Simple patch for openmm_wrapper.cpp

The naming of several variables is changed to be consistent with the
latest free energy changes.  Allows mdrun-gpu to be compiled, which
otherwise fails (as reported on gmx-developers).

Change-Id: I497ba07ee6883ef78d23022450f6c3d971b2127e

Merging in free energy, exp. ensemble, & andersen t-control to 4.6

Conflicts:
src/gmxlib/mvdata.c
src/gmxlib/txtdump.c
src/kernel/readir.c
src/mdlib/sim_util.c
src/tools/gmx_membed.c
include/mdrun.h
src/kernel/md.c
src/kernel/md_openmm.c
src/kernel/md_openmm.h
src/kernel/runner.c
src/mdlib/minimize.c
src/mdlib/tpi.c
src/tools/gmx_membed.c
src/kernel/md.c

Change-Id: Ide69a8dbfb96072d5c55d0a051dc9db788cbe144

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Changes in 4.5 for removed lines/files in 4.6:
Makefile.am
include/domdec.h
include/domdec_network.h

Trivial conflict:
include/types/commrec.h

Fixed GMX_THREADS into GMX_THREAD_MPI for those added in 4.5 in:
        include/mdrun.h
        src/gmxlib/shift_util.c
        src/mdlib/gmx_fft_fftw3.c

Change-Id: Id37bfbbacc945a7cf184fa21313c05e2680e1fba

Merge "Use External BLAS/LAPACK by default" into release-4-6

Merge "Replace our fftpack version with Numpy's version" into release-4-5-patches

Replace our fftpack version with Numpy's version

Fixes incorrect results for vectors with length of multiples of 12

Fixes #946

Change-Id: I9a110de7334cbb96a72d0ced73ade4d55f665fee

Fix use after free in g_anaeig projection code.

PBC removal structure was deleted immediately after it was initialized,
and used afterwards.

Change-Id: I6126967b34e8de289370dede79cc50a9924ac34d

Removed dependency on windows.h through commrec.h, domdec.h.

Change-Id: If40506b521a4b4690506465a3f421dab93bc9ce6

Merge "Revised g_tune_pme" into release-4-6

Merge "Continuing to fix threading on Cygwin" into release-4-5-patches

Fix editconf real-bool misusage

Bool variable was declared as real. Caused invalid stack read
in double precision. Could have caused wrong value to be printed
for argument display but couldn't have caused wrong behavior.

Found with AddressSanitizer

Change-Id: I32553b1a898fb3a7f072ae177518dd63fad56dde

Merge "added explicit sqrtf to the float version of norm" into release-4-6

Fix Clang 3.1 warning

grid_spacing is an integer and thus it was always set to 0

Change-Id: Id10bccdadef8f2630631d638e94bd27d78774536

Continuing to fix threading on Cygwin

Fixes #833

Change-Id: I5d577a149ad18b295559f6d87c24dc42bffd281e

Make load_vmd_library static

Was already used only within the same file

Change-Id: I43276424d51021bc8247c04a3c3647f7fc1565f7

Made all vmdio headers private

- Made vmdio struct in trx a pointer
- No need for vmdio to be in the public API

Change-Id: Ic142a6900d0cbc803e8c24139efbfbc072b46c22

Merge "fixed [dd] and [TT] typos in documentation of mdrun and gmx_sans" into release-4-6

Merge "grompp now retains the order of bonds converted to constraints" into release-4-6

fixed [dd] and [TT] typos in documentation of mdrun and gmx_sans

Change-Id: Ia51f67b2b056f66072875d2c7a366ae4685bf9d4

Merge "Fix that sigaction mask wasn't zeroed" into release-4-6

now mdrun always initializes MPI

MPI was only initialized with more than one process. This required
checks everywhere. Now MPI is also initialized with one process.

