceptions.

Change-Id: Ied614c4d94616420b9321cd28d8f8958cce31627

Use legacy code path for t_graph (modular simulator)

This change redirects simulations which will require a t_graph object
to the legacy code path. It also adds an assert to catch cases in which
the redirection would fail in a more graceful way.

Fixes #3389

Change-Id: I17a70e504c206b2798cd2439c0c0ff5d5cd112e3

Extract and expose function to determine whether molecules are broken over PBC

This prevents code duplication in the child change I17a70e50. This
is pure refactoring with two exceptions:
* Checking for orientation restraints is changed from
    fcd->orires.nr
  to
    gmx_mtop_ftype_count(mtop, F_ORIRES)
  This allows to use this function before the force constant struct
  is built. An assert is added to make sure this never get out of
  sync (which would hint to something going very wrong somewhere else...)
* A `if(fplog){}` around a single GMX_LOG(mdlog.warning) was removed.

Change-Id: I6303c6b1cab86c57971a1486c892a1b122a446c6

Fix constraint contribution to dhdl (modular simulator)

The contribution to dhdl from the constraints was not added under
modular simulator.

Refs #1255

Change-Id: I804f52eeb97a17ae0d233700203da1db33a54d54

Avoid mdrun terminate due to GPU sanity check errors

When a GPU is a exclusive or prohibited mode, early detection calls can
fail and as a result an mdrun run abort with an error, even if all GPU
offload is explicitly disabled by the user.
This change adds a status code to handle the case of devices being
unavailable.

Additionally, other errors may be encountered during the dummy kernel
sanity check (e.g. out of memory), but since the change that switches
to using launchGpuKernel() wrapper did not handle the exception in the
sanity checking, this can also abort a run even if the GPU in question
is not selected to be used.
This change adds code to catch the exception this and report the error
and avoid abort the run.

Fixes #3178 #3399

Change-Id: I0cdedbc02769084c172e4a42fe5c1af192007cec

Document NVIDIA OpenCL broken on Volta and Turing

Refs #3125

Change-Id: Id200c1092b279d45a97b98c6fe1d03c2ffb14fb0

Remove outdated PME-GPU limitation in user guide

PME GPU is supported on all compatible GPU platforms and vendors.

Change-Id: I8b054825d4c6a2d030b87fe4b6a9be759911c9f6

Fix calculation of reciprocal terms in rerun

This at least temporarily fixes #3400.

Change-Id: I04d67d9bb3edbd66049573de71940e4bb7fa1ad4

Fix out of sync checkpoint files in simulations sharing state

When multidir simulations share the state, the checkpoint files
of the different simulations should all be from the same step.
To ensure this, MPI barriers have been added before renaming
the checkpoint files from their temporary to their final names.
So now the contents can never be out of sync. In the worst, and
rather unlikely, case that something going wrong during renaming,
some checkpoint files could have temporary and some final names.

Refs #2440.

Change-Id: I88088abb726a36dbf9a9db2fa2eb4a46c3bf2cd7

Fix the RVec to float3 conversion test

The test was not running when there were no GPUs availible,
but the code was compiled with CUDA.

Refs. #3372.

Change-Id: I8dd51eafe9a17d880ce8f8b126c7de692e061e81

Improve GPU update tasks assignment consistency

GPU update task assignment was not consistent with the assumptions and
supported features of the 2020 release and did not implement the correct
checks and fallback in cases where GPU update was decided to not be
supported. Specifically, this change makes sure that when separate PME
ranks are used, without direct GPU communication for PP-PME, GPU update
falls back to the CPU.

Fixes #3354

Change-Id: I7c9dd67cd8cf61f0201b626b8b7674917e3365a5

Remove cruft and resolve deprecation warnings.

Feature checks for gmxapi 0.1 are no longer necessary in the acceptance
tests, and cause deprecation warnings since the gmxapi version has been
incremented.

Change-Id: I98d4df5789c6156304efe27394a2bde20b390234