Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

cmake support for user-defined binary prefixes, custom mdrun-gpu target, and make install-mdrun

Initial CTest support

Introduced two simple tests for 1) make, and 2) mdrun -h

Fixed an erroneous store operation for gb/coulomb potentials

 Please enter the commit message for your changes. Lines starting

removed obsolete fftgrid code and disabled PPPM with a message than we plan to implement it again

speed up tuning for large numbers of processes

XDR file I/O is now thread safe.

Interface has changed slightly, but Kept some legacy functions for third
party tools.

changed pdb2gmx water model atom count detection

try to avoid weird PME/PP combinations in g_tune_pme

implemented nsteps=-1 for mdrun continuation and tpbconv

fixed smalloc.h and smalloc.c definition inconsistencies

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

Added snew_aligned and sfree_aligned for managing n-byte-
aligned memory for things like force tables and FFT buffers.
These use posix_memalign or memalign if found, and otherwise
fall back to bit-wise and-ing pointers returned by malloc
to achieve the alignment. This patch is autotools- and
cmake-aware.

make CMake with GCC default to C99 off (gcc 4.3 and later have syntax changes)

Increased SHARED_VERSION_INFO to 6:0:0 (closing bug 403)

Added gcc41 check

Merge branch 'master' into qmmm

removed statusio.h

fixed gmx_eneconv compiler warnings

fixed eneconv -dt option temporarily not writing averages

Fixed compiler warnings

Fixed the same typo in kernel400/410_ia32_sse2

Deleted double entries in atomtypes.

g_tune_pme now also updates rlistlong etc.

corrected edr format issue introduced today

added g_membed to programs.txt

Fixed gmxcpp directory search for include files.

All #include'd files are now searched first in the directory where the
including file is located, then in the directories specified with -I,
and finally in the GMXLIB search path. This should now work correctly
even if the file name contains a partial path, or if there are nested
includes.

More C90 fixes in membed.

C90 fixes.

vmdio error message fix.

Most (if not all) file operations are now thread safe.

The basic data structures and call interfaces in gmxfio and trxio have
been changed to allow for thread-safety (the original ones relied on global
variables to keep part of their state in).
Reading and writing from and to files with gmxfio has changed:
there is a file input/output data structure, and function names
are now more descriptive.
Reading trajectories has changed: there is a status data strucuture to keep
track of frame numbers and the file pointer.

EM now always writes last trr frame again

Added a ";" in nb_kernel430_ia32_sse2.c

add gmx_qsort routine, since glibc qsort is not threadsafe due to a bug

g_tune_pme: add option to choose how nprocs is passed, add downscaling factor

fixed typo in fatal_error call

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

Fixed GCC version checking in cmake

fixed typo in previous commit

Modified stat.c trr file check for FAHCORE.

now mdrun does not write the trr file when it would be empty

added env var GMX_MAXBACKUP

Fixed a typo

Fixed Makefile.am leading to warnings.

Removed fitting to rev. gem. recomb. model. It will return when the algortihms are more robust. -Erik Marklund

Commented out the ballistic stuff and the fitting to to rev. gem. recomb. model. The gemiate ACF is still calculated. The commented-out features will return when I'm more confident in the stability of the algorithms. -Erik Marklund

fixed pdb2gmx tip4p adn tip5p atom naming (although not in a clean way)

pdb2gmx force field choices now start numbering at 1

Fix g_membed compilation error

Merge branch 'master' into qmmm

Changed erroneous #define DOUBLE to #define GMX_DOUBLE
that triggered all-vs-all loops in double precision

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

fix for the previous mdrun -rerun commit

mdrun -rerun now reads the rerun traj only on the master nodes and now also works with PD

minor update for previous replex bugfix

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

fixed tuning for loadleveler and updated it to modified mdrun options

fixed mdrun -rerun giving NaN with dispcorr

added water model selection and list file to pdb2gmx

made a separate tips3p.itp file for CHARMM

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

Fixed inner GB scale factor in double precision nb_kernel430-files
and updating of shift forces in some single precision files

Merge branch 'master' of git@git.gromacs.org:gromacs

fixed minor bug in openmm_wrapper.cpp

Implemented (buggy) gcc 4.1.x check in cmake.

Changed HAVE_COPYFILE check to HAVE_COPYFILE_H in futil.c

Merge branch 'master' of git://git.gromacs.org/gromacs

Fixing #if statement.

Added defined() to #if macros

Merge branch 'mymaster'

Small cleanup of the openmm section in mdrun.c

Changed some SSE typecasts to macros; fixing ICC/Windows compile errors.

added spce to charmm27

fixed MPI crash when nat_home=0 in DD

restored the old order of the mdrun option and removed the -addpart option (replaced by -noappend)

fixed g_tune_pme for the use with IBM's poe

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Fixed the command line options for GPU binaries.

Now the GPU binaries will display all CPU options, even if they are not
applicable. The GPU specific "-device" option won't appear in the CPU builds though.

replaced more gmx_fatal by collective calls in DD

fixed atom naming in encad c-termini

with nsteps=-1 mdrun now prints ns/day estimate

added nsteps=-1 option to mdp_opt.html

all energy minimizers now do 0 steps with nsteps=0 and unlimited number of steps with nsteps=-1

Added a check in grompp for nstgbradii<1.
This fixes bug 436.

fixed incorrect pdb2gmx CYS2 to CYS renaming which generated an error

allvsall loops now trigger particle decomposition

fatal_error in the DD initialization now calls MPI_Finalize iso MPI_Abort when possible

Fixed return values for MPI_Comm_compare in thread_mpi.

Fixed make_edi.c

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:gromacs

Added more fixes in comment texts, generously provided by Nicholas Breen.

Added MPI_Comm_compare() to thread_mpi.

added -cwd option to pdb2gmx

Fixed a compiler warning.

At least GCC 4.0 complained about possible use of an uninitialized
variable, although there was no combination of conditionals that could
cause this, so the variable is now initialized to zero.

Raised the NHCHAINLENGTH default to 10

More C90 pedantry.

Fixed a lot of spelling errors in comments and documentation, collected by
Nicholas Breen. This fixes bug 435.

Modifications in fsync routines for checkpoints.

Fixed another batch of // comments.