Change-Id: I4d0f543d5c1ae5a6136a0ba34f0f83ac27604b14

Merge "Code cleanup to avoid name collisions" into release-4-6

Revised g_tune_pme

1. Now, g_tune_pme only duplicates mdrun options where necessary,
options not understood by g_tune_pme are simply passed over to mdrun.
2. Users can now set minimum and maximum Coulomb radius iso scaling
factors for rcoulomb and the Fourier grid.
3. As a result of 1 and 2, some cleanup of the code was possible and
unneeded code was removed.
4. For -npme auto, the tool now derives a reasonable number of PME-
only nodes from the .tpr file settings and tests values around this
number.
Change-Id: I88af5d38a61e0409613f5f3fd4272f7f43823f64

Fix that sigaction mask wasn't zeroed

Change-Id: I84a1f77e6320538730cc367ed722eadf22046a68

Code cleanup to avoid name collisions

- Adding missing prepropessor guards
- Renaming functions defined using same name as other function
- Removing unused magic.h

Change-Id: I1375097eb7eced2dafb30222c9986ac24f45fb08

Use External BLAS/LAPACK by default

Check if Blas/Lapack is available and only use internal
if it isn't found

Updated FindLAPACK to 2.8.8. and included FindBLAS
so that it works without Fortran enabled.

Change-Id: I6d1df8a03196d9c14436d5b70c731d36b4ddf823

added explicit sqrtf to the float version of norm

Additionally, as inlining is not a concern nowadays, also cleaned up the
code by using iprod in norm.

Change-Id: Iabc237906380f848e16ed158809bf22b1de9ddd0

grompp now retains the order of bonds converted to constraints

With the constraint mdp option grompp used to write tpr files where
the order of the constraints was reversed with respect to the order
of the bonds. This reordering has been removed.

Change-Id: I094c5001ccad1e80f46b61c4fbcfa400fd5c1e74

re-introduced fix for real/double issue in gmx_density

The float density histogram could overflow for large data sets.
A fix replaced 3 of the 4 pointers to floats by pointers to doubles, leading
to compilation issues. In two steps these replacements were reverted.
Now all 4 pointers have been replaced.

Change-Id: I0d8e38d27ac5c469480ff731ad191d869f5d890f

Rename BOOL to EBOOL

- All other ENUM_NAME functions start with E
- BOOL can easily collide with other names (e.g. on Windows)

Change-Id: I6cb9438386dfb0c93299dfc5a161e4294e7834a3

Merge "Fixing more clang warnings" into release-4-6

mv membed.h from include to src/kernel

,because membed function calls are not part of gmxlib
Created an abstract datatype gmx_membed_t in include/types
mv all struct declaration to file that uses them (membed.c)
made membed init print conditional on MASTER(cr)

Change-Id: I8bb23403415f1c35a31f06c2fb0fae2148ee15f6

Fixing more clang warnings

Change-Id: I1359503f61e1fa003c078c98a99420249b915e9c

Merge "Backporting "moving membed to mdrun" from master" into release-4-6

[tools] g_sans - add OpenMP based parallelism

This commit adds OpenMP based parallelism for
calc_radial_distribution_histogram function

Also it adds check for mcover parameter which should be -1 or (0,1]

Change-Id: Ic14267782c69c25364b69a91719cb451fd8e3a89
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Backporting "moving membed to mdrun" from master

commit 1: cherry pick 45181651
Moved g_membed functionality to mdrun
commit 2: cherry pick 21a84994
Moved g_membed functionality to mdrun bug fix
commit 3: cherry pick 34471042
added gmx_membed.c to CMakeLists.txt for mdrun
commit 4: cherry pick 1a72f4c8
membed renaming and adding tools wrapper again
commit 5:
Fixes necessary after membed to mdrun cherry picking
commit 6: cherry pick a52f8c45
bugfix #697 for g_membed
commit 7:
deleted unused code, changed fclose to ffclose in membed.c

Change-Id: Ia3ba001b338cadcadc9b2bf1f4c728c5ffc1414b

fixed mdrun -cpi SD and pcoupl initialization

With mdrun -cpi and no previous output files present SD and pressure
coupling were initialized incorrectly, leading to minor differences
at the start of a simulation. Fixes #939

Change-Id: I1ea3797ceb39760341c7c11cf74425c02dcaf235

Fixing more Clang warnings

Change-Id: Ic2189579eaaa262d4907d912d59a3e78274bd4ed

Merge branch 'gerrit/release-4-5-patches' into release-4-6

Conflicts:
CMakeLists.txt
cmake/gmxGenerateVersionInfo.cmake

Change-Id: I82c2429f9b1d8441edb19f6287dbbe446fc07233

Clean up cmake version generation.

- Use comparisons like ("${VAR}" STREQUAL "") for testing for empty
  strings (other variants may fail in certain scenarios).
- Add some other quotes to avoid CMake errors in unusual situations.
- Remove trailing whitespace.

Related to #888.

Change-Id: Ifd1a87f0e929b4cb62db56d70ca469b73075fc2c

Drop support for pre-1.5.3 git for version info.

Did not touch the autoconf version, since that will anyways be obsolete
in 4.6.

Related to #888.

Change-Id: Ic7d890959e2e9a614f5d39a453c45671c3b56df4

Fix cmake version info generation.

Use the same logic in the cmake version info generation script as is
used in the shell script for autoconf.

Fixes #888.

Change-Id: I2a06d175a1e04e25d38b917d907cdae429743099

Removed autoconf version info generation.

Since autoconf is no longer supported, there is no need for this shell
script either.

IssueID #645

Change-Id: I5607d52817122dfdf9ea33e784a50abc7941ba0e

removed -finline-functions from the release gcc flags

All gcc versions >= v4.1 include -finline-functions with -O3.

Change-Id: Iecdf906162400863329bbe2d57fc110c9c2c7a9a

Remove #include <config.h> from pull_rotation.h.

There is nothing in the header that needs it, and installed headers
should not include something that is not installed.

Change-Id: I563fa21f3a6ecce8f728feb9656bccfef5edaa73

Fix Windows specific cmake hacks

MT/MD related:
- Only use MT instead of MD if GMX_PREFER_STATIC_LIBS
  Gromacs compiles fine with MD and produces smaller binaries.
- Fix that MT is also used with C++ and Intel

Workaroud for cmake 13174:
- Replace GZ with RTC1 also for C++
- Replace GX with EHsc for C++

Remove of set(GMX_EXTRA_LIBRARIES):
- This has no effect because it isn't set before.

Change-Id: I911c88e099c1faaa896b54b791a952c1265dd89e

Merge "Disable OpenMP for llvm-gcc 4.2.x" into release-4-6

Fix gmxdump error introduced by 553d4b1369

Change-Id: Ib3ebe7231e3be0f2bdeda21cf5c589f6d5144c5c

Disable OpenMP for llvm-gcc 4.2.x

Fixes #900

Change-Id: Ibd80b2e3768e25f5091441a65785f539dc3b7050

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Change-Id: I420226d869a1d755c731b9f65b66a29c233e9b6e

Merge "changed number of iatoms for F_SETTLE from 1 to 3" into release-4-6

Merge "added support for graphs not starting at 0" into release-4-6

Don't enable ASM if no asm kernel is selected

Caused that -DGMX_ACCELERATION=none didn't compile without
asm installed.

Change-Id: I572d64b94af89516ef35336190636ead6a256c0f

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Conflicts:
src/mdlib/pme.c

Change-Id: I0a77a63162168d3a07ab957a9bf7b367a9f05eac

fixed PME forces with FE, fixes #929 introduced in recent merge

Change-Id: I4f3bc59ed8c0351c4c59feceb3c2116b2f063daf

Merge "Fix for sigaction" into release-4-6

Fix srenew/sfree_aligned misuse in PME

denom was first allocated with srenew and then freed with
sfree_aligned. This is illegal and crashes on Windows.

Change-Id: I83d8c35973ed0be1bb23396d6b97bf1d4b0f5f06

Merge "Remove checks based on Generator" into release-4-5-patches

Merge "Fix version info generation for autoconf." into release-4-5-patches

fixed segv in TPI with PME, fixes #927

Change-Id: Ie465c7300e491f4e67cacd0fa7186a253ee46cad

changed PME MPI_Comm comparisions to MPI_COMM_NULL, fixes #931

Change-Id: I6087339c5609de0444ac578c217825b9918cb993

changed number of iatoms for F_SETTLE from 1 to 3

Change-Id: Ia0cb1f277b5d3e8988c6fd1fb26896fa68c2fb3c

Fix version info generation for autoconf.

Should now work with a repository cheched out both from git.gromacs.org
and gerrit.gromacs.org.  The pattern for finding the remotes may be
better with some finetuning, but it works for me.  However, not that
much effort should be spent for the autoconf part since it will be
removed for 4.6.

Partial fix for IssueID #888.

Change-Id: I3f0caf440067b3eceba28845c1061c0642c0226b

Remove checks based on Generator

OS dependending checks should not depend on Generator

Change-Id: I3c682c8b5ec82fe2a2b78744c6f56dccd655ee5c

Fix for sigaction

Commit "Restart IO operations when interrupter by signal"
didn't actually activate sigaction because config.h.cmakein
change was missing.

Fixes #798

Change-Id: Id5c7e3344688c32ec4c51d84ccbc66658ed928f9

added support for graphs not starting at 0

It has always been implicitly assumed that graph->start==0.
This assumption would only fail for a topology starting with
single atom molecules followed by multi-atom molecules.
Furthermore, for mk_graph at_start could only be 0, a check
has been added for this, and at_end was not stored.

In t_graph start is now replaced by at_start and end by at_end,
where at_end is end+1, now the first atom not part of the graph.

Change-Id: I0d4c09c90cbba1a7f4a1d84cf1f90a7643c17cd8

Merge "Merge release-4-5-patches into release-4-6" into release-4-6

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Change-Id: Id1c62a482c6c3467704cc9b657b53f7df493b7ba

Merge "[tools] g_sans - splited out fixes and added citation" into release-4-6

fixed the reported temperature with Brownian dynamics

Reduced the (meaningless) masses with BD by a factor 2.
Since v with BD is defined as dx/dt, the reported Ekin and T are
now correct (and if there are too high, dt is too large).
Fixes #797

Change-Id: Iee8613ff9637deb58600ad03289f7bcce7f32df2

fixed dispersion correction with parallel EM

With EM the energy and pressure dispersion correction terms
were multiplied by the number of nodes. Fixes #901

Change-Id: I289ac0de7d7a9c1f72e939b840c549c1cb49a52a

Corrected fourierspacing description

Change-Id: I5cb577f0750cea3481f766330096d5b2bca7eb6f

Merge "fixed initial COM motion removal with multiple groups" into release-4-5-patches

[tools] g_sans - splited out fixes and added citation

This commit contains fixes splited out from postponed g_nse commit.
1. Added citation
2. Fixed detection of triclinic boxes (needed for largest possible
distance)
3. mc runs uses monte carlo coverage

Change-Id: I6190fa9f7f710426f3d0bcf5c77013fe0d20eecc
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Merge "Various improvements to shell code" into release-4-5-patches

replaced PPPM by P3M-AD: a few lines in pme.c

The deprecated PPPM method has been replaced by P3M-AD: a PPPM method
with analytical derivative. The full code path of P3M-AD is identical
to PME, except for the moduli calculation, which use the influence
function optimized for the grid.

Change-Id: I53d08d9ff4e909dc1a34dce668f4dea8f26f728e

fixed initial COM motion removal with multiple groups

Seperate COM motion removal code before step 0 has been replaced by
a call to the normal vcm code. This require some cglo flag changes.
Fixes #925

Change-Id: Ia6b8637b133c343c7e503307f00b557f7ad7409c

Merge "allow -append to overrule unsupported file locking" into release-4-5-patches

Merge "compiler flag fixes" into release-4-6

Resolving a couple of clang analyzer warnings

Most of these are real errors or potential problems.

It's only a small start ~100 warnings are left and quite a few
false positives are within those remaining ones.

Change-Id: I7c83afa84c52362ecc1b7c992591d82f8262a6ac

Merge "enable command line option cheking in mdrun" into release-4-6

compiler flag fixes

- added patched Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake scripts to enable invalid
  option detection with Intel Compilers 12.x; the patches have been
  submitted to CMake (will be included in 2.8.9:
  http://cmake.org/gitweb?p=cmake.git;a=commit;h=bbb895959f54a9dec9f5132313f4a71fafc458e5),
  these files should be removed when the required CMake version will
  contain the fixes
- moved compiler option generation after the default cmake variable
  setting to add -Wunknown-pragmas only when GMX_OPENMP=OFF
- moved optimization options to release flags
- enabled warnings with the Intel Compilers

Change-Id: I767aea7f043255ee95eef5e7cb597c1c99feb05a

Various improvements to shell code

Tested for binary equality only when appropriate. Increased verbosity
of error message. Clarified code that interpolates a scale factor for
a steepest-descent step size.

Change-Id: Ia386390e3a1b7690bf446342e55a3559da1e67eb

fixed segfault in graph code with coordinate subsets

The graph code checked for atom indices above the subset size,
but not for settle. The check for settle has been added.
Fixes #809

Change-Id: I67ddbd3dab5a34f57a29f54f4b07918a6d74c38c

Removed outdated #includes

isnan() is no longer used in the code (although I can't find the
commit in src/kernel/md.c where it disappeared). Removed references
to gmx_header_config.h, since these are also no longer required.

Change-Id: Id9fcd3f221526c528cace86279e533c6581b26f7

allow -append to overrule unsupported file locking

This is a change to the previous change to let mdrun append anyhow
when file locking is not supported. Now a fatal error is generated,
unless -append is specified explicitly.
This commit refs #924

Change-Id: I98fa201fb5bd62c0de58c3c2d7e17e8b3f727c2f

added missing #ifdef around #include "thread_mpi.h"

Due to the the missing #ifdef mdrun was not compiling with compilers
that don't like thread_mpi.h (e.g. Cray compiler).

Change-Id: Ibf980b46aaf56b81fffec5ada7cb3d93492a2220

changed mdrun file locking not supported error to a note

On some (file) systems file locking is not supported.
This should not prevent users from using the append option of mdrun,
Fixes #924

Change-Id: I99c0d38eb702b316df0027df3d33befc562a0a7a

Added Windows-specific #defines, and use them

The lack of an elegant way to code "do this on Windows/
Cygwin/whatever" may have contributed to 4.5.5 not compiling with
threading under Cygwin (IssueID #833, which was fixed elsewhere).

Change-Id: I07fa69825181e2b04cb89798898898f1d258d371

Rename gmxconfig.h to gmx_header_config.h

Change-Id: I756afd4c9a05666ca89f82726132ba5d15eaec2b

Merge "changed default for nstxout, nstvout and nstlog" into release-4-6

Merge "checkpoint files now contain a double precision flag" into release-4-6

Merge "Added support for dssp2.X with the -ver option" into release-4-6

Merge "Expanded the help text regarding the -r2 and -ac options." into release-4-6

Expanded the help text regarding the -r2 and -ac options.

Fixes #862

Change-Id: If7ff131648881da8b1749bc736e141ff0b307ca6

changed default for nstxout, nstvout and nstlog

trr output is not useful in many cases, so the default is now 0.
nstlog has been increased from 100 to 1000.

Change-Id: I705a3cd6e33dc8db8efe5fa780d699196853da20

checkpoint files now contain a double precision flag

It was difficult to extract the precision from a checkpoint file.
Now a double precision flag has been added, as well as a fatal error
when mdrun tries to append output files of different precision.
Fixes #884

Change-Id: If333d13639ce80147ee1f6cd0cc34ad1f69afa03

Restart IO operations when interrupter by signal

Fixes #798

Change-Id: I762412abf8138bbbe3d386d015e6af3522bd5235

Merge "Permit threads build on Cygwin" into release-4-5-patches

Added support for dssp2.X with the -ver option

Fixes #891

Change-Id: If274058aa776f64b04cb6f5a3c8303f8c567ef97